data_7EOR
#
_entry.id 7EOR
#
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#
loop_
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_database_2.database_code
_database_2.pdbx_database_accession
_database_2.pdbx_DOI
PDB 7EOR pdb_00007eor 10.2210/pdb7eor/pdb
WWPDB D_1300021878 ? ?
EMDB EMD-31228 ? ?
#
loop_
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_pdbx_audit_revision_history.major_revision
_pdbx_audit_revision_history.minor_revision
_pdbx_audit_revision_history.revision_date
1 'Structure model' 1 0 2021-06-30
2 'Structure model' 1 1 2021-07-14
3 'Structure model' 1 2 2021-08-18
4 'Structure model' 1 3 2024-10-23
#
_pdbx_audit_revision_details.ordinal 1
_pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1
_pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model'
_pdbx_audit_revision_details.provider repository
_pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release'
_pdbx_audit_revision_details.description ?
_pdbx_audit_revision_details.details ?
#
loop_
_pdbx_audit_revision_group.ordinal
_pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal
_pdbx_audit_revision_group.data_content_type
_pdbx_audit_revision_group.group
1 2 'Structure model' 'Database references'
2 3 'Structure model' 'Database references'
3 4 'Structure model' 'Data collection'
4 4 'Structure model' 'Refinement description'
5 4 'Structure model' 'Structure summary'
#
loop_
_pdbx_audit_revision_category.ordinal
_pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal
_pdbx_audit_revision_category.data_content_type
_pdbx_audit_revision_category.category
1 2 'Structure model' citation
2 2 'Structure model' citation_author
3 3 'Structure model' citation
4 3 'Structure model' database_2
5 4 'Structure model' chem_comp_atom
6 4 'Structure model' chem_comp_bond
7 4 'Structure model' em_3d_fitting_list
8 4 'Structure model' em_admin
9 4 'Structure model' pdbx_entry_details
10 4 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model
11 4 'Structure model' pdbx_modification_feature
#
loop_
_pdbx_audit_revision_item.ordinal
_pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal
_pdbx_audit_revision_item.data_content_type
_pdbx_audit_revision_item.item
1 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed'
2 2 'Structure model' '_citation.title'
3 3 'Structure model' '_citation.journal_volume'
4 3 'Structure model' '_citation.page_first'
5 3 'Structure model' '_citation.page_last'
6 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI'
7 3 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession'
8 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code'
9 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id'
10 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name'
11 4 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type'
12 4 'Structure model' '_em_admin.last_update'
13 4 'Structure model' '_pdbx_entry_details.has_protein_modification'
#
_pdbx_database_status.status_code REL
_pdbx_database_status.status_code_sf ?
_pdbx_database_status.status_code_mr ?
_pdbx_database_status.entry_id 7EOR
_pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-04-22
_pdbx_database_status.SG_entry N
_pdbx_database_status.deposit_site PDBJ
_pdbx_database_status.process_site PDBJ
_pdbx_database_status.status_code_cs ?
_pdbx_database_status.status_code_nmr_data ?
_pdbx_database_status.methods_development_category ?
_pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y
#
_pdbx_database_related.db_name EMDB
_pdbx_database_related.details
'Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901 bound state'
_pdbx_database_related.db_id EMD-31228
_pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume'
#
loop_
_audit_author.name
_audit_author.pdbx_ordinal
_audit_author.identifier_ORCID
'Wang, H.' 1 ?
'Zhu, S.' 2 ?
#
_citation.abstract ?
_citation.abstract_id_CAS ?
_citation.book_id_ISBN ?
_citation.book_publisher ?
_citation.book_publisher_city ?
_citation.book_title ?
_citation.coordinate_linkage ?
_citation.country US
_citation.database_id_Medline ?
_citation.details ?
_citation.id primary
_citation.journal_abbrev Neuron
_citation.journal_id_ASTM NERNET
_citation.journal_id_CSD 2038
_citation.journal_id_ISSN 0896-6273
_citation.journal_full ?
_citation.journal_issue ?
_citation.journal_volume 109
_citation.language ?
_citation.page_first 2443
_citation.page_last 2456.e5
_citation.title 'Gating mechanism and a modulatory niche of human GluN1-GluN2A NMDA receptors.'
_citation.year 2021
_citation.database_id_CSD ?
_citation.pdbx_database_id_DOI 10.1016/j.neuron.2021.05.031
_citation.pdbx_database_id_PubMed 34186027
_citation.pdbx_database_id_patent ?
_citation.unpublished_flag ?
#
loop_
_citation_author.citation_id
_citation_author.name
_citation_author.ordinal
_citation_author.identifier_ORCID
primary 'Wang, H.' 1 ?
primary 'Lv, S.' 2 ?
primary 'Stroebel, D.' 3 ?
primary 'Zhang, J.' 4 ?
primary 'Pan, Y.' 5 ?
primary 'Huang, X.' 6 ?
primary 'Zhang, X.' 7 ?
primary 'Paoletti, P.' 8 ?
primary 'Zhu, S.' 9 ?
#
loop_
_entity.id
_entity.type
_entity.src_method
_entity.pdbx_description
_entity.formula_weight
_entity.pdbx_number_of_molecules
_entity.pdbx_ec
_entity.pdbx_mutation
_entity.pdbx_fragment
_entity.details
1 polymer man 'Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A' 95537.703 2 ? L794C ? ?
2 polymer man 'Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1' 95210.102 2 ? E698C ? ?
3 non-polymer syn 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 221.208 14 ? ? ? ?
4 non-polymer syn
'7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one'
360.403 2 ? ? ? ?
#
loop_
_entity_name_com.entity_id
_entity_name_com.name
1 'GluN2A,Glutamate [NMDA] receptor subunit epsilon-1,N-methyl D-aspartate receptor subtype 2A,NMDAR2A,NR2A,hNR2A'
2 'GluN1,Glutamate [NMDA] receptor subunit zeta-1,N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1,NMD-R1'
#
loop_
_entity_poly.entity_id
_entity_poly.type
_entity_poly.nstd_linkage
_entity_poly.nstd_monomer
_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code
_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
_entity_poly.pdbx_strand_id
_entity_poly.pdbx_target_identifier
1 'polypeptide(L)' no no
;MGRVGYWTLLVLPALLVWRGPAPSAAAEKGPPALNIAVMLGHSHDVTERELRTLWGPEQAAGLPLDVNVVALLMNRTDPK
SLITHVCDLMSGARIHGLVFGDDTDQEAVAQMLDFISSHTFVPILGIHGGASMIMADKDPTSTFFQFGASIQQQATVMLK
IMQDYDWHVFSLVTTIFPGYREFISFVKTTVDNSFVGWDMQNVITLDTSFEDAKTQVQLKKIHSSVILLYCSKDEAVLIL
SEARSLGLTGYDFFWIVPSLVSGNTELIPKEFPSGLISVSYDDWDYSLEARVRDGIGILTTAASSMLEKFSYIPEAKASC
YGQMERPEVPMHTLHPFMVNVTWDGKDLSFTEEGYQVHPRLVVIVLNKDREWEKVGKWENHTLSLRHAVWPRYKSFSDCE
PDDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPLTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLV
TNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRSNGTVSPSAFLEPFSASVWVM
MFVMLLIVSAIAVFVFEYFSPVGYNRNLAKGKAPHGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFFAVI
FLASYTANLAAFMIQEEFVDQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTKFNQKGVEDALVSL
KTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETCWLTGIC
HNEKNEVMSSQLDIDNMAGVFYMLAAAMALSLITFIWEHLFYKSRAEAKRMKG
;
;MGRVGYWTLLVLPALLVWRGPAPSAAAEKGPPALNIAVMLGHSHDVTERELRTLWGPEQAAGLPLDVNVVALLMNRTDPK
SLITHVCDLMSGARIHGLVFGDDTDQEAVAQMLDFISSHTFVPILGIHGGASMIMADKDPTSTFFQFGASIQQQATVMLK
IMQDYDWHVFSLVTTIFPGYREFISFVKTTVDNSFVGWDMQNVITLDTSFEDAKTQVQLKKIHSSVILLYCSKDEAVLIL
SEARSLGLTGYDFFWIVPSLVSGNTELIPKEFPSGLISVSYDDWDYSLEARVRDGIGILTTAASSMLEKFSYIPEAKASC
YGQMERPEVPMHTLHPFMVNVTWDGKDLSFTEEGYQVHPRLVVIVLNKDREWEKVGKWENHTLSLRHAVWPRYKSFSDCE
PDDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPLTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLV
TNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRSNGTVSPSAFLEPFSASVWVM
MFVMLLIVSAIAVFVFEYFSPVGYNRNLAKGKAPHGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFFAVI
FLASYTANLAAFMIQEEFVDQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTKFNQKGVEDALVSL
KTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETCWLTGIC
HNEKNEVMSSQLDIDNMAGVFYMLAAAMALSLITFIWEHLFYKSRAEAKRMKG
;
A,C ?
2 'polypeptide(L)' no no
;MSTMRLLTLALLFSCSVARAACDPKIVNIGAVLSTRKHEQMFREAVNQANKRHGSWKIQLNATSVTHKPNAIQMALSVCE
DLISSQVYAILVSHPPTPNDHFTPTPVSYTAGFYRIPVLGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQSSVWFEMMRVYSW
NHIILLVSDDHEGRAAQKRLETLLEERESKAEKVLQFDPGTKNVTALLMEAKELEARVIILSASEDDAATVYRAAAMLNM
TGSGYVWLVGEREISGNALRYAPDGILGLQLINGKNESAHISDAVGVVAQAVHELLEKENITDPPRGCVGNTNIWKTGPL
FKRVLMSSKYADGVTGRVEFNEDGDRKFANYSIMNLQNRKLVQVGIYNGTHVIPNDRKIIWPGGETEKPRGYQMSTRLKI
VTIHQEPFVYVKPTLSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVA
DGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKEIPRSTLDSFMQPFQS
TLWLLVGLSVHVVAVMLYLLDRFSPFGRFKVNSEEEEEDALTLSSAMWFSWGVLLNSGIGEGAPRSFSARILGMVWAGFA
MIIVASYTANLAAFLVLDRPEERITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVCLSTMYRHMEKHNYESAAEAIQA
VRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
RSNAPATLTFENMAGVFMLVAGGIVAGIFLIFIEIAYKRHKDARRKQ
;
;MSTMRLLTLALLFSCSVARAACDPKIVNIGAVLSTRKHEQMFREAVNQANKRHGSWKIQLNATSVTHKPNAIQMALSVCE
DLISSQVYAILVSHPPTPNDHFTPTPVSYTAGFYRIPVLGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQSSVWFEMMRVYSW
NHIILLVSDDHEGRAAQKRLETLLEERESKAEKVLQFDPGTKNVTALLMEAKELEARVIILSASEDDAATVYRAAAMLNM
TGSGYVWLVGEREISGNALRYAPDGILGLQLINGKNESAHISDAVGVVAQAVHELLEKENITDPPRGCVGNTNIWKTGPL
FKRVLMSSKYADGVTGRVEFNEDGDRKFANYSIMNLQNRKLVQVGIYNGTHVIPNDRKIIWPGGETEKPRGYQMSTRLKI
VTIHQEPFVYVKPTLSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVA
DGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKEIPRSTLDSFMQPFQS
TLWLLVGLSVHVVAVMLYLLDRFSPFGRFKVNSEEEEEDALTLSSAMWFSWGVLLNSGIGEGAPRSFSARILGMVWAGFA
MIIVASYTANLAAFLVLDRPEERITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVCLSTMYRHMEKHNYESAAEAIQA
VRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
RSNAPATLTFENMAGVFMLVAGGIVAGIFLIFIEIAYKRHKDARRKQ
;
B,D ?
#
loop_
_pdbx_entity_nonpoly.entity_id
_pdbx_entity_nonpoly.name
_pdbx_entity_nonpoly.comp_id
3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG
4 '7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one' 6RM
#
loop_
_entity_poly_seq.entity_id
_entity_poly_seq.num
_entity_poly_seq.mon_id
_entity_poly_seq.hetero
1 1 MET n
1 2 GLY n
1 3 ARG n
1 4 VAL n
1 5 GLY n
1 6 TYR n
1 7 TRP n
1 8 THR n
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1 10 LEU n
1 11 VAL n
1 12 LEU n
1 13 PRO n
1 14 ALA n
1 15 LEU n
1 16 LEU n
1 17 VAL n
1 18 TRP n
1 19 ARG n
1 20 GLY n
1 21 PRO n
1 22 ALA n
1 23 PRO n
1 24 SER n
1 25 ALA n
1 26 ALA n
1 27 ALA n
1 28 GLU n
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1 30 GLY n
1 31 PRO n
1 32 PRO n
1 33 ALA n
1 34 LEU n
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1 37 ALA n
1 38 VAL n
1 39 MET n
1 40 LEU n
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1 43 SER n
1 44 HIS n
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1 49 ARG n
1 50 GLU n
1 51 LEU n
1 52 ARG n
1 53 THR n
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1 57 PRO n
1 58 GLU n
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1 60 ALA n
1 61 ALA n
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1 65 LEU n
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1 68 ASN n
1 69 VAL n
1 70 VAL n
1 71 ALA n
1 72 LEU n
1 73 LEU n
1 74 MET n
1 75 ASN n
1 76 ARG n
1 77 THR n
1 78 ASP n
1 79 PRO n
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1 90 MET n
1 91 SER n
1 92 GLY n
1 93 ALA n
1 94 ARG n
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1 97 GLY n
1 98 LEU n
1 99 VAL n
1 100 PHE n
1 101 GLY n
1 102 ASP n
1 103 ASP n
1 104 THR n
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1 107 GLU n
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1 109 VAL n
1 110 ALA n
1 111 GLN n
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1 113 LEU n
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1 115 PHE n
1 116 ILE n
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1 118 SER n
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1 143 THR n
1 144 PHE n
1 145 PHE n
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1 147 PHE n
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1 254 PHE n
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1 1 sample 'Biological sequence' 1 853 Human ? 'GRIN2A, NMDAR2A' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens'
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6RM non-polymer .
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ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209
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ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103
CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158
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GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129
GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067
HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162
ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173
LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173
LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195
MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211
NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE
;
'C8 H15 N O6' 221.208
PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189
PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130
SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093
THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119
TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225
TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189
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NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine
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_pdbx_poly_seq_scheme.hetero
A 1 1 MET 1 1 ? ? ? A . n
A 1 2 GLY 2 2 ? ? ? A . n
A 1 3 ARG 3 3 ? ? ? A . n
A 1 4 VAL 4 4 ? ? ? A . n
A 1 5 GLY 5 5 ? ? ? A . n
A 1 6 TYR 6 6 ? ? ? A . n
A 1 7 TRP 7 7 ? ? ? A . n
A 1 8 THR 8 8 ? ? ? A . n
A 1 9 LEU 9 9 ? ? ? A . n
A 1 10 LEU 10 10 ? ? ? A . n
A 1 11 VAL 11 11 ? ? ? A . n
A 1 12 LEU 12 12 ? ? ? A . n
A 1 13 PRO 13 13 ? ? ? A . n
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A 1 16 LEU 16 16 ? ? ? A . n
A 1 17 VAL 17 17 ? ? ? A . n
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A 1 19 ARG 19 19 ? ? ? A . n
A 1 20 GLY 20 20 ? ? ? A . n
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A 1 22 ALA 22 22 ? ? ? A . n
A 1 23 PRO 23 23 ? ? ? A . n
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A 1 776 ASP 776 776 776 ASP ASP A . n
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A 1 780 LEU 780 780 780 LEU LEU A . n
A 1 781 GLN 781 781 781 GLN GLN A . n
A 1 782 PHE 782 782 782 PHE PHE A . n
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A 1 790 GLU 790 790 790 GLU GLU A . n
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A 1 799 ILE 799 799 799 ILE ILE A . n
A 1 800 CYS 800 800 800 CYS CYS A . n
A 1 801 HIS 801 801 ? ? ? A . n
A 1 802 ASN 802 802 ? ? ? A . n
A 1 803 GLU 803 803 ? ? ? A . n
A 1 804 LYS 804 804 ? ? ? A . n
A 1 805 ASN 805 805 ? ? ? A . n
A 1 806 GLU 806 806 ? ? ? A . n
A 1 807 VAL 807 807 ? ? ? A . n
A 1 808 MET 808 808 ? ? ? A . n
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A 1 815 ASP 815 815 815 ASP ASP A . n
A 1 816 ASN 816 816 816 ASN ASN A . n
A 1 817 MET 817 817 817 MET MET A . n
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A 1 819 GLY 819 819 819 GLY GLY A . n
A 1 820 VAL 820 820 820 VAL VAL A . n
A 1 821 PHE 821 821 821 PHE PHE A . n
A 1 822 TYR 822 822 822 TYR TYR A . n
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A 1 824 LEU 824 824 824 LEU LEU A . n
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A 1 830 LEU 830 830 830 LEU LEU A . n
A 1 831 SER 831 831 831 SER SER A . n
A 1 832 LEU 832 832 832 LEU LEU A . n
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A 1 834 THR 834 834 834 THR THR A . n
A 1 835 PHE 835 835 835 PHE PHE A . n
A 1 836 ILE 836 836 836 ILE ILE A . n
A 1 837 TRP 837 837 837 TRP TRP A . n
A 1 838 GLU 838 838 ? ? ? A . n
A 1 839 HIS 839 839 ? ? ? A . n
A 1 840 LEU 840 840 ? ? ? A . n
A 1 841 PHE 841 841 ? ? ? A . n
A 1 842 TYR 842 842 ? ? ? A . n
A 1 843 LYS 843 843 ? ? ? A . n
A 1 844 SER 844 844 ? ? ? A . n
A 1 845 ARG 845 845 ? ? ? A . n
A 1 846 ALA 846 846 ? ? ? A . n
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A 1 848 ALA 848 848 ? ? ? A . n
A 1 849 LYS 849 849 ? ? ? A . n
A 1 850 ARG 850 850 ? ? ? A . n
A 1 851 MET 851 851 ? ? ? A . n
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A 1 853 GLY 853 853 ? ? ? A . n
B 2 1 MET 1 1 ? ? ? B . n
B 2 2 SER 2 2 ? ? ? B . n
B 2 3 THR 3 3 ? ? ? B . n
B 2 4 MET 4 4 ? ? ? B . n
B 2 5 ARG 5 5 ? ? ? B . n
B 2 6 LEU 6 6 ? ? ? B . n
B 2 7 LEU 7 7 ? ? ? B . n
B 2 8 THR 8 8 ? ? ? B . n
B 2 9 LEU 9 9 ? ? ? B . n
B 2 10 ALA 10 10 ? ? ? B . n
B 2 11 LEU 11 11 ? ? ? B . n
B 2 12 LEU 12 12 ? ? ? B . n
B 2 13 PHE 13 13 ? ? ? B . n
B 2 14 SER 14 14 ? ? ? B . n
B 2 15 CYS 15 15 ? ? ? B . n
B 2 16 SER 16 16 ? ? ? B . n
B 2 17 VAL 17 17 ? ? ? B . n
B 2 18 ALA 18 18 ? ? ? B . n
B 2 19 ARG 19 19 ? ? ? B . n
B 2 20 ALA 20 20 ? ? ? B . n
B 2 21 ALA 21 21 ? ? ? B . n
B 2 22 CYS 22 22 ? ? ? B . n
B 2 23 ASP 23 23 ? ? ? B . n
B 2 24 PRO 24 24 ? ? ? B . n
B 2 25 LYS 25 25 25 LYS LYS B . n
B 2 26 ILE 26 26 26 ILE ILE B . n
B 2 27 VAL 27 27 27 VAL VAL B . n
B 2 28 ASN 28 28 28 ASN ASN B . n
B 2 29 ILE 29 29 29 ILE ILE B . n
B 2 30 GLY 30 30 30 GLY GLY B . n
B 2 31 ALA 31 31 31 ALA ALA B . n
B 2 32 VAL 32 32 32 VAL VAL B . n
B 2 33 LEU 33 33 33 LEU LEU B . n
B 2 34 SER 34 34 34 SER SER B . n
B 2 35 THR 35 35 35 THR THR B . n
B 2 36 ARG 36 36 36 ARG ARG B . n
B 2 37 LYS 37 37 37 LYS LYS B . n
B 2 38 HIS 38 38 38 HIS HIS B . n
B 2 39 GLU 39 39 39 GLU GLU B . n
B 2 40 GLN 40 40 40 GLN GLN B . n
B 2 41 MET 41 41 41 MET MET B . n
B 2 42 PHE 42 42 42 PHE PHE B . n
B 2 43 ARG 43 43 43 ARG ARG B . n
B 2 44 GLU 44 44 44 GLU GLU B . n
B 2 45 ALA 45 45 45 ALA ALA B . n
B 2 46 VAL 46 46 46 VAL VAL B . n
B 2 47 ASN 47 47 47 ASN ASN B . n
B 2 48 GLN 48 48 48 GLN GLN B . n
B 2 49 ALA 49 49 49 ALA ALA B . n
B 2 50 ASN 50 50 50 ASN ASN B . n
B 2 51 LYS 51 51 51 LYS LYS B . n
B 2 52 ARG 52 52 52 ARG ARG B . n
B 2 53 HIS 53 53 53 HIS HIS B . n
B 2 54 GLY 54 54 ? ? ? B . n
B 2 55 SER 55 55 ? ? ? B . n
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B 2 57 LYS 57 57 57 LYS LYS B . n
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C 1 74 MET 74 74 74 MET MET C . n
C 1 75 ASN 75 75 75 ASN ASN C . n
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C 1 77 THR 77 77 77 THR THR C . n
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C 1 79 PRO 79 79 79 PRO PRO C . n
C 1 80 LYS 80 80 80 LYS LYS C . n
C 1 81 SER 81 81 81 SER SER C . n
C 1 82 LEU 82 82 82 LEU LEU C . n
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C 1 88 ASP 88 88 88 ASP ASP C . n
C 1 89 LEU 89 89 89 LEU LEU C . n
C 1 90 MET 90 90 90 MET MET C . n
C 1 91 SER 91 91 91 SER SER C . n
C 1 92 GLY 92 92 92 GLY GLY C . n
C 1 93 ALA 93 93 93 ALA ALA C . n
C 1 94 ARG 94 94 94 ARG ARG C . n
C 1 95 ILE 95 95 95 ILE ILE C . n
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D 2 715 ALA 715 715 715 ALA ALA D . n
D 2 716 GLU 716 716 716 GLU GLU D . n
D 2 717 ALA 717 717 717 ALA ALA D . n
D 2 718 ILE 718 718 718 ILE ILE D . n
D 2 719 GLN 719 719 719 GLN GLN D . n
D 2 720 ALA 720 720 720 ALA ALA D . n
D 2 721 VAL 721 721 721 VAL VAL D . n
D 2 722 ARG 722 722 722 ARG ARG D . n
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D 2 724 ASN 724 724 724 ASN ASN D . n
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D 2 733 SER 733 733 733 SER SER D . n
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D 2 735 VAL 735 735 735 VAL VAL D . n
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D 2 775 SER 775 775 775 SER SER D . n
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D 2 797 GLU 797 797 ? ? ? D . n
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D 2 810 PHE 810 810 810 PHE PHE D . n
D 2 811 GLU 811 811 811 GLU GLU D . n
D 2 812 ASN 812 812 812 ASN ASN D . n
D 2 813 MET 813 813 813 MET MET D . n
D 2 814 ALA 814 814 814 ALA ALA D . n
D 2 815 GLY 815 815 815 GLY GLY D . n
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D 2 818 MET 818 818 818 MET MET D . n
D 2 819 LEU 819 819 819 LEU LEU D . n
D 2 820 VAL 820 820 820 VAL VAL D . n
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D 2 822 GLY 822 822 822 GLY GLY D . n
D 2 823 GLY 823 823 823 GLY GLY D . n
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D 2 830 LEU 830 830 830 LEU LEU D . n
D 2 831 ILE 831 831 831 ILE ILE D . n
D 2 832 PHE 832 832 832 PHE PHE D . n
D 2 833 ILE 833 833 833 ILE ILE D . n
D 2 834 GLU 834 834 834 GLU GLU D . n
D 2 835 ILE 835 835 835 ILE ILE D . n
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D 2 837 TYR 837 837 837 TYR TYR D . n
D 2 838 LYS 838 838 838 LYS LYS D . n
D 2 839 ARG 839 839 839 ARG ARG D . n
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D 2 841 LYS 841 841 841 LYS LYS D . n
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D 2 843 ALA 843 843 843 ALA ALA D . n
D 2 844 ARG 844 844 844 ARG ARG D . n
D 2 845 ARG 845 845 ? ? ? D . n
D 2 846 LYS 846 846 ? ? ? D . n
D 2 847 GLN 847 847 ? ? ? D . n
#
loop_
_pdbx_entity_instance_feature.ordinal
_pdbx_entity_instance_feature.comp_id
_pdbx_entity_instance_feature.asym_id
_pdbx_entity_instance_feature.seq_num
_pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id
_pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id
_pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num
_pdbx_entity_instance_feature.feature_type
_pdbx_entity_instance_feature.details
1 6RM ? ? 6RM ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ?
2 NAG ? ? NAG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ?
#
loop_
_pdbx_nonpoly_scheme.asym_id
_pdbx_nonpoly_scheme.entity_id
_pdbx_nonpoly_scheme.mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id
_pdbx_nonpoly_scheme.pdb_ins_code
E 3 NAG 1 901 838 NAG NAG A .
F 4 6RM 1 902 1 6RM 6RM A .
G 3 NAG 1 901 845 NAG NAG B .
H 3 NAG 1 902 846 NAG NAG B .
I 3 NAG 1 903 847 NAG NAG B .
J 3 NAG 1 904 848 NAG NAG B .
K 3 NAG 1 905 849 NAG NAG B .
L 3 NAG 1 906 850 NAG NAG B .
M 3 NAG 1 901 838 NAG NAG C .
N 4 6RM 1 902 1 6RM 6RM C .
O 3 NAG 1 901 845 NAG NAG D .
P 3 NAG 1 902 846 NAG NAG D .
Q 3 NAG 1 903 847 NAG NAG D .
R 3 NAG 1 904 848 NAG NAG D .
S 3 NAG 1 905 849 NAG NAG D .
T 3 NAG 1 906 850 NAG NAG D .
#
loop_
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id
_pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id
1 1 Y 1 A ASN 614 ? CG ? A ASN 614 CG
2 1 Y 1 A ASN 614 ? OD1 ? A ASN 614 OD1
3 1 Y 1 A ASN 614 ? ND2 ? A ASN 614 ND2
4 1 Y 1 A GLN 655 ? CG ? A GLN 655 CG
5 1 Y 1 A GLN 655 ? CD ? A GLN 655 CD
6 1 Y 1 A GLN 655 ? OE1 ? A GLN 655 OE1
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11 1 Y 1 B ARG 659 ? CG ? B ARG 659 CG
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15 1 Y 1 B ARG 659 ? NH1 ? B ARG 659 NH1
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20 1 Y 1 B ARG 663 ? CD ? B ARG 663 CD
21 1 Y 1 B ARG 663 ? NE ? B ARG 663 NE
22 1 Y 1 B ARG 663 ? CZ ? B ARG 663 CZ
23 1 Y 1 B ARG 663 ? NH1 ? B ARG 663 NH1
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25 1 Y 1 C ASN 614 ? CG ? C ASN 614 CG
26 1 Y 1 C ASN 614 ? OD1 ? C ASN 614 OD1
27 1 Y 1 C ASN 614 ? ND2 ? C ASN 614 ND2
28 1 Y 1 C GLN 655 ? CG ? C GLN 655 CG
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33 1 Y 1 D ASP 658 ? OD1 ? D ASP 658 OD1
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36 1 Y 1 D ARG 659 ? CD ? D ARG 659 CD
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48 1 Y 1 D ARG 663 ? NH2 ? D ARG 663 NH2
#
_software.citation_id ?
_software.classification refinement
_software.compiler_name ?
_software.compiler_version ?
_software.contact_author ?
_software.contact_author_email ?
_software.date ?
_software.description ?
_software.dependencies ?
_software.hardware ?
_software.language ?
_software.location ?
_software.mods ?
_software.name PHENIX
_software.os ?
_software.os_version ?
_software.type ?
_software.version 1.19_4092:
_software.pdbx_ordinal 1
#
_cell.angle_alpha 90.00
_cell.angle_alpha_esd ?
_cell.angle_beta 90.00
_cell.angle_beta_esd ?
_cell.angle_gamma 90.00
_cell.angle_gamma_esd ?
_cell.entry_id 7EOR
_cell.details ?
_cell.formula_units_Z ?
_cell.length_a 1.00
_cell.length_a_esd ?
_cell.length_b 1.00
_cell.length_b_esd ?
_cell.length_c 1.00
_cell.length_c_esd ?
_cell.volume ?
_cell.volume_esd ?
_cell.Z_PDB ?
_cell.reciprocal_angle_alpha ?
_cell.reciprocal_angle_beta ?
_cell.reciprocal_angle_gamma ?
_cell.reciprocal_angle_alpha_esd ?
_cell.reciprocal_angle_beta_esd ?
_cell.reciprocal_angle_gamma_esd ?
_cell.reciprocal_length_a ?
_cell.reciprocal_length_b ?
_cell.reciprocal_length_c ?
_cell.reciprocal_length_a_esd ?
_cell.reciprocal_length_b_esd ?
_cell.reciprocal_length_c_esd ?
_cell.pdbx_unique_axis ?
#
_symmetry.entry_id 7EOR
_symmetry.cell_setting ?
_symmetry.Int_Tables_number 1
_symmetry.space_group_name_Hall ?
_symmetry.space_group_name_H-M 'P 1'
_symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ?
#
_exptl.absorpt_coefficient_mu ?
_exptl.absorpt_correction_T_max ?
_exptl.absorpt_correction_T_min ?
_exptl.absorpt_correction_type ?
_exptl.absorpt_process_details ?
_exptl.entry_id 7EOR
_exptl.crystals_number ?
_exptl.details ?
_exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY'
_exptl.method_details ?
#
_refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY'
_refine.entry_id 7EOR
_refine.pdbx_diffrn_id ?
_refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ?
_refine.ls_number_reflns_obs ?
_refine.ls_number_reflns_all ?
_refine.pdbx_ls_sigma_I ?
_refine.pdbx_ls_sigma_F ?
_refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ?
_refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ?
_refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ?
_refine.ls_d_res_low ?
_refine.ls_d_res_high .
_refine.ls_percent_reflns_obs ?
_refine.ls_R_factor_obs ?
_refine.ls_R_factor_all ?
_refine.ls_R_factor_R_work ?
_refine.ls_R_factor_R_free ?
_refine.ls_R_factor_R_free_error ?
_refine.ls_R_factor_R_free_error_details ?
_refine.ls_percent_reflns_R_free ?
_refine.ls_number_reflns_R_free ?
_refine.ls_number_parameters ?
_refine.ls_number_restraints ?
_refine.occupancy_min ?
_refine.occupancy_max ?
_refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ?
_refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ?
_refine.B_iso_mean ?
_refine.aniso_B[1][1] ?
_refine.aniso_B[2][2] ?
_refine.aniso_B[3][3] ?
_refine.aniso_B[1][2] ?
_refine.aniso_B[1][3] ?
_refine.aniso_B[2][3] ?
_refine.solvent_model_details ?
_refine.solvent_model_param_ksol ?
_refine.solvent_model_param_bsol ?
_refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ?
_refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ?
_refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ?
_refine.pdbx_ls_cross_valid_method ?
_refine.details ?
_refine.pdbx_starting_model ?
_refine.pdbx_method_to_determine_struct ?
_refine.pdbx_isotropic_thermal_model ?
_refine.pdbx_stereochemistry_target_values ?
_refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ?
_refine.pdbx_R_Free_selection_details ?
_refine.pdbx_overall_ESU_R ?
_refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ?
_refine.overall_SU_ML ?
_refine.pdbx_overall_phase_error ?
_refine.overall_SU_B ?
_refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ?
_refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ?
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#
loop_
_refine_ls_restr.pdbx_refine_id
_refine_ls_restr.criterion
_refine_ls_restr.dev_ideal
_refine_ls_restr.dev_ideal_target
_refine_ls_restr.number
_refine_ls_restr.rejects
_refine_ls_restr.type
_refine_ls_restr.weight
_refine_ls_restr.pdbx_restraint_function
'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.001 ? 24702 ? f_bond_d ? ?
'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.386 ? 33484 ? f_angle_d ? ?
'ELECTRON MICROSCOPY' ? 8.965 ? 8934 ? f_dihedral_angle_d ? ?
'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 3822 ? f_chiral_restr ? ?
'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 4202 ? f_plane_restr ? ?
#
_struct.entry_id 7EOR
_struct.title
'Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901 bound state'
_struct.pdbx_model_details ?
_struct.pdbx_formula_weight ?
_struct.pdbx_formula_weight_method ?
_struct.pdbx_model_type_details ?
_struct.pdbx_CASP_flag N
#
_struct_keywords.entry_id 7EOR
_struct_keywords.text 'NMDA receptor, MEMBRANE PROTEIN'
_struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN'
#
loop_
_struct_asym.id
_struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag
_struct_asym.pdbx_modified
_struct_asym.entity_id
_struct_asym.details
A N N 1 ?
B N N 2 ?
C N N 1 ?
D N N 2 ?
E N N 3 ?
F N N 4 ?
G N N 3 ?
H N N 3 ?
I N N 3 ?
J N N 3 ?
K N N 3 ?
L N N 3 ?
M N N 3 ?
N N N 4 ?
O N N 3 ?
P N N 3 ?
Q N N 3 ?
R N N 3 ?
S N N 3 ?
T N N 3 ?
#
loop_
_struct_ref.id
_struct_ref.db_name
_struct_ref.db_code
_struct_ref.pdbx_db_accession
_struct_ref.pdbx_db_isoform
_struct_ref.entity_id
_struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
_struct_ref.pdbx_align_begin
1 UNP NMDE1_HUMAN Q12879 ? 1
;MGRVGYWTLLVLPALLVWRGPAPSAAAEKGPPALNIAVMLGHSHDVTERELRTLWGPEQAAGLPLDVNVVALLMNRTDPK
SLITHVCDLMSGARIHGLVFGDDTDQEAVAQMLDFISSHTFVPILGIHGGASMIMADKDPTSTFFQFGASIQQQATVMLK
IMQDYDWHVFSLVTTIFPGYREFISFVKTTVDNSFVGWDMQNVITLDTSFEDAKTQVQLKKIHSSVILLYCSKDEAVLIL
SEARSLGLTGYDFFWIVPSLVSGNTELIPKEFPSGLISVSYDDWDYSLEARVRDGIGILTTAASSMLEKFSYIPEAKASC
YGQMERPEVPMHTLHPFMVNVTWDGKDLSFTEEGYQVHPRLVVIVLNKDREWEKVGKWENHTLSLRHAVWPRYKSFSDCE
PDDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPLTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLV
TNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRSNGTVSPSAFLEPFSASVWVM
MFVMLLIVSAIAVFVFEYFSPVGYNRNLAKGKAPHGPSFTIGKAIWLLWGLVFNNSVPVQNPKGTTSKIMVSVWAFFAVI
FLASYTANLAAFMIQEEFVDQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTKFNQKGVEDALVSL
KTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGIC
HNEKNEVMSSQLDIDNMAGVFYMLAAAMALSLITFIWEHLFY
;
1
2 UNP NMDZ1_HUMAN Q05586 ? 2
;MSTMRLLTLALLFSCSVARAACDPKIVNIGAVLSTRKHEQMFREAVNQANKRHGSWKIQLNATSVTHKPNAIQMALSVCE
DLISSQVYAILVSHPPTPNDHFTPTPVSYTAGFYRIPVLGLTTRMSIYSDKSIHLSFLRTVPPYSHQSSVWFEMMRVYSW
NHIILLVSDDHEGRAAQKRLETLLEERESKAEKVLQFDPGTKNVTALLMEAKELEARVIILSASEDDAATVYRAAAMLNM
TGSGYVWLVGEREISGNALRYAPDGILGLQLINGKNESAHISDAVGVVAQAVHELLEKENITDPPRGCVGNTNIWKTGPL
FKRVLMSSKYADGVTGRVEFNEDGDRKFANYSIMNLQNRKLVQVGIYNGTHVIPNDRKIIWPGGETEKPRGYQMSTRLKI
VTIHQEPFVYVKPTLSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVA
DGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKEIPRSTLDSFMQPFQS
TLWLLVGLSVHVVAVMLYLLDRFSPFGRFKVNSEEEEEDALTLSSAMWFSWGVLLNSGIGEGAPRSFSARILGMVWAGFA
MIIVASYTANLAAFLVLDRPEERITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQA
VRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS
RSNAPATLTFENMAGVFMLVAGGIVAGIFLIFIEIAYKRHKDARRKQ
;
1
#
loop_
_struct_ref_seq.align_id
_struct_ref_seq.ref_id
_struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code
_struct_ref_seq.pdbx_strand_id
_struct_ref_seq.seq_align_beg
_struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code
_struct_ref_seq.seq_align_end
_struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code
_struct_ref_seq.pdbx_db_accession
_struct_ref_seq.db_align_beg
_struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code
_struct_ref_seq.db_align_end
_struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code
_struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg
_struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end
1 1 7EOR A 1 ? 842 ? Q12879 1 ? 842 ? 1 842
2 2 7EOR B 1 ? 847 ? Q05586 1 ? 847 ? 1 847
3 1 7EOR C 1 ? 842 ? Q12879 1 ? 842 ? 1 842
4 2 7EOR D 1 ? 847 ? Q05586 1 ? 847 ? 1 847
#
loop_
_struct_ref_seq_dif.align_id
_struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code
_struct_ref_seq_dif.mon_id
_struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id
_struct_ref_seq_dif.seq_num
_struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code
_struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name
_struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
_struct_ref_seq_dif.db_mon_id
_struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num
_struct_ref_seq_dif.details
_struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num
_struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal
1 7EOR CYS A 794 ? UNP Q12879 LEU 794 'engineered mutation' 794 1
1 7EOR LYS A 843 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 843 2
1 7EOR SER A 844 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 844 3
1 7EOR ARG A 845 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 845 4
1 7EOR ALA A 846 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 846 5
1 7EOR GLU A 847 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 847 6
1 7EOR ALA A 848 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 848 7
1 7EOR LYS A 849 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 849 8
1 7EOR ARG A 850 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 850 9
1 7EOR MET A 851 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 851 10
1 7EOR LYS A 852 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 852 11
1 7EOR GLY A 853 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 853 12
2 7EOR CYS B 698 ? UNP Q05586 GLU 698 'engineered mutation' 698 13
3 7EOR CYS C 794 ? UNP Q12879 LEU 794 'engineered mutation' 794 14
3 7EOR LYS C 843 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 843 15
3 7EOR SER C 844 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 844 16
3 7EOR ARG C 845 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 845 17
3 7EOR ALA C 846 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 846 18
3 7EOR GLU C 847 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 847 19
3 7EOR ALA C 848 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 848 20
3 7EOR LYS C 849 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 849 21
3 7EOR ARG C 850 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 850 22
3 7EOR MET C 851 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 851 23
3 7EOR LYS C 852 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 852 24
3 7EOR GLY C 853 ? UNP Q12879 ? ? 'expression tag' 853 25
4 7EOR CYS D 698 ? UNP Q05586 GLU 698 'engineered mutation' 698 26
#
_pdbx_struct_assembly.id 1
_pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly
_pdbx_struct_assembly.method_details ?
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_details tetrameric
_pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 4
#
loop_
_pdbx_struct_assembly_prop.biol_id
_pdbx_struct_assembly_prop.type
_pdbx_struct_assembly_prop.value
_pdbx_struct_assembly_prop.details
1 'ABSA (A^2)' 24140 ?
1 MORE -128 ?
1 'SSA (A^2)' 156030 ?
#
_pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1
_pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1
_pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
#
_pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1
_pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1
_pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy
_pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ?
#
_pdbx_struct_oper_list.id 1
_pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation'
_pdbx_struct_oper_list.name 1_555
_pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ?
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000
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_pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000
_pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000
_pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000
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_pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000
_pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000
#
loop_
_struct_conf.conf_type_id
_struct_conf.id
_struct_conf.pdbx_PDB_helix_id
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_struct_conf.pdbx_PDB_helix_class
_struct_conf.details
_struct_conf.pdbx_PDB_helix_length
HELX_P HELX_P1 AA1 ASP A 45 ? ALA A 60 ? ASP A 45 ALA A 60 1 ? 16
HELX_P HELX_P2 AA2 ASP A 78 ? GLY A 92 ? ASP A 78 GLY A 92 1 ? 15
HELX_P HELX_P3 AA3 ALA A 110 ? MET A 112 ? ALA A 110 MET A 112 5 ? 3
HELX_P HELX_P4 AA4 LEU A 113 ? PHE A 121 ? LEU A 113 PHE A 121 1 ? 9
HELX_P HELX_P5 AA5 HIS A 128 ? SER A 132 ? HIS A 128 SER A 132 5 ? 5
HELX_P HELX_P6 AA6 GLN A 152 ? TYR A 165 ? GLN A 152 TYR A 165 1 ? 14
HELX_P HELX_P7 AA7 TYR A 180 ? ASN A 193 ? TYR A 180 ASN A 193 1 ? 14
HELX_P HELX_P8 AA8 LYS A 214 ? LYS A 220 ? LYS A 214 LYS A 220 1 ? 7
HELX_P HELX_P9 AA9 SER A 232 ? GLY A 247 ? SER A 232 GLY A 247 1 ? 16
HELX_P HELX_P10 AB1 PRO A 258 ? GLY A 263 ? PRO A 258 GLY A 263 1 ? 6
HELX_P HELX_P11 AB2 SER A 287 ? PHE A 310 ? SER A 287 PHE A 310 1 ? 24
HELX_P HELX_P12 AB3 GLU A 379 ? LEU A 383 ? GLU A 379 LEU A 383 5 ? 5
HELX_P HELX_P13 AB4 PHE A 459 ? LYS A 472 ? PHE A 459 LYS A 472 1 ? 14
HELX_P HELX_P14 AB5 ASN A 494 ? TYR A 502 ? ASN A 494 TYR A 502 1 ? 9
HELX_P HELX_P15 AB6 ASN A 515 ? GLU A 520 ? ASN A 515 GLU A 520 1 ? 6
HELX_P HELX_P16 AB7 VAL A 557 ? SER A 569 ? VAL A 557 SER A 569 1 ? 13
HELX_P HELX_P17 AB8 ALA A 572 ? SER A 580 ? ALA A 572 SER A 580 1 ? 9
HELX_P HELX_P18 AB9 ILE A 601 ? VAL A 612 ? ILE A 601 VAL A 612 1 ? 12
HELX_P HELX_P19 AC1 THR A 625 ? SER A 627 ? THR A 625 SER A 627 5 ? 3
HELX_P HELX_P20 AC2 LYS A 628 ? MET A 653 ? LYS A 628 MET A 653 1 ? 26
HELX_P HELX_P21 AC3 ASP A 667 ? ARG A 672 ? ASP A 667 ARG A 672 1 ? 6
HELX_P HELX_P22 AC4 SER A 689 ? TYR A 698 ? SER A 689 TYR A 698 1 ? 10
HELX_P HELX_P23 AC5 MET A 701 ? THR A 706 ? MET A 701 THR A 706 1 ? 6
HELX_P HELX_P24 AC6 LYS A 707 ? ASN A 709 ? LYS A 707 ASN A 709 5 ? 3
HELX_P HELX_P25 AC7 GLY A 712 ? THR A 722 ? GLY A 712 THR A 722 1 ? 11
HELX_P HELX_P26 AC8 ALA A 732 ? ARG A 741 ? ALA A 732 ARG A 741 1 ? 10
HELX_P HELX_P27 AC9 ASP A 742 ? LYS A 746 ? ASP A 742 LYS A 746 5 ? 5
HELX_P HELX_P28 AD1 TRP A 771 ? ASP A 785 ? TRP A 771 ASP A 785 1 ? 15
HELX_P HELX_P29 AD2 GLY A 786 ? LEU A 796 ? GLY A 786 LEU A 796 1 ? 11
HELX_P HELX_P30 AD3 ASN A 816 ? TRP A 837 ? ASN A 816 TRP A 837 1 ? 22
HELX_P HELX_P31 AD4 THR B 35 ? HIS B 53 ? THR B 35 HIS B 53 1 ? 19
HELX_P HELX_P32 AD5 ILE B 72 ? SER B 84 ? ILE B 72 SER B 84 1 ? 13
HELX_P HELX_P33 AD6 PRO B 104 ? GLY B 112 ? PRO B 104 GLY B 112 1 ? 9
HELX_P HELX_P34 AD7 MET B 125 ? SER B 129 ? MET B 125 SER B 129 5 ? 5
HELX_P HELX_P35 AD8 TYR B 144 ? SER B 159 ? TYR B 144 SER B 159 1 ? 16
HELX_P HELX_P36 AD9 ASP B 170 ? GLU B 185 ? ASP B 170 GLU B 185 1 ? 16
HELX_P HELX_P37 AE1 GLU B 186 ? GLU B 188 ? GLU B 186 GLU B 188 5 ? 3
HELX_P HELX_P38 AE2 VAL B 204 ? GLU B 213 ? VAL B 204 GLU B 213 1 ? 10
HELX_P HELX_P39 AE3 SER B 224 ? LEU B 238 ? SER B 224 LEU B 238 1 ? 15
HELX_P HELX_P40 AE4 GLU B 251 ? SER B 255 ? GLU B 251 SER B 255 5 ? 5
HELX_P HELX_P41 AE5 GLY B 256 ? TYR B 261 ? GLY B 256 TYR B 261 1 ? 6
HELX_P HELX_P42 AE6 ASN B 276 ? LEU B 296 ? ASN B 276 LEU B 296 1 ? 21
HELX_P HELX_P43 AE7 THR B 317 ? SER B 328 ? THR B 317 SER B 328 1 ? 12
HELX_P HELX_P44 AE8 PHE B 458 ? MET B 470 ? PHE B 458 MET B 470 1 ? 13
HELX_P HELX_P45 AE9 ASN B 499 ? SER B 507 ? ASN B 499 SER B 507 1 ? 9
HELX_P HELX_P46 AF1 ASN B 520 ? GLN B 525 ? ASN B 520 GLN B 525 1 ? 6
HELX_P HELX_P47 AF2 GLN B 559 ? THR B 561 ? GLN B 559 THR B 561 5 ? 3
HELX_P HELX_P48 AF3 LEU B 562 ? PHE B 583 ? LEU B 562 PHE B 583 1 ? 22
HELX_P HELX_P49 AF4 SER B 604 ? LEU B 615 ? SER B 604 LEU B 615 1 ? 12
HELX_P HELX_P50 AF5 PHE B 627 ? ASP B 658 ? PHE B 627 ASP B 658 1 ? 32
HELX_P HELX_P51 AF6 ASP B 669 ? ASN B 674 ? ASP B 669 ASN B 674 1 ? 6
HELX_P HELX_P52 AF7 SER B 687 ? GLN B 696 ? SER B 687 GLN B 696 1 ? 10
HELX_P HELX_P53 AF8 LEU B 699 ? THR B 701 ? LEU B 699 THR B 701 5 ? 3
HELX_P HELX_P54 AF9 MET B 702 ? ASN B 710 ? MET B 702 ASN B 710 1 ? 9
HELX_P HELX_P55 AG1 SER B 713 ? ASP B 723 ? SER B 713 ASP B 723 1 ? 11
HELX_P HELX_P56 AG2 SER B 733 ? LYS B 743 ? SER B 733 LYS B 743 1 ? 11
HELX_P HELX_P57 AG3 TRP B 768 ? ASN B 782 ? TRP B 768 ASN B 782 1 ? 15
HELX_P HELX_P58 AG4 GLY B 783 ? VAL B 793 ? GLY B 783 VAL B 793 1 ? 11
HELX_P HELX_P59 AG5 PHE B 810 ? ARG B 844 ? PHE B 810 ARG B 844 1 ? 35
HELX_P HELX_P60 AG6 ASP C 45 ? ALA C 60 ? ASP C 45 ALA C 60 1 ? 16
HELX_P HELX_P61 AG7 ASP C 78 ? GLY C 92 ? ASP C 78 GLY C 92 1 ? 15
HELX_P HELX_P62 AG8 ALA C 110 ? MET C 112 ? ALA C 110 MET C 112 5 ? 3
HELX_P HELX_P63 AG9 LEU C 113 ? PHE C 121 ? LEU C 113 PHE C 121 1 ? 9
HELX_P HELX_P64 AH1 HIS C 128 ? SER C 132 ? HIS C 128 SER C 132 5 ? 5
HELX_P HELX_P65 AH2 GLN C 152 ? TYR C 165 ? GLN C 152 TYR C 165 1 ? 14
HELX_P HELX_P66 AH3 TYR C 180 ? ASN C 193 ? TYR C 180 ASN C 193 1 ? 14
HELX_P HELX_P67 AH4 LYS C 214 ? LYS C 220 ? LYS C 214 LYS C 220 1 ? 7
HELX_P HELX_P68 AH5 SER C 232 ? GLY C 247 ? SER C 232 GLY C 247 1 ? 16
HELX_P HELX_P69 AH6 PRO C 258 ? GLY C 263 ? PRO C 258 GLY C 263 1 ? 6
HELX_P HELX_P70 AH7 SER C 287 ? PHE C 310 ? SER C 287 PHE C 310 1 ? 24
HELX_P HELX_P71 AH8 LEU C 334 ? MET C 338 ? LEU C 334 MET C 338 5 ? 5
HELX_P HELX_P72 AH9 GLU C 379 ? LEU C 383 ? GLU C 379 LEU C 383 5 ? 5
HELX_P HELX_P73 AI1 PHE C 459 ? LYS C 472 ? PHE C 459 LYS C 472 1 ? 14
HELX_P HELX_P74 AI2 ASN C 494 ? TYR C 502 ? ASN C 494 TYR C 502 1 ? 9
HELX_P HELX_P75 AI3 ASN C 515 ? GLU C 520 ? ASN C 515 GLU C 520 1 ? 6
HELX_P HELX_P76 AI4 VAL C 557 ? SER C 569 ? VAL C 557 SER C 569 1 ? 13
HELX_P HELX_P77 AI5 ALA C 572 ? SER C 580 ? ALA C 572 SER C 580 1 ? 9
HELX_P HELX_P78 AI6 THR C 600 ? VAL C 612 ? THR C 600 VAL C 612 1 ? 13
HELX_P HELX_P79 AI7 LYS C 628 ? MET C 653 ? LYS C 628 MET C 653 1 ? 26
HELX_P HELX_P80 AI8 ASP C 667 ? ARG C 672 ? ASP C 667 ARG C 672 1 ? 6
HELX_P HELX_P81 AI9 SER C 689 ? TYR C 698 ? SER C 689 TYR C 698 1 ? 10
HELX_P HELX_P82 AJ1 MET C 701 ? THR C 706 ? MET C 701 THR C 706 1 ? 6
HELX_P HELX_P83 AJ2 LYS C 707 ? ASN C 709 ? LYS C 707 ASN C 709 5 ? 3
HELX_P HELX_P84 AJ3 GLY C 712 ? THR C 722 ? GLY C 712 THR C 722 1 ? 11
HELX_P HELX_P85 AJ4 ALA C 732 ? ARG C 741 ? ALA C 732 ARG C 741 1 ? 10
HELX_P HELX_P86 AJ5 ASP C 742 ? LYS C 746 ? ASP C 742 LYS C 746 5 ? 5
HELX_P HELX_P87 AJ6 TRP C 771 ? ASP C 785 ? TRP C 771 ASP C 785 1 ? 15
HELX_P HELX_P88 AJ7 GLY C 786 ? LEU C 796 ? GLY C 786 LEU C 796 1 ? 11
HELX_P HELX_P89 AJ8 ASN C 816 ? TRP C 837 ? ASN C 816 TRP C 837 1 ? 22
HELX_P HELX_P90 AJ9 THR D 35 ? HIS D 53 ? THR D 35 HIS D 53 1 ? 19
HELX_P HELX_P91 AK1 ALA D 71 ? SER D 84 ? ALA D 71 SER D 84 1 ? 14
HELX_P HELX_P92 AK2 PRO D 104 ? GLY D 112 ? PRO D 104 GLY D 112 1 ? 9
HELX_P HELX_P93 AK3 MET D 125 ? SER D 129 ? MET D 125 SER D 129 5 ? 5
HELX_P HELX_P94 AK4 TYR D 144 ? SER D 159 ? TYR D 144 SER D 159 1 ? 16
HELX_P HELX_P95 AK5 ASP D 170 ? GLU D 185 ? ASP D 170 GLU D 185 1 ? 16
HELX_P HELX_P96 AK6 GLU D 186 ? GLU D 188 ? GLU D 186 GLU D 188 5 ? 3
HELX_P HELX_P97 AK7 VAL D 204 ? GLU D 213 ? VAL D 204 GLU D 213 1 ? 10
HELX_P HELX_P98 AK8 SER D 224 ? LEU D 238 ? SER D 224 LEU D 238 1 ? 15
HELX_P HELX_P99 AK9 GLY D 250 ? SER D 255 ? GLY D 250 SER D 255 5 ? 6
HELX_P HELX_P100 AL1 GLY D 256 ? TYR D 261 ? GLY D 256 TYR D 261 1 ? 6
HELX_P HELX_P101 AL2 ASN D 276 ? LEU D 296 ? ASN D 276 LEU D 296 1 ? 21
HELX_P HELX_P102 AL3 THR D 317 ? SER D 328 ? THR D 317 SER D 328 1 ? 12
HELX_P HELX_P103 AL4 PHE D 458 ? MET D 470 ? PHE D 458 MET D 470 1 ? 13
HELX_P HELX_P104 AL5 ASN D 499 ? SER D 507 ? ASN D 499 SER D 507 1 ? 9
HELX_P HELX_P105 AL6 ASN D 520 ? GLN D 525 ? ASN D 520 GLN D 525 1 ? 6
HELX_P HELX_P106 AL7 GLN D 559 ? THR D 561 ? GLN D 559 THR D 561 5 ? 3
HELX_P HELX_P107 AL8 LEU D 562 ? PHE D 583 ? LEU D 562 PHE D 583 1 ? 22
HELX_P HELX_P108 AL9 SER D 604 ? LEU D 615 ? SER D 604 LEU D 615 1 ? 12
HELX_P HELX_P109 AM1 PHE D 627 ? ASP D 658 ? PHE D 627 ASP D 658 1 ? 32
HELX_P HELX_P110 AM2 ASP D 669 ? ASN D 674 ? ASP D 669 ASN D 674 1 ? 6
HELX_P HELX_P111 AM3 SER D 687 ? GLN D 696 ? SER D 687 GLN D 696 1 ? 10
HELX_P HELX_P112 AM4 LEU D 699 ? THR D 701 ? LEU D 699 THR D 701 5 ? 3
HELX_P HELX_P113 AM5 MET D 702 ? ASN D 710 ? MET D 702 ASN D 710 1 ? 9
HELX_P HELX_P114 AM6 SER D 713 ? ASP D 723 ? SER D 713 ASP D 723 1 ? 11
HELX_P HELX_P115 AM7 SER D 733 ? LYS D 743 ? SER D 733 LYS D 743 1 ? 11
HELX_P HELX_P116 AM8 TRP D 768 ? ASN D 782 ? TRP D 768 ASN D 782 1 ? 15
HELX_P HELX_P117 AM9 GLY D 783 ? VAL D 793 ? GLY D 783 VAL D 793 1 ? 11
HELX_P HELX_P118 AN1 PHE D 810 ? ARG D 844 ? PHE D 810 ARG D 844 1 ? 35
#
_struct_conf_type.id HELX_P
_struct_conf_type.criteria ?
_struct_conf_type.reference ?
#
loop_
_struct_conn.id
_struct_conn.conn_type_id
_struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
_struct_conn.pdbx_PDB_id
_struct_conn.ptnr1_label_asym_id
_struct_conn.ptnr1_label_comp_id
_struct_conn.ptnr1_label_seq_id
_struct_conn.ptnr1_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code
_struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id
_struct_conn.ptnr1_symmetry
_struct_conn.ptnr2_label_asym_id
_struct_conn.ptnr2_label_comp_id
_struct_conn.ptnr2_label_seq_id
_struct_conn.ptnr2_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code
_struct_conn.ptnr1_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr1_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr1_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_auth_asym_id
_struct_conn.ptnr2_auth_comp_id
_struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
_struct_conn.ptnr2_symmetry
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id
_struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code
_struct_conn.details
_struct_conn.pdbx_dist_value
_struct_conn.pdbx_value_order
_struct_conn.pdbx_role
disulf1 disulf ? ? A CYS 87 SG ? ? ? 1_555 A CYS 320 SG ? ? A CYS 87 A CYS 320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ?
disulf2 disulf ? ? A CYS 436 SG ? ? ? 1_555 A CYS 456 SG ? ? A CYS 436 A CYS 456 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ?
disulf3 disulf ? ? A CYS 794 SG ? ? ? 1_555 D CYS 698 SG ? ? A CYS 794 D CYS 698 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ?
disulf4 disulf ? ? B CYS 420 SG ? ? ? 1_555 B CYS 454 SG ? ? B CYS 420 B CYS 454 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ?
disulf5 disulf ? ? B CYS 436 SG ? ? ? 1_555 B CYS 455 SG ? ? B CYS 436 B CYS 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ?
disulf6 disulf ? ? B CYS 698 SG ? ? ? 1_555 C CYS 794 SG ? ? B CYS 698 C CYS 794 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ?
disulf7 disulf ? ? C CYS 87 SG ? ? ? 1_555 C CYS 320 SG ? ? C CYS 87 C CYS 320 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ?
disulf8 disulf ? ? C CYS 436 SG ? ? ? 1_555 C CYS 456 SG ? ? C CYS 436 C CYS 456 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ?
disulf9 disulf ? ? D CYS 420 SG ? ? ? 1_555 D CYS 454 SG ? ? D CYS 420 D CYS 454 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ?
disulf10 disulf ? ? D CYS 436 SG ? ? ? 1_555 D CYS 455 SG ? ? D CYS 436 D CYS 455 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ?
covale1 covale one ? A ASN 687 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? A ASN 687 A NAG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation
covale2 covale one ? B ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? B ASN 61 B NAG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation
covale3 covale one ? B ASN 203 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 203 B NAG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation
covale4 covale one ? B ASN 239 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 239 B NAG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation
covale5 covale one ? B ASN 276 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 276 B NAG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation
covale6 covale one ? B ASN 471 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? B ASN 471 B NAG 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation
covale7 covale one ? B ASN 771 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 771 B NAG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation
covale8 covale one ? C ASN 687 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? C ASN 687 C NAG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation
covale9 covale one ? D ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? D ASN 61 D NAG 901 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation
covale10 covale one ? D ASN 203 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? D ASN 203 D NAG 904 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation
covale11 covale one ? D ASN 239 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? D ASN 239 D NAG 903 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation
covale12 covale one ? D ASN 276 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? D ASN 276 D NAG 902 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation
covale13 covale one ? D ASN 471 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? D ASN 471 D NAG 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation
covale14 covale one ? D ASN 771 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? D ASN 771 D NAG 905 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation
#
loop_
_struct_conn_type.id
_struct_conn_type.criteria
_struct_conn_type.reference
disulf ? ?
covale ? ?
#
loop_
_pdbx_modification_feature.ordinal
_pdbx_modification_feature.label_comp_id
_pdbx_modification_feature.label_asym_id
_pdbx_modification_feature.label_seq_id
_pdbx_modification_feature.label_alt_id
_pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id
_pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id
_pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id
_pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id
_pdbx_modification_feature.auth_comp_id
_pdbx_modification_feature.auth_asym_id
_pdbx_modification_feature.auth_seq_id
_pdbx_modification_feature.PDB_ins_code
_pdbx_modification_feature.symmetry
_pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id
_pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id
_pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id
_pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code
_pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry
_pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom
_pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom
_pdbx_modification_feature.modified_residue_id
_pdbx_modification_feature.ref_pcm_id
_pdbx_modification_feature.ref_comp_id
_pdbx_modification_feature.type
_pdbx_modification_feature.category
1 NAG E . ? ASN A 687 ? NAG A 901 ? 1_555 ASN A 687 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate
2 NAG G . ? ASN B 61 ? NAG B 901 ? 1_555 ASN B 61 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate
3 NAG H . ? ASN B 276 ? NAG B 902 ? 1_555 ASN B 276 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate
4 NAG I . ? ASN B 239 ? NAG B 903 ? 1_555 ASN B 239 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate
5 NAG J . ? ASN B 203 ? NAG B 904 ? 1_555 ASN B 203 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate
6 NAG K . ? ASN B 771 ? NAG B 905 ? 1_555 ASN B 771 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate
7 NAG L . ? ASN B 471 ? NAG B 906 ? 1_555 ASN B 471 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate
8 NAG M . ? ASN C 687 ? NAG C 901 ? 1_555 ASN C 687 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate
9 NAG O . ? ASN D 61 ? NAG D 901 ? 1_555 ASN D 61 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate
10 NAG P . ? ASN D 276 ? NAG D 902 ? 1_555 ASN D 276 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate
11 NAG Q . ? ASN D 239 ? NAG D 903 ? 1_555 ASN D 239 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate
12 NAG R . ? ASN D 203 ? NAG D 904 ? 1_555 ASN D 203 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate
13 NAG S . ? ASN D 771 ? NAG D 905 ? 1_555 ASN D 771 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate
14 NAG T . ? ASN D 471 ? NAG D 906 ? 1_555 ASN D 471 ? 1_555 C1 ND2 ASN 1 NAG N-Glycosylation Carbohydrate
15 CYS A 87 ? CYS A 320 ? CYS A 87 ? 1_555 CYS A 320 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge'
16 CYS A 436 ? CYS A 456 ? CYS A 436 ? 1_555 CYS A 456 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge'
17 CYS A 794 ? CYS D 698 ? CYS A 794 ? 1_555 CYS D 698 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge'
18 CYS B 420 ? CYS B 454 ? CYS B 420 ? 1_555 CYS B 454 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge'
19 CYS B 436 ? CYS B 455 ? CYS B 436 ? 1_555 CYS B 455 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge'
20 CYS B 698 ? CYS C 794 ? CYS B 698 ? 1_555 CYS C 794 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge'
21 CYS C 87 ? CYS C 320 ? CYS C 87 ? 1_555 CYS C 320 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge'
22 CYS C 436 ? CYS C 456 ? CYS C 436 ? 1_555 CYS C 456 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge'
23 CYS D 420 ? CYS D 454 ? CYS D 420 ? 1_555 CYS D 454 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge'
24 CYS D 436 ? CYS D 455 ? CYS D 436 ? 1_555 CYS D 455 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge'
#
loop_
_struct_sheet.id
_struct_sheet.type
_struct_sheet.number_strands
_struct_sheet.details
AA1 ? 3 ?
AA2 ? 2 ?
AA3 ? 2 ?
AA4 ? 5 ?
AA5 ? 5 ?
AA6 ? 2 ?
AA7 ? 2 ?
AA8 ? 3 ?
AA9 ? 5 ?
AB1 ? 4 ?
AB2 ? 4 ?
AB3 ? 5 ?
AB4 ? 2 ?
AB5 ? 2 ?
AB6 ? 4 ?
AB7 ? 3 ?
AB8 ? 2 ?
AB9 ? 2 ?
AC1 ? 5 ?
AC2 ? 5 ?
AC3 ? 2 ?
AC4 ? 2 ?
AC5 ? 3 ?
AC6 ? 5 ?
AC7 ? 4 ?
AC8 ? 4 ?
AC9 ? 2 ?
AD1 ? 3 ?
AD2 ? 2 ?
AD3 ? 2 ?
AD4 ? 4 ?
#
loop_
_struct_sheet_order.sheet_id
_struct_sheet_order.range_id_1
_struct_sheet_order.range_id_2
_struct_sheet_order.offset
_struct_sheet_order.sense
AA1 1 2 ? parallel
AA1 2 3 ? parallel
AA2 1 2 ? parallel
AA3 1 2 ? parallel
AA4 1 2 ? parallel
AA4 2 3 ? parallel
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AA5 1 2 ? parallel
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AA6 1 2 ? anti-parallel
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AA9 2 3 ? parallel
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AB1 1 2 ? parallel
AB1 2 3 ? parallel
AB1 3 4 ? parallel
AB2 1 2 ? anti-parallel
AB2 2 3 ? anti-parallel
AB2 3 4 ? anti-parallel
AB3 1 2 ? parallel
AB3 2 3 ? parallel
AB3 3 4 ? anti-parallel
AB3 4 5 ? anti-parallel
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AB5 1 2 ? anti-parallel
AB6 1 2 ? parallel
AB6 2 3 ? anti-parallel
AB6 3 4 ? anti-parallel
AB7 1 2 ? parallel
AB7 2 3 ? parallel
AB8 1 2 ? parallel
AB9 1 2 ? parallel
AC1 1 2 ? parallel
AC1 2 3 ? parallel
AC1 3 4 ? anti-parallel
AC1 4 5 ? anti-parallel
AC2 1 2 ? parallel
AC2 2 3 ? parallel
AC2 3 4 ? anti-parallel
AC2 4 5 ? anti-parallel
AC3 1 2 ? anti-parallel
AC4 1 2 ? anti-parallel
AC5 1 2 ? anti-parallel
AC5 2 3 ? parallel
AC6 1 2 ? parallel
AC6 2 3 ? parallel
AC6 3 4 ? parallel
AC6 4 5 ? parallel
AC7 1 2 ? parallel
AC7 2 3 ? parallel
AC7 3 4 ? parallel
AC8 1 2 ? anti-parallel
AC8 2 3 ? anti-parallel
AC8 3 4 ? anti-parallel
AC9 1 2 ? parallel
AD1 1 2 ? anti-parallel
AD1 2 3 ? anti-parallel
AD2 1 2 ? anti-parallel
AD3 1 2 ? anti-parallel
AD4 1 2 ? parallel
AD4 2 3 ? anti-parallel
AD4 3 4 ? anti-parallel
#
loop_
_struct_sheet_range.sheet_id
_struct_sheet_range.id
_struct_sheet_range.beg_label_comp_id
_struct_sheet_range.beg_label_asym_id
_struct_sheet_range.beg_label_seq_id
_struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code
_struct_sheet_range.end_label_comp_id
_struct_sheet_range.end_label_asym_id
_struct_sheet_range.end_label_seq_id
_struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code
_struct_sheet_range.beg_auth_comp_id
_struct_sheet_range.beg_auth_asym_id
_struct_sheet_range.beg_auth_seq_id
_struct_sheet_range.end_auth_comp_id
_struct_sheet_range.end_auth_asym_id
_struct_sheet_range.end_auth_seq_id
AA1 1 ALA A 37 ? LEU A 40 ? ALA A 37 LEU A 40
AA1 2 LEU A 98 ? GLY A 101 ? LEU A 98 GLY A 101
AA1 3 ILE A 124 ? GLY A 126 ? ILE A 124 GLY A 126
AA2 1 VAL A 169 ? PHE A 170 ? VAL A 169 PHE A 170
AA2 2 ASP A 199 ? MET A 200 ? ASP A 199 MET A 200
AA3 1 VAL A 173 ? THR A 174 ? VAL A 173 THR A 174
AA3 2 ILE A 204 ? THR A 205 ? ILE A 204 THR A 205
AA4 1 VAL A 226 ? LEU A 228 ? VAL A 226 LEU A 228
AA4 2 PHE A 254 ? VAL A 257 ? PHE A 254 VAL A 257
AA4 3 ILE A 277 ? SER A 280 ? ILE A 277 SER A 280
AA4 4 VAL A 362 ? LEU A 366 ? VAL A 362 LEU A 366
AA4 5 TRP A 372 ? LYS A 374 ? TRP A 372 LYS A 374
AA5 1 TYR A 475 ? LEU A 479 ? TYR A 475 LEU A 479
AA5 2 LEU A 406 ? THR A 410 ? LEU A 406 THR A 410
AA5 3 MET A 507 ? ALA A 508 ? MET A 507 ALA A 508
AA5 4 ALA A 764 ? LEU A 765 ? ALA A 764 LEU A 765
AA5 5 ASP A 523 ? PHE A 524 ? ASP A 523 PHE A 524
AA6 1 VAL A 417 ? VAL A 419 ? VAL A 417 VAL A 419
AA6 2 CYS A 456 ? GLY A 458 ? CYS A 456 GLY A 458
AA7 1 CYS A 436 ? VAL A 440 ? CYS A 436 VAL A 440
AA7 2 MET A 450 ? LYS A 454 ? MET A 450 LYS A 454
AA8 1 ILE A 533 ? MET A 536 ? ILE A 533 MET A 536
AA8 2 ALA A 727 ? ASP A 731 ? ALA A 727 ASP A 731
AA8 3 PHE A 682 ? GLY A 683 ? PHE A 682 GLY A 683
AA9 1 LEU B 60 ? VAL B 65 ? LEU B 60 VAL B 65
AA9 2 VAL B 27 ? VAL B 32 ? VAL B 27 VAL B 32
AA9 3 VAL B 87 ? VAL B 92 ? VAL B 87 VAL B 92
AA9 4 VAL B 118 ? GLY B 120 ? VAL B 118 GLY B 120
AA9 5 PHE B 137 ? ARG B 139 ? PHE B 137 ARG B 139
AB1 1 VAL B 194 ? PHE B 197 ? VAL B 194 PHE B 197
AB1 2 ILE B 164 ? SER B 168 ? ILE B 164 SER B 168
AB1 3 VAL B 218 ? SER B 222 ? VAL B 218 SER B 222
AB1 4 VAL B 246 ? VAL B 249 ? VAL B 246 VAL B 249
AB2 1 LEU B 267 ? GLN B 270 ? LEU B 267 GLN B 270
AB2 2 TYR B 351 ? LEU B 356 ? TYR B 351 LEU B 356
AB2 3 LEU B 361 ? TYR B 367 ? LEU B 361 TYR B 367
AB2 4 VAL B 372 ? PRO B 374 ? VAL B 372 PRO B 374
AB3 1 ARG B 397 ? THR B 402 ? ARG B 397 THR B 402
AB3 2 THR B 473 ? LEU B 478 ? THR B 473 LEU B 478
AB3 3 VAL B 434 ? PRO B 439 ? VAL B 434 PRO B 439
AB3 4 THR B 450 ? GLY B 457 ? THR B 450 GLY B 457
AB3 5 VAL B 409 ? LYS B 412 ? VAL B 409 LYS B 412
AB4 1 GLN B 487 ? GLU B 488 ? GLN B 487 GLU B 488
AB4 2 GLU B 497 ? TRP B 498 ? GLU B 497 TRP B 498
AB5 1 ILE B 513 ? THR B 518 ? ILE B 513 THR B 518
AB5 2 PHE B 758 ? GLY B 761 ? PHE B 758 GLY B 761
AB6 1 TYR B 681 ? ALA B 682 ? TYR B 681 ALA B 682
AB6 2 ALA B 728 ? ASP B 732 ? ALA B 728 ASP B 732
AB6 3 LEU B 538 ? LYS B 543 ? LEU B 538 LYS B 543
AB6 4 LEU B 746 ? PHE B 753 ? LEU B 746 PHE B 753
AB7 1 ALA C 37 ? LEU C 40 ? ALA C 37 LEU C 40
AB7 2 LEU C 98 ? GLY C 101 ? LEU C 98 GLY C 101
AB7 3 ILE C 124 ? GLY C 126 ? ILE C 124 GLY C 126
AB8 1 VAL C 169 ? PHE C 170 ? VAL C 169 PHE C 170
AB8 2 ASP C 199 ? MET C 200 ? ASP C 199 MET C 200
AB9 1 VAL C 173 ? THR C 174 ? VAL C 173 THR C 174
AB9 2 ILE C 204 ? THR C 205 ? ILE C 204 THR C 205
AC1 1 VAL C 226 ? LEU C 228 ? VAL C 226 LEU C 228
AC1 2 PHE C 254 ? VAL C 257 ? PHE C 254 VAL C 257
AC1 3 ILE C 277 ? SER C 280 ? ILE C 277 SER C 280
AC1 4 VAL C 362 ? LEU C 366 ? VAL C 362 LEU C 366
AC1 5 TRP C 372 ? LYS C 374 ? TRP C 372 LYS C 374
AC2 1 TYR C 475 ? LEU C 479 ? TYR C 475 LEU C 479
AC2 2 LEU C 406 ? THR C 410 ? LEU C 406 THR C 410
AC2 3 MET C 507 ? ALA C 508 ? MET C 507 ALA C 508
AC2 4 ALA C 764 ? LEU C 765 ? ALA C 764 LEU C 765
AC2 5 ASP C 523 ? PHE C 524 ? ASP C 523 PHE C 524
AC3 1 VAL C 417 ? VAL C 419 ? VAL C 417 VAL C 419
AC3 2 CYS C 456 ? GLY C 458 ? CYS C 456 GLY C 458
AC4 1 CYS C 436 ? VAL C 440 ? CYS C 436 VAL C 440
AC4 2 MET C 450 ? LYS C 454 ? MET C 450 LYS C 454
AC5 1 ILE C 533 ? MET C 536 ? ILE C 533 MET C 536
AC5 2 ALA C 727 ? ASP C 731 ? ALA C 727 ASP C 731
AC5 3 PHE C 682 ? GLY C 683 ? PHE C 682 GLY C 683
AC6 1 LEU D 60 ? VAL D 65 ? LEU D 60 VAL D 65
AC6 2 VAL D 27 ? VAL D 32 ? VAL D 27 VAL D 32
AC6 3 VAL D 87 ? VAL D 92 ? VAL D 87 VAL D 92
AC6 4 VAL D 118 ? GLY D 120 ? VAL D 118 GLY D 120
AC6 5 PHE D 137 ? ARG D 139 ? PHE D 137 ARG D 139
AC7 1 VAL D 194 ? PHE D 197 ? VAL D 194 PHE D 197
AC7 2 ILE D 164 ? SER D 168 ? ILE D 164 SER D 168
AC7 3 VAL D 218 ? SER D 222 ? VAL D 218 SER D 222
AC7 4 VAL D 246 ? LEU D 248 ? VAL D 246 LEU D 248
AC8 1 LEU D 267 ? GLN D 270 ? LEU D 267 GLN D 270
AC8 2 TYR D 351 ? LEU D 356 ? TYR D 351 LEU D 356
AC8 3 LEU D 361 ? TYR D 367 ? LEU D 361 TYR D 367
AC8 4 VAL D 372 ? PRO D 374 ? VAL D 372 PRO D 374
AC9 1 ARG D 397 ? THR D 402 ? ARG D 397 THR D 402
AC9 2 THR D 473 ? LEU D 478 ? THR D 473 LEU D 478
AD1 1 VAL D 409 ? LYS D 412 ? VAL D 409 LYS D 412
AD1 2 THR D 450 ? GLY D 457 ? THR D 450 GLY D 457
AD1 3 VAL D 434 ? PRO D 439 ? VAL D 434 PRO D 439
AD2 1 GLN D 487 ? GLU D 488 ? GLN D 487 GLU D 488
AD2 2 GLU D 497 ? TRP D 498 ? GLU D 497 TRP D 498
AD3 1 ILE D 513 ? THR D 518 ? ILE D 513 THR D 518
AD3 2 PHE D 758 ? GLY D 761 ? PHE D 758 GLY D 761
AD4 1 TYR D 681 ? ALA D 682 ? TYR D 681 ALA D 682
AD4 2 ALA D 728 ? ASP D 732 ? ALA D 728 ASP D 732
AD4 3 LEU D 538 ? LYS D 543 ? LEU D 538 LYS D 543
AD4 4 LEU D 746 ? PHE D 753 ? LEU D 746 PHE D 753
#
loop_
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_pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1
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_pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code
_pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id
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AA1 1 2 N MET A 39 ? N MET A 39 O VAL A 99 ? O VAL A 99
AA1 2 3 N LEU A 98 ? N LEU A 98 O LEU A 125 ? O LEU A 125
AA2 1 2 N PHE A 170 ? N PHE A 170 O ASP A 199 ? O ASP A 199
AA3 1 2 N THR A 174 ? N THR A 174 O ILE A 204 ? O ILE A 204
AA4 1 2 N ILE A 227 ? N ILE A 227 O PHE A 254 ? O PHE A 254
AA4 2 3 N VAL A 257 ? N VAL A 257 O ILE A 277 ? O ILE A 277
AA4 3 4 N SER A 278 ? N SER A 278 O ILE A 364 ? O ILE A 364
AA4 4 5 N VAL A 365 ? N VAL A 365 O GLU A 373 ? O GLU A 373
AA5 1 2 O TYR A 478 ? O TYR A 478 N ILE A 408 ? N ILE A 408
AA5 2 3 N SER A 407 ? N SER A 407 O MET A 507 ? O MET A 507
AA5 3 4 N ALA A 508 ? N ALA A 508 O ALA A 764 ? O ALA A 764
AA5 4 5 O LEU A 765 ? O LEU A 765 N ASP A 523 ? N ASP A 523
AA6 1 2 N ILE A 418 ? N ILE A 418 O LYS A 457 ? O LYS A 457
AA7 1 2 N VAL A 440 ? N VAL A 440 O MET A 450 ? O MET A 450
AA8 1 2 N SER A 534 ? N SER A 534 O TYR A 730 ? O TYR A 730
AA8 2 3 O ILE A 729 ? O ILE A 729 N GLY A 683 ? N GLY A 683
AA9 1 2 O ASN B 61 ? O ASN B 61 N ILE B 29 ? N ILE B 29
AA9 2 3 N GLY B 30 ? N GLY B 30 O ALA B 89 ? O ALA B 89
AA9 3 4 N ILE B 90 ? N ILE B 90 O LEU B 119 ? O LEU B 119
AA9 4 5 N VAL B 118 ? N VAL B 118 O LEU B 138 ? O LEU B 138
AB1 1 2 O LEU B 195 ? O LEU B 195 N LEU B 165 ? N LEU B 165
AB1 2 3 N LEU B 166 ? N LEU B 166 O ILE B 220 ? O ILE B 220
AB1 3 4 N ILE B 219 ? N ILE B 219 O LEU B 248 ? O LEU B 248
AB2 1 2 N GLY B 268 ? N GLY B 268 O MET B 354 ? O MET B 354
AB2 2 3 N ASN B 355 ? N ASN B 355 O VAL B 362 ? O VAL B 362
AB2 3 4 N ILE B 366 ? N ILE B 366 O ILE B 373 ? O ILE B 373
AB3 1 2 N ILE B 400 ? N ILE B 400 O HIS B 477 ? O HIS B 477
AB3 2 3 O VAL B 476 ? O VAL B 476 N THR B 437 ? N THR B 437
AB3 3 4 N CYS B 436 ? N CYS B 436 O GLN B 453 ? O GLN B 453
AB3 4 5 O TYR B 456 ? O TYR B 456 N TYR B 410 ? N TYR B 410
AB4 1 2 N GLU B 488 ? N GLU B 488 O GLU B 497 ? O GLU B 497
AB5 1 2 N ILE B 513 ? N ILE B 513 O GLY B 761 ? O GLY B 761
AB6 1 2 N ALA B 682 ? N ALA B 682 O ILE B 730 ? O ILE B 730
AB6 2 3 O PHE B 729 ? O PHE B 729 N LEU B 541 ? N LEU B 541
AB6 3 4 N VAL B 542 ? N VAL B 542 O VAL B 747 ? O VAL B 747
AB7 1 2 N MET C 39 ? N MET C 39 O VAL C 99 ? O VAL C 99
AB7 2 3 N LEU C 98 ? N LEU C 98 O LEU C 125 ? O LEU C 125
AB8 1 2 N PHE C 170 ? N PHE C 170 O ASP C 199 ? O ASP C 199
AB9 1 2 N THR C 174 ? N THR C 174 O ILE C 204 ? O ILE C 204
AC1 1 2 N ILE C 227 ? N ILE C 227 O PHE C 254 ? O PHE C 254
AC1 2 3 N VAL C 257 ? N VAL C 257 O ILE C 277 ? O ILE C 277
AC1 3 4 N SER C 278 ? N SER C 278 O ILE C 364 ? O ILE C 364
AC1 4 5 N VAL C 365 ? N VAL C 365 O GLU C 373 ? O GLU C 373
AC2 1 2 O TYR C 478 ? O TYR C 478 N ILE C 408 ? N ILE C 408
AC2 2 3 N SER C 407 ? N SER C 407 O MET C 507 ? O MET C 507
AC2 3 4 N ALA C 508 ? N ALA C 508 O ALA C 764 ? O ALA C 764
AC2 4 5 O LEU C 765 ? O LEU C 765 N ASP C 523 ? N ASP C 523
AC3 1 2 N ILE C 418 ? N ILE C 418 O LYS C 457 ? O LYS C 457
AC4 1 2 N VAL C 440 ? N VAL C 440 O MET C 450 ? O MET C 450
AC5 1 2 N SER C 534 ? N SER C 534 O TYR C 730 ? O TYR C 730
AC5 2 3 O ILE C 729 ? O ILE C 729 N GLY C 683 ? N GLY C 683
AC6 1 2 O ASN D 61 ? O ASN D 61 N VAL D 27 ? N VAL D 27
AC6 2 3 N GLY D 30 ? N GLY D 30 O ALA D 89 ? O ALA D 89
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AC6 4 5 N VAL D 118 ? N VAL D 118 O LEU D 138 ? O LEU D 138
AC7 1 2 O LEU D 195 ? O LEU D 195 N LEU D 165 ? N LEU D 165
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AC8 1 2 N GLY D 268 ? N GLY D 268 O MET D 354 ? O MET D 354
AC8 2 3 N ASN D 355 ? N ASN D 355 O VAL D 362 ? O VAL D 362
AC8 3 4 N ILE D 366 ? N ILE D 366 O ILE D 373 ? O ILE D 373
AC9 1 2 N ILE D 400 ? N ILE D 400 O HIS D 477 ? O HIS D 477
AD1 1 2 N TYR D 410 ? N TYR D 410 O TYR D 456 ? O TYR D 456
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#
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_pdbx_entry_details.compound_details ?
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_pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y
_pdbx_entry_details.has_protein_modification Y
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loop_
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_pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1
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_pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2
_pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
_pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2
_pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2
_pdbx_validate_close_contact.dist
1 1 CG1 D VAL 334 ? ? O6 D NAG 902 ? ? 1.37
2 1 CG1 B VAL 334 ? ? O6 B NAG 902 ? ? 1.37
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_pdbx_validate_torsion.PDB_model_num
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_pdbx_validate_torsion.label_alt_id
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1 1 ALA A 60 ? ? -161.56 -169.51
2 1 ILE A 127 ? ? -120.58 -61.14
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5 1 VAL A 375 ? ? -125.27 -53.52
6 1 ALA A 388 ? ? 60.53 60.58
7 1 GLU A 400 ? ? 37.12 69.17
8 1 LEU A 425 ? ? -143.29 23.13
9 1 ARG A 431 ? ? -125.30 -63.59
10 1 TYR A 502 ? ? -90.71 30.31
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12 1 THR A 600 ? ? -76.27 -166.70
13 1 PHE A 613 ? ? 59.54 -119.74
14 1 SER A 666 ? ? -99.06 34.99
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27 1 GLU C 400 ? ? 37.18 69.09
28 1 ARG C 431 ? ? -125.00 -63.56
29 1 TYR C 502 ? ? -90.79 30.48
30 1 VAL C 506 ? ? -122.11 -59.19
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36 1 THR C 759 ? ? 36.56 58.64
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#
_em_3d_fitting.entry_id 7EOR
_em_3d_fitting.id 1
_em_3d_fitting.details ?
_em_3d_fitting.overall_b_value ?
_em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT'
_em_3d_fitting.ref_space REAL
_em_3d_fitting.target_criteria ?
_em_3d_fitting.method ?
#
_em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1
_em_3d_fitting_list.id 1
_em_3d_fitting_list.details ?
_em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ?
_em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ?
_em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 6IRA
_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id 1
_em_3d_fitting_list.chain_id ?
_em_3d_fitting_list.chain_residue_range ?
_em_3d_fitting_list.source_name PDB
_em_3d_fitting_list.type 'experimental model'
_em_3d_fitting_list.accession_code 6IRA
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_em_3d_reconstruction.entry_id 7EOR
_em_3d_reconstruction.id 1
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_em_3d_reconstruction.details ?
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_em_3d_reconstruction.image_processing_id 1
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_em_3d_reconstruction.num_particles 69419
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_em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF'
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_em_3d_reconstruction.method ?
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_em_buffer.id 1
_em_buffer.details ?
_em_buffer.pH 8.0
_em_buffer.specimen_id 1
_em_buffer.name ?
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_em_entity_assembly.details ?
_em_entity_assembly.name
'Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901 bound state'
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_em_entity_assembly.type COMPLEX
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_em_imaging.alignment_procedure ?
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_em_imaging.illumination_mode 'SPOT SCAN'
_em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS'
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315 1 Y 1 D CYS 22 ? D CYS 22
316 1 Y 1 D ASP 23 ? D ASP 23
317 1 Y 1 D PRO 24 ? D PRO 24
318 1 Y 1 D GLY 54 ? D GLY 54
319 1 Y 1 D SER 55 ? D SER 55
320 1 Y 1 D ARG 548 ? D ARG 548
321 1 Y 1 D SER 549 ? D SER 549
322 1 Y 1 D THR 550 ? D THR 550
323 1 Y 1 D LEU 551 ? D LEU 551
324 1 Y 1 D ASP 552 ? D ASP 552
325 1 Y 1 D SER 553 ? D SER 553
326 1 Y 1 D PHE 554 ? D PHE 554
327 1 Y 1 D MET 555 ? D MET 555
328 1 Y 1 D PRO 585 ? D PRO 585
329 1 Y 1 D PHE 586 ? D PHE 586
330 1 Y 1 D GLY 587 ? D GLY 587
331 1 Y 1 D ARG 588 ? D ARG 588
332 1 Y 1 D PHE 589 ? D PHE 589
333 1 Y 1 D LYS 590 ? D LYS 590
334 1 Y 1 D VAL 591 ? D VAL 591
335 1 Y 1 D ASN 592 ? D ASN 592
336 1 Y 1 D SER 593 ? D SER 593
337 1 Y 1 D GLU 594 ? D GLU 594
338 1 Y 1 D GLU 595 ? D GLU 595
339 1 Y 1 D GLU 596 ? D GLU 596
340 1 Y 1 D GLU 597 ? D GLU 597
341 1 Y 1 D GLU 598 ? D GLU 598
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343 1 Y 1 D ALA 600 ? D ALA 600
344 1 Y 1 D ASN 616 ? D ASN 616
345 1 Y 1 D SER 617 ? D SER 617
346 1 Y 1 D GLY 618 ? D GLY 618
347 1 Y 1 D ILE 619 ? D ILE 619
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349 1 Y 1 D GLU 621 ? D GLU 621
350 1 Y 1 D GLY 622 ? D GLY 622
351 1 Y 1 D ALA 623 ? D ALA 623
352 1 Y 1 D PRO 624 ? D PRO 624
353 1 Y 1 D ARG 625 ? D ARG 625
354 1 Y 1 D GLU 661 ? D GLU 661
355 1 Y 1 D GLU 662 ? D GLU 662
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359 1 Y 1 D SER 800 ? D SER 800
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365 1 Y 1 D ALA 806 ? D ALA 806
366 1 Y 1 D THR 807 ? D THR 807
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368 1 Y 1 D ARG 845 ? D ARG 845
369 1 Y 1 D LYS 846 ? D LYS 846
370 1 Y 1 D GLN 847 ? D GLN 847
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
6RM C4 C N N 1
6RM C14 C N R 2
6RM C5 C N N 3
6RM C6 C N N 4
6RM C11 C Y N 5
6RM C7 C N N 6
6RM C8 C Y N 7
6RM C9 C Y N 8
6RM C10 C Y N 9
6RM C12 C Y N 10
6RM C13 C Y N 11
6RM N1 N N N 12
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6RM C C N N 19
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6RM H18 H N N 42
ALA N N N N 43
ALA CA C N S 44
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ALA O O N N 46
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ALA OXT O N N 48
ALA H H N N 49
ALA H2 H N N 50
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ALA HB2 H N N 53
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ALA HXT H N N 55
ARG N N N N 56
ARG CA C N S 57
ARG C C N N 58
ARG O O N N 59
ARG CB C N N 60
ARG CG C N N 61
ARG CD C N N 62
ARG NE N N N 63
ARG CZ C N N 64
ARG NH1 N N N 65
ARG NH2 N N N 66
ARG OXT O N N 67
ARG H H N N 68
ARG H2 H N N 69
ARG HA H N N 70
ARG HB2 H N N 71
ARG HB3 H N N 72
ARG HG2 H N N 73
ARG HG3 H N N 74
ARG HD2 H N N 75
ARG HD3 H N N 76
ARG HE H N N 77
ARG HH11 H N N 78
ARG HH12 H N N 79
ARG HH21 H N N 80
ARG HH22 H N N 81
ARG HXT H N N 82
ASN N N N N 83
ASN CA C N S 84
ASN C C N N 85
ASN O O N N 86
ASN CB C N N 87
ASN CG C N N 88
ASN OD1 O N N 89
ASN ND2 N N N 90
ASN OXT O N N 91
ASN H H N N 92
ASN H2 H N N 93
ASN HA H N N 94
ASN HB2 H N N 95
ASN HB3 H N N 96
ASN HD21 H N N 97
ASN HD22 H N N 98
ASN HXT H N N 99
ASP N N N N 100
ASP CA C N S 101
ASP C C N N 102
ASP O O N N 103
ASP CB C N N 104
ASP CG C N N 105
ASP OD1 O N N 106
ASP OD2 O N N 107
ASP OXT O N N 108
ASP H H N N 109
ASP H2 H N N 110
ASP HA H N N 111
ASP HB2 H N N 112
ASP HB3 H N N 113
ASP HD2 H N N 114
ASP HXT H N N 115
CYS N N N N 116
CYS CA C N R 117
CYS C C N N 118
CYS O O N N 119
CYS CB C N N 120
CYS SG S N N 121
CYS OXT O N N 122
CYS H H N N 123
CYS H2 H N N 124
CYS HA H N N 125
CYS HB2 H N N 126
CYS HB3 H N N 127
CYS HG H N N 128
CYS HXT H N N 129
GLN N N N N 130
GLN CA C N S 131
GLN C C N N 132
GLN O O N N 133
GLN CB C N N 134
GLN CG C N N 135
GLN CD C N N 136
GLN OE1 O N N 137
GLN NE2 N N N 138
GLN OXT O N N 139
GLN H H N N 140
GLN H2 H N N 141
GLN HA H N N 142
GLN HB2 H N N 143
GLN HB3 H N N 144
GLN HG2 H N N 145
GLN HG3 H N N 146
GLN HE21 H N N 147
GLN HE22 H N N 148
GLN HXT H N N 149
GLU N N N N 150
GLU CA C N S 151
GLU C C N N 152
GLU O O N N 153
GLU CB C N N 154
GLU CG C N N 155
GLU CD C N N 156
GLU OE1 O N N 157
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GLU OXT O N N 159
GLU H H N N 160
GLU H2 H N N 161
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GLU HB2 H N N 163
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GLU HG2 H N N 165
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GLU HE2 H N N 167
GLU HXT H N N 168
GLY N N N N 169
GLY CA C N N 170
GLY C C N N 171
GLY O O N N 172
GLY OXT O N N 173
GLY H H N N 174
GLY H2 H N N 175
GLY HA2 H N N 176
GLY HA3 H N N 177
GLY HXT H N N 178
HIS N N N N 179
HIS CA C N S 180
HIS C C N N 181
HIS O O N N 182
HIS CB C N N 183
HIS CG C Y N 184
HIS ND1 N Y N 185
HIS CD2 C Y N 186
HIS CE1 C Y N 187
HIS NE2 N Y N 188
HIS OXT O N N 189
HIS H H N N 190
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HIS HB3 H N N 194
HIS HD1 H N N 195
HIS HD2 H N N 196
HIS HE1 H N N 197
HIS HE2 H N N 198
HIS HXT H N N 199
ILE N N N N 200
ILE CA C N S 201
ILE C C N N 202
ILE O O N N 203
ILE CB C N S 204
ILE CG1 C N N 205
ILE CG2 C N N 206
ILE CD1 C N N 207
ILE OXT O N N 208
ILE H H N N 209
ILE H2 H N N 210
ILE HA H N N 211
ILE HB H N N 212
ILE HG12 H N N 213
ILE HG13 H N N 214
ILE HG21 H N N 215
ILE HG22 H N N 216
ILE HG23 H N N 217
ILE HD11 H N N 218
ILE HD12 H N N 219
ILE HD13 H N N 220
ILE HXT H N N 221
LEU N N N N 222
LEU CA C N S 223
LEU C C N N 224
LEU O O N N 225
LEU CB C N N 226
LEU CG C N N 227
LEU CD1 C N N 228
LEU CD2 C N N 229
LEU OXT O N N 230
LEU H H N N 231
LEU H2 H N N 232
LEU HA H N N 233
LEU HB2 H N N 234
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LEU HD11 H N N 237
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LEU HD13 H N N 239
LEU HD21 H N N 240
LEU HD22 H N N 241
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LEU HXT H N N 243
LYS N N N N 244
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LYS NZ N N N 252
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LYS H2 H N N 255
LYS HA H N N 256
LYS HB2 H N N 257
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LYS HG2 H N N 259
LYS HG3 H N N 260
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LYS HD3 H N N 262
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LYS HE3 H N N 264
LYS HZ1 H N N 265
LYS HZ2 H N N 266
LYS HZ3 H N N 267
LYS HXT H N N 268
MET N N N N 269
MET CA C N S 270
MET C C N N 271
MET O O N N 272
MET CB C N N 273
MET CG C N N 274
MET SD S N N 275
MET CE C N N 276
MET OXT O N N 277
MET H H N N 278
MET H2 H N N 279
MET HA H N N 280
MET HB2 H N N 281
MET HB3 H N N 282
MET HG2 H N N 283
MET HG3 H N N 284
MET HE1 H N N 285
MET HE2 H N N 286
MET HE3 H N N 287
MET HXT H N N 288
NAG C1 C N R 289
NAG C2 C N R 290
NAG C3 C N R 291
NAG C4 C N S 292
NAG C5 C N R 293
NAG C6 C N N 294
NAG C7 C N N 295
NAG C8 C N N 296
NAG N2 N N N 297
NAG O1 O N N 298
NAG O3 O N N 299
NAG O4 O N N 300
NAG O5 O N N 301
NAG O6 O N N 302
NAG O7 O N N 303
NAG H1 H N N 304
NAG H2 H N N 305
NAG H3 H N N 306
NAG H4 H N N 307
NAG H5 H N N 308
NAG H61 H N N 309
NAG H62 H N N 310
NAG H81 H N N 311
NAG H82 H N N 312
NAG H83 H N N 313
NAG HN2 H N N 314
NAG HO1 H N N 315
NAG HO3 H N N 316
NAG HO4 H N N 317
NAG HO6 H N N 318
PHE N N N N 319
PHE CA C N S 320
PHE C C N N 321
PHE O O N N 322
PHE CB C N N 323
PHE CG C Y N 324
PHE CD1 C Y N 325
PHE CD2 C Y N 326
PHE CE1 C Y N 327
PHE CE2 C Y N 328
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PHE OXT O N N 330
PHE H H N N 331
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PHE HD2 H N N 337
PHE HE1 H N N 338
PHE HE2 H N N 339
PHE HZ H N N 340
PHE HXT H N N 341
PRO N N N N 342
PRO CA C N S 343
PRO C C N N 344
PRO O O N N 345
PRO CB C N N 346
PRO CG C N N 347
PRO CD C N N 348
PRO OXT O N N 349
PRO H H N N 350
PRO HA H N N 351
PRO HB2 H N N 352
PRO HB3 H N N 353
PRO HG2 H N N 354
PRO HG3 H N N 355
PRO HD2 H N N 356
PRO HD3 H N N 357
PRO HXT H N N 358
SER N N N N 359
SER CA C N S 360
SER C C N N 361
SER O O N N 362
SER CB C N N 363
SER OG O N N 364
SER OXT O N N 365
SER H H N N 366
SER H2 H N N 367
SER HA H N N 368
SER HB2 H N N 369
SER HB3 H N N 370
SER HG H N N 371
SER HXT H N N 372
THR N N N N 373
THR CA C N S 374
THR C C N N 375
THR O O N N 376
THR CB C N R 377
THR OG1 O N N 378
THR CG2 C N N 379
THR OXT O N N 380
THR H H N N 381
THR H2 H N N 382
THR HA H N N 383
THR HB H N N 384
THR HG1 H N N 385
THR HG21 H N N 386
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THR HXT H N N 389
TRP N N N N 390
TRP CA C N S 391
TRP C C N N 392
TRP O O N N 393
TRP CB C N N 394
TRP CG C Y N 395
TRP CD1 C Y N 396
TRP CD2 C Y N 397
TRP NE1 N Y N 398
TRP CE2 C Y N 399
TRP CE3 C Y N 400
TRP CZ2 C Y N 401
TRP CZ3 C Y N 402
TRP CH2 C Y N 403
TRP OXT O N N 404
TRP H H N N 405
TRP H2 H N N 406
TRP HA H N N 407
TRP HB2 H N N 408
TRP HB3 H N N 409
TRP HD1 H N N 410
TRP HE1 H N N 411
TRP HE3 H N N 412
TRP HZ2 H N N 413
TRP HZ3 H N N 414
TRP HH2 H N N 415
TRP HXT H N N 416
TYR N N N N 417
TYR CA C N S 418
TYR C C N N 419
TYR O O N N 420
TYR CB C N N 421
TYR CG C Y N 422
TYR CD1 C Y N 423
TYR CD2 C Y N 424
TYR CE1 C Y N 425
TYR CE2 C Y N 426
TYR CZ C Y N 427
TYR OH O N N 428
TYR OXT O N N 429
TYR H H N N 430
TYR H2 H N N 431
TYR HA H N N 432
TYR HB2 H N N 433
TYR HB3 H N N 434
TYR HD1 H N N 435
TYR HD2 H N N 436
TYR HE1 H N N 437
TYR HE2 H N N 438
TYR HH H N N 439
TYR HXT H N N 440
VAL N N N N 441
VAL CA C N S 442
VAL C C N N 443
VAL O O N N 444
VAL CB C N N 445
VAL CG1 C N N 446
VAL CG2 C N N 447
VAL OXT O N N 448
VAL H H N N 449
VAL H2 H N N 450
VAL HA H N N 451
VAL HB H N N 452
VAL HG11 H N N 453
VAL HG12 H N N 454
VAL HG13 H N N 455
VAL HG21 H N N 456
VAL HG22 H N N 457
VAL HG23 H N N 458
VAL HXT H N N 459
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
6RM C14 C15 sing N N 1
6RM C14 C2 sing N N 2
6RM C14 C16 sing N N 3
6RM O C3 doub N N 4
6RM C15 C16 sing N N 5
6RM C17 C16 sing N N 6
6RM C17 O2 sing N N 7
6RM C2 N sing N N 8
6RM C2 C1 doub N N 9
6RM C3 N sing N N 10
6RM C3 C4 sing N N 11
6RM C C1 sing N N 12
6RM N C6 sing N N 13
6RM C1 S sing N N 14
6RM C4 C5 doub N N 15
6RM C6 S sing N N 16
6RM C6 N1 doub N N 17
6RM C5 N1 sing N N 18
6RM C5 C7 sing N N 19
6RM C7 O1 sing N N 20
6RM O1 C8 sing N N 21
6RM C8 C9 doub Y N 22
6RM C8 C13 sing Y N 23
6RM C9 C10 sing Y N 24
6RM C13 C12 doub Y N 25
6RM C10 C11 doub Y N 26
6RM C12 C11 sing Y N 27
6RM C11 F sing N N 28
6RM C4 H1 sing N N 29
6RM C14 H3 sing N N 30
6RM C7 H4 sing N N 31
6RM C7 H5 sing N N 32
6RM C9 H6 sing N N 33
6RM C10 H7 sing N N 34
6RM C12 H8 sing N N 35
6RM C13 H9 sing N N 36
6RM C H10 sing N N 37
6RM C H11 sing N N 38
6RM C H12 sing N N 39
6RM C16 H13 sing N N 40
6RM C15 H14 sing N N 41
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6RM C17 H16 sing N N 43
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6RM O2 H18 sing N N 45
ALA N CA sing N N 46
ALA N H sing N N 47
ALA N H2 sing N N 48
ALA CA C sing N N 49
ALA CA CB sing N N 50
ALA CA HA sing N N 51
ALA C O doub N N 52
ALA C OXT sing N N 53
ALA CB HB1 sing N N 54
ALA CB HB2 sing N N 55
ALA CB HB3 sing N N 56
ALA OXT HXT sing N N 57
ARG N CA sing N N 58
ARG N H sing N N 59
ARG N H2 sing N N 60
ARG CA C sing N N 61
ARG CA CB sing N N 62
ARG CA HA sing N N 63
ARG C O doub N N 64
ARG C OXT sing N N 65
ARG CB CG sing N N 66
ARG CB HB2 sing N N 67
ARG CB HB3 sing N N 68
ARG CG CD sing N N 69
ARG CG HG2 sing N N 70
ARG CG HG3 sing N N 71
ARG CD NE sing N N 72
ARG CD HD2 sing N N 73
ARG CD HD3 sing N N 74
ARG NE CZ sing N N 75
ARG NE HE sing N N 76
ARG CZ NH1 sing N N 77
ARG CZ NH2 doub N N 78
ARG NH1 HH11 sing N N 79
ARG NH1 HH12 sing N N 80
ARG NH2 HH21 sing N N 81
ARG NH2 HH22 sing N N 82
ARG OXT HXT sing N N 83
ASN N CA sing N N 84
ASN N H sing N N 85
ASN N H2 sing N N 86
ASN CA C sing N N 87
ASN CA CB sing N N 88
ASN CA HA sing N N 89
ASN C O doub N N 90
ASN C OXT sing N N 91
ASN CB CG sing N N 92
ASN CB HB2 sing N N 93
ASN CB HB3 sing N N 94
ASN CG OD1 doub N N 95
ASN CG ND2 sing N N 96
ASN ND2 HD21 sing N N 97
ASN ND2 HD22 sing N N 98
ASN OXT HXT sing N N 99
ASP N CA sing N N 100
ASP N H sing N N 101
ASP N H2 sing N N 102
ASP CA C sing N N 103
ASP CA CB sing N N 104
ASP CA HA sing N N 105
ASP C O doub N N 106
ASP C OXT sing N N 107
ASP CB CG sing N N 108
ASP CB HB2 sing N N 109
ASP CB HB3 sing N N 110
ASP CG OD1 doub N N 111
ASP CG OD2 sing N N 112
ASP OD2 HD2 sing N N 113
ASP OXT HXT sing N N 114
CYS N CA sing N N 115
CYS N H sing N N 116
CYS N H2 sing N N 117
CYS CA C sing N N 118
CYS CA CB sing N N 119
CYS CA HA sing N N 120
CYS C O doub N N 121
CYS C OXT sing N N 122
CYS CB SG sing N N 123
CYS CB HB2 sing N N 124
CYS CB HB3 sing N N 125
CYS SG HG sing N N 126
CYS OXT HXT sing N N 127
GLN N CA sing N N 128
GLN N H sing N N 129
GLN N H2 sing N N 130
GLN CA C sing N N 131
GLN CA CB sing N N 132
GLN CA HA sing N N 133
GLN C O doub N N 134
GLN C OXT sing N N 135
GLN CB CG sing N N 136
GLN CB HB2 sing N N 137
GLN CB HB3 sing N N 138
GLN CG CD sing N N 139
GLN CG HG2 sing N N 140
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GLU N CA sing N N 147
GLU N H sing N N 148
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GLU CA C sing N N 150
GLU CA CB sing N N 151
GLU CA HA sing N N 152
GLU C O doub N N 153
GLU C OXT sing N N 154
GLU CB CG sing N N 155
GLU CB HB2 sing N N 156
GLU CB HB3 sing N N 157
GLU CG CD sing N N 158
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GLU CG HG3 sing N N 160
GLU CD OE1 doub N N 161
GLU CD OE2 sing N N 162
GLU OE2 HE2 sing N N 163
GLU OXT HXT sing N N 164
GLY N CA sing N N 165
GLY N H sing N N 166
GLY N H2 sing N N 167
GLY CA C sing N N 168
GLY CA HA2 sing N N 169
GLY CA HA3 sing N N 170
GLY C O doub N N 171
GLY C OXT sing N N 172
GLY OXT HXT sing N N 173
HIS N CA sing N N 174
HIS N H sing N N 175
HIS N H2 sing N N 176
HIS CA C sing N N 177
HIS CA CB sing N N 178
HIS CA HA sing N N 179
HIS C O doub N N 180
HIS C OXT sing N N 181
HIS CB CG sing N N 182
HIS CB HB2 sing N N 183
HIS CB HB3 sing N N 184
HIS CG ND1 sing Y N 185
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HIS CD2 HD2 sing N N 190
HIS CE1 NE2 sing Y N 191
HIS CE1 HE1 sing N N 192
HIS NE2 HE2 sing N N 193
HIS OXT HXT sing N N 194
ILE N CA sing N N 195
ILE N H sing N N 196
ILE N H2 sing N N 197
ILE CA C sing N N 198
ILE CA CB sing N N 199
ILE CA HA sing N N 200
ILE C O doub N N 201
ILE C OXT sing N N 202
ILE CB CG1 sing N N 203
ILE CB CG2 sing N N 204
ILE CB HB sing N N 205
ILE CG1 CD1 sing N N 206
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ILE OXT HXT sing N N 215
LEU N CA sing N N 216
LEU N H sing N N 217
LEU N H2 sing N N 218
LEU CA C sing N N 219
LEU CA CB sing N N 220
LEU CA HA sing N N 221
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LYS N CA sing N N 237
LYS N H sing N N 238
LYS N H2 sing N N 239
LYS CA C sing N N 240
LYS CA CB sing N N 241
LYS CA HA sing N N 242
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LYS CD CE sing N N 251
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LYS CE NZ sing N N 254
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LYS NZ HZ1 sing N N 257
LYS NZ HZ2 sing N N 258
LYS NZ HZ3 sing N N 259
LYS OXT HXT sing N N 260
MET N CA sing N N 261
MET N H sing N N 262
MET N H2 sing N N 263
MET CA C sing N N 264
MET CA CB sing N N 265
MET CA HA sing N N 266
MET C O doub N N 267
MET C OXT sing N N 268
MET CB CG sing N N 269
MET CB HB2 sing N N 270
MET CB HB3 sing N N 271
MET CG SD sing N N 272
MET CG HG2 sing N N 273
MET CG HG3 sing N N 274
MET SD CE sing N N 275
MET CE HE1 sing N N 276
MET CE HE2 sing N N 277
MET CE HE3 sing N N 278
MET OXT HXT sing N N 279
NAG C1 C2 sing N N 280
NAG C1 O1 sing N N 281
NAG C1 O5 sing N N 282
NAG C1 H1 sing N N 283
NAG C2 C3 sing N N 284
NAG C2 N2 sing N N 285
NAG C2 H2 sing N N 286
NAG C3 C4 sing N N 287
NAG C3 O3 sing N N 288
NAG C3 H3 sing N N 289
NAG C4 C5 sing N N 290
NAG C4 O4 sing N N 291
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NAG C5 C6 sing N N 293
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NAG C5 H5 sing N N 295
NAG C6 O6 sing N N 296
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NAG C7 C8 sing N N 299
NAG C7 N2 sing N N 300
NAG C7 O7 doub N N 301
NAG C8 H81 sing N N 302
NAG C8 H82 sing N N 303
NAG C8 H83 sing N N 304
NAG N2 HN2 sing N N 305
NAG O1 HO1 sing N N 306
NAG O3 HO3 sing N N 307
NAG O4 HO4 sing N N 308
NAG O6 HO6 sing N N 309
PHE N CA sing N N 310
PHE N H sing N N 311
PHE N H2 sing N N 312
PHE CA C sing N N 313
PHE CA CB sing N N 314
PHE CA HA sing N N 315
PHE C O doub N N 316
PHE C OXT sing N N 317
PHE CB CG sing N N 318
PHE CB HB2 sing N N 319
PHE CB HB3 sing N N 320
PHE CG CD1 doub Y N 321
PHE CG CD2 sing Y N 322
PHE CD1 CE1 sing Y N 323
PHE CD1 HD1 sing N N 324
PHE CD2 CE2 doub Y N 325
PHE CD2 HD2 sing N N 326
PHE CE1 CZ doub Y N 327
PHE CE1 HE1 sing N N 328
PHE CE2 CZ sing Y N 329
PHE CE2 HE2 sing N N 330
PHE CZ HZ sing N N 331
PHE OXT HXT sing N N 332
PRO N CA sing N N 333
PRO N CD sing N N 334
PRO N H sing N N 335
PRO CA C sing N N 336
PRO CA CB sing N N 337
PRO CA HA sing N N 338
PRO C O doub N N 339
PRO C OXT sing N N 340
PRO CB CG sing N N 341
PRO CB HB2 sing N N 342
PRO CB HB3 sing N N 343
PRO CG CD sing N N 344
PRO CG HG2 sing N N 345
PRO CG HG3 sing N N 346
PRO CD HD2 sing N N 347
PRO CD HD3 sing N N 348
PRO OXT HXT sing N N 349
SER N CA sing N N 350
SER N H sing N N 351
SER N H2 sing N N 352
SER CA C sing N N 353
SER CA CB sing N N 354
SER CA HA sing N N 355
SER C O doub N N 356
SER C OXT sing N N 357
SER CB OG sing N N 358
SER CB HB2 sing N N 359
SER CB HB3 sing N N 360
SER OG HG sing N N 361
SER OXT HXT sing N N 362
THR N CA sing N N 363
THR N H sing N N 364
THR N H2 sing N N 365
THR CA C sing N N 366
THR CA CB sing N N 367
THR CA HA sing N N 368
THR C O doub N N 369
THR C OXT sing N N 370
THR CB OG1 sing N N 371
THR CB CG2 sing N N 372
THR CB HB sing N N 373
THR OG1 HG1 sing N N 374
THR CG2 HG21 sing N N 375
THR CG2 HG22 sing N N 376
THR CG2 HG23 sing N N 377
THR OXT HXT sing N N 378
TRP N CA sing N N 379
TRP N H sing N N 380
TRP N H2 sing N N 381
TRP CA C sing N N 382
TRP CA CB sing N N 383
TRP CA HA sing N N 384
TRP C O doub N N 385
TRP C OXT sing N N 386
TRP CB CG sing N N 387
TRP CB HB2 sing N N 388
TRP CB HB3 sing N N 389
TRP CG CD1 doub Y N 390
TRP CG CD2 sing Y N 391
TRP CD1 NE1 sing Y N 392
TRP CD1 HD1 sing N N 393
TRP CD2 CE2 doub Y N 394
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TRP NE1 CE2 sing Y N 396
TRP NE1 HE1 sing N N 397
TRP CE2 CZ2 sing Y N 398
TRP CE3 CZ3 doub Y N 399
TRP CE3 HE3 sing N N 400
TRP CZ2 CH2 doub Y N 401
TRP CZ2 HZ2 sing N N 402
TRP CZ3 CH2 sing Y N 403
TRP CZ3 HZ3 sing N N 404
TRP CH2 HH2 sing N N 405
TRP OXT HXT sing N N 406
TYR N CA sing N N 407
TYR N H sing N N 408
TYR N H2 sing N N 409
TYR CA C sing N N 410
TYR CA CB sing N N 411
TYR CA HA sing N N 412
TYR C O doub N N 413
TYR C OXT sing N N 414
TYR CB CG sing N N 415
TYR CB HB2 sing N N 416
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TYR CD1 CE1 sing Y N 420
TYR CD1 HD1 sing N N 421
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TYR CD2 HD2 sing N N 423
TYR CE1 CZ doub Y N 424
TYR CE1 HE1 sing N N 425
TYR CE2 CZ sing Y N 426
TYR CE2 HE2 sing N N 427
TYR CZ OH sing N N 428
TYR OH HH sing N N 429
TYR OXT HXT sing N N 430
VAL N CA sing N N 431
VAL N H sing N N 432
VAL N H2 sing N N 433
VAL CA C sing N N 434
VAL CA CB sing N N 435
VAL CA HA sing N N 436
VAL C O doub N N 437
VAL C OXT sing N N 438
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#
_em_admin.entry_id 7EOR
_em_admin.current_status REL
_em_admin.deposition_date 2021-04-22
_em_admin.deposition_site PDBJ
_em_admin.last_update 2024-10-23
_em_admin.map_release_date 2021-06-30
_em_admin.title 'Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901 bound state'
#
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_em_ctf_correction.em_image_processing_id 1
_em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING ONLY'
_em_ctf_correction.details ?
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_em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1
_em_entity_assembly_naturalsource.cell ?
_em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ?
_em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 9606
_em_entity_assembly_naturalsource.organ ?
_em_entity_assembly_naturalsource.organelle ?
_em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Homo sapiens'
_em_entity_assembly_naturalsource.strain ?
_em_entity_assembly_naturalsource.tissue ?
#
_em_entity_assembly_recombinant.id 2
_em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1
_em_entity_assembly_recombinant.cell HEK293S
_em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 9606
_em_entity_assembly_recombinant.organism 'Homo sapiens'
_em_entity_assembly_recombinant.plasmid ?
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#
_em_image_processing.id 1
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_em_image_processing.details ?
#
_em_image_recording.id 1
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_em_image_recording.average_exposure_time ?
_em_image_recording.details ?
_em_image_recording.detector_mode SUPER-RESOLUTION
_em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)'
_em_image_recording.num_diffraction_images ?
_em_image_recording.num_grids_imaged ?
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#
loop_
_em_software.id
_em_software.category
_em_software.details
_em_software.name
_em_software.version
_em_software.image_processing_id
_em_software.fitting_id
_em_software.imaging_id
1 'PARTICLE SELECTION' ? RELION ? 1 ? ?
2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1
3 MASKING ? ? ? ? ? ?
4 'CTF CORRECTION' ? RELION ? 1 ? ?
5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ?
6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ?
7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.14 ? 1 ?
8 OTHER ? ? ? ? ? ?
9 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.19-4092 ? 1 ?
10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ?
11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ?
12 CLASSIFICATION ? RELION ? 1 ? ?
13 RECONSTRUCTION ? RELION ? 1 ? ?
14 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1
15 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1
16 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1
17 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1
18 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1
19 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1
#
_em_specimen.id 1
_em_specimen.experiment_id 1
_em_specimen.concentration ?
_em_specimen.details ?
_em_specimen.embedding_applied NO
_em_specimen.shadowing_applied NO
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_em_specimen.vitrification_applied YES
#
loop_
_pdbx_audit_support.funding_organization
_pdbx_audit_support.country
_pdbx_audit_support.grant_number
_pdbx_audit_support.ordinal
'National Natural Science Foundation of China (NSFC)' China 31771115 1
'European Research Council (ERC)' 'European Union' 693021 2
'National Key R&D Program of China' ? 2017YFA0505700 3
'Strategic Priority Research Program of Chinese Academy of Sciences' ? XDB32020000 4
'Shanghai Municipal Science and Technology Major Project' ? 2018SHZDZX05 5
'Thousand Young Talents Program' ? ? 6
#
_pdbx_initial_refinement_model.id 1
_pdbx_initial_refinement_model.type 'experimental model'
_pdbx_initial_refinement_model.source_name PDB
_pdbx_initial_refinement_model.accession_code 6IRA
#
_atom_sites.entry_id 7EOR
_atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ?
_atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ?
_atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ?
_atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ?
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_atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ?
_atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ?
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_atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ?
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loop_
_atom_type.symbol
C
F
H
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O
S
#
loop_