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SENKRNRFIVRLSENEKAEDYKRREKVLTVYFLSTEIPVWLLFFALGVSSDKEAMDLIAFDGDDASITNSLIASIHVADA VCEAFRCGNNALTYVEQQIKSTKFPPAESVDECLHLYLFPGLQSLKKKARFLGYMVKCLLNSYAGKRKCENRDSFRNKRI ELAGELLEREIRVHLAHARRKMTRAMQKHLSGDGDLKPIEHYLDASVITNGLSRAFSTGAWSHPFRKMERVSGVVANLGR ANPLQTLIDLRRTRQQVLYTGKVGDARYPHPSHWGRVCFLSTPDGENCGLVKNMSLLGLVSTQSLESVVEKLFACGMEEL MDDTCTPLFGKHKVLLNGDWVGLCADSESFVAELKSRRRQSELPREMEIKRDKDDNEVRIFTDAGRLLRPLLVVENLQKL KQEKPSQYPFDHLLDHGILELIGIEEEEDCNTAWGIKQLLKEPKIYTHCELDLSFLLGVSCAVVPFANHDHGRRVLYQSQ KHCQQAIGFSSTNPNIRCDTLSQQLFYPQKPLFKTLASECLKKEVLFNGQNAIVAVNVHLGYNQEDSIVMNKASLERGMF RSEQIRSYKAEVDAKDSEKRKKMDELVQFGKTHSKIGKVDSLEDDGFPFIGANMSTGDIVIGRCTESGADHSIKLKHTER GIVQKVVLSSNDEGKNFAAVSLRQVRSPCLGDKFSSMHGQKGVLGYLEEQQNFPFTIQGIVPDIVINPHAFPSRQTPGQL LEAALSKGIACPIQKEGSSAAYTKLTRHATPFSTPGVTEITEQLHRAGFSRWGNERVYNGRSGEMMRSMIFMGPTFYQRL VHMSEDKVKFRNTGPVHPLTRQPVADRKRFGGIKFGEMERDCLIAHGASANLHERLFTLSDSSQMHICRKCKTYANVIER TPSSGRKIRGPYCRVCVSSDHVVRVYVPYGAKLLCQELFSMGITLNFDTKLC ; 1 3 UNP NRPB3_ARATH Q39211 ? 3 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;MSTMKFCRECNNILYPKEDKEQKILLYACRNCDHQEVADNSCVYRNEVHHSVSERTQILTDVASDPTLPRTKAVRCSKCQ HREAVFFQATARGEEGMTLFFVCCNPNCGHRWRE ; 1 8 UNP NRPBA_ARATH Q8LFJ6 ? 8 MIIPVRCFTCGKVIGNKWDQYLDLLQLDYTEGDALDALQLVRYCCRRMLMTHVDLIEKLLNYNTLEKSDNS 1 9 UNP NRPBB_ARATH Q38859 ? 9 ;MNAPERYERFVVPEGTKKVSYDRDTKIINAASFTVEREDHTIGNIVRMQLHRDENVLFAGYQLPHPLKYKIIVRIHTTSQ SSPMQAYNQAINDLDKELDYLKNQFEAEVAKFSNQF ; 1 10 UNP NRPBC_ARATH Q9FLM8 ? 10 MDPAPEPVTYVCGDCGQENTLKSGDVIQCRECGYRILYKKRTRRVVQYEAR 1 11 UNP RDR2_ARATH O82504 ? 11 ;MVSETTTNRSTVKISNVPQTIVADELLRFLELHLGEDTVFALEIPTTRDNWKPRDFARVQFTTLEVKSRAQLLSSQSKLL FKTHNLRLSEAYDDIIPRPVDPRKRLDDIVLTVGFPESDEKRFCALEKWDGVRCWILTEKRRVEFWVWESGDCYKIEVRF EDIIETLSCCVNGDASEIDAFLLKLKYGPKVFKRVTVHIATKFKSDRYRFCKEDFDFMWIRTTDFSGSKSIGTSTCFCLE VHNGSTMLDIFSGLPYYREDTLSLTYVDGKTFASAAQIVPLLNAAILGLEFPYEILFQLNALVHAQKISLFAASDMELIK ILRGMSLETALVILKKLHQQSSICYDPVFFVKTQMQSVVKKMKHSPASAYKRLTEQNIMSCQRAYVTPSKIYLLGPELET ANYVVKNFAEHVSDFMRVTFVEEDWSKLPANALSVNSKEGYFVKPSRTNIYNRVLSILGEGITVGPKRFEFLAFSASQLR 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_struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7EU0 A 1 ? 1510 ? 7EU0 1 ? 1510 ? 1 1510 2 2 7EU0 B 1 ? 1172 ? Q9LK40 1 ? 1172 ? 1 1172 3 3 7EU0 C 1 ? 319 ? Q39211 1 ? 319 ? 1 319 4 4 7EU0 E 1 ? 205 ? O81098 1 ? 205 ? 1 205 5 5 7EU0 F 1 ? 144 ? Q9FJ98 1 ? 144 ? 1 144 6 6 7EU0 H 1 ? 146 ? Q9M1A8 1 ? 146 ? 1 146 7 7 7EU0 I 1 ? 114 ? Q6NLH0 1 ? 114 ? 1 114 8 8 7EU0 J 1 ? 71 ? Q8LFJ6 1 ? 71 ? 1 71 9 9 7EU0 K 1 ? 116 ? Q38859 1 ? 116 ? 1 116 10 10 7EU0 L 1 ? 51 ? Q9FLM8 1 ? 51 ? 1 51 11 11 7EU0 M 1 ? 1133 ? O82504 1 ? 1133 ? 1 1133 12 12 7EU0 N 1 ? 20 ? 7EU0 30 ? 49 ? 30 49 13 13 7EU0 O 1 ? 39 ? 7EU0 -4 ? 34 ? -4 34 14 14 7EU0 Q 1 ? 33 ? 7EU0 -1 ? 31 ? -1 31 15 15 7EU0 R 1 ? 4 ? 7EU0 17 ? 20 ? 17 20 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight A 'RNA linking' y "ADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C 'RNA linking' y "CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O8 P' 323.197 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 G 'RNA linking' y "GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O8 P' 363.221 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U 'RNA linking' y "URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H13 N2 O9 P' 324.181 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 'Zn 2' 65.409 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7EU0 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7EU0 _struct.title 'The cryo-EM structure of A. thaliana Pol IV-RDR2 backtracked complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7EU0 _struct_keywords.text 'DNA-directed RNA polymerase IV, RNA- dependent RNA polymerase 2, RNA-directed DNA methylation pathway, TRANSCRIPTION' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSCRIPTION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? 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ASN A 262 MET A 274 1 ? 13 HELX_P HELX_P4 AA4 GLN A 275 ? SER A 277 ? GLN A 275 SER A 277 5 ? 3 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY A 305 ? LEU A 313 ? GLY A 305 LEU A 313 1 ? 9 HELX_P HELX_P6 AA6 GLU A 341 ? LYS A 345 ? GLU A 341 LYS A 345 1 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 HIS A 416 ? HIS A 418 ? HIS A 416 HIS A 418 5 ? 3 HELX_P HELX_P8 AA8 ASN A 437 ? ILE A 439 ? ASN A 437 ILE A 439 5 ? 3 HELX_P HELX_P9 AA9 CYS A 440 ? ARG A 445 ? CYS A 440 ARG A 445 1 ? 6 HELX_P HELX_P10 AB1 SER A 460 ? GLU A 466 ? SER A 460 GLU A 466 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 AB2 GLU A 466 ? VAL A 471 ? GLU A 466 VAL A 471 1 ? 6 HELX_P HELX_P12 AB3 GLN A 491 ? GLU A 503 ? GLN A 491 GLU A 503 1 ? 13 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN A 509 ? GLN A 517 ? ASN A 509 GLN A 517 1 ? 9 HELX_P HELX_P14 AB5 GLY A 543 ? GLY A 548 ? GLY A 543 GLY A 548 1 ? 6 HELX_P HELX_P15 AB6 ASN A 587 ? ASP A 596 ? ASN A 587 ASP A 596 1 ? 10 HELX_P HELX_P16 AB7 VAL A 600 ? GLY A 619 ? VAL A 600 GLY A 619 1 ? 20 HELX_P HELX_P17 AB8 SER A 623 ? LEU A 629 ? 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M ASP 832 M MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.080 ? ? metalc38 metalc ? ? K ASP 834 OD2 ? ? ? 1_555 Y MG . MG ? ? M ASP 834 M MG 2001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.101 ? ? metalc39 metalc ? ? Y MG . MG ? ? ? 1_555 O A 4 "O3'" ? ? M MG 2001 R A 20 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.212 ? ? hydrog1 hydrog ? ? L DT 2 N3 ? ? ? 1_555 N DA 19 N1 ? ? N DT 31 Q DA 17 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? L DG 3 N1 ? ? ? 1_555 N DC 18 O2 ? ? N DG 32 Q DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? L DG 3 N2 ? ? ? 1_555 N DC 18 N3 ? ? N DG 32 Q DC 16 1_555 ? ? ? ? ? ? 'REVERSED WATSON-CRICK' ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? L DT 4 N3 ? ? ? 1_555 N DA 17 N1 ? ? N DT 33 Q DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog5 hydrog ? ? L DT 4 O4 ? ? ? 1_555 N DA 17 N6 ? ? N DT 33 Q DA 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog6 hydrog ? ? L DG 5 N1 ? ? ? 1_555 N DC 16 N3 ? ? N DG 34 Q DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog7 hydrog ? ? L DG 5 N2 ? ? ? 1_555 N DC 16 O2 ? ? N DG 34 Q DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog8 hydrog ? ? L DG 5 O6 ? ? ? 1_555 N DC 16 N4 ? ? N DG 34 Q DC 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog9 hydrog ? ? L DC 6 N3 ? ? ? 1_555 N DG 15 N1 ? ? N DC 35 Q DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog10 hydrog ? ? L DC 6 N4 ? ? ? 1_555 N DG 15 O6 ? ? N DC 35 Q DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog11 hydrog ? ? L DC 6 O2 ? ? ? 1_555 N DG 15 N2 ? ? N DC 35 Q DG 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog12 hydrog ? ? L DT 7 N3 ? ? ? 1_555 N DA 14 N1 ? ? N DT 36 Q DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog13 hydrog ? ? L DT 7 O4 ? ? ? 1_555 N DA 14 N6 ? ? N DT 36 Q DA 12 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog14 hydrog ? ? L DT 8 N3 ? ? ? 1_555 N DA 13 N1 ? ? N DT 37 Q DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog15 hydrog ? ? L DT 8 O4 ? ? ? 1_555 N DA 13 N6 ? ? N DT 37 Q DA 11 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog16 hydrog ? ? L DA 9 N1 ? ? ? 1_555 N DT 12 N3 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PRO 412 A . ? PRO 412 A PRO 413 A ? PRO 413 A 1 -3.73 2 SER 233 B . ? SER 233 B PRO 234 B ? 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