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'expression tag' 1288 178 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7F46 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7F46 _struct.title 'Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 S-6P in complex with 35B5 Fab (state1, local refinement of the RBD, NTD and 35B5 Fab)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7F46 _struct_keywords.text 'IMMUNE SYSTEM, VIRAL PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 3 ? E N N 4 ? F N N 4 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PHE B 338 ? ASN B 343 ? PHE B 338 ASN B 343 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 SER B 349 ? TRP B 353 ? SER B 349 TRP B 353 5 ? 5 HELX_P HELX_P3 AA3 ASP B 364 ? SER B 371 ? ASP B 364 SER B 371 1 ? 8 HELX_P HELX_P4 AA4 SER B 383 ? LEU B 390 ? SER B 383 LEU B 390 5 ? 8 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY B 404 ? ILE B 410 ? GLY B 404 ILE B 410 5 ? 7 HELX_P HELX_P6 AA6 LYS B 417 ? 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A CYS 131 SG ? ? ? 1_555 A CYS 166 SG ? ? C CYS 131 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 336 SG ? ? ? 1_555 B CYS 361 SG ? ? B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf3 disulf ? ? B CYS 379 SG ? ? ? 1_555 B CYS 432 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf4 disulf ? ? B CYS 391 SG ? ? ? 1_555 B CYS 525 SG ? ? B CYS 391 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf5 disulf ? ? C CYS 22 SG ? ? ? 1_555 C CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf6 disulf ? ? C CYS 157 SG ? ? ? 1_555 C CYS 213 SG ? ? H CYS 157 H CYS 213 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.041 ? ? disulf7 disulf ? ? D CYS 23 SG ? ? ? 1_555 D CYS 93 SG ? ? L CYS 23 L CYS 93 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf8 disulf ? ? D CYS 139 SG ? ? ? 1_555 D CYS 199 SG ? ? L CYS 139 L CYS 199 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? covale1 covale one ? A ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? C ASN 165 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? B ASN 343 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 163 C . ? PHE 163 H PRO 164 C ? PRO 164 H 1 -5.00 2 GLU 165 C . ? GLU 165 H PRO 166 C ? PRO 166 H 1 -7.26 3 SER 7 D . ? SER 7 L PRO 8 D ? PRO 8 L 1 -5.36 4 THR 99 D . ? THR 99 L PRO 100 D ? PRO 100 L 1 2.37 5 TYR 145 D . ? TYR 145 L PRO 146 D ? PRO 146 L 1 -6.05 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 7 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 6 ? AA4 ? 5 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA3 4 5 ? anti-parallel AA3 5 6 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 TYR A 28 ? 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THR B 376 CYS B 379 AA5 1 LEU B 452 ? TYR B 453 ? LEU B 452 TYR B 453 AA5 2 GLN B 493 ? SER B 494 ? GLN B 493 SER B 494 AA6 1 GLN C 3 ? SER C 7 ? GLN H 3 SER H 7 AA6 2 SER C 17 ? SER C 25 ? SER H 17 SER H 25 AA6 3 SER C 78 ? ARG C 84 ? SER H 78 ARG H 84 AA6 4 THR C 69 ? ASP C 73 ? THR H 69 ASP H 73 AA7 1 LEU C 11 ? VAL C 12 ? LEU H 11 VAL H 12 AA7 2 THR C 124 ? VAL C 128 ? THR H 124 VAL H 128 AA7 3 ALA C 92 ? LYS C 98 ? ALA H 92 LYS H 98 AA7 4 MET C 34 ? GLN C 39 ? MET H 34 GLN H 39 AA7 5 LEU C 45 ? VAL C 51 ? LEU H 45 VAL H 51 AA8 1 SER C 137 ? LEU C 141 ? SER H 137 LEU H 141 AA8 2 THR C 152 ? TYR C 162 ? THR H 152 TYR H 162 AA8 3 TYR C 193 ? PRO C 202 ? TYR H 193 PRO H 202 AA8 4 VAL C 180 ? THR C 182 ? VAL H 180 THR H 182 AA9 1 VAL C 167 ? TRP C 171 ? VAL H 167 TRP H 171 AA9 2 ILE C 212 ? HIS C 217 ? ILE H 212 HIS H 217 AA9 3 THR C 222 ? LYS C 227 ? THR H 222 LYS H 227 AB1 1 THR D 5 ? SER D 7 ? THR L 5 SER L 7 AB1 2 ALA D 19 ? ARG D 24 ? ALA L 19 ARG L 24 AB1 3 ASP D 75 ? ILE D 80 ? ASP L 75 ILE L 80 AB1 4 PHE D 67 ? SER D 72 ? PHE L 67 SER L 72 AB2 1 SER D 10 ? VAL D 13 ? SER L 10 VAL L 13 AB2 2 THR D 107 ? ILE D 111 ? THR L 107 ILE L 111 AB2 3 GLY D 89 ? MET D 94 ? GLY L 89 MET L 94 AB2 4 ASP D 39 ? GLN D 43 ? ASP L 39 GLN L 43 AB2 5 GLN D 50 ? ILE D 53 ? GLN L 50 ILE L 53 AB3 1 SER D 119 ? PHE D 123 ? SER L 119 PHE L 123 AB3 2 ALA D 135 ? PHE D 144 ? ALA L 135 PHE L 144 AB3 3 TYR D 178 ? LEU D 186 ? TYR L 178 LEU L 186 AB3 4 SER D 164 ? VAL D 168 ? SER L 164 VAL L 168 AB4 1 ALA D 158 ? LEU D 159 ? ALA L 158 LEU L 159 AB4 2 LYS D 150 ? VAL D 155 ? LYS L 150 VAL L 155 AB4 3 VAL D 196 ? THR D 202 ? VAL L 196 THR L 202 AB4 4 VAL D 210 ? ASN D 215 ? 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