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'2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine' '(1S,2S)-2-[(2S)-2-amino-1-hydroxy-1-oxo-3-(9H-xanthen-9-yl)propan-2-yl]cyclopropane-1-carboxylic acid' 'C20 H19 N O5' 353.369 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7FD9 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7FD9 _struct.title 'Thermostabilised full length human mGluR5-5M with orthosteric antagonist, LY341495' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7FD9 _struct_keywords.text 'G-protein coupled receptors, signal transduction, metabotropic glutamate receptor, inactive state, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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A ARG 840 74 1 Y 1 A SER 835 ? A SER 841 75 1 Y 1 A ALA 836 ? A ALA 842 76 1 Y 1 A PHE 837 ? A PHE 843 77 1 Y 1 A THR 838 ? A THR 844 78 1 Y 1 A THR 839 ? A THR 845 79 1 Y 1 A SER 840 ? A SER 846 80 1 Y 1 A THR 841 ? A THR 847 81 1 Y 1 A VAL 842 ? A VAL 848 82 1 Y 1 A VAL 843 ? A VAL 849 83 1 Y 1 A ARG 844 ? A ARG 850 84 1 Y 1 A MET 845 ? A MET 851 85 1 Y 1 A HIS 846 ? A HIS 852 86 1 Y 1 A VAL 847 ? A VAL 853 87 1 Y 1 A GLY 848 ? A GLY 854 88 1 Y 1 A ASP 849 ? A ASP 855 89 1 Y 1 A GLY 850 ? A GLY 856 90 1 Y 1 A LYS 851 ? A LYS 857 91 1 Y 1 A SER 852 ? A SER 858 92 1 Y 1 A SER 853 ? A SER 859 93 1 Y 1 A SER 854 ? A SER 860 94 1 Y 1 A ALA 855 ? A ALA 861 95 1 Y 1 A ALA 856 ? A ALA 862 96 1 Y 1 B ASP -5 ? B ASP 1 97 1 Y 1 B TYR -4 ? B TYR 2 98 1 Y 1 B LYS -3 ? B LYS 3 99 1 Y 1 B ASP -2 ? B ASP 4 100 1 Y 1 B ASP -1 ? B ASP 5 101 1 Y 1 B ASP 0 ? B ASP 6 102 1 Y 1 B ASP 1 ? B ASP 7 103 1 Y 1 B LYS 2 ? B LYS 8 104 1 Y 1 B HIS 3 ? B HIS 9 105 1 Y 1 B HIS 4 ? B HIS 10 106 1 Y 1 B HIS 5 ? 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B SER 139 139 1 Y 1 B SER 134 ? B SER 140 140 1 Y 1 B SER 135 ? B SER 141 141 1 Y 1 B SER 136 ? B SER 142 142 1 Y 1 B PHE 137 ? B PHE 143 143 1 Y 1 B ARG 138 ? B ARG 144 144 1 Y 1 B SER 139 ? B SER 145 145 1 Y 1 B ALA 674 ? B ALA 680 146 1 Y 1 B GLY 675 ? B GLY 681 147 1 Y 1 B SER 676 ? B SER 682 148 1 Y 1 B LYS 677 ? B LYS 683 149 1 Y 1 B LYS 678 ? B LYS 684 150 1 Y 1 B LYS 679 ? B LYS 685 151 1 Y 1 B ILE 680 ? B ILE 686 152 1 Y 1 B CYS 681 ? B CYS 687 153 1 Y 1 B THR 682 ? B THR 688 154 1 Y 1 B LYS 683 ? B LYS 689 155 1 Y 1 B LYS 684 ? B LYS 690 156 1 Y 1 B PRO 685 ? B PRO 691 157 1 Y 1 B ARG 686 ? B ARG 692 158 1 Y 1 B PHE 687 ? B PHE 693 159 1 Y 1 B MET 688 ? B MET 694 160 1 Y 1 B SER 689 ? B SER 695 161 1 Y 1 B ALA 827 ? B ALA 833 162 1 Y 1 B LYS 828 ? B LYS 834 163 1 Y 1 B PRO 829 ? B PRO 835 164 1 Y 1 B GLU 830 ? B GLU 836 165 1 Y 1 B ARG 831 ? B ARG 837 166 1 Y 1 B ASN 832 ? B ASN 838 167 1 Y 1 B VAL 833 ? B VAL 839 168 1 Y 1 B ARG 834 ? B ARG 840 169 1 Y 1 B SER 835 ? 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Total number of frames is 32 and each frame has a dose of 1.56 e/A2' _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 16668 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ;Imaging was done in EFTEM mode. Images were collected using beam shift in a series of 3x3 holes before stage shift. Active beam tilt compensation was turned on during the acquisition. ; # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 994036 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? Topaz ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot 0.9.3 ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.15 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? REFMAC 5.8.0267 ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? RELION 3.1 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 2.5 _em_specimen.details 'mGluR5 with orthosteric antagonist LY341495 and NAM (MPEP) purified in DDM/CHS' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Department of Biotechnology (DBT, India)' India DBT/PR12422/MED/31/287/2014 1 'Science and Engineering Research Board (SERB)' India RJN-094/2017 2 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC-U105184322 3 'Agence Nationale de la Recherche (ANR)' France ANR-17-CE18-0001 4 'Agence Nationale de la Recherche (ANR)' France ANR-18-CE11-0001 5 # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # _pdbx_entity_instance_feature.ordinal 1 _pdbx_entity_instance_feature.comp_id Z99 _pdbx_entity_instance_feature.asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id Z99 _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.feature_type 'SUBJECT OF INVESTIGATION' _pdbx_entity_instance_feature.details ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG 3 '2-[(1S,2S)-2-carboxycyclopropyl]-3-(9H-xanthen-9-yl)-D-alanine' Z99 # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #