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T . n P 3 2 LEU 2 2 ? ? ? T . n P 3 3 VAL 3 3 ? ? ? T . n P 3 4 THR 4 4 4 THR THR T . n P 3 5 THR 5 5 5 THR THR T . n P 3 6 MET 6 6 6 MET MET T . n P 3 7 CYS 7 7 7 CYS CYS T . n P 3 8 LEU 8 8 8 LEU LEU T . n P 3 9 LEU 9 9 9 LEU LEU T . n P 3 10 ALA 10 10 10 ALA ALA T . n P 3 11 ASN 11 11 11 ASN ASN T . n P 3 12 VAL 12 12 12 VAL VAL T . n P 3 13 THR 13 13 13 THR THR T . n P 3 14 PHE 14 14 14 PHE PHE T . n P 3 15 PRO 15 15 15 PRO PRO T . n P 3 16 CYS 16 16 16 CYS CYS T . n P 3 17 ALA 17 17 17 ALA ALA T . n P 3 18 GLN 18 18 18 GLN GLN T . n P 3 19 PRO 19 19 19 PRO PRO T . n P 3 20 PRO 20 20 20 PRO PRO T . n P 3 21 ILE 21 21 21 ILE ILE T . n P 3 22 CYS 22 22 22 CYS CYS T . n P 3 23 TYR 23 23 23 TYR TYR T . n P 3 24 ASP 24 24 24 ASP ASP T . n P 3 25 ARG 25 25 25 ARG ARG T . n P 3 26 LYS 26 26 26 LYS LYS T . n P 3 27 PRO 27 27 27 PRO PRO T . n P 3 28 ALA 28 28 28 ALA ALA T . n P 3 29 GLU 29 29 29 GLU GLU T . n P 3 30 THR 30 30 30 THR THR T . n P 3 31 LEU 31 31 31 LEU LEU T . n P 3 32 ALA 32 32 32 ALA ALA T . n P 3 33 MET 33 33 33 MET MET T . n P 3 34 LEU 34 34 34 LEU LEU T . n P 3 35 SER 35 35 35 SER SER T . n P 3 36 VAL 36 36 36 VAL VAL T . n P 3 37 ASN 37 37 37 ASN ASN T . n P 3 38 VAL 38 38 38 VAL VAL T . n P 3 39 ASP 39 39 39 ASP ASP T . n P 3 40 ASN 40 40 40 ASN ASN T . n P 3 41 PRO 41 41 41 PRO PRO T . n P 3 42 GLY 42 42 42 GLY GLY T . n P 3 43 TYR 43 43 43 TYR TYR T . n P 3 44 ASP 44 44 44 ASP ASP T . n P 3 45 GLU 45 45 45 GLU GLU T . n P 3 46 LEU 46 46 46 LEU LEU T . n P 3 47 LEU 47 47 47 LEU LEU T . n P 3 48 GLU 48 48 48 GLU GLU T . n P 3 49 ALA 49 49 49 ALA ALA T . n P 3 50 ALA 50 50 50 ALA ALA T . n P 3 51 VAL 51 51 51 VAL VAL T . n P 3 52 LYS 52 52 52 LYS LYS T . n P 3 53 CYS 53 53 53 CYS CYS T . n P 3 54 PRO 54 54 ? ? ? T . n P 3 55 GLY 55 55 ? ? ? T . n P 3 56 ARG 56 56 ? ? ? T . n P 3 57 LYS 57 57 ? ? ? T . n P 3 58 ARG 58 58 ? ? ? T . n P 3 59 ARG 59 59 ? ? ? T . n # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7FFE _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7FFE _struct.title 'Cryo-EM structure of VEEV VLP' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7FFE _struct_keywords.text 'Virus, Receptor, Complex, VIRUS LIKE PARTICLE' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRUS LIKE PARTICLE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 1 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 2 ? L N N 3 ? M N N 4 ? N N N 4 ? O N N 1 ? P N N 3 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP POLS_EEVV8 P05674 ? 1 ;MFPFQPMYPMQPMPYRNPFAAPRRPWFPRTDPFLAMQVQELTRSMANLTFKQRRDAPPEGPSAKKPKKEASQKQKGGGQG KKKKNQGKKKAKTGPPNPKAQNGNKKKTNKKPGKRQRMVMKLESDKTFPIMLEGKINGYACVVGGKLFRPMHVEGKIDND VLAALKTKKASKYDLEYADVPQNMRADTFKYTHEKPQGYYSWHHGAVQYENGRFTVPKGVGAKGDSGRPILDNQGRVVAI VLGGVNEGSRTALSVVMWNEKGVTVKYTPENCEQW ; 1 2 UNP POLS_EEVV8 P05674 ? 2 ;YEHATTMPSQAGISYNTIVNRAGYAPLPISITPTKIKLIPTVNLEYVTCHYKTGMDSPAIKCCGSQECTPTYRPDEQCKV FTGVYPFMWGGAYCFCDTENTQVSKAYVMKSDDCLADHAEAYKAHTASVQAFLNITVGEHSIVTTVYVNGETPVNFNGVK ITAGPLSTAWTPFDRKIVQYAGEIYNYDFPEYGAGQPGAFGDIQSRTVSSSDLYANTNLVLQRPKAGAIHVPYTQAPSGF EQWKKDKAPSLKFTAPFGCEIYTNPIRAENCAVGSIPLAFDIPDALFTRVSETPTLSAAECTLNECVYSSDFGGIATVKY SASKSGKCAVHVPSGTATLKEAAVELTEQGSATIHFSTANIHPEFRLQICTSYVTCKGDCHPPKDHIVTHPQYHAQTFTA AVSKTAWTWLTSLLGGSAVIIIIGLVLATIVAMYVLTNQKHN ; 813 3 UNP POLS_EEVV8 P05674 ? 3 SLVTTMCLLANVTFPCAQPPICYDRKPAETLAMLSVNVDNPGYDELLEAAVKCPGRKRR 276 4 UNP POLS_EEVV8 P05674 ? 4 ;STEELFNEYKLTRPYMARCIRCAVGSCHSPIAIEAVKSDGHDGYVRLQTSSQYGLDSSGNLKGRTMRYDMHGTIKEIPLH QVSLYTSRPCHIVDGHGYFLLARCPAGDSITMEFKKDSVRHSCSVPYEVKFNPVGRELYTHPPEHGVEQACQVYAHDAQN RGAYVEMHLPGSEVDSSLVSLSGSSVTVTPPDGTSALVECECGGTKISETINKTKQFSQCTKKEQCRAYRLQNDKWVYNS DKLPKAAGATLKGKLHVPFLLADGKCTVPLAPEPMITFGFRSVSLKLHPKNPTYLITRQLADEPHYTHELISEPAVRNFT VTEKGWEFVWGNHPPKRFWAQETAPGNPHGLPHEVITHYYHRYPMSTILGLSICAAIATVSVAASTWLFCRSRVACLTPY RLTPNARIPFCLAVLCCARTARA ; 335 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7FFE A 1 ? 275 ? P05674 1 ? 275 ? 1 275 2 2 7FFE B 1 ? 442 ? P05674 813 ? 1254 ? 1 442 3 2 7FFE C 1 ? 442 ? P05674 813 ? 1254 ? 1 442 4 1 7FFE F 1 ? 275 ? P05674 1 ? 275 ? 1 275 5 2 7FFE G 1 ? 442 ? P05674 813 ? 1254 ? 1 442 6 3 7FFE I 1 ? 59 ? P05674 276 ? 334 ? 1 59 7 4 7FFE J 1 ? 423 ? P05674 335 ? 757 ? 1 423 8 1 7FFE K 1 ? 275 ? P05674 1 ? 275 ? 1 275 9 3 7FFE L 1 ? 59 ? P05674 276 ? 334 ? 1 59 10 4 7FFE N 1 ? 423 ? P05674 335 ? 757 ? 1 423 11 2 7FFE O 1 ? 442 ? P05674 813 ? 1254 ? 1 442 12 3 7FFE P 1 ? 59 ? P05674 276 ? 334 ? 1 59 13 4 7FFE Q 1 ? 423 ? P05674 335 ? 757 ? 1 423 14 4 7FFE R 1 ? 423 ? P05674 335 ? 757 ? 1 423 15 1 7FFE S 1 ? 275 ? P05674 1 ? 275 ? 1 275 16 3 7FFE T 1 ? 59 ? P05674 276 ? 334 ? 1 59 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 7FFE ASN A 64 ? UNP P05674 LYS 64 'engineered mutation' 64 1 4 7FFE ASN F 64 ? UNP P05674 LYS 64 'engineered mutation' 64 2 8 7FFE ASN K 64 ? UNP P05674 LYS 64 'engineered mutation' 64 3 15 7FFE ASN S 64 ? UNP P05674 LYS 64 'engineered mutation' 64 4 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details hexadecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 16 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 LYS A 114 ? 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PRO F 181 ARG F 185 5 ? 5 HELX_P HELX_P16 AB7 SER E 238 ? LYS E 247 ? SER G 238 LYS G 247 1 ? 10 HELX_P HELX_P17 AB8 SER E 250 ? ALA E 255 ? SER G 250 ALA G 255 1 ? 6 HELX_P HELX_P18 AB9 ARG E 289 ? THR E 293 ? ARG G 289 THR G 293 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 LYS E 404 ? GLN E 439 ? LYS G 404 GLN G 439 1 ? 36 HELX_P HELX_P20 AC2 ALA F 28 ? ASN F 37 ? ALA I 28 ASN I 37 1 ? 10 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY F 42 ? LYS F 52 ? GLY I 42 LYS I 52 1 ? 11 HELX_P HELX_P22 AC4 THR G 2 ? ASN G 7 ? THR J 2 ASN J 7 1 ? 6 HELX_P HELX_P23 AC5 HIS G 80 ? VAL G 82 ? HIS J 80 VAL J 82 5 ? 3 HELX_P HELX_P24 AC6 ASP G 175 ? SER G 177 ? ASP J 175 SER J 177 5 ? 3 HELX_P HELX_P25 AC7 LYS G 222 ? GLU G 224 ? LYS J 222 GLU J 224 5 ? 3 HELX_P HELX_P26 AC8 LEU G 351 ? TYR G 363 ? LEU J 351 TYR J 363 1 ? 13 HELX_P HELX_P27 AC9 TYR G 363 ? THR G 398 ? TYR J 363 THR J 398 1 ? 36 HELX_P HELX_P28 AD1 PRO G 409 ? CYS G 416 ? PRO J 409 CYS J 416 1 ? 8 HELX_P HELX_P29 AD2 LYS H 114 ? GLU H 123 ? LYS K 114 GLU K 123 1 ? 10 HELX_P HELX_P30 AD3 ASN H 159 ? ALA H 164 ? ASN K 159 ALA K 164 1 ? 6 HELX_P HELX_P31 AD4 PRO H 181 ? ARG H 185 ? PRO K 181 ARG K 185 5 ? 5 HELX_P HELX_P32 AD5 LYS I 26 ? ASN I 37 ? LYS L 26 ASN L 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P33 AD6 GLY I 42 ? LYS I 52 ? GLY L 42 LYS L 52 1 ? 11 HELX_P HELX_P34 AD7 THR J 2 ? LEU J 5 ? THR N 2 LEU N 5 5 ? 4 HELX_P HELX_P35 AD8 PHE J 6 ? LEU J 11 ? PHE N 6 LEU N 11 1 ? 6 HELX_P HELX_P36 AD9 HIS J 80 ? VAL J 82 ? HIS N 80 VAL N 82 5 ? 3 HELX_P HELX_P37 AE1 LEU J 351 ? TYR J 363 ? LEU N 351 TYR N 363 1 ? 13 HELX_P HELX_P38 AE2 TYR J 363 ? LEU J 402 ? TYR N 363 LEU N 402 1 ? 40 HELX_P HELX_P39 AE3 PRO J 409 ? LEU J 415 ? PRO N 409 LEU N 415 1 ? 7 HELX_P HELX_P40 AE4 SER K 238 ? ASP K 246 ? SER O 238 ASP O 246 1 ? 9 HELX_P HELX_P41 AE5 SER K 250 ? ALA K 255 ? SER O 250 ALA O 255 1 ? 6 HELX_P HELX_P42 AE6 PRO K 256 ? CYS K 259 ? PRO O 256 CYS O 259 5 ? 4 HELX_P HELX_P43 AE7 PRO K 283 ? PHE K 287 ? 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GLY T 42 LYS T 52 1 ? 11 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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CYS R 202 ? 1_555 CYS R 220 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 52 CYS P 7 ? CYS P 16 ? CYS T 7 ? 1_555 CYS T 16 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 8 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 7 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 8 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 5 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 9 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 9 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 3 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 2 ? AD7 ? 5 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 2 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 3 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 3 ? AE6 ? 2 ? AE7 ? 2 ? AE8 ? 4 ? AE9 ? 3 ? AF1 ? 2 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 2 ? AF4 ? 8 ? AF5 ? 2 ? AF6 ? 2 ? AF7 ? 5 ? AF8 ? 3 ? AF9 ? 2 ? AG1 ? 3 ? AG2 ? 4 ? AG3 ? 3 ? AG4 ? 4 ? AG5 ? 5 ? AG6 ? 4 ? AG7 ? 7 ? AG8 ? 4 ? AG9 ? 2 ? AH1 ? 2 ? AH2 ? 2 ? AH3 ? 2 ? AH4 ? 4 ? AH5 ? 2 ? AH6 ? 2 ? AH7 ? 2 ? AH8 ? 2 ? AH9 ? 5 ? AI1 ? 3 ? AI2 ? 2 ? 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parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF4 3 6 ? anti-parallel AF4 4 5 ? anti-parallel AF4 5 6 ? anti-parallel AF4 5 8 ? anti-parallel AF4 6 7 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF7 2 3 ? anti-parallel AF7 2 5 ? anti-parallel AF7 3 4 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG3 1 2 ? anti-parallel AG3 2 3 ? anti-parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG4 2 4 ? anti-parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG5 2 3 ? anti-parallel AG5 3 4 ? anti-parallel AG5 4 5 ? anti-parallel AG6 1 2 ? anti-parallel AG6 2 3 ? anti-parallel AG6 3 4 ? anti-parallel AG7 1 2 ? anti-parallel AG7 2 4 ? anti-parallel AG7 3 4 ? anti-parallel AG7 4 5 ? anti-parallel AG7 4 6 ? anti-parallel AG7 6 7 ? anti-parallel AG8 1 4 ? anti-parallel AG8 2 4 ? anti-parallel AG8 3 4 ? 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