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UK ? ? primary Nature NATUAS 0006 1476-4687 ? ? 589 ? 143 147 'Structure of mycobacterial ATP synthase bound to the tuberculosis drug bedaquiline.' 2021 ? 10.1038/s41586-020-3004-3 33299175 ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? 2692-8205 ? ? ? ? ? ? 'Structure of mycobacterial ATP synthase with the TB drug bedaquiline' 2020 ? 10.1101/2020.08.06.225375 ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Guo, H.' 1 ? primary 'Courbon, G.M.' 2 ? primary 'Bueler, S.A.' 3 ? primary 'Mai, J.' 4 ? primary 'Liu, J.' 5 ? primary 'Rubinstein, J.L.' 6 ? 1 'Guo, H.' 7 0000-0001-7007-2876 1 'Courbon, G.M.' 8 0000-0001-6628-9087 1 'Bueler, S.A.' 9 ? 1 'Mai, J.' 10 0000-0002-8754-3627 1 'Liu, J.' 11 0000-0002-0522-6733 1 'Rubinstein, J.L.' 12 0000-0003-0566-2209 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'ATP synthase subunit alpha' 58951.461 3 7.1.2.2 ? ? ? 2 polymer nat 'ATP synthase subunit beta' 51670.453 3 7.1.2.2 ? ? ? 3 polymer nat 'ATP synthase gamma chain' 33439.836 1 ? ? ? ? 4 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DAAGFKWLAPYTGSAIGQHWMYNGKHVLIVFDDLSKQADAYRAISLLLRRPPGREAFPGDVFYLHSRLLERCAKLSDELG GGSMTGLPIIETKANDISAFIPTNVISITDGQCFLESDLFNQGVRPAINVGVSVSRVGGAAQIKAMKEVAGSLRLDLSQY RELEAFAAFASDLDAASKAQLDRGARLVELLKQPQYSPLAVEEQVVAIFLGTQGHLDSVPVEDVQRFESELLEHVKASHS DIFDGIRETKKLSEEAEEKLVSVINEFKKGFQASDGSSVVVSENAEALDPEDLEKESVKVRKPAPKKA ; A,B,C ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MTATAEKTAGRVVRITGPVVDVEFPRGSVPELFNALHAEITFGALAKTLTLEVAQHLGDSLVRCISMQPTDGLVRGVEVT DTGASISVPVGDGVKGHVFNALGDCLDDPGYGKDFEHWSIHRKPPAFSDLEPRTEMLETGLKVVDLLTPYVRGGKIALFG GAGVGKTVLIQEMINRIARNFGGTSVFAGVGERTREGNDLWVELADANVLKDTALVFGQMDEPPGTRMRVALSALTMAEF FRDEQGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSTLLGRMPSAVGYQPTLADEMGELQERITSTRGRSITSMQAVYVPADDYTDPAP ATTFAHLDATTELSRAVFSKGIFPAVDPLASSSTILDPAIVGDEHYRVAQEVIRILQRYKDLQDIIAILGIDELSEEDKQ LVNRARRIERFLSQNMMAAEQFTGQPGSTVPLKETIEAFDKLTKGEFDHLPEQAFFLIGGLDDLAKKAESLGAKL ; ;MTATAEKTAGRVVRITGPVVDVEFPRGSVPELFNALHAEITFGALAKTLTLEVAQHLGDSLVRCISMQPTDGLVRGVEVT DTGASISVPVGDGVKGHVFNALGDCLDDPGYGKDFEHWSIHRKPPAFSDLEPRTEMLETGLKVVDLLTPYVRGGKIALFG GAGVGKTVLIQEMINRIARNFGGTSVFAGVGERTREGNDLWVELADANVLKDTALVFGQMDEPPGTRMRVALSALTMAEF FRDEQGQDVLLFIDNIFRFTQAGSEVSTLLGRMPSAVGYQPTLADEMGELQERITSTRGRSITSMQAVYVPADDYTDPAP ATTFAHLDATTELSRAVFSKGIFPAVDPLASSSTILDPAIVGDEHYRVAQEVIRILQRYKDLQDIIAILGIDELSEEDKQ LVNRARRIERFLSQNMMAAEQFTGQPGSTVPLKETIEAFDKLTKGEFDHLPEQAFFLIGGLDDLAKKAESLGAKL ; D,E,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MAATLRELRGRIRSAGSIKKITKAQELIATSRIAKAQARVEAARPYAAEITNMLTELAGASALDHPLLVERKQPKRAGVL VVSSDRGLCGAYNANVLRRAEELFSLLRDEGKDPVLYVVGRKALGYFSFRQRTVVESWTGFSERPTYENAREIADTLVNA FMAGADDEGDDAGADGILGVDELHIVFTEFRSMLSQTAVARRAAPMEVEYVGEVETGPRTLYSFEPDPETLFDALLPRYI ATRVYAALLEAAASESASRRRAMKSATDNADDLIKALTLAANRERQAQITQEISEIVGGANALAGSK ; ;MAATLRELRGRIRSAGSIKKITKAQELIATSRIAKAQARVEAARPYAAEITNMLTELAGASALDHPLLVERKQPKRAGVL VVSSDRGLCGAYNANVLRRAEELFSLLRDEGKDPVLYVVGRKALGYFSFRQRTVVESWTGFSERPTYENAREIADTLVNA FMAGADDEGDDAGADGILGVDELHIVFTEFRSMLSQTAVARRAAPMEVEYVGEVETGPRTLYSFEPDPETLFDALLPRYI ATRVYAALLEAAASESASRRRAMKSATDNADDLIKALTLAANRERQAQITQEISEIVGGANALAGSK ; G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MADLNVEIVAVERELWSGPATFVFTRTTAGEIGILPRHIPLVAQLVDDAMVRVEREGEDDLRIAVDGGFLSVTEETVRIL VENAQFESEIDADAAKEDAASDDERTAAWGRARLRALGQID ; ;MADLNVEIVAVERELWSGPATFVFTRTTAGEIGILPRHIPLVAQLVDDAMVRVEREGEDDLRIAVDGGFLSVTEETVRIL VENAQFESEIDADAAKEDAASDDERTAAWGRARLRALGQID ; H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MLAAEEGGAAIHVGHHTLVFELFGMTFNGDTILATAVTAVIVIALAFYLRAKVTSTGVPSGVQLFWEALTIQMRQQIEGS IGMKIAPFVLPLSVTIFVFILISNWLAVLPLQYGGADGAAAELYKAPASDINFVLALALFVFVCYHAAGIWRRGIVGHPI KVVKGHVAFLAPINIVEELAKPISLALRLFGNIFAGGILVALIAMFPWYIQWFPNAVWKTFDLFVGLIQAFIFSLLTILY FSQSMELDHEDH ; ;MLAAEEGGAAIHVGHHTLVFELFGMTFNGDTILATAVTAVIVIALAFYLRAKVTSTGVPSGVQLFWEALTIQMRQQIEGS IGMKIAPFVLPLSVTIFVFILISNWLAVLPLQYGGADGAAAELYKAPASDINFVLALALFVFVCYHAAGIWRRGIVGHPI KVVKGHVAFLAPINIVEELAKPISLALRLFGNIFAGGILVALIAMFPWYIQWFPNAVWKTFDLFVGLIQAFIFSLLTILY FSQSMELDHEDH ; a ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MGEFSATILAASQAAEEGGGGSNFLIPNGTFFAVLIIFLIVLGVISKWVVPPISKVLAEREAMLAKTAADNRKSAEQVAA 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LSDKVSATTLDLLRTAVSNRWSTESNLIDAVEHTARLALLKRAEIAGEVDEVEEQLFRFGRVLDAEPRLSALLSDYTTPA EGRVALLDKALTGRPGVNQTAAALLSQTVGLLRGERADEAVIDLAELAVSRRGEVVAHVSAAAELSDAQRTRLTEVLSRI YGRPVSVQLHVDPELLGGLSITVGDEVIDGSIASRLAAAQTGLPD ; d ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MDLDPNAIITAGALIGGGLIMGGGAIGAGIGDGIAGNALISGIARQPEAQGRLFTPFFITVGLVEAAYFINLAFMALFVF ATPGLQ ; ;MDLDPNAIITAGALIGGGLIMGGGAIGAGIGDGIAGNALISGIARQPEAQGRLFTPFFITVGLVEAAYFINLAFMALFVF ATPGLQ ; 1,2,3,4,5,6,7,8,9 ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 9 _pdbx_entity_nonpoly.name Bedaquiline _pdbx_entity_nonpoly.comp_id BQ1 # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 GLU n 1 4 LEU n 1 5 THR n 1 6 ILE n 1 7 SER n 1 8 ALA n 1 9 ALA n 1 10 ASP n 1 11 ILE n 1 12 GLU n 1 13 GLY n 1 14 ALA n 1 15 ILE n 1 16 GLU n 1 17 ASP n 1 18 TYR n 1 19 VAL n 1 20 SER n 1 21 SER n 1 22 PHE n 1 23 SER n 1 24 ALA n 1 25 ASP n 1 26 THR n 1 27 GLU n 1 28 ARG n 1 29 GLU n 1 30 GLU n 1 31 ILE n 1 32 GLY n 1 33 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T GLU 65 CD 16915 1 Y 1 9 GLU 65 ? OE1 ? T GLU 65 OE1 16916 1 Y 1 9 GLU 65 ? OE2 ? T GLU 65 OE2 16917 1 Y 1 9 ALA 66 ? CB ? T ALA 66 CB 16918 1 Y 1 9 ALA 67 ? CB ? T ALA 67 CB 16919 1 Y 1 9 TYR 68 ? CB ? T TYR 68 CB 16920 1 Y 1 9 TYR 68 ? CG ? T TYR 68 CG 16921 1 Y 1 9 TYR 68 ? CD1 ? T TYR 68 CD1 16922 1 Y 1 9 TYR 68 ? CD2 ? T TYR 68 CD2 16923 1 Y 1 9 TYR 68 ? CE1 ? T TYR 68 CE1 16924 1 Y 1 9 TYR 68 ? CE2 ? T TYR 68 CE2 16925 1 Y 1 9 TYR 68 ? CZ ? T TYR 68 CZ 16926 1 Y 1 9 TYR 68 ? OH ? T TYR 68 OH 16927 1 Y 1 9 PHE 69 ? CB ? T PHE 69 CB 16928 1 Y 1 9 PHE 69 ? CG ? T PHE 69 CG 16929 1 Y 1 9 PHE 69 ? CD1 ? T PHE 69 CD1 16930 1 Y 1 9 PHE 69 ? CD2 ? T PHE 69 CD2 16931 1 Y 1 9 PHE 69 ? CE1 ? T PHE 69 CE1 16932 1 Y 1 9 PHE 69 ? CE2 ? T PHE 69 CE2 16933 1 Y 1 9 PHE 69 ? CZ ? T PHE 69 CZ 16934 1 Y 1 9 ILE 70 ? CB ? T ILE 70 CB 16935 1 Y 1 9 ILE 70 ? CG1 ? T ILE 70 CG1 16936 1 Y 1 9 ILE 70 ? CG2 ? T ILE 70 CG2 16937 1 Y 1 9 ILE 70 ? CD1 ? T ILE 70 CD1 16938 1 Y 1 9 ASN 71 ? CB ? 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T LEU 77 CD2 16963 1 Y 1 9 PHE 78 ? CB ? T PHE 78 CB 16964 1 Y 1 9 PHE 78 ? CG ? T PHE 78 CG 16965 1 Y 1 9 PHE 78 ? CD1 ? T PHE 78 CD1 16966 1 Y 1 9 PHE 78 ? CD2 ? T PHE 78 CD2 16967 1 Y 1 9 PHE 78 ? CE1 ? T PHE 78 CE1 16968 1 Y 1 9 PHE 78 ? CE2 ? T PHE 78 CE2 16969 1 Y 1 9 PHE 78 ? CZ ? T PHE 78 CZ 16970 1 Y 1 9 VAL 79 ? CB ? T VAL 79 CB 16971 1 Y 1 9 VAL 79 ? CG1 ? T VAL 79 CG1 16972 1 Y 1 9 VAL 79 ? CG2 ? T VAL 79 CG2 16973 1 Y 1 9 PHE 80 ? CB ? T PHE 80 CB 16974 1 Y 1 9 PHE 80 ? CG ? T PHE 80 CG 16975 1 Y 1 9 PHE 80 ? CD1 ? T PHE 80 CD1 16976 1 Y 1 9 PHE 80 ? CD2 ? T PHE 80 CD2 16977 1 Y 1 9 PHE 80 ? CE1 ? T PHE 80 CE1 16978 1 Y 1 9 PHE 80 ? CE2 ? T PHE 80 CE2 16979 1 Y 1 9 PHE 80 ? CZ ? T PHE 80 CZ 16980 1 Y 1 9 ALA 81 ? CB ? T ALA 81 CB 16981 1 Y 1 9 THR 82 ? CB ? T THR 82 CB 16982 1 Y 1 9 THR 82 ? OG1 ? T THR 82 OG1 16983 1 Y 1 9 THR 82 ? CG2 ? T THR 82 CG2 16984 1 Y 1 9 PRO 83 ? CB ? T PRO 83 CB 16985 1 Y 1 9 PRO 83 ? CG ? T PRO 83 CG 16986 1 Y 1 9 PRO 83 ? CD ? T PRO 83 CD 16987 1 Y 1 9 LEU 85 ? CB ? T LEU 85 CB 16988 1 Y 1 9 LEU 85 ? CG ? T LEU 85 CG 16989 1 Y 1 9 LEU 85 ? CD1 ? T LEU 85 CD1 16990 1 Y 1 9 LEU 85 ? CD2 ? 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ALA T 81 ? ALA 9 49 ALA 9 81 1 ? 33 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ASP 272 A . ? ASP 272 A ASP 273 A ? ASP 273 A 1 25.21 2 ARG 365 A . ? ARG 365 A PRO 366 A ? PRO 366 A 1 22.94 3 ASP 272 B . ? ASP 272 B ASP 273 B ? ASP 273 B 1 6.59 4 ARG 365 B . ? ARG 365 B PRO 366 B ? PRO 366 B 1 26.42 5 ASP 272 C . ? ASP 272 C ASP 273 C ? ASP 273 C 1 25.86 6 ARG 365 C . ? ARG 365 C PRO 366 C ? PRO 366 C 1 -4.82 7 ASP 254 D . ? ASP 254 D ASN 255 D ? ASN 255 D 1 -6.05 8 PHE 343 D . ? PHE 343 D PRO 344 D ? PRO 344 D 1 19.06 9 ASP 254 E . ? ASP 254 E ASN 255 E ? ASN 255 E 1 9.98 10 PHE 343 E . ? PHE 343 E PRO 344 E ? PRO 344 E 1 16.75 11 ASP 254 F . ? ASP 254 F ASN 255 F ? ASN 255 F 1 6.03 12 PHE 343 F . ? PHE 343 F PRO 344 F ? PRO 344 F 1 12.02 13 ALA 204 G . ? ALA 204 G PRO 205 G ? PRO 205 G 1 -12.89 14 GLU 225 G . ? GLU 225 G PRO 226 G ? PRO 226 G 1 1.98 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 10 ? AA2 ? 24 ? AA3 ? 24 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 6 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 6 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 8 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 8 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 8 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 6 ? 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