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R N N 6 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP PKG16_BPPH2 P11014 ? 1 ;MDKSLFYNPQKMLSYDRILNFVIGARGIGKSYAMKVYPINRFIKYGEQFIYVRRYKPELAKVSNYFNDVAQEFPDHELVV KGRRFYIDGKLAGWAIPLSVWQSEKSNAYPNVSTIVFDEFIREKDNSNYIPNEVSALLNLMDTVFRNRERVRCICLSNAV SVVNPYFLFFNLVPDVNKRFNVYDDALIEIPDSLDFSSERRKTRFGRLIDGTEYGEMSLDNQFIGDSQVFIEKRSKDSKF VFSIVYNGFTLGVWVDVNQGLMYIDTAHDPSTKNVYTLTTDDLNENMMLITNYKNNYHLRKLASAFMNGYLRFDNQVIRN IAYELFRKMRIQ ; 1 2 PDB 7JQQ 7JQQ ? 2 ? 1 3 PDB 7JQQ 7JQQ ? 3 ? 1 4 PDB 7JQQ 7JQQ ? 4 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7JQQ A 1 ? 332 ? P11014 1 ? 332 ? 1 332 2 1 7JQQ B 1 ? 332 ? P11014 1 ? 332 ? 1 332 3 1 7JQQ C 1 ? 332 ? P11014 1 ? 332 ? 1 332 4 1 7JQQ D 1 ? 332 ? P11014 1 ? 332 ? 1 332 5 1 7JQQ E 1 ? 332 ? P11014 1 ? 332 ? 1 332 6 2 7JQQ K 1 ? 117 ? 7JQQ 1 ? 117 ? 1 117 7 2 7JQQ L 1 ? 117 ? 7JQQ 1 ? 117 ? 1 117 8 2 7JQQ M 1 ? 117 ? 7JQQ 1 ? 117 ? 1 117 9 2 7JQQ N 1 ? 117 ? 7JQQ 1 ? 117 ? 1 117 10 2 7JQQ O 1 ? 117 ? 7JQQ 1 ? 117 ? 1 117 11 3 7JQQ F 1 ? 60 ? 7JQQ 1 ? 60 ? 1 60 12 4 7JQQ G 1 ? 60 ? 7JQQ 1 ? 60 ? 1 60 # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 40340 ? 1 MORE -248 ? 1 'SSA (A^2)' 187500 ? # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support microscopy _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'This is the focused CryoEM reconstruction of the motor assembly attached to the phage prohead at the portal.' # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 9 ? ASP A 16 ? PRO A 9 ASP A 16 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 31 ? LYS A 44 ? SER A 31 LYS A 44 1 ? 14 HELX_P HELX_P3 AA3 LYS A 56 ? ALA A 60 ? LYS A 56 ALA A 60 5 ? 5 HELX_P HELX_P4 AA4 PHE A 66 ? ALA A 70 ? PHE A 66 ALA A 70 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 VAL A 100 ? LYS A 105 ? VAL A 100 LYS A 105 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 ASN A 132 ? THR A 143 ? ASN A 132 THR A 143 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 AA7 ASN A 164 ? PHE A 170 ? ASN A 164 PHE A 170 1 ? 7 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP A 192 ? PHE A 205 ? ASP A 192 PHE A 205 1 ? 14 HELX_P HELX_P9 AA9 ARG A 207 ? GLU A 216 ? ARG A 207 GLU A 216 1 ? 10 HELX_P HELX_P10 AB1 GLU A 216 ? ILE A 224 ? GLU A 216 ILE A 224 1 ? 9 HELX_P HELX_P11 AB2 TYR A 293 ? LEU A 299 ? TYR A 293 LEU A 299 1 ? 7 HELX_P HELX_P12 AB3 LEU A 299 ? ASN A 308 ? LEU A 299 ASN A 308 1 ? 10 HELX_P HELX_P13 AB4 ASN A 315 ? MET A 329 ? ASN A 315 MET A 329 1 ? 15 HELX_P HELX_P14 AB5 PRO B 9 ? SER B 14 ? PRO B 9 SER B 14 1 ? 6 HELX_P HELX_P15 AB6 GLY B 29 ? TYR B 45 ? GLY B 29 TYR B 45 1 ? 17 HELX_P HELX_P16 AB7 ALA B 60 ? TYR B 65 ? ALA B 60 TYR B 65 1 ? 6 HELX_P HELX_P17 AB8 TRP B 101 ? ASN B 107 ? TRP B 101 ASN B 107 1 ? 7 HELX_P HELX_P18 AB9 ASN B 132 ? VAL B 144 ? ASN B 132 VAL B 144 1 ? 13 HELX_P HELX_P19 AC1 ASN B 164 ? PHE B 170 ? ASN B 164 PHE B 170 1 ? 7 HELX_P HELX_P20 AC2 SER B 193 ? ARG B 207 ? SER B 193 ARG B 207 1 ? 15 HELX_P HELX_P21 AC3 ARG B 207 ? GLY B 215 ? ARG B 207 GLY B 215 1 ? 9 HELX_P HELX_P22 AC4 GLU B 216 ? ILE B 224 ? GLU B 216 ILE B 224 1 ? 9 HELX_P HELX_P23 AC5 SER B 227 ? ILE B 231 ? SER B 227 ILE B 231 5 ? 5 HELX_P HELX_P24 AC6 THR B 279 ? LEU B 283 ? THR B 279 LEU B 283 5 ? 5 HELX_P HELX_P25 AC7 THR B 291 ? LEU B 299 ? THR B 291 LEU B 299 1 ? 9 HELX_P HELX_P26 AC8 LEU B 299 ? ASN B 308 ? LEU B 299 ASN B 308 1 ? 10 HELX_P HELX_P27 AC9 ASN B 315 ? ARG B 330 ? ASN B 315 ARG B 330 1 ? 16 HELX_P HELX_P28 AD1 PRO C 9 ? ASP C 16 ? PRO C 9 ASP C 16 1 ? 8 HELX_P HELX_P29 AD2 GLY C 29 ? GLY C 46 ? GLY C 29 GLY C 46 1 ? 18 HELX_P HELX_P30 AD3 TYR C 55 ? LYS C 61 ? TYR C 55 LYS C 61 1 ? 7 HELX_P HELX_P31 AD4 LYS C 61 ? ASP C 68 ? LYS C 61 ASP C 68 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 GLN C 102 ? ASN C 107 ? GLN C 102 ASN C 107 5 ? 6 HELX_P HELX_P33 AD6 ASN C 132 ? VAL C 144 ? ASN C 132 VAL C 144 1 ? 13 HELX_P HELX_P34 AD7 PHE C 145 ? ASN C 147 ? PHE C 145 ASN C 147 5 ? 3 HELX_P HELX_P35 AD8 ASN C 164 ? ASN C 171 ? ASN C 164 ASN C 171 1 ? 8 HELX_P HELX_P36 AD9 SER C 193 ? ARG C 207 ? SER C 193 ARG C 207 1 ? 15 HELX_P HELX_P37 AE1 ARG C 207 ? GLU C 216 ? ARG C 207 GLU C 216 1 ? 10 HELX_P HELX_P38 AE2 GLU C 216 ? GLN C 222 ? GLU C 216 GLN C 222 1 ? 7 HELX_P HELX_P39 AE3 LYS C 294 ? HIS C 298 ? LYS C 294 HIS C 298 5 ? 5 HELX_P HELX_P40 AE4 LEU C 299 ? ASN C 308 ? LEU C 299 ASN C 308 1 ? 10 HELX_P HELX_P41 AE5 ASN C 315 ? ARG C 330 ? ASN C 315 ARG C 330 1 ? 16 HELX_P HELX_P42 AE6 ASN D 8 ? ASP D 16 ? ASN D 8 ASP D 16 1 ? 9 HELX_P HELX_P43 AE7 ILE D 28 ? TYR D 45 ? ILE D 28 TYR D 45 1 ? 18 HELX_P HELX_P44 AE8 LYS D 56 ? LYS D 61 ? LYS D 56 LYS D 61 5 ? 6 HELX_P HELX_P45 AE9 SER D 99 ? GLU D 104 ? SER D 99 GLU D 104 1 ? 6 HELX_P HELX_P46 AF1 ASN D 132 ? PHE D 145 ? ASN D 132 PHE D 145 1 ? 14 HELX_P HELX_P47 AF2 ASN D 164 ? PHE D 170 ? ASN D 164 PHE D 170 1 ? 7 HELX_P HELX_P48 AF3 PHE D 196 ? ARG D 207 ? PHE D 196 ARG D 207 1 ? 12 HELX_P HELX_P49 AF4 ARG D 207 ? GLY D 215 ? ARG D 207 GLY D 215 1 ? 9 HELX_P HELX_P50 AF5 SER D 218 ? ILE D 224 ? SER D 218 ILE D 224 1 ? 7 HELX_P HELX_P51 AF6 VAL D 257 ? GLY D 260 ? VAL D 257 GLY D 260 5 ? 4 HELX_P HELX_P52 AF7 THR D 291 ? LEU D 299 ? THR D 291 LEU D 299 1 ? 9 HELX_P HELX_P53 AF8 LEU D 299 ? ASN D 308 ? LEU D 299 ASN D 308 1 ? 10 HELX_P HELX_P54 AF9 VAL D 317 ? ARG D 330 ? VAL D 317 ARG D 330 1 ? 14 HELX_P HELX_P55 AG1 PRO E 9 ? TYR E 15 ? PRO E 9 TYR E 15 1 ? 7 HELX_P HELX_P56 AG2 GLY E 29 ? GLY E 46 ? GLY E 29 GLY E 46 1 ? 18 HELX_P HELX_P57 AG3 TYR E 55 ? VAL E 62 ? TYR E 55 VAL E 62 5 ? 8 HELX_P HELX_P58 AG4 ASN E 64 ? VAL E 69 ? ASN E 64 VAL E 69 1 ? 6 HELX_P HELX_P59 AG5 ALA E 70 ? PHE E 73 ? ALA E 70 PHE E 73 5 ? 4 HELX_P HELX_P60 AG6 TRP E 101 ? SER E 106 ? TRP E 101 SER E 106 1 ? 6 HELX_P HELX_P61 AG7 ASN E 132 ? PHE E 145 ? ASN E 132 PHE E 145 1 ? 14 HELX_P HELX_P62 AG8 ASN E 164 ? ASN E 171 ? ASN E 164 ASN E 171 1 ? 8 HELX_P HELX_P63 AG9 ASP E 192 ? ARG E 207 ? ASP E 192 ARG E 207 1 ? 16 HELX_P HELX_P64 AH1 ARG E 207 ? GLU E 216 ? ARG E 207 GLU E 216 1 ? 10 HELX_P HELX_P65 AH2 GLU E 216 ? GLN E 222 ? GLU E 216 GLN E 222 1 ? 7 HELX_P HELX_P66 AH3 VAL E 257 ? GLY E 260 ? VAL E 257 GLY E 260 5 ? 4 HELX_P HELX_P67 AH4 THR E 279 ? LEU E 283 ? THR E 279 LEU E 283 5 ? 5 HELX_P HELX_P68 AH5 TYR E 293 ? LEU E 299 ? TYR E 293 LEU E 299 1 ? 7 HELX_P HELX_P69 AH6 LEU E 299 ? ASN E 308 ? LEU E 299 ASN E 308 1 ? 10 HELX_P HELX_P70 AH7 GLN E 316 ? ARG E 330 ? GLN E 316 ARG E 330 1 ? 15 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? A SER 31 OG ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? A SER 31 A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? ? metalc2 metalc ? ? A ASP 118 OD1 ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? A ASP 118 A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.141 ? ? metalc3 metalc ? ? A ASP 118 OD2 ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? A ASP 118 A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.059 ? ? metalc4 metalc ? ? M AGS . O3G ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? A AGS 401 A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.122 ? ? metalc5 metalc ? ? M AGS . O1B ? ? ? 1_555 N MG . MG ? ? A AGS 401 A MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.181 ? ? metalc6 metalc ? ? B SER 31 OG ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? B SER 31 B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? metalc7 metalc ? ? B ASP 118 OD1 ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? B ASP 118 B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? ? metalc8 metalc ? ? B ASP 118 OD2 ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? B ASP 118 B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.096 ? ? metalc9 metalc ? ? O AGS . O3G ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? B AGS 401 B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.094 ? ? metalc10 metalc ? ? O AGS . O1B ? ? ? 1_555 P MG . MG ? ? B AGS 401 B MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? ? metalc11 metalc ? ? C SER 31 OG ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? C SER 31 C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.105 ? ? metalc12 metalc ? ? C ASP 118 OD1 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? C ASP 118 C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.107 ? ? metalc13 metalc ? ? C ASP 118 OD2 ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? C ASP 118 C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.089 ? ? metalc14 metalc ? ? Q AGS . O3G ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? C AGS 401 C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.127 ? ? metalc15 metalc ? ? Q AGS . O1B ? ? ? 1_555 R MG . MG ? ? C AGS 401 C MG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.161 ? ? hydrog1 hydrog ? ? K DG 1 N1 ? ? ? 1_555 L DC 60 N3 ? ? F DG 1 G DC 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog2 hydrog ? ? K DG 1 N2 ? ? ? 1_555 L DC 60 O2 ? ? F DG 1 G DC 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog3 hydrog ? ? K DG 1 O6 ? ? ? 1_555 L DC 60 N4 ? ? F DG 1 G DC 60 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog4 hydrog ? ? K DT 2 N3 ? ? ? 1_555 L DA 59 N1 ? ? F DT 2 G DA 59 1_555 ? ? ? ? ? ? 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N N 134 ASN CB CG sing N N 135 ASN CB HB2 sing N N 136 ASN CB HB3 sing N N 137 ASN CG OD1 doub N N 138 ASN CG ND2 sing N N 139 ASN ND2 HD21 sing N N 140 ASN ND2 HD22 sing N N 141 ASN OXT HXT sing N N 142 ASP N CA sing N N 143 ASP N H sing N N 144 ASP N H2 sing N N 145 ASP CA C sing N N 146 ASP CA CB sing N N 147 ASP CA HA sing N N 148 ASP C O doub N N 149 ASP C OXT sing N N 150 ASP CB CG sing N N 151 ASP CB HB2 sing N N 152 ASP CB HB3 sing N N 153 ASP CG OD1 doub N N 154 ASP CG OD2 sing N N 155 ASP OD2 HD2 sing N N 156 ASP OXT HXT sing N N 157 C OP3 P sing N N 158 C OP3 HOP3 sing N N 159 C P OP1 doub N N 160 C P OP2 sing N N 161 C P "O5'" sing N N 162 C OP2 HOP2 sing N N 163 C "O5'" "C5'" sing N N 164 C "C5'" "C4'" sing N N 165 C "C5'" "H5'" sing N N 166 C "C5'" "H5''" sing N N 167 C "C4'" "O4'" sing N N 168 C "C4'" "C3'" sing N N 169 C "C4'" "H4'" sing N N 170 C "O4'" "C1'" sing N N 171 C "C3'" "O3'" sing N N 172 C "C3'" "C2'" sing N N 173 C "C3'" "H3'" sing N N 174 C "O3'" "HO3'" 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