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;AKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDE ELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPK ; ;AKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDE ELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQSVLLPK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;TRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAV SEGTKAVTCYTSA ; ;TRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAV SEGTKAVTCYTSA ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG) 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 5 1 sample 1 146 'synthetic construct' ? 32630 ? 6 1 sample 1 146 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_XENLA P84233 ? 1 ;KPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKR VTIMPKDIQLARRIRGER ; 38 2 UNP H4_XENLA P62799 ? 2 ;GKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYAL KRQGRTLYGFGG ; 12 3 UNP H2A1_XENLA P06897 ? 3 ;AKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAVRNDE ELNKLLGGVTIAQGGVLPNIQSVLLPK ; 13 4 UNP H2B11_XENLA P02281 ? 4 ;SRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAV SEGTKAVTKYTSA ; 33 5 PDB 7K6Q 7K6Q ? 5 ? 1 6 PDB 7K6Q 7K6Q ? 6 ? 1 7 UNP DOT1_YEAST Q04089 ? 7 ;SSTFVDWNGPCLRLQYPLFDIEYLRSHEIYSGTPIQSISLRTNSPQPTSLTSDNDTSSVTTAKLQSILFSNYMEEYKVDF KRSTAIYNPMSEIGKLIEYSCLVFLPSPYAEQLKETILPDLNASFDNSDTKGFVNAINLYNKMIREIPRQRIIDHLETID KIPRSFIHDFLHIVYTRSIHPQANKLKHYKAFSNYVYGELLPNFLSDVYQQCQLKKGDTFMDLGSGVGNCVVQAALECGC ALSFGCEIMDDASDLTILQYEELKKRCKLYGMRLNNVEFSLKKSFVDNNRVAELIPQCDVILVNNFLFDEDLNKKVEKIL QTAKVGCKIISLKSLRSLTYQINFYNVENIFNRLKVQRYDLKEDSVSWTHSGGEYYISTVMEDVDESLFSPAARGRRNRG TPVKY ; 176 8 UNP UBC_HUMAN P0CG48 ? 8 MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7K6Q A 1 ? 98 ? 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'C8 H16 N2 O3' 188.224 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SAM non-polymer . S-ADENOSYLMETHIONINE ? 'C15 H22 N6 O5 S' 398.437 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7K6Q _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7K6Q _struct.title 'Active state Dot1 bound to the H4K16ac nucleosome' _struct.pdbx_descriptor ;Histone H3.2, Histone H4, Histone H2A type 1, Histone H2B 1.1, Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-79 specific, ubiquitin/DNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7K6Q _struct_keywords.text 'Structural Protein/DNA/Transferase, TRANSFERASE, Structural Protein-DNA-Transferase complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'Structural Protein/DNA/Transferase' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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MET A 120 GLY A 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 THR B 20 ? GLY B 31 ? THR B 30 GLY B 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P6 AA6 LEU B 39 ? ALA B 66 ? LEU B 49 ALA B 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P7 AA7 THR B 72 ? GLN B 83 ? THR B 82 GLN B 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P8 AA8 THR C 5 ? GLY C 11 ? THR C 16 GLY C 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P9 AA9 PRO C 15 ? GLY C 26 ? PRO C 26 GLY C 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P10 AB1 ALA C 34 ? ASN C 62 ? ALA C 45 ASN C 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P11 AB2 ILE C 68 ? ASP C 79 ? ILE C 79 ASP C 90 1 ? 12 HELX_P HELX_P12 AB3 ASP C 79 ? LEU C 86 ? ASP C 90 LEU C 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P13 AB4 TYR D 6 ? HIS D 18 ? TYR D 37 HIS D 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P14 AB5 SER D 24 ? ASN D 53 ? SER D 55 ASN D 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P15 AB6 THR D 59 ? LEU D 71 ? THR D 90 LEU D 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY D 73 ? SER D 92 ? GLY D 104 SER D 123 1 ? 20 HELX_P HELX_P17 AB8 GLY E 8 ? LYS E 20 ? GLY E 44 LYS E 56 1 ? 13 HELX_P HELX_P18 AB9 ARG E 27 ? GLN E 40 ? ARG E 63 GLN E 76 1 ? 14 HELX_P HELX_P19 AC1 GLN E 49 ? ALA E 78 ? 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HIS K 27 ? ASP K 195 HIS K 202 1 ? 8 HELX_P HELX_P35 AD8 GLN K 36 ? LEU K 40 ? GLN K 211 LEU K 215 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 ASN K 88 ? VAL K 103 ? ASN K 263 VAL K 278 1 ? 16 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO K 108 ? SER K 128 ? PRO K 283 SER K 303 1 ? 21 HELX_P HELX_P38 AE2 ASP K 129 ? GLU K 146 ? ASP K 304 GLU K 321 1 ? 18 HELX_P HELX_P39 AE3 PRO K 148 ? ILE K 159 ? PRO K 323 ILE K 334 1 ? 12 HELX_P HELX_P40 AE4 ARG K 164 ? ILE K 179 ? ARG K 339 ILE K 354 1 ? 16 HELX_P HELX_P41 AE5 HIS K 180 ? TYR K 189 ? HIS K 355 TYR K 364 5 ? 10 HELX_P HELX_P42 AE6 LEU K 201 ? CYS K 212 ? LEU K 376 CYS K 387 1 ? 12 HELX_P HELX_P43 AE7 GLY K 228 ? CYS K 238 ? GLY K 403 CYS K 413 1 ? 11 HELX_P HELX_P44 AE8 MET K 249 ? GLY K 271 ? MET K 424 GLY K 446 1 ? 23 HELX_P HELX_P45 AE9 ASN K 288 ? ILE K 295 ? ASN K 463 ILE K 470 1 ? 8 HELX_P HELX_P46 AF1 ASP K 309 ? GLN K 321 ? ASP K 484 GLN K 496 1 ? 13 HELX_P HELX_P47 AF2 ILE K 350 ? ASN K 352 ? ILE K 525 ASN K 527 5 ? 3 HELX_P HELX_P48 AF3 SER K 390 ? GLY K 395 ? 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THR L 55 ASN L 60 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? 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L GLU 64 OE2 255 1 Y 1 L SER 65 ? OG ? L SER 65 OG 256 1 Y 1 L ARG 74 ? CG ? L ARG 74 CG 257 1 Y 1 L ARG 74 ? CD ? L ARG 74 CD 258 1 Y 1 L ARG 74 ? NE ? L ARG 74 NE 259 1 Y 1 L ARG 74 ? CZ ? L ARG 74 CZ 260 1 Y 1 L ARG 74 ? NH1 ? L ARG 74 NH1 261 1 Y 1 L ARG 74 ? NH2 ? L ARG 74 NH2 262 1 Y 1 L CYS 76 ? SG ? L CYS 76 SG # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 B GLY 102 ? B GLY 92 2 1 Y 1 E LYS 37 ? E LYS 1 3 1 Y 1 E PRO 38 ? E PRO 2 4 1 Y 1 E HIS 39 ? E HIS 3 5 1 Y 1 F GLY 11 ? F GLY 1 6 1 Y 1 F LYS 12 ? 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'Synthetic construct' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 1 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 2 2 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 3 3 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 4 4 ? 562 'Escherichia coli' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 74.5 _em_image_recording.average_exposure_time 10 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 1809 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 656198 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? 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