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Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Ruifang, G.' 1 0000-0003-2248-4539 'Yawen, B.' 2 0000-0003-3239-1109 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 12 _citation.language ? _citation.page_first 1763 _citation.page_last 1763 _citation.title 'Structural and dynamic mechanisms of CBF3-guided centromeric nucleosome formation.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-021-21985-9 _citation.pdbx_database_id_PubMed 33741944 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Guan, R.' 1 ? primary 'Lian, T.' 2 ? primary 'Zhou, B.R.' 3 0000-0002-5375-7977 primary 'He, E.' 4 ? primary 'Wu, C.' 5 0000-0001-6933-5763 primary 'Singleton, M.' 6 0000-0001-5716-7715 primary 'Bai, Y.' 7 0000-0003-3239-1109 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7K78 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? 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_entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLASKAARKSAPSTGGVKKPKKYTPSELALYEIRKYQRSTDLLISKIPFARLVKEVTDEFT TKDQDLRWQSMAIMALQEASEAYLVGLLEHTNLLALHAKRITIMKKDMQLARRIRGQFI ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLASKAARKSAPSTGGVKKPKKYTPSELALYEIRKYQRSTDLLISKIPFARLVKEVTDEFT TKDQDLRWQSMAIMALQEASEAYLVGLLEHTNLLALHAKRITIMKKDMQLARRIRGQFI ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEEVRAVLKSFLESVIRDSVTYTEHAKRK TVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEEVRAVLKSFLESVIRDSVTYTEHAKRK TVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSGGKGGKAGSAAKASQSRSAKAGLTFPVGRVHRLLRRGNYAQRIGSGAPVYLTAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKTRI IPRHLQLAIRNDDELNKLLGNVTIAQGGVLPNIHQNLLPKKSAKATKASQEL ; ;MSGGKGGKAGSAAKASQSRSAKAGLTFPVGRVHRLLRRGNYAQRIGSGAPVYLTAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKTRI IPRHLQLAIRNDDELNKLLGNVTIAQGGVLPNIHQNLLPKKSAKATKASQEL ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSAKAEKKPASKAPAEKKPAAKKTSTSTDGKKRSKARKETYSSYIYKVLKQTHPDTGISQKSMSILNSFVNDIFERIATE ASKLAAYNKKSTISAREIQTAVRLILPGELAKHAVSEGTRAVTKYSSSTQA ; ;MSAKAEKKPASKAPAEKKPAAKKTSTSTDGKKRSKARKETYSSYIYKVLKQTHPDTGISQKSMSILNSFVNDIFERIATE ASKLAAYNKKSTISAREIQTAVRLILPGELAKHAVSEGTRAVTKYSSSTQA ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT) (DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA) (DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT) ; ;TCGGGTCACATGATGATATTTGATTTTATTATATTTTTAAAAAAAGTAAAAAATAAAAAGTAGTTTATTTTTAAAAAATA AAATTTAAAATATTAGTGTATTTGATTTCCGAAAGTTAAAAAAGAAATAGTAAGCT ; I ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA) (DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA) (DT)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA) ; ;AGCTTACTATTTCTTTTTTAACTTTCGGAAATCAAATACACTAATATTTTAAATTTTATTTTTTAAAAATAAACTACTTT TTATTTTTTACTTTTTTTAAAAATATAATAAAATCAAATATCATCATGTGACCCGA ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MKSSHHHHHHENLYFQSNAMEVQLQQSGPELVEPGTSVKMPCKASGYTFTSYTIQWVKQTPRQGLEWIGYIYPYNAGTKY NEKFKGKATLTSDKSSSTVYMELSSLTSEDSAVYYCARKSSRLRSTLDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSMDIKM TQSPSSMHASLGERVTITCKASQDIRSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATSLADGVPSRFSGSGSGQDFSLTINNLESDDTA TYYCLQHGESPYTFGSGTKLEIKRA ; ;MKSSHHHHHHENLYFQSNAMEVQLQQSGPELVEPGTSVKMPCKASGYTFTSYTIQWVKQTPRQGLEWIGYIYPYNAGTKY NEKFKGKATLTSDKSSSTVYMELSSLTSEDSAVYYCARKSSRLRSTLDYWGQGTSVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSMDIKM TQSPSSMHASLGERVTITCKASQDIRSYLSWYQQKPWKSPKTLIYYATSLADGVPSRFSGSGSGQDFSLTINNLESDDTA TYYCLQHGESPYTFGSGTKLEIKRA ; K,L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 SER n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 SER n 1 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ALA n 3 62 ALA n 3 63 GLU n 3 64 ILE n 3 65 LEU n 3 66 GLU n 3 67 LEU n 3 68 ALA n 3 69 GLY n 3 70 ASN n 3 71 ALA n 3 72 ALA n 3 73 ARG n 3 74 ASP n 3 75 ASN n 3 76 LYS n 3 77 LYS n 3 78 THR n 3 79 ARG n 3 80 ILE n 3 81 ILE n 3 82 PRO n 3 83 ARG n 3 84 HIS n 3 85 LEU n 3 86 GLN n 3 87 LEU n 3 88 ALA n 3 89 ILE n 3 90 ARG n 3 91 ASN n 3 92 ASP n 3 93 ASP n 3 94 GLU n 3 95 LEU n 3 96 ASN n 3 97 LYS n 3 98 LEU n 3 99 LEU n 3 100 GLY n 3 101 ASN n 3 102 VAL n 3 103 THR n 3 104 ILE n 3 105 ALA n 3 106 GLN n 3 107 GLY n 3 108 GLY n 3 109 VAL n 3 110 LEU n 3 111 PRO n 3 112 ASN n 3 113 ILE n 3 114 HIS n 3 115 GLN n 3 116 ASN n 3 117 LEU n 3 118 LEU n 3 119 PRO n 3 120 LYS n 3 121 LYS n 3 122 SER n 3 123 ALA n 3 124 LYS n 3 125 ALA n 3 126 THR n 3 127 LYS n 3 128 ALA n 3 129 SER n 3 130 GLN n 3 131 GLU n 3 132 LEU n 4 1 MET n 4 2 SER n 4 3 ALA n 4 4 LYS n 4 5 ALA n 4 6 GLU n 4 7 LYS n 4 8 LYS n 4 9 PRO n 4 10 ALA n 4 11 SER n 4 12 LYS n 4 13 ALA n 4 14 PRO n 4 15 ALA n 4 16 GLU n 4 17 LYS n 4 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'Escherichia phage EcSzw-2' 2419741 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 7K78 7K78 ? 1 ? 1 2 UNP H4_YEAST P02309 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEEVRAVLKSFLESVIRDSVTYTEHAKRK TVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1_YEAST P04911 ? 3 ;MSGGKGGKAGSAAKASQSRSAKAGLTFPVGRVHRLLRRGNYAQRIGSGAPVYLTAVLEYLAAEILELAGNAARDNKKTRI IPRHLQLAIRNDDELNKLLGNVTIAQGGVLPNIHQNLLPKKSAKATKASQEL ; 1 4 UNP H2B1_YEAST P02293 ? 4 ;MSAKAEKKPASKAPAEKKPAAKKTSTSTDGKKRSKARKETYSSYIYKVLKQTHPDTGISQKSMSILNSFVNDIFERIATE ASKLAAYNKKSTISAREIQTAVRLILPGELAKHAVSEGTRAVTKYSSSTQA ; 1 5 PDB 7K78 7K78 ? 5 ? 1 6 PDB 7K78 7K78 ? 6 ? 1 7 PDB 7K78 7K78 ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7K78 A 1 ? 139 ? 7K78 91 ? 229 ? 91 229 2 2 7K78 B 1 ? 103 ? 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'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7K78 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7K78 _struct.title 'antibody and nucleosome complex' _struct.pdbx_descriptor 'Cse4, Histone H4, Histone H2A.1, Histone H2B.1, scFv/DNA Complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7K78 _struct_keywords.text 'nucleosome, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? L N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 44 ? SER A 58 ? PRO A 134 SER A 148 1 ? 15 HELX_P HELX_P2 AA2 SER A 64 ? GLU A 78 ? SER A 154 GLU A 168 1 ? 15 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 89 ? ALA A 118 ? GLN A 179 ALA A 208 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 124 ? GLY A 136 ? MET A 214 GLY A 226 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 ASN B 26 ? ILE B 30 ? ASN B 26 ILE B 30 5 ? 5 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 31 ? GLY B 42 ? THR B 31 GLY B 42 1 ? 12 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU B 50 ? ALA B 77 ? LEU B 50 ALA B 77 1 ? 28 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 83 ? GLN B 94 ? THR B 83 GLN B 94 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 SER C 18 ? GLY C 24 ? SER C 18 GLY C 24 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO C 28 ? ARG C 38 ? PRO C 28 ARG C 38 1 ? 11 HELX_P HELX_P11 AB2 SER C 47 ? ASN C 75 ? SER C 47 ASN C 75 1 ? 29 HELX_P HELX_P12 AB3 ILE C 81 ? ASN C 91 ? ILE C 81 ASN C 91 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP C 92 ? LEU C 99 ? ASP C 92 LEU C 99 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 AB5 TYR D 41 ? HIS D 53 ? TYR D 41 HIS D 53 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 AB6 SER D 59 ? ASN D 88 ? SER D 59 ASN D 88 1 ? 30 HELX_P HELX_P16 AB7 SER D 94 ? LEU D 106 ? SER D 94 LEU D 106 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 GLY D 108 ? THR D 129 ? GLY D 108 THR D 129 1 ? 22 HELX_P HELX_P18 AB9 THR E 43 ? SER E 58 ? THR E 133 SER E 148 1 ? 16 HELX_P HELX_P19 AC1 SER E 64 ? GLU E 78 ? SER E 154 GLU E 168 1 ? 15 HELX_P HELX_P20 AC2 GLN E 89 ? 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