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N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? ? covale18 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.501 ? ? covale19 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O BMA . C1 ? ? O NAG 2 O BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.502 ? ? covale20 covale both ? O BMA . O3 ? ? ? 1_555 O MAN . C1 ? ? O BMA 3 O MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? ? covale21 covale both ? O BMA . O6 ? ? ? 1_555 O MAN . C1 ? ? O BMA 3 O MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.491 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 7 B . ? SER 7 J PRO 8 B ? PRO 8 J 1 -2.75 2 SER 95 B . ? SER 95 J PRO 96 B ? PRO 96 J 1 -7.20 3 SER 7 D . ? SER 7 I PRO 8 D ? PRO 8 I 1 -2.91 4 SER 95 D . ? 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J TRP 150 1003 1 Y 1 F SER 652 ? J SER 151 1004 1 Y 1 F HIS 653 ? J HIS 152 1005 1 Y 1 F PRO 654 ? J PRO 153 1006 1 Y 1 F GLN 655 ? J GLN 154 1007 1 Y 1 F PHE 656 ? J PHE 155 1008 1 Y 1 F GLU 657 ? J GLU 156 1009 1 Y 1 F LYS 658 ? J LYS 157 1010 1 Y 1 F GLY 659 ? J GLY 158 1011 1 Y 1 F GLY 660 ? J GLY 159 1012 1 Y 1 F GLY 661 ? J GLY 160 1013 1 Y 1 F SER 662 ? J SER 161 1014 1 Y 1 F GLY 663 ? J GLY 162 1015 1 Y 1 F GLY 664 ? J GLY 163 1016 1 Y 1 F GLY 665 ? J GLY 164 1017 1 Y 1 F SER 666 ? J SER 165 1018 1 Y 1 F GLY 667 ? J GLY 166 1019 1 Y 1 F GLY 668 ? J GLY 167 1020 1 Y 1 F GLY 669 ? J GLY 168 1021 1 Y 1 F SER 670 ? J SER 169 1022 1 Y 1 F TRP 671 ? J TRP 170 1023 1 Y 1 F SER 672 ? J SER 171 1024 1 Y 1 F HIS 673 ? J HIS 172 1025 1 Y 1 F PRO 674 ? J PRO 173 1026 1 Y 1 F GLN 675 ? J GLN 174 1027 1 Y 1 F PHE 676 ? J PHE 175 1028 1 Y 1 F GLU 677 ? J GLU 176 1029 1 Y 1 F LYS 678 ? J LYS 177 # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? ? 1 1 565995 ? ? 'Bundibugyo ebolavirus' ? ? ? ? 1 2 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? ? ? 2 3 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? ? ? 3 4 565995 ? ? 'Bundibugyo ebolavirus' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain ? 1 1 9606 'Homo sapiens' ? ? ? 2 2 9606 'Homo sapiens' ? ? ? 3 3 9606 'Homo sapiens' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'U19 AI109762' 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' ? 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero K 5 NAG 1 K NAG 1 D NAG 702 n K 5 NAG 2 K NAG 2 D NAG 703 n K 5 BMA 3 K BMA 3 D BMA 704 n K 5 MAN 4 K MAN 4 D MAN 705 n K 5 MAN 5 K MAN 5 D MAN 706 n L 6 NAG 1 L NAG 1 B NAG 401 n L 6 NAG 2 L NAG 2 B NAG 402 n M 5 NAG 1 M NAG 1 E NAG 702 n M 5 NAG 2 M NAG 2 E NAG 703 n M 5 BMA 3 M BMA 3 E BMA 704 n M 5 MAN 4 M MAN 4 E MAN 705 n M 5 MAN 5 M MAN 5 E MAN 706 n N 6 NAG 1 N NAG 1 C NAG 401 n N 6 NAG 2 N NAG 2 C NAG 402 n O 5 NAG 1 O NAG 1 F NAG 702 n O 5 NAG 2 O NAG 2 F NAG 703 n O 5 BMA 3 O BMA 3 F BMA 704 n O 5 MAN 4 O MAN 4 F MAN 705 n O 5 MAN 5 O MAN 5 F MAN 706 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 6 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 6 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 6 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 4 5 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 5 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n 5 MAN 5 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 7 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? 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