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10.1016/j.celrep.2021.108984 _citation.pdbx_database_id_PubMed 33852862 _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Murin, C.D.' 1 ? primary 'Gilchuk, P.' 2 ? primary 'Ilinykh, P.A.' 3 ? primary 'Huang, K.' 4 ? primary 'Kuzmina, N.' 5 ? primary 'Shen, X.' 6 ? primary 'Bruhn, J.F.' 7 ? primary 'Bryan, A.L.' 8 ? primary 'Davidson, E.' 9 ? primary 'Doranz, B.J.' 10 ? primary 'Williamson, L.E.' 11 ? primary 'Copps, J.' 12 ? primary 'Alkutkar, T.' 13 ? primary 'Flyak, A.I.' 14 ? primary 'Bukreyev, A.' 15 ? primary 'Crowe Jr., J.E.' 16 ? primary 'Ward, A.B.' 17 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Virion spike glycoprotein 1' 34978.613 3 ? ? ? ? 2 polymer man 'Antibody Fab EBOV-437 light chain' 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;NNNTHHQDTGEESASSGKLGLITNTIAGVAGLITGGRRTRREVIVNAQPKCNPNLHYWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAE GIYTEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPHDWTKNIT DKIDQIIHDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK ; ;NNNTHHQDTGEESASSGKLGLITNTIAGVAGLITGGRRTRREVIVNAQPKCNPNLHYWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAE GIYTEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPHDWTKNIT DKIDQIIHDDDDKAGWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK ; D,E,F ? 4 'polypeptide(L)' no no ;QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSRDIFSWVRQAPGQGLEWMGGIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADKSTSTVF MELSGLRSEDTAVYFCARGPPLRGERSWFGESEKYDYFYMDVWGKGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGC LVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD ; ;QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSRDIFSWVRQAPGQGLEWMGGIIPIFGTANYAQKFQGRVTITADKSTSTVF MELSGLRSEDTAVYFCARGPPLRGERSWFGESEKYDYFYMDVWGKGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGC LVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD ; G,H,I ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num 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ARG I 87 THR I 91 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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C ASN 228 C NAG 403 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.526 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? I ASN 242 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? C ASN 238 C NAG 401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? I ASN 261 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? C ASN 257 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.515 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? I ASN 272 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? C ASN 268 C NAG 402 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.525 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? K ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? F ASN 563 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.488 ? N-Glycosylation covale16 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.511 ? ? covale17 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.493 ? ? covale18 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? N NAG 2 N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.508 ? ? covale19 covale both ? N BMA . O3 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? 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R NAG 2 R BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.509 ? ? covale29 covale both ? R BMA . O3 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? R BMA 3 R MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.522 ? ? covale30 covale both ? R BMA . O6 ? ? ? 1_555 R MAN . C1 ? ? R BMA 3 R MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.502 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 7 B . ? SER 7 J PRO 8 B ? PRO 8 J 1 -1.81 2 SER 95 B . ? SER 95 J PRO 96 B ? PRO 96 J 1 -0.83 3 SER 7 F . ? SER 7 K PRO 8 F ? PRO 8 K 1 -2.05 4 SER 95 F . ? SER 95 K PRO 96 F ? PRO 96 K 1 -0.71 5 SER 7 J . ? SER 7 L PRO 8 J ? PRO 8 L 1 -1.89 6 SER 95 J . ? SER 95 L PRO 96 J ? PRO 96 L 1 -0.86 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 9 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 8 ? AA5 ? 4 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 6 ? AB1 ? 4 ? AB2 ? 4 ? AB3 ? 9 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 8 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 6 ? AB8 ? 4 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 6 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 9 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 8 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 6 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 4 ? AD2 ? 6 ? AD3 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA2 6 7 ? anti-parallel AA2 7 8 ? anti-parallel AA2 8 9 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? parallel AA4 6 7 ? anti-parallel AA4 7 8 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AA9 4 5 ? anti-parallel AA9 5 6 ? anti-parallel AB1 1 2 ? parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB3 5 6 ? anti-parallel AB3 6 7 ? anti-parallel AB3 7 8 ? anti-parallel AB3 8 9 ? parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB5 1 2 ? parallel AB5 2 3 ? parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? parallel AB5 6 7 ? anti-parallel AB5 7 8 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB7 5 6 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC1 5 6 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC4 5 6 ? anti-parallel AC4 6 7 ? anti-parallel AC4 7 8 ? anti-parallel AC4 8 9 ? parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC6 5 6 ? parallel AC6 6 7 ? anti-parallel AC6 7 8 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC8 4 5 ? anti-parallel AC8 5 6 ? anti-parallel AC9 1 2 ? parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD2 5 6 ? anti-parallel AD3 1 2 ? parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 47 ? VAL A 49 ? LEU A 43 VAL A 45 AA1 2 GLY A 40 ? ILE A 42 ? GLY A 36 ILE A 38 AA1 3 LEU A 188 ? ILE A 189 ? LEU A 184 ILE A 185 AA1 4 LEU A 67 ? ARG A 68 ? LEU A 63 ARG A 64 AA2 1 THR C 84 ? HIS C 89 ? THR D 544 HIS D 549 AA2 2 ASN C 54 ? THR C 59 ? ASN D 514 THR D 519 AA2 3 ALA A 105 ? GLU A 107 ? ALA A 101 GLU A 103 AA2 4 VAL A 70 ? ASN A 73 ? VAL A 66 ASN A 69 AA2 5 ALA A 181 ? VAL A 185 ? ALA A 177 VAL A 181 AA2 6 PHE A 163 ? TYR A 166 ? PHE A 159 TYR A 162 AA2 7 LEU A 169 ? SER A 171 ? LEU A 165 SER A 167 AA2 8 VAL A 100 ? ASN A 102 ? VAL A 96 ASN A 98 AA2 9 ARG C 120 ? THR C 121 ? ARG D 580 THR D 581 AA3 1 TRP A 90 ? ARG A 93 ? TRP A 86 ARG A 89 AA3 2 PHE A 155 ? HIS A 158 ? PHE A 151 HIS A 154 AA4 1 ALA A 109 ? LYS A 118 ? ALA A 105 LYS A 114 AA4 2 CYS A 139 ? THR A 148 ? CYS A 135 THR A 144 AA4 3 THR A 220 ? THR A 227 ? THR A 216 THR A 223 AA4 4 GLU A 235 ? ASP A 241 ? GLU A 231 ASP A 237 AA4 5 THR A 244 ? GLN A 247 ? THR A 240 GLN A 243 AA4 6 LYS A 276 ? TRP A 279 ? 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4 6 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 6 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 6 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 5 6 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 6 MAN 4 n 6 MAN 5 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 7 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #