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EMDB EMD-22880 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of bafilomycin A1-bound intact V-ATPase from bovine brain' _pdbx_database_related.db_id EMD-22880 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7KHR _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-10-21 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Wang, R.' 1 0000-0001-7342-5278 'Li, X.' 2 0000-0002-0177-0803 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN 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'Xie, X.S.' 5 0000-0001-7013-4571 primary 'Li, X.' 6 0000-0002-0177-0803 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'V-type proton ATPase catalytic subunit A' 68420.914 3 7.1.2.2 ? ? ? 2 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit B, brain isoform' 56637.555 3 ? ? ? ? 3 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit C 1' 44042.566 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit D' 28297.893 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit E 1' 26178.371 3 ? ? ? ? 6 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit F' 13417.275 1 ? ? ? ? 7 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit G' 13588.344 3 ? ? ? ? 8 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit H' 54155.875 1 ? ? ? ? 9 polymer nat 'V-type proton ATPase subunit a' 96431.398 1 ? ? ? ? 10 polymer nat 'V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit' 21530.426 1 ? ? 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(3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate' 534.603 1 ? ? ? ? 22 non-polymer syn '(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate' 760.076 8 ? ? ? ? 23 non-polymer syn 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 221.208 7 ? ? ? ? 24 non-polymer syn 'OLEIC ACID' 282.461 1 ? ? ? ? 25 non-polymer syn ;(5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose ; 622.830 6 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'V-ATPase subunit A,V-ATPase 69 kDa subunit,Vacuolar proton pump subunit alpha' 2 'V-ATPase subunit B 2,Endomembrane proton pump 58 kDa subunit,Vacuolar proton pump subunit B 2' 3 'V-ATPase subunit C 1,Vacuolar proton pump subunit C 1' 5 'V-ATPase subunit E 1,V-ATPase 31 kDa 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_entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MDFSKLPKIRDEDKESTFGYVHGVSGPVVTACDMAGAAMYELVRVGHSELVGEIIRLEGDMATIQVYEETSGVSVGDPVL RTGKPLSVELGPGIMGAIFDGIQRPLSDISSQTQSIYIPRGVNVSALSRDVKWDFTPCKNLRVGSHITGGDIYGIVNENS LIKHKIMLPPRNRGTVTYIAPPGNYDTSDVVLELEFEGIKEKFSMVQVWPVRQVRPVTEKLPANHPLLTGQRVLDALFPC VQGGTTAIPGAFGCGKTVISQSLSKYSNSDVIIYVGCGERGNEMSEVLRDFPELTMEVDGKVESIMKRTALVANTSNMPV AAREASIYTGITLSEYFRDMGYHVSMMADSTSRWAEALREISGRLAEMPADSGYPAYLGARLASFYERAGRVKCLGNPER EGSVSIVGAVSPPGGDFSDPVTSATLGIVQVFWGLDKKLAQRKHFPSVNWLISYSKYMRALDEYYDKHFTEFVPLRTKAK EILQEEEDLAEIVQLVGKASLAETDKITLEVAKLIKDDFLQQNGYTPYDRFCPFYKTVGMLSNMIAFYDMARRAVETTAQ SDNKITWSIIREHMGEILYKLSSMKFKDPVKDGEAKIKADYAQLLEDMQNAFRSLED ; ;MDFSKLPKIRDEDKESTFGYVHGVSGPVVTACDMAGAAMYELVRVGHSELVGEIIRLEGDMATIQVYEETSGVSVGDPVL RTGKPLSVELGPGIMGAIFDGIQRPLSDISSQTQSIYIPRGVNVSALSRDVKWDFTPCKNLRVGSHITGGDIYGIVNENS 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WQLLRIFPKEMLKRIPQSTLSEFYPRDSAKH ; ;MALRAMRGIVNGAAPELPVPTSGPLAGSREQALAVSRNYLSQPRLTYKTVSGVNGPLVILDHVKFPRYAEIVHLTLPDGT KRSGQVLEVSGSKAVVQVFEGTSGIDAKKTSCEFTGDILRTPVSEDMLGRVFNGSGKPIDRGPVVLAEDFLDIMGQPINP QCRIYPEEMIQTGISAIDGMNSIARGQKIPIFSAAGLPHNEIAAQICRQAGLVKKSKDVVDYSEENFAIVFAAMGVNMET ARFFKSDFEENGSMDNVCLFLNLANDPTIERIITPRLALTTAEFLAYQCEKHVLVILTDMSSYAEALREVSAAREEVPGR RGFPGYMYTDLATIYERAGRVEGRNGSITQIPILTMPNDDITHPIPDLTGYITEGQIYVDRQLHNRQIYPPINVLPSLSR LMKSAIGEGMTRKDHADVSNQLYACYAIGKDVQAMKAVVGEEALTSDDLLYLEFLQKFERNFIAQGPYENRTVYETLDIG WQLLRIFPKEMLKRIPQSTLSEFYPRDSAKH ; D,E,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MTEFWLISAPGEKTCQQTWEKLHAATTKNNNLAVSSKFNIPDLKVGTLDVLVGLSDELAKLDAFVEGVVKKVAQYMADVL EDSKDKVQENLLANGVDLVTYITRFQWDMAKYPIKQSLKNISEIIAKGVTQIDNDLKSRASAYNNLKGNLQNLERKNAGS LLTRSLAEIVKKDDFVLDSEYLVTLLVVVPKLNHNDWIKQYETLAEMVVPRSSNVLSEDQDSYLCNVTLFRKAVDDFRHK ARENKFIVRDFQYNEEEMKADKEEMNRLSTDKKKQFGPLVRWLKVNFSEAFIAWIHVKALRVFVESVLRYGLPVNFQAML LQPNKKTMKKLREVLYELYKHLDSSAAAIIDAPMDIPGLNLSQQEYYPYVYYKIDCNLLEFK ; ;MTEFWLISAPGEKTCQQTWEKLHAATTKNNNLAVSSKFNIPDLKVGTLDVLVGLSDELAKLDAFVEGVVKKVAQYMADVL EDSKDKVQENLLANGVDLVTYITRFQWDMAKYPIKQSLKNISEIIAKGVTQIDNDLKSRASAYNNLKGNLQNLERKNAGS LLTRSLAEIVKKDDFVLDSEYLVTLLVVVPKLNHNDWIKQYETLAEMVVPRSSNVLSEDQDSYLCNVTLFRKAVDDFRHK ARENKFIVRDFQYNEEEMKADKEEMNRLSTDKKKQFGPLVRWLKVNFSEAFIAWIHVKALRVFVESVLRYGLPVNFQAML LQPNKKTMKKLREVLYELYKHLDSSAAAIIDAPMDIPGLNLSQQEYYPYVYYKIDCNLLEFK ; G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSGKDRIEIFPSRMAQTIMKARLKGAQTGRNLLKKKSDALTLRFRQILKKIIETKMLMGEVMREAAFSLAEAKFTAGDFS TTVIQNVNKAQVKIRAKKDNVAGVTLPVFEHYHEGTDSYELTGLARGGEQLAKLKRNYAKAVELLVELASLQTSFVTLDE AIKITNRRVNAIEHVIIPRIERTLAYIITELDEREREEFYRLKKIQEKKKILKEKSDKDLEQRRAAGEVIEPANLLAEEK DEDLLFE ; ;MSGKDRIEIFPSRMAQTIMKARLKGAQTGRNLLKKKSDALTLRFRQILKKIIETKMLMGEVMREAAFSLAEAKFTAGDFS TTVIQNVNKAQVKIRAKKDNVAGVTLPVFEHYHEGTDSYELTGLARGGEQLAKLKRNYAKAVELLVELASLQTSFVTLDE AIKITNRRVNAIEHVIIPRIERTLAYIITELDEREREEFYRLKKIQEKKKILKEKSDKDLEQRRAAGEVIEPANLLAEEK DEDLLFE ; H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MALSDADVQKQIKHMMAFIEQEANEKAEEIDAKAEEEFNIEKGRLVQTQRLKIMEYYEKKEKQIEQQKKIQMSNLMNQAR LKVLRARDDLITDLLNEAKQRLSKVVKDTTRYQVLLDGLVLQGLYQLLEPRMIVRCRKQDFPLVKAAVQKAIPVYKVATK RDVDVQIDQEAYLPEEIAGGVEIYNGDRKIKVSNTLESRLDLIAQQMMPEVRGALFGANANRKFLD ; ;MALSDADVQKQIKHMMAFIEQEANEKAEEIDAKAEEEFNIEKGRLVQTQRLKIMEYYEKKEKQIEQQKKIQMSNLMNQAR LKVLRARDDLITDLLNEAKQRLSKVVKDTTRYQVLLDGLVLQGLYQLLEPRMIVRCRKQDFPLVKAAVQKAIPVYKVATK RDVDVQIDQEAYLPEEIAGGVEIYNGDRKIKVSNTLESRLDLIAQQMMPEVRGALFGANANRKFLD ; I,J,K ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MAGRGKLIAVIGDEDTVTGFLLGGIGELNKNRHPNFLVVEKDTTINEIEDTFRQFLNRDDIGIILINQYIAEMVRHALDA HQRSIPAVLEIPSKEHPYDAAKDSILRRARGMFTAEDLR ; ;MAGRGKLIAVIGDEDTVTGFLLGGIGELNKNRHPNFLVVEKDTTINEIEDTFRQFLNRDDIGIILINQYIAEMVRHALDA HQRSIPAVLEIPSKEHPYDAAKDSILRRARGMFTAEDLR ; L ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MASQSQGIQQLLQAEKRAAEKVADARKRKARRLKQAKEEAQMEVDQYRREREQEFQSKQQAAMGSQGNLSAEVEQATRRQ VQGMQSSQQRNRERVLAQLLGMVCDVRPQVHPNYRIAA ; ;MASQSQGIQQLLQAEKRAAEKVADARKRKARRLKQAKEEAQMEVDQYRREREQEFQSKQQAAMGSQGNLSAEVEQATRRQ VQGMQSSQQRNRERVLAQLLGMVCDVRPQVHPNYRIAA ; M,N,O ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MTKMDIRGAVDAAVPTNIIAAKAAEVRANKVNWQSYLQGQMISSEDCEFIQRFEMKRSPEEKQEMLQTEGSQCAKTFINL MTHISKEQTVQYILTLVDDTLQENHQRVSIFFDYAKRSKNTAWSYFLPMLNRQDLFTVHMAARIIAKLAAWGKELMEGSD LNYYFNWIKTQLSSQSSQYVQCVAGCLQLMLRVNEYRFAWVEADGVNCIMGVLSNKCGFQLQYQMIFSVWLLAFSPQMCE HLRRYNIIPVLSDILQESVKEKVTRIILAAFRNFLEKSVERETRQEYALAMIQCKVLKQLENLEQQKYDDEDISEDIKFL LEKLGESVQDLSSFDEYSSELKSGRLEWSPVHKSEKFWRENAARLNEKNYELLKILTKLLEVSDDPQVLAVAAHDVGEYV RHYPRGKRVIEQLGGKQLVMNHMHHEDQQVRYNALLAVQKLMVHNWEYLGKQLQSEQPQTAAARS ; ;MTKMDIRGAVDAAVPTNIIAAKAAEVRANKVNWQSYLQGQMISSEDCEFIQRFEMKRSPEEKQEMLQTEGSQCAKTFINL MTHISKEQTVQYILTLVDDTLQENHQRVSIFFDYAKRSKNTAWSYFLPMLNRQDLFTVHMAARIIAKLAAWGKELMEGSD LNYYFNWIKTQLSSQSSQYVQCVAGCLQLMLRVNEYRFAWVEADGVNCIMGVLSNKCGFQLQYQMIFSVWLLAFSPQMCE HLRRYNIIPVLSDILQESVKEKVTRIILAAFRNFLEKSVERETRQEYALAMIQCKVLKQLENLEQQKYDDEDISEDIKFL LEKLGESVQDLSSFDEYSSELKSGRLEWSPVHKSEKFWRENAARLNEKNYELLKILTKLLEVSDDPQVLAVAAHDVGEYV RHYPRGKRVIEQLGGKQLVMNHMHHEDQQVRYNALLAVQKLMVHNWEYLGKQLQSEQPQTAAARS ; P ? 9 'polypeptide(L)' no no ;MGELFRSEEMTLAQLFLQSEAAYCCVSELGELGKVQFRDLNPDVNVFQRKFVNEVRRCEEMDRKLRFVEKEIRKANIPIM DTGENPEVPFPRDMIDLEANFEKIENELKEINTNQEALKRNFLELTELKFILRKTQQFFDEMADPDLLEESSSLLEPSEM GRGTPLRLGFVAGVINRERIPTFERMLWRVCRGNVFLRQAEIENPLEDPVTGDYVHKSVFIIFFQGDQLKNRVKKICEGF RASLYPCPETPQERKEMASGVNTRIDDLQMVLNQTEDHRQRVLQAAAKNIRVWFIKVRKMKAIYHTLNLCNIDVTQKCLI AEVWCPVTDLDSIQFALRRGTEHSGSTVPSILNRMQTNQTPPTYNKTNKFTYGFQNIVDAYGIGTYREINPAPYTIITFP FLFAVMFGDLGHGILMTLFAVWMVLRESRILSQKNENEMFSTIFSGRYIILLMGVFSIYTGLIYNDCFSKSLNIFGSSWS VRPMFDIYNWTEETLRGNPVLQLNPAVTGVFGGPYPFGIDPIWNIATNKLTFLNSFKMKMSVILGIIHMLFGVSLSLFNH TYFKKPLNIYFGFIPEIIFMTSLFGYLVILIFYKWTAYNAKTSEKAPSLLIHFINMFLFSYGDSGNSMLYSGQKGIQCFL VVVALLCVPWMLLFKPLVLRRQYLRRKHLGTLNFGGIRVGNGPTEEDAEIIQHDQLSTHSEDAEEPTEDEVFDFGDTMVH QAIHTIEYCLGCISNTASYLRLWALSLAHAQLSEVLWTMVIHIGLKVKSLAGGLALFFIFAAFATLTVAILLIMEGLSAF LHALRLHWVEFQNKFYSGTGFKFLPFSFEHIREGKFDD ; ;MGELFRSEEMTLAQLFLQSEAAYCCVSELGELGKVQFRDLNPDVNVFQRKFVNEVRRCEEMDRKLRFVEKEIRKANIPIM DTGENPEVPFPRDMIDLEANFEKIENELKEINTNQEALKRNFLELTELKFILRKTQQFFDEMADPDLLEESSSLLEPSEM GRGTPLRLGFVAGVINRERIPTFERMLWRVCRGNVFLRQAEIENPLEDPVTGDYVHKSVFIIFFQGDQLKNRVKKICEGF RASLYPCPETPQERKEMASGVNTRIDDLQMVLNQTEDHRQRVLQAAAKNIRVWFIKVRKMKAIYHTLNLCNIDVTQKCLI AEVWCPVTDLDSIQFALRRGTEHSGSTVPSILNRMQTNQTPPTYNKTNKFTYGFQNIVDAYGIGTYREINPAPYTIITFP FLFAVMFGDLGHGILMTLFAVWMVLRESRILSQKNENEMFSTIFSGRYIILLMGVFSIYTGLIYNDCFSKSLNIFGSSWS VRPMFDIYNWTEETLRGNPVLQLNPAVTGVFGGPYPFGIDPIWNIATNKLTFLNSFKMKMSVILGIIHMLFGVSLSLFNH TYFKKPLNIYFGFIPEIIFMTSLFGYLVILIFYKWTAYNAKTSEKAPSLLIHFINMFLFSYGDSGNSMLYSGQKGIQCFL VVVALLCVPWMLLFKPLVLRRQYLRRKHLGTLNFGGIRVGNGPTEEDAEIIQHDQLSTHSEDAEEPTEDEVFDFGDTMVH QAIHTIEYCLGCISNTASYLRLWALSLAHAQLSEVLWTMVIHIGLKVKSLAGGLALFFIFAAFATLTVAILLIMEGLSAF LHALRLHWVEFQNKFYSGTGFKFLPFSFEHIREGKFDD ; a ? 10 'polypeptide(L)' no no ;MTGLVLLYSGVFVAFWACLLVVGICYTIFDLGFRFDVAWFLTETSPFMWSNLGIGLAISLSVVGAAWGIYITGSSIIGGG 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_entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 617 Bovine 'Bos taurus' 9913 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 511 Bovine 'Bos taurus' 9913 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 382 Bovine 'Bos taurus' 9913 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 1 247 Bovine 'Bos taurus' 9913 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 1 226 Bovine 'Bos taurus' 9913 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 1 119 Bovine 'Bos taurus' 9913 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 1 118 Bovine 'Bos taurus' 9913 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 1 465 Bovine 'Bos taurus' 9913 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 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LKVLRARDDLITDLLNEAKQRLSKVVKDTTRYQVLLDGLVLQGLYQLLEPRMIVRCRKQDFPLVKAAVQKAIPVYKVATK RDVDVQIDQEAYLPEEIAGGVEIYNGDRKIKVSNTLESRLDLIAQQMMPEVRGALFGANANRKFLD ; 1 6 UNP VATF_BOVIN Q28029 ? 6 ;MAGRGKLIAVIGDEDTVTGFLLGGIGELNKNRHPNFLVVEKDTTINEIEDTFRQFLNRDDIGIILINQYIAEMVRHALDA HQRSIPAVLEIPSKEHPYDAAKDSILRRARGMFTAEDLR ; 1 7 UNP Q0VCV6_BOVIN Q0VCV6 ? 7 ;MASQSQGIQQLLQAEKRAAEKVADARKRKARRLKQAKEEAQMEVDQYRREREQEFQSKQQAAMGSQGNLSAEVEQATRRQ VQGMQSSQQRNRERVLAQLLGMVCDVRPQVHPNYRIAA ; 1 8 UNP F1MZL6_BOVIN F1MZL6 ? 8 ;MTKMDIRGAVDAAVPTNIIAAKAAEVRANKVNWQSYLQGQMISSEDCEFIQRFEMKRSPEEKQEMLQTEGSQCAKTFINL MTHISKEQTVQYILTLVDDTLQENHQRVSIFFDYAKRSKNTAWSYFLPMLNRQDLFTVHMAARIIAKLAAWGKELMEGSD LNYYFNWIKTQLSSQSSQYVQCVAGCLQLMLRVNEYRFAWVEADGVNCIMGVLSNKCGFQLQYQMIFSVWLLAFSPQMCE HLRRYNIIPVLSDILQESVKEKVTRIILAAFRNFLEKSVERETRQEYALAMIQCKVLKQLENLEQQKYDDEDISEDIKFL LEKLGESVQDLSSFDEYSSELKSGRLEWSPVHKSEKFWRENAARLNEKNYELLKILTKLLEVSDDPQVLAVAAHDVGEYV RHYPRGKRVIEQLGGKQLVMNHMHHEDQQVRYNALLAVQKLMVHNWEYLGKQLQSEQPQTAAARS ; 1 9 UNP F1MJV0_BOVIN F1MJV0 ? 9 ;MGELFRSEEMTLAQLFLQSEAAYCCVSELGELGKVQFRDLNPDVNVFQRKFVNEVRRCEEMDRKLRFVEKEIRKANIPIM DTGENPEVPFPRDMIDLEANFEKIENELKEINTNQEALKRNFLELTELKFILRKTQQFFDEMADPDLLEESSSLLEPSEM GRGTPLRLGFVAGVINRERIPTFERMLWRVCRGNVFLRQAEIENPLEDPVTGDYVHKSVFIIFFQGDQLKNRVKKICEGF RASLYPCPETPQERKEMASGVNTRIDDLQMVLNQTEDHRQRVLQAAAKNIRVWFIKVRKMKAIYHTLNLCNIDVTQKCLI AEVWCPVTDLDSIQFALRRGTEHSGSTVPSILNRMQTNQTPPTYNKTNKFTYGFQNIVDAYGIGTYREINPAPYTIITFP FLFAVMFGDLGHGILMTLFAVWMVLRESRILSQKNENEMFSTIFSGRYIILLMGVFSIYTGLIYNDCFSKSLNIFGSSWS VRPMFDIYNWTEETLRGNPVLQLNPAVTGVFGGPYPFGIDPIWNIATNKLTFLNSFKMKMSVILGIIHMLFGVSLSLFNH TYFKKPLNIYFGFIPEIIFMTSLFGYLVILIFYKWTAYNAKTSEKAPSLLIHFINMFLFSYGDSGNSMLYSGQKGIQCFL VVVALLCVPWMLLFKPLVLRRQYLRRKHLGTLNFGGIRVGNGPTEEDAEIIQHDQLSTHSEDAEEPTEDEVFDFGDTMVH QAIHTIEYCLGCISNTASYLRLWALSLAHAQLSEVLWTMVIHIGLKVKSLAGGLALFFIFAAFATLTVAILLIMEGLSAF LHALRLHWVEFQNKFYSGTGFKFLPFSFEHIREGKFDD ; 1 10 UNP VATO_BOVIN Q2TA24 ? 10 ;MTGLVLLYSGVFVAFWACLLVVGICYTIFDLGFRFDVAWFLTETSPFMWSNLGIGLAISLSVVGAAWGIYITGSSIIGGG 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'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLC 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-glucopyranose 'alpha-D-glucose; D-glucose; glucose' 'C6 H12 O6' 180.156 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 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ILE c 56 LEU c 80 1 ? 25 HELX_P HELX_P273 BE3 SER W 85 ? GLN W 124 ? SER c 85 GLN c 124 1 ? 40 HELX_P HELX_P274 BE4 LEU W 127 ? ALA W 138 ? LEU c 127 ALA c 138 1 ? 12 HELX_P HELX_P275 BE5 GLU W 139 ? THR W 154 ? GLU c 139 THR c 154 1 ? 16 HELX_P HELX_P276 BE6 TYR X 10 ? SER X 45 ? TYR g 10 SER g 45 1 ? 36 HELX_P HELX_P277 BE7 ILE X 56 ? SER X 79 ? ILE g 56 SER g 79 1 ? 24 HELX_P HELX_P278 BE8 SER X 85 ? GLN X 124 ? SER g 85 GLN g 124 1 ? 40 HELX_P HELX_P279 BE9 ARG X 126 ? ALA X 138 ? ARG g 126 ALA g 138 1 ? 13 HELX_P HELX_P280 BF1 GLU X 139 ? THR X 154 ? GLU g 139 THR g 154 1 ? 16 HELX_P HELX_P281 BF2 SER Y 12 ? SER Y 45 ? SER k 12 SER k 45 1 ? 34 HELX_P HELX_P282 BF3 ARG Y 48 ? SER Y 55 ? ARG k 48 SER k 55 5 ? 8 HELX_P HELX_P283 BF4 ILE Y 56 ? ASN Y 78 ? ILE k 56 ASN k 78 1 ? 23 HELX_P HELX_P284 BF5 SER Y 85 ? GLN Y 92 ? SER k 85 GLN k 92 1 ? 8 HELX_P HELX_P285 BF6 GLN Y 92 ? THR Y 121 ? GLN k 92 THR k 121 1 ? 30 HELX_P HELX_P286 BF7 GLN Y 124 ? ARG Y 126 ? GLN k 124 ARG k 126 5 ? 3 HELX_P HELX_P287 BF8 LEU Y 127 ? THR Y 154 ? LEU k 127 THR k 154 1 ? 28 HELX_P HELX_P288 BF9 SER Z 12 ? SER Z 20 ? SER l 12 SER l 20 1 ? 9 HELX_P HELX_P289 BG1 SER Z 20 ? PHE Z 25 ? SER l 20 PHE l 25 1 ? 6 HELX_P HELX_P290 BG2 PHE Z 25 ? SER Z 45 ? PHE l 25 SER l 45 1 ? 21 HELX_P HELX_P291 BG3 ILE Z 52 ? SER Z 55 ? ILE l 52 SER l 55 5 ? 4 HELX_P HELX_P292 BG4 ILE Z 56 ? ASN Z 78 ? ILE l 56 ASN l 78 1 ? 23 HELX_P HELX_P293 BG5 SER Z 85 ? LEU Z 101 ? SER l 85 LEU l 101 1 ? 17 HELX_P HELX_P294 BG6 SER Z 102 ? THR Z 121 ? SER l 102 THR l 121 1 ? 20 HELX_P HELX_P295 BG7 GLN Z 124 ? ARG Z 126 ? GLN l 124 ARG l 126 5 ? 3 HELX_P HELX_P296 BG8 LEU Z 127 ? THR Z 154 ? LEU l 127 THR l 154 1 ? 28 HELX_P HELX_P297 BG9 PRO AA 8 ? TYR AA 10 ? PRO m 8 TYR m 10 5 ? 3 HELX_P HELX_P298 BH1 ALA AA 11 ? VAL AA 46 ? ALA m 11 VAL m 46 1 ? 36 HELX_P HELX_P299 BH2 ARG AA 48 ? SER AA 55 ? ARG m 48 SER m 55 5 ? 8 HELX_P HELX_P300 BH3 ILE AA 56 ? SER AA 79 ? ILE m 56 SER m 79 1 ? 24 HELX_P HELX_P301 BH4 SER AA 85 ? GLN AA 124 ? SER m 85 GLN m 124 1 ? 40 HELX_P HELX_P302 BH5 LEU AA 127 ? ALA AA 138 ? LEU m 127 ALA m 138 1 ? 12 HELX_P HELX_P303 BH6 GLU AA 139 ? LYS AA 155 ? GLU m 139 LYS m 155 1 ? 17 HELX_P HELX_P304 BH7 PRO BA 8 ? ALA BA 11 ? PRO n 8 ALA n 11 5 ? 4 HELX_P HELX_P305 BH8 SER BA 12 ? SER BA 45 ? SER n 12 SER n 45 1 ? 34 HELX_P HELX_P306 BH9 ILE BA 56 ? GLY BA 63 ? ILE n 56 GLY n 63 1 ? 8 HELX_P HELX_P307 BI1 ILE BA 64 ? SER BA 79 ? ILE n 64 SER n 79 1 ? 16 HELX_P HELX_P308 BI2 SER BA 85 ? GLN BA 124 ? SER n 85 GLN n 124 1 ? 40 HELX_P HELX_P309 BI3 ARG BA 126 ? GLY BA 145 ? ARG n 126 GLY n 145 1 ? 20 HELX_P HELX_P310 BI4 GLY BA 145 ? THR BA 154 ? GLY n 145 THR n 154 1 ? 10 HELX_P HELX_P311 BI5 ALA CA 11 ? SER CA 45 ? ALA o 11 SER o 45 1 ? 35 HELX_P HELX_P312 BI6 ARG CA 48 ? ILE CA 52 ? ARG o 48 ILE o 52 5 ? 5 HELX_P HELX_P313 BI7 ILE CA 56 ? MET CA 61 ? ILE o 56 MET o 61 1 ? 6 HELX_P HELX_P314 BI8 ALA CA 62 ? SER CA 79 ? ALA o 62 SER o 79 1 ? 18 HELX_P HELX_P315 BI9 SER CA 85 ? THR CA 121 ? SER o 85 THR o 121 1 ? 37 HELX_P HELX_P316 BJ1 GLN CA 124 ? ARG CA 126 ? GLN o 124 ARG o 126 5 ? 3 HELX_P HELX_P317 BJ2 LEU CA 127 ? ALA CA 138 ? LEU o 127 ALA o 138 1 ? 12 HELX_P HELX_P318 BJ3 GLU CA 139 ? THR CA 154 ? GLU o 139 THR o 154 1 ? 16 HELX_P HELX_P319 BJ4 PRO DA 8 ? ALA DA 11 ? PRO p 8 ALA p 11 5 ? 4 HELX_P HELX_P320 BJ5 SER DA 12 ? THR DA 39 ? SER p 12 THR p 39 1 ? 28 HELX_P HELX_P321 BJ6 GLY DA 40 ? SER DA 45 ? GLY p 40 SER p 45 1 ? 6 HELX_P HELX_P322 BJ7 ILE DA 52 ? SER DA 55 ? ILE p 52 SER p 55 5 ? 4 HELX_P HELX_P323 BJ8 ILE DA 56 ? ASN DA 78 ? ILE p 56 ASN p 78 1 ? 23 HELX_P HELX_P324 BJ9 SER DA 85 ? THR DA 121 ? SER p 85 THR p 121 1 ? 37 HELX_P HELX_P325 BK1 GLN DA 124 ? ARG DA 126 ? GLN p 124 ARG p 126 5 ? 3 HELX_P HELX_P326 BK2 LEU DA 127 ? THR DA 154 ? LEU p 127 THR p 154 1 ? 28 HELX_P HELX_P327 BK3 SER EA 12 ? SER EA 45 ? SER q 12 SER q 45 1 ? 34 HELX_P HELX_P328 BK4 ARG EA 48 ? SER EA 55 ? ARG q 48 SER q 55 5 ? 8 HELX_P HELX_P329 BK5 ILE EA 56 ? MET EA 61 ? ILE q 56 MET q 61 1 ? 6 HELX_P HELX_P330 BK6 ALA EA 62 ? SER EA 79 ? ALA q 62 SER q 79 1 ? 18 HELX_P HELX_P331 BK7 SER EA 85 ? GLN EA 92 ? SER q 85 GLN q 92 1 ? 8 HELX_P HELX_P332 BK8 LEU EA 93 ? ALA EA 122 ? LEU q 93 ALA q 122 1 ? 30 HELX_P HELX_P333 BK9 GLN EA 124 ? ARG EA 126 ? GLN q 124 ARG q 126 5 ? 3 HELX_P HELX_P334 BL1 LEU EA 127 ? ALA EA 138 ? LEU q 127 ALA q 138 1 ? 12 HELX_P HELX_P335 BL2 VAL EA 140 ? THR EA 154 ? VAL q 140 THR q 154 1 ? 15 HELX_P HELX_P336 BL3 LYS FA 10 ? VAL FA 35 ? LYS f 10 VAL f 35 1 ? 26 HELX_P HELX_P337 BL4 SER FA 37 ? ILE FA 41 ? SER f 37 ILE f 41 5 ? 5 HELX_P HELX_P338 BL5 ASN FA 57 ? SER FA 74 ? ASN f 57 SER f 74 1 ? 18 HELX_P HELX_P339 BL6 SER FA 74 ? SER FA 83 ? SER f 74 SER f 83 1 ? 10 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? U CYS 369 SG ? ? ? 1_555 U CYS 416 SG ? ? s CYS 369 s CYS 416 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? covale1 covale one ? U ASN 258 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? s ASN 258 s NAG 509 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? U ASN 271 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? s ASN 271 s NAG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? U ASN 301 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? s ASN 301 s NAG 505 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.305 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? U ASN 348 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? s ASN 348 s NAG 506 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? U ASN 355 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? s ASN 355 s NAG 507 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.545 ? N-Glycosylation covale6 covale both ? GA NAG . O4 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? t NAG 1 t NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale7 covale both ? GA NAG . O4 ? ? ? 1_555 GA BMA . C1 ? ? t NAG 2 t BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale8 covale both ? GA BMA . O3 ? ? ? 1_555 GA MAN . C1 ? ? t BMA 3 t MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale9 covale both ? GA MAN . O2 ? ? ? 1_555 GA MAN . C1 ? ? t MAN 4 t MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale10 covale both ? GA MAN . O2 ? ? ? 1_555 GA MAN . C1 ? ? t MAN 5 t MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale11 covale both ? GA MAN . O3 ? ? ? 1_555 GA GLC . C1 ? ? t MAN 6 t GLC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale12 covale both ? GA GLC . O3 ? ? ? 1_555 GA GLC . C1 ? ? t GLC 7 t GLC 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale13 covale both ? GA GLC . O2 ? ? ? 1_555 GA GLC . C1 ? ? t GLC 8 t GLC 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale14 covale both ? HA MAN . O6 ? ? ? 1_555 HA MAN . C1 ? ? Q MAN 1 Q MAN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? metalc1 metalc ? ? C THR 257 OG1 ? ? ? 1_555 IA MG . MG ? ? C THR 257 C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.146 ? ? metalc2 metalc ? ? C GLU 283 OE1 ? ? ? 1_555 IA MG . MG ? ? C GLU 283 C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.967 ? ? metalc3 metalc ? ? C GLU 283 OE2 ? ? ? 1_555 IA MG . MG ? ? C GLU 283 C MG 701 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.151 ? ? metalc4 metalc ? ? IA MG . MG ? ? ? 1_555 JA ADP . O3B ? ? C MG 701 C ADP 702 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.150 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 445 A . ? PHE 445 A PRO 446 A ? 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4 18 DManpa1-6DManpa1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 18 'WURCS=2.0/1,2,1/[a1122h-1a_1-5]/1-1/a6-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 18 '[][D-1-deoxy-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 17 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 17 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 17 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 4 17 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 5 17 6 MAN C1 O1 5 MAN O2 HO2 sing ? 6 17 7 GLC C1 O1 6 MAN O3 HO3 sing ? 7 17 8 GLC C1 O1 7 GLC O3 HO3 sing ? 8 17 9 GLC C1 O1 8 GLC O2 HO2 sing ? 9 18 2 MAN C1 O1 1 MAN O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 17 NAG 1 n 17 NAG 2 n 17 BMA 3 n 17 MAN 4 n 17 MAN 5 n 17 MAN 6 n 17 GLC 7 n 17 GLC 8 n 17 GLC 9 n 18 MAN 1 n 18 MAN 2 n # _pdbx_entity_instance_feature.ordinal 1 _pdbx_entity_instance_feature.comp_id WEV _pdbx_entity_instance_feature.asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id WEV _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.feature_type 'SUBJECT OF INVESTIGATION' _pdbx_entity_instance_feature.details ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 19 'MAGNESIUM ION' MG 20 "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" ADP 21 'methyl (3R,6Z,10E,14E)-3,7,11,15,19-pentamethylicosa-6,10,14,18-tetraen-1-yl dihydrogen diphosphate' WJP 22 '(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate' POV 23 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG 24 'OLEIC ACID' OLA 25 ;(5R)-2,4-dideoxy-1-C-{(2S,3R,4S)-3-hydroxy-4-[(2R,3S,4E,6E,9R,10S,11R,12E,14Z)-10-hydroxy-3,15-dimethoxy-7,9,11,13-tetramethyl-16-oxo-1-oxacyclohexadeca-4,6,12,14-tetraen-2-yl]pentan-2-yl}-4-methyl-5-propan-2-yl-alpha-D-threo-pentopyranose ; WEV # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? 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