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EMDB EMD-22924 ? ? # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2021-07-14 2 'Structure model' 1 1 2024-11-06 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Data collection' 2 2 'Structure model' 'Database references' 3 2 'Structure model' 'Refinement description' 4 2 'Structure model' 'Structure summary' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' chem_comp_atom 2 2 'Structure model' chem_comp_bond 3 2 'Structure model' database_2 4 2 'Structure model' em_3d_fitting_list 5 2 'Structure model' em_admin 6 2 'Structure model' pdbx_entry_details 7 2 'Structure model' pdbx_initial_refinement_model 8 2 'Structure model' pdbx_modification_feature # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_database_2.pdbx_DOI' 2 2 'Structure model' '_database_2.pdbx_database_accession' 3 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.accession_code' 4 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id' 5 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.source_name' 6 2 'Structure model' '_em_3d_fitting_list.type' 7 2 'Structure model' '_em_admin.last_update' 8 2 'Structure model' '_pdbx_entry_details.has_protein_modification' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7KMF _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2020-11-02 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'eiF2B structure with a ligand' _pdbx_database_related.db_id EMD-22924 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Nocek, B.' 1 ? 'Hao, Q.' 2 ? 'Wong, Y.' 3 ? 'Stoll, V.' 4 ? 'Sidrauski, C.' 5 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 12 _citation.language ? _citation.page_first 3440 _citation.page_last 3440 _citation.title 'Sugar phosphate activation of the stress sensor eIF2B.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-021-23836-z _citation.pdbx_database_id_PubMed 34103529 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Hao, Q.' 1 ? primary 'Heo, J.M.' 2 ? primary 'Nocek, B.P.' 3 ? primary 'Hicks, K.G.' 4 0000-0001-5067-7608 primary 'Stoll, V.S.' 5 ? primary 'Remarcik, C.' 6 ? primary 'Hackett, S.' 7 0000-0002-9553-4341 primary 'LeBon, L.' 8 0000-0003-3205-1948 primary 'Jain, R.' 9 ? primary 'Eaton, D.' 10 ? primary 'Rutter, J.' 11 0000-0002-2710-9765 primary 'Wong, Y.L.' 12 0000-0003-0298-8510 primary 'Sidrauski, C.' 13 0000-0002-4850-3112 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Translation initiation factor eIF-2B subunit beta' 41049.633 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Translation initiation factor eIF-2B subunit delta' 57640.168 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha' 40552.938 2 ? ? ? 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GLU n 1 50 MET n 1 51 ALA n 1 52 ARG n 1 53 GLU n 1 54 THR n 1 55 LEU n 1 56 GLY n 1 57 LEU n 1 58 LEU n 1 59 ARG n 1 60 GLN n 1 61 ILE n 1 62 ILE n 1 63 THR n 1 64 ASP n 1 65 HIS n 1 66 ARG n 1 67 TRP n 1 68 SER n 1 69 ASN n 1 70 ALA n 1 71 GLY n 1 72 GLU n 1 73 LEU n 1 74 MET n 1 75 GLU n 1 76 LEU n 1 77 ILE n 1 78 ARG n 1 79 ARG n 1 80 GLU n 1 81 GLY n 1 82 ARG n 1 83 ARG n 1 84 MET n 1 85 THR n 1 86 ALA n 1 87 ALA n 1 88 GLN n 1 89 PRO n 1 90 SER n 1 91 GLU n 1 92 THR n 1 93 THR n 1 94 VAL n 1 95 GLY n 1 96 ASN n 1 97 MET n 1 98 VAL n 1 99 ARG n 1 100 ARG n 1 101 VAL n 1 102 LEU n 1 103 LYS n 1 104 ILE n 1 105 ILE n 1 106 ARG n 1 107 GLU n 1 108 GLU n 1 109 TYR n 1 110 GLY n 1 111 ARG n 1 112 LEU n 1 113 HIS n 1 114 GLY n 1 115 ARG n 1 116 SER n 1 117 ASP n 1 118 GLU n 1 119 SER n 1 120 ASP n 1 121 GLN n 1 122 GLN n 1 123 GLU n 1 124 SER n 1 125 LEU n 1 126 HIS n 1 127 LYS n 1 128 LEU n 1 129 LEU n 1 130 THR n 1 131 SER n 1 132 GLY n 1 133 GLY n 1 134 LEU n 1 135 ASN n 1 136 GLU n 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LEU K 228 GLN K 236 1 ? 9 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # _struct_conn.id disulf1 _struct_conn.conn_type_id disulf _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ? _struct_conn.pdbx_PDB_id ? _struct_conn.ptnr1_label_asym_id A _struct_conn.ptnr1_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_label_seq_id 214 _struct_conn.ptnr1_label_atom_id SG _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id ? _struct_conn.ptnr1_symmetry 1_555 _struct_conn.ptnr2_label_asym_id C _struct_conn.ptnr2_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 465 _struct_conn.ptnr2_label_atom_id SG _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code ? _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id C _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id 198 _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id F _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id 465 _struct_conn.ptnr2_symmetry 1_555 _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code ? _struct_conn.details ? _struct_conn.pdbx_dist_value 2.036 _struct_conn.pdbx_value_order ? _struct_conn.pdbx_role ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _pdbx_modification_feature.ordinal 1 _pdbx_modification_feature.label_comp_id CYS _pdbx_modification_feature.label_asym_id A _pdbx_modification_feature.label_seq_id 214 _pdbx_modification_feature.label_alt_id ? _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id CYS _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id C _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id 465 _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id ? _pdbx_modification_feature.auth_comp_id CYS _pdbx_modification_feature.auth_asym_id C _pdbx_modification_feature.auth_seq_id 198 _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code ? _pdbx_modification_feature.symmetry 1_555 _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id CYS _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id F _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id 465 _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code ? _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry 1_555 _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom SG _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom SG _pdbx_modification_feature.modified_residue_id . _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id . _pdbx_modification_feature.ref_comp_id . _pdbx_modification_feature.type None _pdbx_modification_feature.category 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ALA 211 A . ? ALA 195 C PRO 212 A ? PRO 196 C 1 4.33 2 ARG 364 C . ? ARG 364 F PRO 365 C ? PRO 365 F 1 -3.54 3 ARG 364 D . ? ARG 364 E PRO 365 D ? PRO 365 E 1 -6.42 4 GLN 156 E . ? GLN 156 H PRO 157 E ? PRO 157 H 1 0.42 5 GLN 156 F . ? GLN 156 G PRO 157 F ? PRO 157 G 1 6.27 6 PHE 57 G . ? PHE 57 B PRO 58 G ? PRO 58 B 1 5.21 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 7 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 8 ? AA4 ? 7 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 8 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 7 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 2 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 6 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 6 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 3 ? AD2 ? 3 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 3 ? AD5 ? 6 ? AD6 ? 2 ? 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ILE D 501 ? VAL E 500 ILE E 501 AA9 2 MET D 506 ? ILE D 507 ? MET E 506 ILE E 507 AB1 1 GLY E 289 ? LEU E 291 ? GLY H 289 LEU H 291 AB1 2 LEU E 283 ? THR E 286 ? LEU H 283 THR H 286 AB1 3 PHE E 226 ? VAL E 228 ? PHE H 226 VAL H 228 AB1 4 LEU E 192 ? VAL E 195 ? LEU H 192 VAL H 195 AB1 5 ALA E 123 ? THR E 127 ? ALA H 123 THR H 127 AB1 6 PHE E 148 ? THR E 153 ? PHE H 148 THR H 153 AB1 7 VAL E 175 ? VAL E 178 ? VAL H 175 VAL H 178 AB1 8 LYS F 267 ? GLU F 268 ? LYS G 267 GLU G 268 AB2 1 GLY E 199 ? VAL E 200 ? GLY H 199 VAL H 200 AB2 2 ILE E 206 ? LYS E 209 ? ILE H 206 LYS H 209 AB2 3 VAL E 273 ? THR E 276 ? VAL H 273 THR H 276 AB3 1 VAL F 175 ? VAL F 178 ? VAL G 175 VAL G 178 AB3 2 PHE F 148 ? THR F 153 ? PHE G 148 THR G 153 AB3 3 ALA F 123 ? THR F 127 ? ALA G 123 THR G 127 AB3 4 LEU F 192 ? VAL F 195 ? LEU G 192 VAL G 195 AB3 5 PHE F 226 ? VAL F 228 ? PHE G 226 VAL G 228 AB3 6 LEU F 283 ? THR F 286 ? LEU G 283 THR G 286 AB3 7 GLY F 289 ? LEU F 291 ? GLY G 289 LEU G 291 AB4 1 GLY F 199 ? VAL F 200 ? GLY G 199 VAL G 200 AB4 2 ILE F 206 ? LYS F 209 ? ILE G 206 LYS G 209 AB4 3 VAL F 273 ? THR F 276 ? VAL G 273 THR G 276 AB5 1 ILE G 122 ? THR G 124 ? ILE B 122 THR B 124 AB5 2 THR G 91 ? CYS G 95 ? THR B 91 CYS B 95 AB5 3 GLN G 44 ? VAL G 48 ? GLN B 44 VAL B 48 AB5 4 PHE G 148 ? VAL G 151 ? PHE B 148 VAL B 151 AB6 1 VAL G 155 ? SER G 157 ? VAL B 155 SER B 157 AB6 2 GLY G 297 ? ARG G 299 ? GLY B 297 ARG B 299 AB7 1 LEU G 244 ? LEU G 245 ? LEU B 244 LEU B 245 AB7 2 SER G 179 ? GLU G 187 ? SER B 179 GLU B 187 AB7 3 GLN G 286 ? THR G 292 ? GLN B 286 THR B 292 AB8 1 VAL G 212 ? GLN G 216 ? VAL B 212 GLN B 216 AB8 2 VAL G 202 ? VAL G 205 ? VAL B 202 VAL B 205 AB8 3 GLU G 239 ? ARG G 241 ? GLU B 239 ARG B 241 AB8 4 ARG I 192 ? THR I 197 ? ARG J 192 THR J 197 AB8 5 PHE I 157 ? VAL I 160 ? PHE J 157 VAL J 160 AB8 6 LEU I 167 ? MET I 170 ? LEU J 167 MET J 170 AB9 1 ARG G 223 ? PRO G 227 ? ARG B 223 PRO B 227 AB9 2 GLU I 179 ? LYS I 183 ? GLU J 179 LYS J 183 AC1 1 TYR G 343 ? ARG G 344 ? TYR B 343 ARG B 344 AC1 2 LEU G 361 ? LEU G 362 ? LEU B 361 LEU B 362 AC2 1 ILE G 355 ? LEU G 356 ? ILE B 355 LEU B 356 AC2 2 PHE G 373 ? THR G 375 ? PHE B 373 THR B 375 AC2 3 VAL G 390 ? ASP G 392 ? VAL B 390 ASP B 392 AC2 4 GLN G 407 ? ILE G 408 ? GLN B 407 ILE B 408 AC3 1 HIS G 384 ? ASP G 387 ? HIS B 384 ASP B 387 AC3 2 VAL G 400 ? ALA G 404 ? VAL B 400 ALA B 404 AC3 3 ALA G 417 ? GLU G 421 ? ALA B 417 GLU B 421 AC3 4 VAL G 436 ? VAL G 437 ? VAL B 436 VAL B 437 AC4 1 LEU G 412 ? LEU G 413 ? LEU B 412 LEU B 413 AC4 2 VAL G 430 ? LEU G 431 ? VAL B 430 LEU B 431 AC4 3 VAL G 448 ? ILE G 449 ? VAL B 448 ILE B 449 AC5 1 ILE H 122 ? THR H 124 ? ILE I 122 THR I 124 AC5 2 GLU H 90 ? CYS H 95 ? GLU I 90 CYS I 95 AC5 3 GLN H 44 ? VAL H 48 ? GLN I 44 VAL I 48 AC5 4 LEU H 150 ? VAL H 151 ? LEU I 150 VAL I 151 AC6 1 VAL H 155 ? SER H 157 ? VAL I 155 SER I 157 AC6 2 GLY H 297 ? ARG H 299 ? GLY I 297 ARG I 299 AC7 1 LEU H 244 ? LEU H 245 ? LEU I 244 LEU I 245 AC7 2 SER H 179 ? 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