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Samples were mixed on ice and incubated for 5 minutes prior to vitrification. ; _em_buffer.pH 8.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details 'Complexes consisting of homohexameric LONP1 protease from Homo sapiens' _em_entity_assembly.name 'Substrate-free human mitochondrial LONP1' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7KSL _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height 3838 _em_image_scans.dimension_width 3710 _em_image_scans.frames_per_image 114 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size 5.0 _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image 0-113 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7KSL _em_imaging.accelerating_voltage 200 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 70 _em_imaging.calibrated_defocus_max 1500 _em_imaging.calibrated_defocus_min 500 _em_imaging.calibrated_magnification 43478 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ;Coma-free alignment procedure from Herzik & Wu, Nature Methods (2017). Preliminary grid screening was performed manually prior to data collection. ; _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TALOS ARCTICA' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 1200 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_magnification 36000 _em_imaging.recording_temperature_maximum 90 _em_imaging.recording_temperature_minimum 80 _em_imaging.residual_tilt 0.14 _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ;EM grids were plasma cleaned prior to sample application for 7 seconds using a Solarus plasma cleaner (Gatan, Inc.) with a 75% nitrogen, 25% oxygen atmosphere at 15W. ; _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'UltrAuFoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ;4 uL of sample was applied per grid and manually blotted for 4 seconds followed by immediately plunge-freezing in liquid ethane cooled by liquid nitrogen. ; _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.entry_id 7KSL _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7KSL _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 OG1 B THR 886 ? ? 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O E GLY 774 ? ? 2.18 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ASN C 541 ? ? 74.78 -6.37 2 1 PHE C 547 ? ? -172.14 149.36 3 1 LEU C 611 ? ? -102.06 74.67 4 1 SER C 631 ? ? -65.13 1.95 5 1 LEU C 634 ? ? -68.56 97.60 6 1 VAL C 746 ? ? -122.34 -63.40 7 1 ASP C 833 ? ? -89.90 31.71 8 1 SER C 838 ? ? -161.14 -168.34 9 1 LYS C 918 ? ? -66.66 2.62 10 1 VAL B 430 ? ? 61.82 61.28 11 1 PRO B 431 ? ? -90.37 47.03 12 1 TRP B 470 ? ? -133.10 -31.13 13 1 GLU B 543 ? ? -68.88 -179.10 14 1 PRO B 570 ? ? -83.91 47.12 15 1 LEU B 620 ? ? 60.09 67.89 16 1 ASP B 621 ? ? -59.55 172.48 17 1 GLU B 706 ? ? -68.46 -178.69 18 1 ASP B 789 ? ? -57.46 108.46 19 1 LYS B 790 ? ? -170.42 126.51 20 1 PRO B 854 ? ? -78.48 42.05 21 1 ASN B 876 ? ? -102.52 75.43 22 1 ASN A 541 ? ? 57.45 16.20 23 1 LYS A 572 ? ? 65.71 -14.31 24 1 LEU A 611 ? ? -103.39 75.22 25 1 ASP A 643 ? ? -64.48 4.51 26 1 PRO A 739 ? ? -49.70 -17.41 27 1 LEU A 768 ? ? -118.50 51.60 28 1 ALA A 829 ? ? -151.65 85.93 29 1 ASP A 833 ? ? -99.41 32.15 30 1 THR A 837 ? ? -102.90 71.41 31 1 GLU A 846 ? ? -97.54 37.10 32 1 PRO A 854 ? ? -79.05 40.99 33 1 ASN A 876 ? ? -101.47 75.35 34 1 THR A 928 ? ? -109.68 40.36 35 1 ASP F 490 ? ? -141.22 24.93 36 1 ASN F 541 ? ? 59.88 8.81 37 1 LEU F 611 ? ? -99.02 54.98 38 1 LEU F 784 ? ? 61.07 74.21 39 1 ASP F 789 ? ? 77.95 -1.04 40 1 SER F 838 ? ? -176.42 147.81 41 1 PRO F 854 ? ? -77.97 42.33 42 1 ASN F 876 ? ? -99.87 57.66 43 1 PRO E 570 ? ? -83.44 45.19 44 1 THR E 582 ? ? -164.06 -168.78 45 1 ARG E 672 ? ? -90.97 -60.26 46 1 GLU E 686 ? ? -66.03 0.68 47 1 PRO E 739 ? ? -59.93 -5.26 48 1 HIS E 828 ? ? 57.64 13.22 49 1 ALA E 829 ? ? -155.73 59.66 50 1 GLU E 932 ? ? -95.37 58.92 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_alt_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id 1 1 Y 1 C PHE 421 ? 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A LEU 8 CG 28 1 Y 1 C LEU 428 ? CD1 ? A LEU 8 CD1 29 1 Y 1 C LEU 428 ? CD2 ? A LEU 8 CD2 30 1 Y 1 C VAL 429 ? CG1 ? A VAL 9 CG1 31 1 Y 1 C VAL 429 ? CG2 ? A VAL 9 CG2 32 1 Y 1 C VAL 430 ? CG1 ? A VAL 10 CG1 33 1 Y 1 C VAL 430 ? CG2 ? A VAL 10 CG2 34 1 Y 1 C LYS 432 ? CG ? A LYS 12 CG 35 1 Y 1 C LYS 432 ? CD ? A LYS 12 CD 36 1 Y 1 C LYS 432 ? CE ? A LYS 12 CE 37 1 Y 1 C LYS 432 ? NZ ? A LYS 12 NZ 38 1 Y 1 C HIS 433 ? CG ? A HIS 13 CG 39 1 Y 1 C HIS 433 ? ND1 ? A HIS 13 ND1 40 1 Y 1 C HIS 433 ? CD2 ? A HIS 13 CD2 41 1 Y 1 C HIS 433 ? CE1 ? A HIS 13 CE1 42 1 Y 1 C HIS 433 ? NE2 ? A HIS 13 NE2 43 1 Y 1 C VAL 434 ? CG1 ? A VAL 14 CG1 44 1 Y 1 C VAL 434 ? CG2 ? A VAL 14 CG2 45 1 Y 1 C MET 435 ? CG ? A MET 15 CG 46 1 Y 1 C MET 435 ? SD ? A MET 15 SD 47 1 Y 1 C MET 435 ? CE ? A MET 15 CE 48 1 Y 1 C ASP 436 ? CG ? A ASP 16 CG 49 1 Y 1 C ASP 436 ? OD1 ? A ASP 16 OD1 50 1 Y 1 C ASP 436 ? OD2 ? A ASP 16 OD2 51 1 Y 1 C VAL 437 ? CG1 ? A VAL 17 CG1 52 1 Y 1 C VAL 437 ? CG2 ? A VAL 17 CG2 53 1 Y 1 C VAL 438 ? CG1 ? A VAL 18 CG1 54 1 Y 1 C VAL 438 ? CG2 ? A VAL 18 CG2 55 1 Y 1 C ASP 439 ? CG ? A ASP 19 CG 56 1 Y 1 C ASP 439 ? OD1 ? A ASP 19 OD1 57 1 Y 1 C ASP 439 ? OD2 ? A ASP 19 OD2 58 1 Y 1 C GLU 440 ? CG ? A GLU 20 CG 59 1 Y 1 C GLU 440 ? CD ? A GLU 20 CD 60 1 Y 1 C GLU 440 ? OE1 ? A GLU 20 OE1 61 1 Y 1 C GLU 440 ? OE2 ? A GLU 20 OE2 62 1 Y 1 C GLU 441 ? CG ? A GLU 21 CG 63 1 Y 1 C GLU 441 ? CD ? A GLU 21 CD 64 1 Y 1 C GLU 441 ? OE1 ? A GLU 21 OE1 65 1 Y 1 C GLU 441 ? OE2 ? A GLU 21 OE2 66 1 Y 1 C LEU 442 ? CG ? A LEU 22 CG 67 1 Y 1 C LEU 442 ? CD1 ? A LEU 22 CD1 68 1 Y 1 C LEU 442 ? CD2 ? A LEU 22 CD2 69 1 Y 1 C SER 443 ? OG ? A SER 23 OG 70 1 Y 1 C LYS 444 ? CG ? A LYS 24 CG 71 1 Y 1 C LYS 444 ? CD ? A LYS 24 CD 72 1 Y 1 C LYS 444 ? CE ? A LYS 24 CE 73 1 Y 1 C LYS 444 ? NZ ? A LYS 24 NZ 74 1 Y 1 C LEU 445 ? CG ? A LEU 25 CG 75 1 Y 1 C LEU 445 ? CD1 ? A LEU 25 CD1 76 1 Y 1 C LEU 445 ? CD2 ? A LEU 25 CD2 77 1 Y 1 C LEU 447 ? CG ? A LEU 27 CG 78 1 Y 1 C LEU 447 ? CD1 ? A LEU 27 CD1 79 1 Y 1 C LEU 447 ? CD2 ? A LEU 27 CD2 80 1 Y 1 C LEU 448 ? CG ? A LEU 28 CG 81 1 Y 1 C LEU 448 ? CD1 ? A LEU 28 CD1 82 1 Y 1 C LEU 448 ? CD2 ? A LEU 28 CD2 83 1 Y 1 C ASP 449 ? CG ? A ASP 29 CG 84 1 Y 1 C ASP 449 ? OD1 ? A ASP 29 OD1 85 1 Y 1 C ASP 449 ? OD2 ? A ASP 29 OD2 86 1 Y 1 C ASN 450 ? CG ? A ASN 30 CG 87 1 Y 1 C ASN 450 ? OD1 ? A ASN 30 OD1 88 1 Y 1 C ASN 450 ? ND2 ? A ASN 30 ND2 89 1 Y 1 C HIS 451 ? CG ? A HIS 31 CG 90 1 Y 1 C HIS 451 ? ND1 ? A HIS 31 ND1 91 1 Y 1 C HIS 451 ? CD2 ? A HIS 31 CD2 92 1 Y 1 C HIS 451 ? CE1 ? A HIS 31 CE1 93 1 Y 1 C HIS 451 ? NE2 ? A HIS 31 NE2 94 1 Y 1 C SER 452 ? OG ? A SER 32 OG 95 1 Y 1 C SER 453 ? OG ? A SER 33 OG 96 1 Y 1 C GLU 454 ? CG ? A GLU 34 CG 97 1 Y 1 C GLU 454 ? CD ? A GLU 34 CD 98 1 Y 1 C GLU 454 ? OE1 ? A GLU 34 OE1 99 1 Y 1 C GLU 454 ? OE2 ? A GLU 34 OE2 100 1 Y 1 C PHE 455 ? CG ? A PHE 35 CG 101 1 Y 1 C PHE 455 ? CD1 ? A PHE 35 CD1 102 1 Y 1 C PHE 455 ? CD2 ? 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E GLY 374 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 50 mM Tris 'Tris Base' 1 2 75 mM KCl 'Potassium Chloride' 1 3 10 mM MgCl2 'Magnesium Chloride' 1 4 1 mM TCEP TCEP 1 5 1 mM ATP 'Adenosine Triphosphate' 1 6 0.263 mM BO2 Bortezomib # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING ONLY' _em_ctf_correction.details 'CTF parameters were estimated with CTFFIND' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.462 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location Matrix _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle Mitochondria _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 469008 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli BL21(DE3)' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid pET20b _em_entity_assembly_recombinant.strain 'Rosetta 2(DE3)pLysS' # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 50.0 _em_image_recording.average_exposure_time 11.4 _em_image_recording.details 'Images were collected in counting mode at 10 frames per second.' _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 2912 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 564930 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' 'Leginon software was used for automated data collection' Leginon 3.0 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' 'CTF correction was done using CTFFIND4.1.5 during refinement' CTFFIND 4.1.5 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' 'Coot was used for de novo atomic model building' Coot 0.8.8 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' 'Phenix 1.11.1 was used to perform real space refinement using the atomic model and experimentally-derived EM map' PHENIX 1.11.1 ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' 'RELION 3.1 was used to assign initial euler angles' RELION 3.1 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' 'RELION 3.1 was used to assign final euler angles' RELION 3.1 1 ? ? 12 CLASSIFICATION 'RELION 3.1 was used to perform final classification' RELION 3.1 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION 'RELION 3.1 was used to perform final reconstruction' RELION 3.1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 2.5 _em_specimen.details 'This sample was monodisperse' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)' 'United States' AG067594 1 'National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)' 'United States' NS095892 2 'National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)' 'United States' AG061697 3 'National Institutes of Health/Office of the Director' 'United States' S10OD021634 4 # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 2 _pdbx_entity_nonpoly.name "ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE" _pdbx_entity_nonpoly.comp_id ADP # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #