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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Kschonsak, M.' 1 ? primary 'Rouge, L.' 2 ? primary 'Arthur, C.P.' 3 ? primary 'Hoangdung, H.' 4 ? primary 'Patel, N.' 5 ? primary 'Kim, I.' 6 ? primary 'Johnson, M.C.' 7 ? primary 'Kraft, E.' 8 ? primary 'Rohou, A.L.' 9 ? primary 'Gill, A.' 10 ? primary 'Martinez-Martin, N.' 11 ? primary 'Payandeh, J.' 12 ? primary 'Ciferri, C.' 13 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7LBE _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP GH_HCMVM Q6SW67 ? 1 ;MRPGLPSYLIILAVCLFSHLLSSRYGAEAVSEPLDKAFHLLLNTYGRPIRFLRENTTQCTYNSSLRNSTVVRENAISFNF FQSYNQYYVFHMPRCLFAGPLAEQFLNQVDLTETLERYQQRLNTYALVSKDLASYRSFSQQLKAQDSLGEQPTTVPPPID LSIPHVWMPPQTTPHGWTESHTTSGLHRPHFNQTCILFDGHDLLFSTVTPCLHQGFYLIDELRYVKITLTEDFFVVTVSI DDDTPMLLIFGHLPRVLFKAPYQRDNFILRQTEKHELLVLVKKDQLNRHSYLKDPDFLDAALDFNYLDLSALLRNSFHRY AVDVLKSGRCQMLDRRTVEMAFAYALALFAAARQEEAGAQVSVPRALDRQAALLQIQEFMITCLSQTPPRTTLLLYPTAV DLAKRALWTPNQITDITSLVRLVYILSKQNQQHLIPQWALRQIADFALKLHKTHLASFLSAFARQELYLMGSLVHSMLVH TTERREIFIVETGLCSLAELSHFTQLLAHPHHEYLSDLYTPCSSSGRRDHSLERLTRLFPDATVPATVPAALSILSTMQP STLETFPDLFCLPLGESFSALTVSEHVSYIVTNQYLIKGISYPVSTTVVGQSLIITQTDSQTKCELTRNMHTTHSITVAL NISLENCAFCQSALLEYDDTQGVINIMYMHDSDDVLFALDPYNEVVVSSPRTHYLMLLKNGTVLEVTDVVVDATD ; 1 2 UNP GL_HCMVM F5HCH8 ? 2 ;MCRRPDCGFSFSPGPVILLWCCLLLPIVSSAAVSVAPTAAEKVPAECPELTRRCLLGEVFEGDKYESWLRPLVNVTGRDG PLSQLIRYRPVTPEAANSVLLDEAFLDTLALLYNNPDQLRALLTLLSSDTAPRWMTVMRGYSECGDGSPAVYTCVDDLCR GYDLTRLSYGRSIFTEHVLGFELVPPSLFNVVVAIRNEATRTNRAVRLPVSTAAAPEGITLFYGLYNAVKEFCLRHQLDP PLLRHLDKYYAGLPPELKQTRVNLPAHSRYGPQAVDAR ; 1 3 UNP Q8BCU3_HCMV Q8BCU3 ? 3 ;MGRKEDMRSISKLFFIISLTVLLFSIINCKVVRPPGRYWLGTVLSTIGKQKLDKFKLEILKQLEREPYTKYFNMTRQHVK NLTMNMTQFPQYYILAGPIRNDSITYLWFDFYSTQLRKPAKYVYSQYNHTAKTITFRPPSCGTVPSMTCLSEMLNVSKRN DTGEQGCGNFTTFNPMFFNVPRWNTKLYVGPTKVNVDSQTIYFLGLTALLLRYAQRNCTHSFYLVNAMSRNLFRVPKYIN GTKLKNTMRKLKRKQAPVKEQLEKKTKKSQSTTTPYFSYTTSTALNVTTNATYRVTTSAKRIPTSTIAYRPDSSFMKSIM ATQLRDLATWVYTTLRYRNEPFCKPDRNRTAVSEFMKNTHVLIRNETPYTIYGTLDMSSLYYNETMSVENETASDNNETT PTSPSTRFQKTFIDPLWDYLDSLLFLDKIRNFSLQLPAYGNLTPPEHRRAVNLSTLNSLWWWLQ ; 1 4 PDB 7LBE 7LBE ? 4 ? 1 5 PDB 7LBE 7LBE ? 5 ? 1 6 PDB 7LBE 7LBE ? 6 ? 1 7 PDB 7LBE 7LBE ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7LBE A 1 ? 715 ? 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'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7LBE _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7LBE _struct.title 'CryoEM structure of the HCMV Trimer gHgLgO in complex with neutralizing fabs 13H11 and MSL-109' _struct.pdbx_descriptor ;Envelope glycoprotein H, Envelope glycoprotein L, Envelope glycoprotein O, Fab 13H11 light chain, Fab 13H11 heavy chain, Fab Msl-109 light chain, Fab Msl-109 heavy chain ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7LBE _struct_keywords.text 'virus, receptor, complex, neutralizing antibody, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-Immune System complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/Immune System' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ALA 260 A . ? ALA 260 A PRO 261 A ? PRO 261 A 1 0.75 2 THR 387 A . ? THR 387 A PRO 388 A ? PRO 388 A 1 -0.77 3 PRO 185 B . ? PRO 185 B PRO 186 B ? 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RELION 3.1 1 ? ? 15 RECONSTRUCTION ? cisTEM 1.02 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.4 _em_specimen.details 'This sample contained monomeric and dimeric protein complexes.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero H 8 NAG 1 D NAG 1 C NAG 860 n H 8 NAG 2 D NAG 2 C NAG 861 n H 8 BMA 3 D BMA 3 C BMA 862 n H 8 MAN 4 D MAN 4 C MAN 864 n H 8 MAN 5 D MAN 5 C MAN 866 n H 8 MAN 6 D MAN 6 C MAN 863 n I 9 NAG 1 I NAG 1 C NAG 869 n I 9 NAG 2 I NAG 2 C NAG 870 n J 9 NAG 1 J NAG 1 C NAG 876 n J 9 NAG 2 J NAG 2 C NAG 877 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 8 oligosaccharide 9 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 8 'DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 8 'WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 8 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 9 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 9 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 9 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 8 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 8 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 4 8 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 5 8 6 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 6 9 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 8 BMA 3 n 8 MAN 4 n 8 MAN 5 n 8 MAN 6 n 9 NAG 1 n 9 NAG 2 n # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 10 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG 11 alpha-D-mannopyranose MAN # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details 'Eluted as a main peak with shoulder (monomer and dimer)' #