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_entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 886 ? ? 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'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7LBY _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7LBY _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 8984 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.434 ? 12379 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 10.872 ? 1465 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.034 ? 1553 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 1693 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7LBY _struct.title 'Bacterial cellulose synthase BcsB with polyalanine BcsA model' _struct.pdbx_descriptor 'Cyclic di-GMP-binding protein' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7LBY _struct_keywords.text 'bacterial cellulose, synthase, structural subunit, BIOSYNTHETIC PROTEIN, TRANSFERASE' _struct_keywords.pdbx_keywords TRANSFERASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 ALA A 15 ? PHE A 39 ? ALA A 18 PHE A 42 1 ? 25 HELX_P HELX_P2 AA2 ALA A 44 ? HIS A 62 ? ALA A 124 HIS A 142 1 ? 19 HELX_P HELX_P3 AA3 HIS A 68 ? ARG A 73 ? HIS A 148 ARG A 153 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 ARG A 73 ? LEU A 89 ? ARG A 153 LEU A 169 1 ? 17 HELX_P HELX_P5 AA5 THR A 98 ? ASN A 111 ? THR A 178 ASN A 191 1 ? 14 HELX_P HELX_P6 AA6 TYR A 116 ? GLU A 139 ? TYR A 196 GLU A 219 1 ? 24 HELX_P HELX_P7 AA7 HIS A 142 ? ALA A 147 ? HIS A 222 ALA A 227 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 ARG A 148 ? GLN A 176 ? ARG A 228 GLN A 256 1 ? 29 HELX_P HELX_P9 AA9 LEU A 207 ? SER A 220 ? LEU A 287 SER A 300 1 ? 14 HELX_P HELX_P10 AB1 TYR A 242 ? VAL A 248 ? TYR A 322 VAL A 328 1 ? 7 HELX_P HELX_P11 AB2 VAL A 263 ? TRP A 272 ? VAL A 343 TRP A 352 1 ? 10 HELX_P HELX_P12 AB3 PRO A 273 ? VAL A 275 ? PRO A 353 VAL A 355 5 ? 3 HELX_P HELX_P13 AB4 ILE A 293 ? LEU A 297 ? ILE A 373 LEU A 377 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 ARG A 320 ? GLY A 327 ? ARG A 400 GLY A 407 1 ? 8 HELX_P HELX_P15 AB6 HIS A 336 ? ALA A 341 ? HIS A 416 ALA A 421 1 ? 6 HELX_P HELX_P16 AB7 GLY A 342 ? TYR A 350 ? GLY A 422 TYR A 430 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 AB8 PHE A 377 ? THR A 388 ? PHE A 457 THR A 468 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 ASN A 410 ? GLY A 433 ? ASN A 490 GLY A 513 1 ? 24 HELX_P HELX_P19 AC1 ARG A 439 ? SER A 471 ? ARG A 519 SER A 551 1 ? 33 HELX_P HELX_P20 AC2 ALA A 479 ? VAL A 502 ? ALA A 559 VAL A 582 1 ? 24 HELX_P HELX_P21 AC3 ASN A 509 ? HIS A 530 ? ASN A 589 HIS A 610 1 ? 22 HELX_P HELX_P22 AC4 SER A 533 ? ALA A 557 ? SER A 635 ALA A 659 1 ? 25 HELX_P HELX_P23 AC5 MET A 561 ? HIS A 586 ? MET A 663 HIS A 688 1 ? 26 HELX_P HELX_P24 AC6 SER A 689 ? ARG A 700 ? SER A 791 ARG A 802 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 MET A 703 ? LEU A 729 ? MET A 805 LEU A 831 1 ? 27 HELX_P HELX_P26 AC8 GLN A 736 ? PHE A 758 ? GLN A 838 PHE A 860 1 ? 23 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO A 759 ? GLN A 761 ? PRO A 861 GLN A 863 5 ? 3 HELX_P HELX_P28 AD1 THR B 145 ? LEU B 149 ? THR B 145 LEU B 149 5 ? 5 HELX_P HELX_P29 AD2 LEU B 243 ? GLY B 259 ? LEU B 243 GLY B 259 1 ? 17 HELX_P HELX_P30 AD3 TRP B 260 ? GLY B 262 ? TRP B 260 GLY B 262 5 ? 3 HELX_P HELX_P31 AD4 ASP B 321 ? GLY B 335 ? ASP B 321 GLY B 335 1 ? 15 HELX_P HELX_P32 AD5 LEU B 532 ? ALA B 538 ? LEU B 532 ALA B 538 1 ? 7 HELX_P HELX_P33 AD6 ASN B 560 ? THR B 578 ? ASN B 560 THR B 578 1 ? 19 HELX_P HELX_P34 AD7 LYS B 612 ? ASP B 614 ? LYS B 612 ASP B 614 5 ? 3 HELX_P HELX_P35 AD8 LYS B 615 ? THR B 630 ? LYS B 615 THR B 630 1 ? 16 HELX_P HELX_P36 AD9 SER B 684 ? ASP B 697 ? SER B 684 ASP B 697 1 ? 14 HELX_P HELX_P37 AE1 PRO B 731 ? HIS B 743 ? PRO B 731 HIS B 743 1 ? 13 HELX_P HELX_P38 AE2 HIS B 743 ? ARG B 772 ? HIS B 743 ARG B 772 1 ? 30 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # _struct_conn.id disulf1 _struct_conn.conn_type_id disulf _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ? _struct_conn.pdbx_PDB_id ? _struct_conn.ptnr1_label_asym_id B _struct_conn.ptnr1_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_label_seq_id 182 _struct_conn.ptnr1_label_atom_id SG _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code ? _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id ? _struct_conn.ptnr1_symmetry 1_555 _struct_conn.ptnr2_label_asym_id B _struct_conn.ptnr2_label_comp_id CYS _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 500 _struct_conn.ptnr2_label_atom_id SG _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code ? _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id B _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id 182 _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id B _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id CYS _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id 500 _struct_conn.ptnr2_symmetry 1_555 _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id ? _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code ? _struct_conn.details ? _struct_conn.pdbx_dist_value 2.030 _struct_conn.pdbx_value_order ? _struct_conn.pdbx_role ? # _struct_conn_type.id disulf _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id PHE _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 216 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id B _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id PHE _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 216 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id B _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 217 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 217 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 B _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle -2.45 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 6 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 3 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 7 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? parallel AA1 2 3 ? parallel AA2 1 2 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? parallel AA8 2 3 ? parallel AA8 3 4 ? parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA8 5 6 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? parallel AB4 3 4 ? parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB4 5 6 ? anti-parallel AB4 6 7 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 PHE A 197 ? 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ALA B 682 ? SER B 676 ALA B 682 AB4 5 ALA B 662 ? GLN B 668 ? ALA B 662 GLN B 668 AB4 6 VAL B 708 ? ILE B 711 ? VAL B 708 ILE B 711 AB4 7 ILE B 716 ? LEU B 719 ? 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After rocking for one day at room temp the solution was briefly sonicated to completely dissolve the CHS. ; _em_buffer.pH 8.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;BcsB monomer with BcsA refined using masked local refinement and signal subtraction from E coli BCS inner-membrane complex projections. ; _em_entity_assembly.name 'Bacterial cellulose synthase BcsB with BcsA' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7LBY _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max -2500 _em_imaging.nominal_defocus_min -1000 _em_imaging.nominal_magnification 81000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details '2 drops amylamine added to the chamber' _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type C-flat-1.2/1.3 _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? _em_sample_support.citation_id ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details '3.5 uL applied to c-flat 1.2/1.3 300 mesh grids incubated for 30s then blotted using force 6 for 12 seconds' _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7LBY _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7LBY _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _pdbx_validate_close_contact.id 1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num 1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 O _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 B _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 PHE _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 705 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 ? _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 OG _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 B _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 SER _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 718 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 ? _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 ? _pdbx_validate_close_contact.dist 2.15 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 N A PRO 147 ? ? 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