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'In vitro and in vivo functions of SARS-CoV-2 infection-enhancing and neutralizing antibodies.' 2021 ? 10.1016/j.cell.2021.06.021 34242577 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? ? ? ? ? ? ? ? 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UNP P0DTC2 VAL 987 conflict 987 18 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7LD1 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 7LD1 _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 3.40 _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.012 ? 30004 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.920 ? 41141 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.994 ? 9673 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.099 ? 5141 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.012 ? 5388 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7LD1 _struct.title 'Structure of SARS-CoV-2 S protein in complex with Receptor Binding Domain antibody DH1047' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7LD1 _struct_keywords.text 'RBD antibody, DH1047, SARS, COVID-19, SARS-CoV-2 2P S ectodomain, VIRAL PROTEIN, IMMUNE SYSTEM' _struct_keywords.pdbx_keywords 'IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 2 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 5 ? L N N 4 ? M N N 4 ? N N N 4 ? 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ALA H 60 GLY H 65 1 ? 6 HELX_P HELX_P86 AJ5 ARG H 72 ? LEU H 76 ? ARG H 71 LEU H 75 5 ? 5 HELX_P HELX_P87 AJ6 PRO H 203 ? LEU H 207 ? PRO H 185 LEU H 189 5 ? 5 HELX_P HELX_P88 AJ7 PRO I 65 ? PHE I 68 ? PRO L 59 PHE L 62 5 ? 4 HELX_P HELX_P89 AJ8 SER I 127 ? GLY I 134 ? SER L 121 GLY L 128 1 ? 8 HELX_P HELX_P90 AJ9 VAL I 156 ? ALA I 159 ? VAL L 150 ALA L 153 5 ? 4 HELX_P HELX_P91 AK1 ALA I 190 ? HIS I 195 ? 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A CYS 1032 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf10 disulf ? ? A CYS 1056 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1100 SG ? ? A CYS 1082 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.051 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 105 SG ? ? ? 1_555 B CYS 140 SG ? ? B CYS 131 B CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 265 SG ? ? ? 1_555 B CYS 275 SG ? ? B CYS 291 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 454 SG ? ? ? 1_555 B CYS 462 SG ? ? B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 512 SG ? ? ? 1_555 B CYS 564 SG ? ? B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 591 SG ? ? ? 1_555 B CYS 623 SG ? ? B CYS 617 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 636 SG ? ? ? 1_555 B CYS 645 SG ? ? B CYS 662 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 712 SG ? ? ? 1_555 B CYS 734 SG ? ? B CYS 738 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 717 SG ? ? ? 1_555 B CYS 723 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 1006 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1017 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 1056 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1100 SG ? ? B CYS 1082 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf21 disulf ? ? C CYS 265 SG ? ? ? 1_555 C CYS 275 SG ? ? C CYS 291 C CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? ? disulf22 disulf ? ? C CYS 310 SG ? ? ? 1_555 C CYS 335 SG ? ? C CYS 336 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.012 ? ? disulf23 disulf ? ? C CYS 353 SG ? ? ? 1_555 C CYS 406 SG ? ? C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.042 ? ? disulf24 disulf ? ? C CYS 365 SG ? ? ? 1_555 C CYS 499 SG ? ? C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf25 disulf ? ? C CYS 512 SG ? ? ? 1_555 C CYS 564 SG ? ? C CYS 538 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf26 disulf ? ? C CYS 591 SG ? ? ? 1_555 C CYS 623 SG ? ? C CYS 617 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 636 SG ? ? ? 1_555 C CYS 645 SG ? ? C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf28 disulf ? ? C CYS 712 SG ? ? ? 1_555 C CYS 734 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.015 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 717 SG ? ? ? 1_555 C CYS 723 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.008 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 1006 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1017 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 1056 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1100 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf32 disulf ? ? E CYS 23 SG ? ? ? 1_555 E CYS 94 SG ? ? N CYS 23 N CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf33 disulf ? ? G CYS 23 SG ? ? ? 1_555 G CYS 94 SG ? ? O CYS 23 O CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf34 disulf ? ? I CYS 23 SG ? ? ? 1_555 I CYS 94 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? covale1 covale one ? A ASN 35 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . 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A ASN 631 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? A ASN 657 A NAG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 683 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 691 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 717 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 1048 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? A ASN 1074 A NAG 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 1072 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 1098 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 1108 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 1134 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? B ASN 35 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? B ASN 61 B NAG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? B ASN 96 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? B ASN 122 B NAG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? B ASN 139 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? B ASN 165 B NAG 1209 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? B ASN 208 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? B ASN 234 B NAG 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 256 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? B ASN 282 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 305 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? B ASN 331 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? B ASN 317 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? B ASN 343 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? B ASN 577 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? B ASN 603 B NAG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? B ASN 590 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 1201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? B ASN 631 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? B ASN 657 B NAG 1208 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? B ASN 683 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.455 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? B ASN 691 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? B ASN 717 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? B ASN 1048 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? B ASN 1074 B NAG 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? B ASN 1108 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? B ASN 1134 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.463 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? C ASN 35 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? C ASN 61 C NAG 1204 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? C ASN 96 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? C ASN 122 C NAG 1203 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? C ASN 305 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 331 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? C ASN 317 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? C ASN 343 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? C ASN 590 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? C ASN 616 C NAG 1205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? C ASN 631 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? C ASN 657 C NAG 1202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? C ASN 683 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? C ASN 709 C NAG 1206 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? C ASN 691 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? C ASN 717 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? C ASN 1048 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? C ASN 1074 C NAG 1207 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? N-Glycosylation covale38 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? ? covale39 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? D NAG 2 D BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.470 ? ? covale40 covale both ? K NAG . 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