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EMDB EMD-23284 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'native AMPA receptor' _pdbx_database_related.db_id EMD-23284 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7LDE _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-01-13 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Yu, J.' 1 0000-0001-9227-038X 'Rao, P.' 2 0000-0003-0132-5571 'Gouaux, E.' 3 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 594 _citation.language ? _citation.page_first 448 _citation.page_last 453 _citation.title 'Hippocampal AMPA receptor assemblies and mechanism of allosteric inhibition.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-021-03540-0 _citation.pdbx_database_id_PubMed 33981040 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Yu, J.' 1 ? primary 'Rao, P.' 2 ? primary 'Clark, S.' 3 ? primary 'Mitra, J.' 4 ? primary 'Ha, T.' 5 ? primary 'Gouaux, E.' 6 ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Glutamate receptor 1' 101678.969 2 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Glutamate receptor' 98899.883 2 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Protein cornichon homolog 2' 18948.420 2 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit' 43502.938 2 ? ? ? ? 5 polymer man '11B8 scFv' 27511.527 2 ? ? ? ? 6 polymer man '15F1 Fab light chain' 25111.660 2 ? ? ? ? 7 polymer man '15F1 Fab heavy chain' 27975.439 2 ? ? ? ? 8 branched nat '2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 424.401 5 ? ? ? ? 9 non-polymer syn '{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid' 409.254 4 ? ? ? ? 10 non-polymer syn HEXADECANE 226.441 2 ? ? ? ? 11 non-polymer syn N-OCTANE 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;MPYIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKLLPQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSK GVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVDTSNQFVLQLRPELQEALISIIDHYKWQTFVYIYDADRGLSVLQR VLDTAAEKNWQVTAVNILTTTEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIVKLEKNGIGYHYILANLGFMDIDL NKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPARIMQQWRTSDARDHTRVDWKRPKYTSALTYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNA GDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGNVQFNEKGRRTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGD NSSVQNRTYIVTTILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTKAWNGMVGE LVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRF SPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTV ERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKGKYAYLLES TMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRGPVNLAVLKLSEQGVLDKLKSKWWYDKGECGSKDSGSKDKTSA LSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCYKSRSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASGGSGSGENGRVV SQDFPKSMQSIPCMSHSSGMPLGATGL ; A,C ? 2 'polypeptide(L)' no no 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LLKAGGGAGGSGGSGPSAILRLPSYRFRYRRRSRSSSRGSSEASPSRDASPGGPGGPGFASTDISMYTLSRDPSKGSVAA GLASAGGGGSGAGVGAYGGAAGAAGGGGAGSERDRGSSAGFLTLHNAFPKEAASGVTVTVTGPPAAPAPAPAPPAPAAPA PGTLSKEAAASNTNTLNRKTTPV ; G,H ? 5 'polypeptide(L)' no no ;EVKLLESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFDFSEYWMSWVRQAPGKGLEWIGEINPDSSSIDYTPSLKDKIIISRDNAKKTLY LQLSKVRSEDTALYYCARPRGNYVVMDYWGQGTSVTVSSSGGGGSGGGGSGGGGNIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRAS ESVDSYGSSFVHWYQQKPGQPPKLLIFLASKLESGVPARFSGSGSRTDFTLTIDPVEADDAATYYCQQTNEDPYTFGGGT KLEIKRASNWSHPQFEK ; ;EVKLLESGGGLVQPGGSLKLSCAASGFDFSEYWMSWVRQAPGKGLEWIGEINPDSSSIDYTPSLKDKIIISRDNAKKTLY LQLSKVRSEDTALYYCARPRGNYVVMDYWGQGTSVTVSSSGGGGSGGGGSGGGGNIVLTQSPASLAVSLGQRATISCRAS ESVDSYGSSFVHWYQQKPGQPPKLLIFLASKLESGVPARFSGSGSRTDFTLTIDPVEADDAATYYCQQTNEDPYTFGGGT KLEIKRASNWSHPQFEK ; I,L ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MEIQMTQTTSSLSASLGDRVTISCRASQDISNYLSWYQQKPDGTVKLLIYYTSRLHSGVPSRFSGSGSGIDYSLTINNLE QEDFATYFCQQGNTLPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGV 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'Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017' 2449148 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 907 Mouse 'Mus musculus' 10090 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 883 Mouse 'Mus musculus' 10090 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 1 160 Mouse 'Mus musculus' 10090 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 1 423 Mouse 'Mus musculus' 10090 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP GRIA1_MOUSE P23818 ? 1 ;MPYIFAFFCTGFLGAVVGANFPNNIQIGGLFPNQQSQEHAAFRFALSQLTEPPKLLPQIDIVNISDSFEMTYRFCSQFSK GVYAIFGFYERRTVNMLTSFCGALHVCFITPSFPVDTSNQFVLQLRPELQEALISIIDHYKWQTFVYIYDADRGLSVLQR VLDTAAEKNWQVTAVNILTTTEEGYRMLFQDLEKKKERLVVVDCESERLNAILGQIVKLEKNGIGYHYILANLGFMDIDL NKFKESGANVTGFQLVNYTDTIPARIMQQWRTSDARDHTRVDWKRPKYTSALTYDGVKVMAEAFQSLRRQRIDISRRGNA GDCLANPAVPWGQGIDIQRALQQVRFEGLTGNVQFNEKGRRTNYTLHVIEMKHDGIRKIGYWNEDDKFVPAATDAQAGGD NSSVQNRTYIVTTILEDPYVMLKKNANQFEGNDRYEGYCVELAAEIAKHVGYSYRLEIVSDGKYGARDPDTKAWNGMVGE LVYGRADVAVAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVVLFLVSRF SPYEWHSEEFEEGRDQTTSDQSNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTANLAAFLTV ERMVSPIESAEDLAKQTEIAYGTLEAGSTKEFFRRSKIAVFEKMWTYMKSAEPSVFVRTTEEGMIRVRKSKGKYAYLLES TMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSALRGPVNLAVLKLSEQGVLDKLKSKWWYDKGECGSKDSGSKDKTSA LSLSNVAGVFYILIGGLGLAMLVALIEFCYKSRSESKRMKGFCLIPQQSINEAIRTSTLPRNSGAGASGGSGSGENGRVV SQDFPKSMQSIPCMSHSSGMPLGATGL ; 1 2 UNP G5E8H1_MOUSE G5E8H1 ? 2 ;MQKIMHISVLLSPVLWGLIFGVSSNSIQIGGLFPRGADQEYSAFRVGMVQFSTSEFRLTPHIDNLEVANSFAVTNAFCSQ FSRGVYAIFGFYDKKSVNTITSFCGTLHVSFITPSFPTDGTHPFVIQMRPDLKGALLSLIEYYQWDKFAYLYDSDRGLST LQAVLDSAAEKKWQVTAINVGNINNDKKDETYRSLFQDLELKKERRVILDCERDKVNDIVDQVITIGKHVKGYHYIIANL GFTDGDLLKIQFGGANVSGFQIVDYDDSLVSKFIERWSTLEEKEYPGAHTATIKYTSALTYDAVQVMTEAFRNLRKQRIE ISRRGNAGDCLANPAVPWGQGVEIERALKQVQVEGLSGNIKFDQNGKRINYTINIMELKTNGPRKIGYWSEVDKMVVTLT ELPSGNDTSGLENKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKI WNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKPQKSKPGVFSFLDPLAYEIWMCIVFAYIGVSVV LFLVSRFSPYEWHTEEFEDGRETQSSESTNEFGIFNSLWFSLGAFMQQGCDISPRSLSGRIVGGVWWFFTLIIISSYTAN LAAFLTVERMVSPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGK YAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLRNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGECGSGGGD SKEKTSALSLSNVAGVFYILVGGLGLAMLVALIEFCYKSRAEAKRMKVAKNAQNINPSSSQNSQNFATYKEGYNVYGIES VKI ; 1 3 UNP CNIH2_MOUSE O35089 ? 3 ;MAFTFAAFCYMLTLVLCASLIFFVIWHIIAFDELRTDFKNPIDQGNPARARERLKNIERICCLLRKLVVPEYSIHGLFCL MFLCAAEWVTLGLNIPLLFYHLWRYFHRPADGSEVMYDAVSIMNADILNYCQKESWCKLAFYLLSFFYYLYSMVYTLVSF ; 1 4 UNP CCG8_MOUSE Q8VHW2 ? 4 ;MESLKRWNEERGLWCEKGVQVLLTTIGAFSAFGLMTIAISTDYWLYTRALICNTTNLTAGDDGPPHRGGSGSSEKKDPGG LTHSGLWRICCLEGLKRGVCVKINHFPEDTDYDHDSAEYLLRVVRASSIFPILSAILLLLGGVCVAASRVYKSKRNIILG AGILFVAAGLSNIIGVIVYISANAGEPGPKRDEEKKNHYSYGWSFYFGGLSFILAEVIGVLAVNIYIERSREAHCQSRSD LLKAGGGAGGSGGSGPSAILRLPSYRFRYRRRSRSSSRGSSEASPSRDASPGGPGGPGFASTDISMYTLSRDPSKGSVAA GLASAGGGGSGAGVGAYGGAAGAAGGGGAGSERDRGSSAGFLTLHNAFPKEAASGVTVTVTGPPAAPAPAPAPPAPAAPA PGTLSKEAAASNTNTLNRKTTPV ; 1 5 PDB 7LDE 7LDE ? 5 ? 1 6 PDB 7LDE 7LDE ? 6 ? 1 7 PDB 7LDE 7LDE ? 7 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7LDE A 1 ? 907 ? P23818 1 ? 907 ? -17 889 2 2 7LDE B 1 ? 883 ? G5E8H1 1 ? 883 ? -20 862 3 1 7LDE C 1 ? 907 ? P23818 1 ? 907 ? -17 889 4 2 7LDE D 1 ? 883 ? G5E8H1 1 ? 883 ? -20 862 5 3 7LDE E 1 ? 160 ? O35089 1 ? 160 ? 1 160 6 3 7LDE F 1 ? 160 ? O35089 1 ? 160 ? 1 160 7 4 7LDE G 1 ? 423 ? Q8VHW2 1 ? 423 ? 1 423 8 4 7LDE H 1 ? 423 ? Q8VHW2 1 ? 423 ? 1 423 9 5 7LDE I 1 ? 257 ? 7LDE 1 ? 257 ? 1 257 10 6 7LDE J 1 ? 225 ? 7LDE 1 ? 225 ? 1 225 11 7 7LDE K 1 ? 262 ? 7LDE -19 ? 242 ? -19 242 12 5 7LDE L 1 ? 257 ? 7LDE 1 ? 257 ? 1 257 13 6 7LDE M 1 ? 225 ? 7LDE 1 ? 225 ? 1 225 14 7 7LDE N 1 ? 262 ? 7LDE -19 ? 242 ? -19 242 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 7LDE ARG B 607 ? UNP G5E8H1 GLN 607 variant 586 1 4 7LDE ARG D 607 ? UNP G5E8H1 GLN 607 variant 586 2 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 C14 non-polymer . TETRADECANE ? 'C14 H30' 198.388 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 D10 non-polymer . DECANE ? 'C10 H22' 142.282 D12 non-polymer . DODECANE ? 'C12 H26' 170.335 DD9 non-polymer . nonane ? 'C9 H20' 128.255 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HP6 non-polymer . HEPTANE ? 'C7 H16' 100.202 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 OCT non-polymer . N-OCTANE ? 'C8 H18' 114.229 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 R16 non-polymer . HEXADECANE ? 'C16 H34' 226.441 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 XVD non-polymer . '6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol' ? 'C14 H8 Cl F3 N2 O2' 328.674 ZK1 non-polymer . '{[7-morpholin-4-yl-2,3-dioxo-6-(trifluoromethyl)-3,4-dihydroquinoxalin-1(2H)-yl]methyl}phosphonic acid' '[[3,4-Dihydro-7-(4-morpholinyl)-2,3-dioxo-6-(trifluorom ethyl)-1(2H)-quinoxalinyl]methyl]phosphonic acid' 'C14 H15 F3 N3 O6 P' 409.254 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7LDE _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7LDE _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.001 ? 18202 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.332 ? 24971 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 7.262 ? 3010 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 3050 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 3381 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7LDE _struct.title 'native AMPA receptor' _struct.pdbx_descriptor ;Glutamate receptor 1, Glutamate receptor, Protein cornichon homolog 2, Voltage-dependent calcium channel gamma-8 subunit, 11B8 scFv, 15F1 Fab light chain, 15F1 Fab heavy chain ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7LDE _struct_keywords.text 'neurotransmitter, hippocampus, ion-channel, glycosylation, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? 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C ASN 249 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? C ASN 231 C NAG 906 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? C ASN 257 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? C ASN 239 C NAG 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? C ASN 363 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? C ASN 345 C NAG 908 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? D ASN 256 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? D ASN 235 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? D ASN 370 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? D ASN 349 D NAG 907 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale13 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? covale14 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.375 ? ? covale15 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? covale16 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? covale17 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.374 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PRO 52 A . ? PRO 34 A PRO 53 A ? 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PRO 142 L 1 -0.23 20 ASP 214 L . ? ASP 214 L PRO 215 L ? PRO 215 L 1 -0.33 21 ASP 232 L . ? ASP 232 L PRO 233 L ? PRO 233 L 1 -0.09 22 LEU 95 M . ? LEU 95 M PRO 96 M ? PRO 96 M 1 0.04 23 TYR 141 M . ? TYR 141 M PRO 142 M ? PRO 142 M 1 0.36 24 PHE 173 N . ? PHE 153 N PRO 174 N ? PRO 154 N 1 0.13 25 GLU 175 N . ? GLU 155 N PRO 176 N ? PRO 156 N 1 -0.32 26 TRP 215 N . ? TRP 195 N PRO 216 N ? PRO 196 N 1 0.51 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 5 ? AA2 ? 8 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 8 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 5 ? AB6 ? 8 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 5 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 5 ? AC6 ? 8 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 3 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 3 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 3 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 4 ? AD6 ? 3 ? AD7 ? 4 ? AD8 ? 5 ? AD9 ? 5 ? AE1 ? 3 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 3 ? AE4 ? 2 ? AE5 ? 4 ? AE6 ? 4 ? AE7 ? 2 ? AE8 ? 5 ? AE9 ? 2 ? AF1 ? 2 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 4 ? AF4 ? 2 ? AF5 ? 3 ? AF6 ? 4 ? AF7 ? 5 ? AF8 ? 3 ? AF9 ? 4 ? AG1 ? 2 ? AG2 ? 2 ? AG3 ? 2 ? AG4 ? 4 ? AG5 ? 2 ? AG6 ? 4 ? AG7 ? 2 ? AG8 ? 4 ? AG9 ? 3 ? AH1 ? 2 ? 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