data_7LO6 # _entry.id 7LO6 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.341 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7LO6 ? ? WWPDB D_1000254548 ? ? EMDB EMD-23462 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of CD4 mimetic BNM-III-170 in complex with BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer and 17b Fab.' _pdbx_database_related.db_id EMD-23462 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7LO6 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-02-09 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Jette, C.A.' 1 0000-0002-5085-8027 'Bjorkman, P.J.' 2 0000-0002-2277-3990 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 12 _citation.language ? _citation.page_first 1950 _citation.page_last 1950 _citation.title 'Cryo-EM structures of HIV-1 trimer bound to CD4-mimetics BNM-III-170 and M48U1 adopt a CD4-bound open conformation.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-021-21816-x _citation.pdbx_database_id_PubMed 33782388 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Jette, C.A.' 1 0000-0002-5085-8027 primary 'Barnes, C.O.' 2 ? primary 'Kirk, S.M.' 3 ? primary 'Melillo, B.' 4 0000-0002-9708-5287 primary 'Smith III, A.B.' 5 ? primary 'Bjorkman, P.J.' 6 0000-0002-2277-3990 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7LO6 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7LO6 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Envelope glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120' 53864.086 3 ? 'BG505 SOSIP.664' ? ? 2 polymer man 'HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41' 17146.482 3 ? 'BG505 SOSIP.664' ? ? 3 polymer man '17b Fab Light Chain' 23399.898 3 ? ? ? ? 4 polymer man '17b Fab Heavy Chain' 25748.771 3 ? ? ? ? 5 branched man '2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose' 424.401 7 ? ? ? ? 6 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 910.823 1 ? ? ? ? 7 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1072.964 1 ? ? ? ? 8 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1235.105 1 ? ? ? ? 9 non-polymer man 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 221.208 27 ? ? ? ? 10 non-polymer syn ;~{N}'-[(1~{R},2~{R})-2-(carbamimidamidomethyl)-5-(methylaminomethyl)-2,3-dihydro-1~{H}-inden-1-yl]-~{N}-(4-chloranyl-3-fluoranyl-phenyl)ethanediamide ; 446.906 3 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 1 _entity_name_com.name 'Env polyprotein' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;NLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLW DQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYR LINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMI RSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHF GNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAM YAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR ; ;NLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLW DQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYR LINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMI RSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHF GNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAM YAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR ; A,C,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPEAQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; B,D,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;DIVMTQSPATLSVSPGERATLSCRASESVSSDLAWYQQKPGQAPRLLIYGASTRATGVPARFSGSGSGAEFTLTISSLQS EDFAVYYCQQYNNWPPRYTFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGN SQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRG ; ;DIVMTQSPATLSVSPGERATLSCRASESVSSDLAWYQQKPGQAPRLLIYGASTRATGVPARFSGSGSGAEFTLTISSLQS EDFAVYYCQQYNNWPPRYTFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGN SQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRG ; G,I,K ? 4 'polypeptide(L)' no no ;EVQLVESGAEVKKPGSSVKVSCKASGDTFIRYSFTWVRQAPGQGLEWMGRIITILDVAHYAPHLQGRVTITADKSTSTVY LELRNLRSDDTAVYFCAGVYEGEADEGEYDNNGFLKHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDY FPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKHHHHHH ; ;EVQLVESGAEVKKPGSSVKVSCKASGDTFIRYSFTWVRQAPGQGLEWMGRIITILDVAHYAPHLQGRVTITADKSTSTVY LELRNLRSDDTAVYFCAGVYEGEADEGEYDNNGFLKHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDY FPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKHHHHHH ; H,J,L ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ASN n 1 2 LEU n 1 3 TRP n 1 4 VAL n 1 5 THR n 1 6 VAL n 1 7 TYR n 1 8 TYR n 1 9 GLY n 1 10 VAL n 1 11 PRO n 1 12 VAL n 1 13 TRP n 1 14 LYS n 1 15 ASP n 1 16 ALA n 1 17 GLU n 1 18 THR n 1 19 THR n 1 20 LEU n 1 21 PHE n 1 22 CYS n 1 23 ALA n 1 24 SER n 1 25 ASP n 1 26 ALA n 1 27 LYS n 1 28 ALA n 1 29 TYR n 1 30 GLU n 1 31 THR n 1 32 GLU n 1 33 LYS n 1 34 HIS n 1 35 ASN n 1 36 VAL n 1 37 TRP n 1 38 ALA n 1 39 THR n 1 40 HIS n 1 41 ALA n 1 42 CYS n 1 43 VAL n 1 44 PRO n 1 45 THR n 1 46 ASP n 1 47 PRO n 1 48 ASN n 1 49 PRO n 1 50 GLN n 1 51 GLU n 1 52 ILE n 1 53 HIS n 1 54 LEU n 1 55 GLU n 1 56 ASN n 1 57 VAL n 1 58 THR n 1 59 GLU n 1 60 GLU n 1 61 PHE n 1 62 ASN n 1 63 MET n 1 64 TRP n 1 65 LYS n 1 66 ASN n 1 67 ASN n 1 68 MET n 1 69 VAL n 1 70 GLU n 1 71 GLN n 1 72 MET n 1 73 HIS n 1 74 THR n 1 75 ASP n 1 76 ILE n 1 77 ILE n 1 78 SER n 1 79 LEU n 1 80 TRP n 1 81 ASP n 1 82 GLN n 1 83 SER n 1 84 LEU n 1 85 LYS n 1 86 PRO n 1 87 CYS n 1 88 VAL n 1 89 LYS n 1 90 LEU n 1 91 THR n 1 92 PRO n 1 93 LEU n 1 94 CYS n 1 95 VAL n 1 96 THR n 1 97 LEU n 1 98 GLN n 1 99 CYS n 1 100 THR n 1 101 ASN n 1 102 VAL n 1 103 THR n 1 104 ASN n 1 105 ASN n 1 106 ILE n 1 107 THR n 1 108 ASP n 1 109 ASP n 1 110 MET n 1 111 ARG n 1 112 GLY n 1 113 GLU n 1 114 LEU n 1 115 LYS n 1 116 ASN n 1 117 CYS n 1 118 SER n 1 119 PHE n 1 120 ASN n 1 121 MET n 1 122 THR n 1 123 THR n 1 124 GLU n 1 125 LEU n 1 126 ARG n 1 127 ASP n 1 128 LYS n 1 129 LYS n 1 130 GLN n 1 131 LYS n 1 132 VAL n 1 133 TYR n 1 134 SER n 1 135 LEU n 1 136 PHE n 1 137 TYR n 1 138 ARG n 1 139 LEU n 1 140 ASP n 1 141 VAL n 1 142 VAL n 1 143 GLN n 1 144 ILE n 1 145 ASN n 1 146 GLU n 1 147 ASN n 1 148 GLN n 1 149 GLY n 1 150 ASN n 1 151 ARG n 1 152 SER n 1 153 ASN n 1 154 ASN n 1 155 SER n 1 156 ASN n 1 157 LYS n 1 158 GLU n 1 159 TYR n 1 160 ARG n 1 161 LEU n 1 162 ILE n 1 163 ASN n 1 164 CYS n 1 165 ASN n 1 166 THR n 1 167 SER n 1 168 ALA n 1 169 ILE n 1 170 THR n 1 171 GLN n 1 172 ALA n 1 173 CYS n 1 174 PRO n 1 175 LYS n 1 176 VAL n 1 177 SER n 1 178 PHE n 1 179 GLU n 1 180 PRO n 1 181 ILE n 1 182 PRO n 1 183 ILE n 1 184 HIS n 1 185 TYR n 1 186 CYS n 1 187 ALA n 1 188 PRO n 1 189 ALA n 1 190 GLY n 1 191 PHE n 1 192 ALA n 1 193 ILE n 1 194 LEU n 1 195 LYS n 1 196 CYS n 1 197 LYS n 1 198 ASP n 1 199 LYS n 1 200 LYS n 1 201 PHE n 1 202 ASN n 1 203 GLY n 1 204 THR n 1 205 GLY n 1 206 PRO n 1 207 CYS n 1 208 PRO n 1 209 SER n 1 210 VAL n 1 211 SER n 1 212 THR n 1 213 VAL n 1 214 GLN n 1 215 CYS n 1 216 THR n 1 217 HIS n 1 218 GLY n 1 219 ILE n 1 220 LYS n 1 221 PRO n 1 222 VAL n 1 223 VAL n 1 224 SER n 1 225 THR n 1 226 GLN n 1 227 LEU n 1 228 LEU n 1 229 LEU n 1 230 ASN n 1 231 GLY n 1 232 SER n 1 233 LEU n 1 234 ALA n 1 235 GLU n 1 236 GLU n 1 237 GLU n 1 238 VAL n 1 239 MET n 1 240 ILE n 1 241 ARG n 1 242 SER n 1 243 GLU n 1 244 ASN n 1 245 ILE n 1 246 THR n 1 247 ASN n 1 248 ASN n 1 249 ALA n 1 250 LYS n 1 251 ASN 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'Human immunodeficiency virus 1' 11676 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? HEK293 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 'Biological sequence' 1 153 HIV-1 ? env ? ? ? ? ? ? 'Human immunodeficiency virus 1' 11676 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? HEK293 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 3 1 sample 'Biological sequence' 1 214 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? HEK293 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 4 1 sample 'Biological sequence' 1 239 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 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Q2N0S6 32 ? 508 ? 33 513 2 2 7LO6 B 1 ? 153 ? Q2N0S6 509 ? 661 ? 512 664 3 1 7LO6 C 1 ? 479 ? Q2N0S6 32 ? 508 ? 33 513 4 2 7LO6 D 1 ? 153 ? Q2N0S6 509 ? 661 ? 512 664 5 1 7LO6 E 1 ? 479 ? Q2N0S6 32 ? 508 ? 33 513 6 2 7LO6 F 1 ? 153 ? Q2N0S6 509 ? 661 ? 512 664 7 3 7LO6 G 1 ? 214 ? 7LO6 1 ? 214 ? 1 214 8 4 7LO6 H 1 ? 239 ? 7LO6 1 ? 239 ? 1 239 9 3 7LO6 I 1 ? 214 ? 7LO6 1 ? 214 ? 1 214 10 4 7LO6 J 1 ? 239 ? 7LO6 1 ? 239 ? 1 239 11 3 7LO6 K 1 ? 214 ? 7LO6 1 ? 214 ? 1 214 12 4 7LO6 L 1 ? 239 ? 7LO6 1 ? 239 ? 1 239 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 7LO6 ASN A 299 ? 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UNP Q2N0S6 THR 330 'engineered mutation' 332 17 5 7LO6 CYS E 467 ? UNP Q2N0S6 ALA 498 'engineered mutation' 501 18 5 7LO6 ARG E 475 ? UNP Q2N0S6 GLU 506 'engineered mutation' 509 19 5 7LO6 ARG E 476 ? UNP Q2N0S6 LYS 507 'engineered mutation' 510 20 5 7LO6 ARG E 477 ? UNP Q2N0S6 ? ? insertion 511 21 5 7LO6 ARG E 478 ? UNP Q2N0S6 ? ? insertion 512 22 6 7LO6 PRO F 48 ? UNP Q2N0S6 ILE 556 'engineered mutation' 559 23 6 7LO6 CYS F 94 ? UNP Q2N0S6 THR 602 'engineered mutation' 605 24 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight 5VG non-polymer . ;~{N}'-[(1~{R},2~{R})-2-(carbamimidamidomethyl)-5-(methylaminomethyl)-2,3-dihydro-1~{H}-inden-1-yl]-~{N}-(4-chloranyl-3-fluoranyl-phenyl)ethanediamide ; ? 'C21 H24 Cl F N6 O2' 446.906 ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7LO6 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean ? _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 7LO6 _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high 3.90 _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.011 ? 18390 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.883 ? 24980 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 16.273 ? 2751 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.055 ? 2956 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 3102 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7LO6 _struct.title 'Structure of CD4 mimetic BNM-III-170 in complex with BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer and 17b Fab' _struct.pdbx_descriptor 'Envelope glycoprotein gp120, HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41, 17b Fab Light Chain, 17b Fab Heavy Chain' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7LO6 _struct_keywords.text 'CD4m, fusion, HIV-1, entry, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 3 ? J N N 4 ? K N N 3 ? L N N 4 ? M N N 5 ? N N N 6 ? O N N 5 ? P N N 7 ? Q N N 5 ? 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ZA N N 9 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLU A 32 ? ALA A 41 ? GLU A 64 ALA A 73 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 67 ? LEU A 84 ? ASN A 99 LEU A 116 1 ? 18 HELX_P HELX_P3 AA3 LYS A 302 ? PHE A 320 ? LYS A 335 PHE A 353 1 ? 19 HELX_P HELX_P4 AA4 ASP A 440 ? TRP A 445 ? ASP A 474 TRP A 479 5 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 GLY B 3 ? GLY B 5 ? GLY B 514 GLY B 516 5 ? 3 HELX_P HELX_P6 AA6 ALA B 6 ? PHE B 11 ? 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GLU J 103 GLY J 107 5 ? 5 HELX_P HELX_P35 AD8 ARG L 87 ? THR L 91 ? 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B CYS 87 SG ? ? ? 1_555 B CYS 93 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 87 SG ? ? ? 1_555 C CYS 173 SG ? ? C CYS 119 C CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 94 SG ? ? ? 1_555 C CYS 164 SG ? ? C CYS 126 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf13 disulf ? ? C CYS 186 SG ? ? ? 1_555 C CYS 215 SG ? ? C CYS 218 C CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf14 disulf ? ? C CYS 196 SG ? ? ? 1_555 C CYS 207 SG ? ? C CYS 228 C CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf15 disulf ? ? C CYS 264 SG ? ? ? 1_555 C CYS 298 SG ? ? C CYS 296 C CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf16 disulf ? ? C CYS 298 SG ? ? ? 1_555 C CYS 352 SG ? ? C CYS 331 C CYS 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.072 ? ? disulf17 disulf ? ? C CYS 298 SG ? ? ? 1_555 C CYS 384 SG ? ? C CYS 331 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf18 disulf ? ? C CYS 345 SG ? ? ? 1_555 C CYS 411 SG ? ? C CYS 378 C CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf19 disulf ? ? C CYS 352 SG ? ? ? 1_555 C CYS 384 SG ? ? C CYS 385 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf20 disulf ? ? C CYS 467 SG ? ? ? 1_555 D CYS 94 SG ? ? C CYS 501 D CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf21 disulf ? ? D CYS 87 SG ? ? ? 1_555 D CYS 93 SG ? ? D CYS 598 D CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf22 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 42 SG ? ? E CYS 54 E CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.039 ? ? disulf23 disulf ? ? E CYS 87 SG ? ? ? 1_555 E CYS 173 SG ? ? E CYS 119 E CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf24 disulf ? ? E CYS 94 SG ? ? ? 1_555 E CYS 164 SG ? ? E CYS 126 E CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf25 disulf ? ? E CYS 186 SG ? ? ? 1_555 E CYS 215 SG ? ? E CYS 218 E CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf26 disulf ? ? E CYS 196 SG ? ? ? 1_555 E CYS 207 SG ? ? E CYS 228 E CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf27 disulf ? ? E CYS 264 SG ? ? ? 1_555 E CYS 298 SG ? ? E CYS 296 E CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.016 ? ? disulf28 disulf ? ? E CYS 345 SG ? ? ? 1_555 E CYS 411 SG ? ? E CYS 378 E CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf29 disulf ? ? E CYS 352 SG ? ? ? 1_555 E CYS 384 SG ? ? E CYS 385 E CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf30 disulf ? ? E CYS 467 SG ? ? ? 1_555 F CYS 94 SG ? ? E CYS 501 F CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf31 disulf ? ? F CYS 87 SG ? ? ? 1_555 F CYS 93 SG ? ? F CYS 598 F CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? disulf32 disulf ? ? G CYS 23 SG ? ? ? 1_555 G CYS 88 SG ? ? G CYS 23 G CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf33 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf34 disulf ? ? I CYS 23 SG ? ? ? 1_555 I CYS 88 SG ? ? I CYS 23 I CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.043 ? ? disulf35 disulf ? ? J CYS 22 SG ? ? ? 1_555 J CYS 96 SG ? ? J CYS 22 J CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf36 disulf ? ? K CYS 23 SG ? ? ? 1_555 K CYS 88 SG ? ? 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C ASN 263 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? C ASN 295 C NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? C ASN 299 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? C ASN 332 C NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? C ASN 306 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? C ASN 339 C NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? C ASN 322 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? C ASN 355 C NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? C ASN 330 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? C ASN 363 C NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.428 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? C ASN 353 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? C ASN 386 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? C ASN 359 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? C ASN 392 C NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? C ASN 414 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? C ASN 448 C NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.567 ? 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P BMA 3 P MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale48 covale both ? P MAN . O2 ? ? ? 1_555 P MAN . C1 ? ? P MAN 4 P MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? ? covale49 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale50 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale51 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale52 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S BMA . C1 ? ? S NAG 2 S BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? ? covale53 covale both ? S BMA . O3 ? ? ? 1_555 S MAN . C1 ? ? S BMA 3 S MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.465 ? ? covale54 covale both ? S BMA . O6 ? ? ? 1_555 S MAN . C1 ? ? S BMA 3 S MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale55 covale both ? S MAN . O2 ? ? ? 1_555 S MAN . C1 ? ? S MAN 4 S MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale56 covale both ? S MAN . O3 ? ? ? 1_555 S MAN . C1 ? ? 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V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 7 G . ? SER 7 G PRO 8 G ? PRO 8 G 1 -1.89 2 TRP 94 G . ? TRP 94 G PRO 95 G ? PRO 95 G 1 -1.67 3 SER 7 I . ? SER 7 I PRO 8 I ? PRO 8 I 1 2.04 4 TRP 94 I . ? TRP 94 I PRO 95 I ? PRO 95 I 1 2.57 5 SER 7 K . ? SER 7 K PRO 8 K ? PRO 8 K 1 -4.82 6 TRP 94 K . ? TRP 94 K PRO 95 K ? PRO 95 K 1 2.09 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 6 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 5 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 6 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 4 ? AC7 ? 2 ? AC8 ? 5 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 6 ? AD2 ? 4 ? AD3 ? 4 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 5 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 6 ? AD8 ? 4 ? AD9 ? 3 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 3 ? AE4 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB6 4 5 ? anti-parallel AB6 5 6 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC4 5 6 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC8 4 5 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? anti-parallel AD1 5 6 ? anti-parallel AD2 1 2 ? parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD7 1 2 ? parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD7 4 5 ? anti-parallel AD7 5 6 ? anti-parallel AD8 1 2 ? parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD8 3 4 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? anti-parallel AE4 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 GLY A 461 ? 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ARG C 273 SER C 274 AB5 2 ILE C 252 ? LEU C 253 ? ILE C 284 LEU C 285 AB6 1 HIS C 341 ? CYS C 345 ? HIS C 374 CYS C 378 AB6 2 GLU C 348 ? CYS C 352 ? GLU C 381 CYS C 385 AB6 3 PRO C 383 ? ILE C 386 ? PRO C 417 ILE C 420 AB6 4 ALA C 296 ? SER C 301 ? ALA C 329 SER C 334 AB6 5 VAL C 260 ? ARG C 266 ? VAL C 292 ARG C 298 AB6 6 ILE C 409 ? ARG C 410 ? ILE C 443 ARG C 444 AB7 1 SER C 379 ? ILE C 380 ? SER C 413 ILE C 414 AB7 2 ALA C 296 ? SER C 301 ? ALA C 329 SER C 334 AB7 3 VAL C 260 ? ARG C 266 ? VAL C 292 ARG C 298 AB7 4 SER C 413 ? ILE C 415 ? SER C 447 ILE C 449 AB8 1 THR C 361 ? TRP C 362 ? THR C 394 TRP C 395 AB8 2 ILE C 325 ? PHE C 328 ? ILE C 358 PHE C 361 AB8 3 THR C 431 ? PHE C 434 ? THR C 465 PHE C 468 AB9 1 VAL E 462 ? THR E 465 ? VAL E 496 THR E 499 AB9 2 TRP E 3 ? VAL E 6 ? TRP E 35 VAL E 38 AB9 3 CYS F 93 ? PRO F 98 ? CYS F 604 PRO F 609 AC1 1 TRP E 13 ? ASP E 15 ? TRP E 45 ASP E 47 AC1 2 VAL E 454 ? ILE E 457 ? VAL E 488 ILE E 491 AC1 3 PHE E 191 ? LEU E 194 ? 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ALA H 92 TYR H 100 AD2 4 HIS H 117 ? TRP H 118 ? HIS H 117 TRP H 118 AD3 1 THR I 5 ? SER I 7 ? THR I 5 SER I 7 AD3 2 ALA I 19 ? ARG I 24 ? ALA I 19 ARG I 24 AD3 3 GLU I 70 ? ILE I 75 ? GLU I 70 ILE I 75 AD3 4 PHE I 62 ? SER I 67 ? PHE I 62 SER I 67 AD4 1 THR I 10 ? SER I 12 ? THR I 10 SER I 12 AD4 2 ARG I 105 ? GLU I 107 ? ARG I 105 GLU I 107 AD5 1 THR I 53 ? ARG I 54 ? THR I 53 ARG I 54 AD5 2 ARG I 45 ? TYR I 49 ? ARG I 45 TYR I 49 AD5 3 ALA I 34 ? GLN I 38 ? ALA I 34 GLN I 38 AD5 4 VAL I 85 ? GLN I 90 ? VAL I 85 GLN I 90 AD5 5 THR I 99 ? PHE I 100 ? THR I 99 PHE I 100 AD6 1 GLN J 3 ? GLU J 6 ? GLN J 3 GLU J 6 AD6 2 VAL J 18 ? SER J 25 ? VAL J 18 SER J 25 AD6 3 THR J 78 ? LEU J 83 ? THR J 78 LEU J 83 AD6 4 VAL J 68 ? ASP J 73 ? VAL J 68 ASP J 73 AD7 1 GLU J 10 ? LYS J 12 ? GLU J 10 LYS J 12 AD7 2 THR J 122 ? VAL J 126 ? THR J 122 VAL J 126 AD7 3 ALA J 92 ? TYR J 100 ? ALA J 92 TYR J 100 AD7 4 TYR J 32 ? GLN J 39 ? TYR J 32 GLN J 39 AD7 5 GLU J 46 ? ILE J 52 ? 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'Complex of BG505 SOSIP.664 Env with CD4 mimetic BNM-III-170 and 17b Fab' 'MULTIPLE SOURCES' COMPLEX '1, 2, 3, 4' ? ? 2 1 ;Final reconstruction masked out the constant domain so only coordinates for the variable domain were modeled, but full Fab was used to assemble complex. ; '17b Fab' RECOMBINANT COMPLEX '3, 4' ? ? 3 1 ? 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L SER 192 1011 1 Y 1 L LEU 193 ? L LEU 193 1012 1 Y 1 L SER 194 ? L SER 194 1013 1 Y 1 L SER 195 ? L SER 195 1014 1 Y 1 L VAL 196 ? L VAL 196 1015 1 Y 1 L VAL 197 ? L VAL 197 1016 1 Y 1 L THR 198 ? L THR 198 1017 1 Y 1 L VAL 199 ? L VAL 199 1018 1 Y 1 L PRO 200 ? L PRO 200 1019 1 Y 1 L SER 201 ? L SER 201 1020 1 Y 1 L SER 202 ? L SER 202 1021 1 Y 1 L SER 203 ? L SER 203 1022 1 Y 1 L LEU 204 ? L LEU 204 1023 1 Y 1 L GLY 205 ? L GLY 205 1024 1 Y 1 L THR 206 ? L THR 206 1025 1 Y 1 L GLN 207 ? L GLN 207 1026 1 Y 1 L THR 208 ? L THR 208 1027 1 Y 1 L TYR 209 ? L TYR 209 1028 1 Y 1 L ILE 210 ? L ILE 210 1029 1 Y 1 L CYS 211 ? L CYS 211 1030 1 Y 1 L ASN 212 ? L ASN 212 1031 1 Y 1 L VAL 213 ? L VAL 213 1032 1 Y 1 L ASN 214 ? L ASN 214 1033 1 Y 1 L HIS 215 ? L HIS 215 1034 1 Y 1 L LYS 216 ? L LYS 216 1035 1 Y 1 L PRO 217 ? L PRO 217 1036 1 Y 1 L SER 218 ? L SER 218 1037 1 Y 1 L ASN 219 ? L ASN 219 1038 1 Y 1 L THR 220 ? L THR 220 1039 1 Y 1 L LYS 221 ? L LYS 221 1040 1 Y 1 L VAL 222 ? 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Tris 1 2 100 mM NaCl 'sodium chloride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # loop_ _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id _em_entity_assembly_molwt.id _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag _em_entity_assembly_molwt.units _em_entity_assembly_molwt.value 1 1 NO MEGADALTONS 0.480 1 2 NO ? ? 1 3 NO ? ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 3 2 ? ? 9606 ? ? 'Homo sapiens' ? ? 4 3 ? ? 11676 ? ? 'Human immunodeficiency virus 1' BG505 ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 2 HEK293 9606 'Homo sapiens' ? ? 3 3 HEK293 9606 'Homo sapiens' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 60 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? PHENIX 1.18 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.18 ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1.4 _em_specimen.details 'This sample was monodisperse' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' '2 P50 AI150464' 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'HIVRAD P01 AI100148' 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero M 5 NAG 1 M NAG 1 M NAG 1 n M 5 NAG 2 M NAG 2 M NAG 2 n N 6 NAG 1 N NAG 1 N NAG 1 n N 6 NAG 2 N NAG 2 N NAG 2 n N 6 BMA 3 N BMA 3 N BMA 3 n N 6 MAN 4 N MAN 4 N MAN 4 n N 6 MAN 5 N MAN 5 N MAN 5 n O 5 NAG 1 O NAG 1 O NAG 1 n O 5 NAG 2 O NAG 2 O NAG 2 n P 7 NAG 1 P NAG 1 P NAG 1 n P 7 NAG 2 P NAG 2 P NAG 2 n P 7 BMA 3 P BMA 3 P BMA 3 n P 7 MAN 4 P MAN 4 P MAN 4 n P 7 MAN 5 P MAN 5 P MAN 5 n P 7 MAN 6 P MAN 6 P MAN 6 n Q 5 NAG 1 Q NAG 1 Q NAG 1 n Q 5 NAG 2 Q NAG 2 Q NAG 2 n R 5 NAG 1 R NAG 1 R NAG 1 n R 5 NAG 2 R NAG 2 R NAG 2 n S 8 NAG 1 S NAG 1 S NAG 1 n S 8 NAG 2 S NAG 2 S NAG 2 n S 8 BMA 3 S BMA 3 S BMA 3 n S 8 MAN 4 S MAN 4 S MAN 4 n S 8 MAN 5 S MAN 5 S MAN 5 n S 8 MAN 6 S MAN 6 S MAN 6 n S 8 MAN 7 S MAN 7 S MAN 7 n T 5 NAG 1 T NAG 1 T NAG 1 n T 5 NAG 2 T NAG 2 T NAG 2 n U 5 NAG 1 U NAG 1 U NAG 1 n U 5 NAG 2 U NAG 2 U NAG 2 n V 5 NAG 1 V NAG 1 V NAG 1 n V 5 NAG 2 V NAG 2 V NAG 2 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 6 DManpa1-6DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 6 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_d6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 6 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 7 'DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 7 'WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 7 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 10 8 'DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 8 'WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 12 8 ;[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}} ; LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 6 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 5 6 5 MAN C1 O1 4 MAN O6 HO6 sing ? 6 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 7 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 8 7 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 9 7 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 10 7 6 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 11 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 12 8 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 13 8 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 14 8 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 15 8 6 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 16 8 7 MAN C1 O1 6 MAN O3 HO3 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 6 MAN 4 n 6 MAN 5 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 7 MAN 4 n 7 MAN 5 n 7 MAN 6 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 8 BMA 3 n 8 MAN 4 n 8 MAN 5 n 8 MAN 6 n 8 MAN 7 n # _pdbx_entity_instance_feature.ordinal 1 _pdbx_entity_instance_feature.comp_id 5VG _pdbx_entity_instance_feature.asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id 5VG _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.feature_type 'SUBJECT OF INVESTIGATION' _pdbx_entity_instance_feature.details ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 9 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG 10 ;~{N}'-[(1~{R},2~{R})-2-(carbamimidamidomethyl)-5-(methylaminomethyl)-2,3-dihydro-1~{H}-inden-1-yl]-~{N}-(4-chloranyl-3-fluoranyl-phenyl)ethanediamide ; 5VG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? 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