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EMDB EMD-23465 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type EMDB 'Contains the same protein complexed with BNM-III-170 instead of M48U1' EMD-23462 'other EM volume' PDB 'Contains the same protein complexed with BNM-III-170 instead of M48U1' 7LO6 unspecified EMDB 'Structure of CD4 mimetic M48U1 in complex with BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer and 17b Fab' EMD-23465 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7LOK _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-02-10 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Jette, C.A.' 1 0000-0002-5085-8027 'Bjorkman, P.J.' 2 0000-0002-2277-3990 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Nat Commun' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2041-1723 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 12 _citation.language ? _citation.page_first 1950 _citation.page_last 1950 _citation.title 'Cryo-EM structures of HIV-1 trimer bound to CD4-mimetics BNM-III-170 and M48U1 adopt a CD4-bound open conformation.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41467-021-21816-x _citation.pdbx_database_id_PubMed 33782388 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Jette, C.A.' 1 0000-0002-5085-8027 primary 'Barnes, C.O.' 2 ? primary 'Kirk, S.M.' 3 ? primary 'Melillo, B.' 4 0000-0002-9708-5287 primary 'Smith III, A.B.' 5 ? primary 'Bjorkman, P.J.' 6 0000-0002-2277-3990 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7LOK _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7LOK _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Envelope glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120' 53864.086 3 ? 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'BG505 SOSIP.664' ? ? 3 polymer man '17b Fab Light Chain' 23399.898 2 ? ? ? ? 4 polymer man '17b Fab Heavy Chain' 25748.771 2 ? ? ? ? 5 polymer syn M48U1 3056.804 3 ? ? ? ? 6 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 1072.964 1 ? ? ? ? 7 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 910.823 1 ? ? ? ? 8 branched man ;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; 748.682 1 ? ? ? ? 9 non-polymer man 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose 221.208 8 ? ? ? ? # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;NLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLW DQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYR LINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMI RSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHF GNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNTSVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAM YAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWRSELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR ; ;NLWVTVYYGVPVWKDAETTLFCASDAKAYETEKHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTEEFNMWKNNMVEQMHTDIISLW DQSLKPCVKLTPLCVTLQCTNVTNNITDDMRGELKNCSFNMTTELRDKKQKVYSLFYRLDVVQINENQGNRSNNSNKEYR LINCNTSAITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCKDKKFNGTGPCPSVSTVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEVMI RSENITNNAKNILVQFNTPVQINCTRPNNNTRKSIRIGPGQAFYATGDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHF 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'polypeptide(L)' no no ;EVQLVESGAEVKKPGSSVKVSCKASGDTFIRYSFTWVRQAPGQGLEWMGRIITILDVAHYAPHLQGRVTITADKSTSTVY LELRNLRSDDTAVYFCAGVYEGEADEGEYDNNGFLKHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDY FPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKHHHHHH ; ;EVQLVESGAEVKKPGSSVKVSCKASGDTFIRYSFTWVRQAPGQGLEWMGRIITILDVAHYAPHLQGRVTITADKSTSTVY LELRNLRSDDTAVYFCAGVYEGEADEGEYDNNGFLKHWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDY FPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKHHHHHH ; K,M ? 5 'polypeptide(L)' no yes '(MPT)NLHFCQLRCKSLGLLGRCA(DPR)T(U2X)CACV(NH2)' XNLHFCQLRCKSLGLLGRCAPTXCACVX G,H,I ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 ASN n 1 2 LEU n 1 3 TRP n 1 4 VAL n 1 5 THR n 1 6 VAL n 1 7 TYR n 1 8 TYR n 1 9 GLY n 1 10 VAL n 1 11 PRO n 1 12 VAL n 1 13 TRP n 1 14 LYS n 1 15 ASP n 1 16 ALA n 1 17 GLU n 1 18 THR n 1 19 THR n 1 20 LEU n 1 21 PHE n 1 22 CYS n 1 23 ALA n 1 24 SER n 1 25 ASP n 1 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Q2N0S6 32 ? 508 ? 33 513 2 2 7LOK D 1 ? 153 ? Q2N0S6 509 ? 661 ? 512 664 3 1 7LOK A 1 ? 479 ? Q2N0S6 32 ? 508 ? 33 513 4 2 7LOK B 1 ? 153 ? Q2N0S6 509 ? 661 ? 512 664 5 3 7LOK J 1 ? 214 ? 7LOK 1 ? 214 ? 1 214 6 4 7LOK K 1 ? 239 ? 7LOK 1 ? 239 ? 1 239 7 3 7LOK L 1 ? 214 ? 7LOK 1 ? 214 ? 1 214 8 4 7LOK M 1 ? 239 ? 7LOK 1 ? 239 ? 1 239 9 5 7LOK G 1 ? 28 ? 7LOK 1 ? 28 ? 1 28 10 5 7LOK H 1 ? 28 ? 7LOK 1 ? 28 ? 1 28 11 2 7LOK F 1 ? 153 ? Q2N0S6 509 ? 661 ? 512 664 12 1 7LOK E 1 ? 479 ? Q2N0S6 32 ? 508 ? 33 513 13 5 7LOK I 1 ? 28 ? 7LOK 1 ? 28 ? 1 28 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 7LOK ASN C 299 ? UNP Q2N0S6 THR 330 'engineered mutation' 332 1 1 7LOK CYS C 467 ? UNP Q2N0S6 ALA 498 'engineered mutation' 501 2 1 7LOK ARG C 475 ? UNP Q2N0S6 GLU 506 'engineered mutation' 509 3 1 7LOK ARG C 476 ? UNP Q2N0S6 LYS 507 'engineered mutation' 510 4 1 7LOK ARG C 477 ? UNP Q2N0S6 ? ? insertion 511 5 1 7LOK ARG C 478 ? UNP Q2N0S6 ? ? insertion 512 6 2 7LOK PRO D 48 ? UNP Q2N0S6 ILE 556 'engineered mutation' 559 7 2 7LOK CYS D 94 ? UNP Q2N0S6 THR 602 'engineered mutation' 605 8 3 7LOK ASN A 299 ? UNP Q2N0S6 THR 330 'engineered mutation' 332 9 3 7LOK CYS A 467 ? UNP Q2N0S6 ALA 498 'engineered mutation' 501 10 3 7LOK ARG A 475 ? UNP Q2N0S6 GLU 506 'engineered mutation' 509 11 3 7LOK ARG A 476 ? UNP Q2N0S6 LYS 507 'engineered mutation' 510 12 3 7LOK ARG A 477 ? UNP Q2N0S6 ? ? insertion 511 13 3 7LOK ARG A 478 ? UNP Q2N0S6 ? ? insertion 512 14 4 7LOK PRO B 48 ? UNP Q2N0S6 ILE 556 'engineered mutation' 559 15 4 7LOK CYS B 94 ? UNP Q2N0S6 THR 602 'engineered mutation' 605 16 11 7LOK PRO F 48 ? UNP Q2N0S6 ILE 556 'engineered mutation' 559 17 11 7LOK CYS F 94 ? UNP Q2N0S6 THR 602 'engineered mutation' 605 18 12 7LOK ASN E 299 ? UNP Q2N0S6 THR 330 'engineered mutation' 332 19 12 7LOK CYS E 467 ? UNP Q2N0S6 ALA 498 'engineered mutation' 501 20 12 7LOK ARG E 475 ? UNP Q2N0S6 GLU 506 'engineered mutation' 509 21 12 7LOK ARG E 476 ? UNP Q2N0S6 LYS 507 'engineered mutation' 510 22 12 7LOK ARG E 477 ? UNP Q2N0S6 ? ? insertion 511 23 12 7LOK ARG E 478 ? UNP Q2N0S6 ? ? insertion 512 24 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DPR 'D-peptide linking' . D-PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MPT non-polymer . 'BETA-MERCAPTOPROPIONIC ACID' ? 'C3 H6 O2 S' 106.144 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 NH2 non-polymer . 'AMINO GROUP' ? 'H2 N' 16.023 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 U2X 'L-peptide linking' n 'O-(cyclohexylmethyl)-L-tyrosine' ? 'C16 H23 N O3' 277.359 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7LOK _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7LOK _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 16395 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.154 ? 22261 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 16.206 ? 5970 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.104 ? 2587 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.013 ? 2791 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7LOK _struct.title 'Structure of CD4 mimetic M48U1 in complex with BG505 SOSIP.664 HIV-1 Env trimer and 17b Fab' _struct.pdbx_descriptor ;Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41, Envelope glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp120, 17b Fab Light Chain, 17b Fab Heavy Chain, M48U1 ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7LOK _struct_keywords.text 'HIV-1, fusion, entry, membrane, VIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 5 ? K N N 2 ? L N N 1 ? M N N 5 ? N N N 6 ? O N N 7 ? P N N 8 ? Q N N 9 ? R N N 9 ? S N N 9 ? T N N 9 ? U N N 9 ? V N N 9 ? W N N 9 ? X N N 9 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 HIS A 34 ? ALA A 41 ? HIS C 66 ALA C 73 1 ? 8 HELX_P HELX_P2 AA2 ASN A 67 ? LEU A 84 ? ASN C 99 LEU C 116 1 ? 18 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 306 ? PHE A 320 ? ASN C 339 PHE C 353 1 ? 15 HELX_P HELX_P4 AA4 THR A 354 ? LEU A 357 ? THR C 387 LEU C 390 5 ? 4 HELX_P HELX_P5 AA5 MET A 441 ? 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THR B 529 ARG B 542 1 ? 14 HELX_P HELX_P20 AC2 GLN D 51 ? LYS D 56 ? GLN B 562 LYS B 567 1 ? 6 HELX_P HELX_P21 AC3 GLY D 61 ? VAL D 72 ? GLY B 572 VAL B 583 1 ? 12 HELX_P HELX_P22 AC4 VAL D 72 ? LEU D 82 ? VAL B 583 LEU B 593 1 ? 11 HELX_P HELX_P23 AC5 THR D 116 ? ILE D 124 ? THR B 627 ILE B 635 1 ? 9 HELX_P HELX_P24 AC6 TYR D 127 ? ASN D 145 ? TYR B 638 ASN B 656 1 ? 19 HELX_P HELX_P25 AC7 THR F 28 ? ILE F 30 ? THR K 28 ILE K 30 5 ? 3 HELX_P HELX_P26 AC8 GLU F 103 ? GLY F 107 ? GLU K 103 GLY K 107 5 ? 5 HELX_P HELX_P27 AC9 PRO H 62 ? GLN H 65 ? PRO M 62 GLN M 65 5 ? 4 HELX_P HELX_P28 AD1 ASN I 2 ? SER I 12 ? ASN G 2 SER G 12 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 AD2 ASN J 2 ? SER J 12 ? ASN H 2 SER H 12 1 ? 11 HELX_P HELX_P30 AD3 PHE K 8 ? LEU K 12 ? PHE F 519 LEU F 523 1 ? 5 HELX_P HELX_P31 AD4 THR K 18 ? ASN K 32 ? THR F 529 ASN F 543 1 ? 15 HELX_P HELX_P32 AD5 LEU K 33 ? SER K 35 ? LEU F 544 SER F 546 5 ? 3 HELX_P HELX_P33 AD6 LYS K 56 ? LEU K 65 ? LYS F 567 LEU F 576 1 ? 10 HELX_P HELX_P34 AD7 ALA K 67 ? TRP K 85 ? ALA F 578 TRP F 596 1 ? 19 HELX_P HELX_P35 AD8 SER K 109 ? ASP K 113 ? SER F 620 ASP F 624 5 ? 5 HELX_P HELX_P36 AD9 THR K 116 ? SER K 125 ? THR F 627 SER F 636 1 ? 10 HELX_P HELX_P37 AE1 TYR K 127 ? GLN K 139 ? TYR F 638 GLN F 650 1 ? 13 HELX_P HELX_P38 AE2 ASN K 140 ? GLU K 143 ? ASN F 651 GLU F 654 5 ? 4 HELX_P HELX_P39 AE3 LYS L 33 ? ALA L 38 ? LYS E 65 ALA E 70 1 ? 6 HELX_P HELX_P40 AE4 MET L 68 ? GLN L 82 ? MET E 100 GLN E 114 1 ? 15 HELX_P HELX_P41 AE5 THR L 304 ? PHE L 320 ? THR E 337 PHE E 353 1 ? 17 HELX_P HELX_P42 AE6 THR L 354 ? PHE L 358 ? THR E 387 PHE E 391 5 ? 5 HELX_P HELX_P43 AE7 ARG L 442 ? SER L 447 ? ARG E 476 SER E 481 1 ? 6 HELX_P HELX_P44 AE8 ASN M 2 ? LYS M 11 ? ASN I 2 LYS I 11 1 ? 10 HELX_P HELX_P45 AE9 SER M 12 ? GLY M 14 ? SER I 12 GLY I 14 5 ? 3 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 87 SG ? ? ? 1_555 A CYS 173 SG ? ? C CYS 119 C CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 94 SG ? ? ? 1_555 A CYS 164 SG ? ? C CYS 126 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 186 SG ? ? ? 1_555 A CYS 215 SG ? ? C CYS 218 C CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.049 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 196 SG ? ? ? 1_555 A CYS 207 SG ? ? C CYS 228 C CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf5 disulf ? ? A CYS 264 SG ? ? ? 1_555 A CYS 298 SG ? ? C CYS 296 C CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf6 disulf ? ? A CYS 345 SG ? ? ? 1_555 A CYS 411 SG ? ? C CYS 378 C CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf7 disulf ? ? A CYS 352 SG ? ? ? 1_555 A CYS 384 SG ? ? C CYS 385 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf8 disulf ? ? A CYS 467 SG ? ? ? 1_555 B CYS 94 SG ? ? C CYS 501 D CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf9 disulf ? ? B CYS 87 SG ? ? ? 1_555 B CYS 93 SG ? ? D CYS 598 D CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf10 disulf ? ? C CYS 22 SG ? ? ? 1_555 C CYS 42 SG ? ? A CYS 54 A CYS 74 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf11 disulf ? ? C CYS 87 SG ? ? ? 1_555 C CYS 173 SG ? ? A CYS 119 A CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 94 SG ? ? ? 1_555 C CYS 164 SG ? ? A CYS 126 A CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf13 disulf ? ? C CYS 186 SG ? ? ? 1_555 C CYS 215 SG ? ? A CYS 218 A CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf14 disulf ? ? C CYS 196 SG ? ? ? 1_555 C CYS 207 SG ? ? A CYS 228 A CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf15 disulf ? ? C CYS 298 SG ? ? ? 1_555 C CYS 352 SG ? ? A CYS 331 A CYS 385 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.005 ? ? disulf16 disulf ? ? C CYS 298 SG ? ? ? 1_555 C CYS 384 SG ? ? A CYS 331 A CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.289 ? ? disulf17 disulf ? ? C CYS 345 SG ? ? ? 1_555 C CYS 411 SG ? ? A CYS 378 A CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf18 disulf ? ? C CYS 352 SG ? ? ? 1_555 C CYS 384 SG ? ? A CYS 385 A CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.021 ? ? disulf19 disulf ? ? C CYS 467 SG ? ? ? 1_555 D CYS 94 SG ? ? A CYS 501 B CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf20 disulf ? ? D CYS 87 SG ? ? ? 1_555 D CYS 93 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf21 disulf ? ? E CYS 23 SG ? ? ? 1_555 E CYS 88 SG ? ? J CYS 23 J CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf22 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 96 SG ? ? K CYS 22 K CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf23 disulf ? ? G CYS 23 SG ? ? ? 1_555 G CYS 88 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf24 disulf ? ? H CYS 22 SG ? ? ? 1_555 H CYS 96 SG ? ? M CYS 22 M CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf25 disulf ? ? I CYS 6 SG ? ? ? 1_555 I CYS 24 SG ? ? G CYS 6 G CYS 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf26 disulf ? ? I CYS 10 SG ? ? ? 1_555 I CYS 26 SG ? ? G CYS 10 G CYS 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf27 disulf ? ? J CYS 6 SG ? ? ? 1_555 J CYS 24 SG ? ? H CYS 6 H CYS 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf28 disulf ? ? J CYS 10 SG ? ? ? 1_555 J CYS 26 SG ? ? H CYS 10 H CYS 26 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? covale1 covale one ? A ASN 230 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? C ASN 262 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 414 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? C ASN 448 C NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? C ASN 56 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 88 A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 202 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 234 A NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? C ASN 230 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 262 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.499 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? C ASN 263 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? A ASN 295 A NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? C ASN 299 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 332 A NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? C ASN 306 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? A ASN 339 A NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.414 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? C ASN 414 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? A ASN 448 A NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale10 covale both ? I MPT 1 C ? ? ? 1_555 I ASN 2 N ? ? G MPT 1 G ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.377 ? ? covale11 covale none ? I MPT 1 SG ? ? ? 1_555 I CYS 19 SG ? ? G MPT 1 G CYS 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.778 ? ? covale12 covale both ? I ALA 20 C ? ? ? 1_555 I DPR 21 N ? ? G ALA 20 G DPR 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.338 ? ? covale13 covale both ? I DPR 21 C ? ? ? 1_555 I THR 22 N ? ? G DPR 21 G THR 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.327 ? ? covale14 covale both ? I THR 22 C ? ? ? 1_555 I U2X 23 N ? ? G THR 22 G U2X 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.341 ? ? covale15 covale both ? I U2X 23 C ? ? ? 1_555 I CYS 24 N ? ? G U2X 23 G CYS 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.326 ? ? covale16 covale both ? I VAL 27 C ? ? ? 1_555 I NH2 28 N ? ? G VAL 27 G NH2 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? ? covale17 covale both ? J MPT 1 C ? ? ? 1_555 J ASN 2 N ? ? H MPT 1 H ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.377 ? ? covale18 covale none ? J MPT 1 SG ? ? ? 1_555 J CYS 19 SG ? ? H MPT 1 H CYS 19 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.624 ? ? covale19 covale both ? J ALA 20 C ? ? ? 1_555 J DPR 21 N ? ? H ALA 20 H DPR 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.340 ? ? covale20 covale both ? J DPR 21 C ? ? ? 1_555 J THR 22 N ? ? H DPR 21 H THR 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? ? covale21 covale both ? J THR 22 C ? ? ? 1_555 J U2X 23 N ? ? H THR 22 H U2X 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.340 ? ? covale22 covale both ? J U2X 23 C ? ? ? 1_555 J CYS 24 N ? ? H U2X 23 H CYS 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.329 ? ? covale23 covale both ? J VAL 27 C ? ? ? 1_555 J NH2 28 N ? ? H VAL 27 H NH2 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? ? covale24 covale one ? L ASN 230 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? E ASN 262 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? L ASN 263 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? E ASN 295 E NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale26 covale both ? M MPT 1 C ? ? ? 1_555 M ASN 2 N ? ? I MPT 1 I ASN 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.377 ? ? covale27 covale both ? M ALA 20 C ? ? ? 1_555 M DPR 21 N ? ? I ALA 20 I DPR 21 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? ? covale28 covale both ? M DPR 21 C ? ? ? 1_555 M THR 22 N ? ? I DPR 21 I THR 22 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.315 ? ? covale29 covale both ? M THR 22 C ? ? ? 1_555 M U2X 23 N ? ? I THR 22 I U2X 23 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.342 ? ? covale30 covale both ? M U2X 23 C ? ? ? 1_555 M CYS 24 N ? ? I U2X 23 I CYS 24 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.314 ? ? covale31 covale both ? M VAL 27 C ? ? ? 1_555 M NH2 28 N ? ? I VAL 27 I NH2 28 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? ? covale32 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale33 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? N NAG 2 N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale34 covale both ? N BMA . O6 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N BMA 3 N MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale35 covale both ? N BMA . O3 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N BMA 3 N MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale36 covale both ? N MAN . O3 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N MAN 4 N MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale37 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.480 ? ? covale38 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O BMA . C1 ? ? O NAG 2 O BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale39 covale both ? O BMA . O6 ? ? ? 1_555 O MAN . C1 ? ? O BMA 3 O MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale40 covale both ? O MAN . O3 ? ? ? 1_555 O MAN . C1 ? ? O MAN 4 O MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale41 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale42 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P BMA . C1 ? ? P NAG 2 P BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale43 covale both ? P BMA . O3 ? ? ? 1_555 P MAN . C1 ? ? P BMA 3 P MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 SER 7 E . ? SER 7 J PRO 8 E ? PRO 8 J 1 -1.53 2 TRP 94 E . ? TRP 94 J PRO 95 E ? PRO 95 J 1 0.42 3 SER 7 G . ? SER 7 L PRO 8 G ? PRO 8 L 1 -3.56 4 TRP 94 G . ? TRP 94 L PRO 95 G ? PRO 95 L 1 2.99 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 6 ? AA7 ? 2 ? AA8 ? 3 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 6 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 6 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 6 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 4 ? AC4 ? 2 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 6 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 3 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 2 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 2 ? AD7 ? 4 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 2 ? AE1 ? 2 ? AE2 ? 2 ? AE3 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA6 5 6 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB4 5 6 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB7 5 6 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AB9 4 5 ? anti-parallel AB9 5 6 ? anti-parallel AC1 1 2 ? parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC7 1 2 ? parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC7 5 6 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 460 ? 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H VAL 213 702 1 Y 1 M ASN 214 ? H ASN 214 703 1 Y 1 M HIS 215 ? H HIS 215 704 1 Y 1 M LYS 216 ? H LYS 216 705 1 Y 1 M PRO 217 ? H PRO 217 706 1 Y 1 M SER 218 ? H SER 218 707 1 Y 1 M ASN 219 ? H ASN 219 708 1 Y 1 M THR 220 ? H THR 220 709 1 Y 1 M LYS 221 ? H LYS 221 710 1 Y 1 M VAL 222 ? H VAL 222 711 1 Y 1 M ASP 223 ? H ASP 223 712 1 Y 1 M LYS 224 ? H LYS 224 713 1 Y 1 M ARG 225 ? H ARG 225 714 1 Y 1 M VAL 226 ? H VAL 226 715 1 Y 1 M GLU 227 ? H GLU 227 716 1 Y 1 M PRO 228 ? H PRO 228 717 1 Y 1 M LYS 229 ? H LYS 229 718 1 Y 1 M SER 230 ? H SER 230 719 1 Y 1 M CYS 231 ? H CYS 231 720 1 Y 1 M ASP 232 ? H ASP 232 721 1 Y 1 M LYS 233 ? H LYS 233 722 1 Y 1 M HIS 234 ? H HIS 234 723 1 Y 1 M HIS 235 ? H HIS 235 724 1 Y 1 M HIS 236 ? H HIS 236 725 1 Y 1 M HIS 237 ? H HIS 237 726 1 Y 1 M HIS 238 ? H HIS 238 727 1 Y 1 M HIS 239 ? H HIS 239 728 1 Y 1 F ALA 512 ? K ALA 1 729 1 Y 1 F VAL 513 ? K VAL 2 730 1 Y 1 F GLY 514 ? K GLY 3 731 1 Y 1 F ILE 515 ? K ILE 4 732 1 Y 1 F GLY 516 ? 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L LEU 135 796 1 Y 1 E PHE 168 ? L PHE 136 797 1 Y 1 E TYR 169 ? L TYR 137 798 1 Y 1 E ARG 170 ? L ARG 138 799 1 Y 1 E LEU 171 ? L LEU 139 800 1 Y 1 E ASP 172 ? L ASP 140 801 1 Y 1 E VAL 173 ? L VAL 141 802 1 Y 1 E VAL 174 ? L VAL 142 803 1 Y 1 E GLN 175 ? L GLN 143 804 1 Y 1 E ILE 176 ? L ILE 144 805 1 Y 1 E ASN 177 ? L ASN 145 806 1 Y 1 E GLU 178 ? L GLU 146 807 1 Y 1 E ASN 179 ? L ASN 147 808 1 Y 1 E GLN 180 ? L GLN 148 809 1 Y 1 E GLY 181 ? L GLY 149 810 1 Y 1 E ASN 182 ? L ASN 150 811 1 Y 1 E ARG 183 ? L ARG 151 812 1 Y 1 E SER 184 ? L SER 152 813 1 Y 1 E ASN 185 ? L ASN 153 814 1 Y 1 E ASN 186 ? L ASN 154 815 1 Y 1 E SER 187 ? L SER 155 816 1 Y 1 E ASN 188 ? L ASN 156 817 1 Y 1 E LYS 189 ? L LYS 157 818 1 Y 1 E GLU 190 ? L GLU 158 819 1 Y 1 E TYR 191 ? L TYR 159 820 1 Y 1 E ARG 192 ? L ARG 160 821 1 Y 1 E LEU 193 ? L LEU 161 822 1 Y 1 E ILE 194 ? L ILE 162 823 1 Y 1 E ASN 195 ? L ASN 163 824 1 Y 1 E CYS 196 ? L CYS 164 825 1 Y 1 E ASN 302 ? L ASN 269 826 1 Y 1 E ASN 303 ? 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L SER 373 858 1 Y 1 E THR 408 ? L THR 374 859 1 Y 1 E GLY 409 ? L GLY 375 860 1 Y 1 E SER 410 ? L SER 376 861 1 Y 1 E ASN 411 ? L ASN 377 862 1 Y 1 E THR 461 ? L THR 427 863 1 Y 1 E ASN 462 ? L ASN 428 864 1 Y 1 E SER 463 ? L SER 429 865 1 Y 1 E ARG 500 ? L ARG 466 866 1 Y 1 E CYS 501 ? L CYS 467 867 1 Y 1 E LYS 502 ? L LYS 468 868 1 Y 1 E ARG 503 ? L ARG 469 869 1 Y 1 E ARG 504 ? L ARG 470 870 1 Y 1 E VAL 505 ? L VAL 471 871 1 Y 1 E VAL 506 ? L VAL 472 872 1 Y 1 E GLY 507 ? L GLY 473 873 1 Y 1 E ARG 508 ? L ARG 474 874 1 Y 1 E ARG 509 ? L ARG 475 875 1 Y 1 E ARG 510 ? L ARG 476 876 1 Y 1 E ARG 511 ? L ARG 477 877 1 Y 1 E ARG 512 ? L ARG 478 878 1 Y 1 E ARG 513 ? L ARG 479 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 20 mM ? 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'Human immunodeficiency virus 1' BG505 ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 3 2 HEK293 9606 'Homo sapiens' ? ? 5 4 HEK293 9606 'Homo sapiens' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 60 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 2688 # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? PHENIX 1.18 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.18 ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1.4 _em_specimen.details 'This sample was monodisperse' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' '2 P50 AI150464' 1 'National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)' 'United States' 'HIVRAD P01 AI100148' 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero N 6 NAG 1 N NAG 1 C NAG 504 n N 6 NAG 2 N NAG 2 C NAG 505 n N 6 BMA 3 N BMA 3 C BMA 506 n N 6 MAN 4 N MAN 4 C MAN 508 n N 6 MAN 5 N MAN 5 C MAN 509 n N 6 MAN 6 N MAN 6 C MAN 507 n O 7 NAG 1 O NAG 1 A NAG 517 n O 7 NAG 2 O NAG 2 A NAG 518 n O 7 BMA 3 O BMA 3 A BMA 519 n O 7 MAN 4 O MAN 4 A MAN 520 n O 7 MAN 5 O MAN 5 A MAN 521 n P 8 NAG 1 P NAG 1 E NAG 507 n P 8 NAG 2 P NAG 2 E NAG 508 n P 8 BMA 3 P BMA 3 E BMA 509 n P 8 MAN 4 P MAN 4 E MAN 510 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 6 'DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 6 'WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 6 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 7 DManpa1-3DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 7 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d3-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 7 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 8 DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 8 'WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 8 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 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? U2X ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 NH2 ? ? NH2 ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 3 MPT ? ? MPT ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 4 DPR ? ? DPR ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 9 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #