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IV,Polydeoxyribonucleotide synthase [ATP] 4' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MSGWESYYKTEGDEEAEEEQEENLEASGDYKYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIISSDR DLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDNPGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDVQFK MSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKAGDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESSKLE DLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVISVGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTKRSQ IYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGFKPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAALCRY TPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPPGFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDSFEN PVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPKVEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDYNPEGKVTKRKHDNEGSGSKRPKVEYS EEELKTHISKGTLGKFTVPMLKEACRAYGLKSGLKKQELL ; ;MSGWESYYKTEGDEEAEEEQEENLEASGDYKYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIISSDR DLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDNPGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDVQFK MSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKAGDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESSKLE DLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVISVGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTKRSQ IYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGFKPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAALCRY TPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPPGFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDSFEN PVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPKVEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDYNPEGKVTKRKHDNEGSGSKRPKVEYS EEELKTHISKGTLGKFTVPMLKEACRAYGLKSGLKKQELL ; A,J ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MVRSGNKAAVVLCMDVGFTMSNSIPGIESPFEQAKKVITMFVQRQVFAENKDEIALVLFGTDGTDNPLSGGDQYQNITVH RHLMLPDFDLLEDIESKIQPGSQQADFLDALIVSMDVIQHETIGKKFEKRHIEIFTDLSSRFSKSQLDIIIHSLKKCDIS LQFFLPFSLGKEDGSGDRGDGPFRLGGHGPSFPLKGITEQQKEGLEIVKMVMISLEGEDGLDEIYSFSESLRKLCVFKKI ERHSIHWPCRLTIGSNLSIRIAAYKSILQERVKKTWTVVDAKTLKKEDIQKETVYCLNDDDETEVLKEDIIQGFRYGSDI 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'unidentified baculovirus' 10469 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 3 1 sample 1 26 'Homo sapiens' ? 9606 ? 4 1 sample 1 14 'Homo sapiens' ? 9606 ? 7 1 sample 1 14 'Homo sapiens' ? 9606 ? 8 1 sample 1 26 'Homo sapiens' ? 9606 ? 9 1 sample 1 20 'Homo sapiens' ? 9606 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP XRCC6_HUMAN P12956 ? 1 ;MSGWESYYKTEGDEEAEEEQEENLEASGDYKYSGRDSLIFLVDASKAMFESQSEDELTPFDMSIQCIQSVYISKIISSDR DLLAVVFYGTEKDKNSVNFKNIYVLQELDNPGAKRILELDQFKGQQGQKRFQDMMGHGSDYSLSEVLWVCANLFSDVQFK MSHKRIMLFTNEDNPHGNDSAKASRARTKAGDLRDTGIFLDLMHLKKPGGFDISLFYRDIISIAEDEDLRVHFEESSKLE DLLRKVRAKETRKRALSRLKLKLNKDIVISVGIYNLVQKALKPPPIKLYRETNEPVKTKTRTFNTSTGGLLLPSDTKRSQ IYGSRQIILEKEETEELKRFDDPGLMLMGFKPLVLLKKHHYLRPSLFVYPEESLVIGSSTLFSALLIKCLEKEVAALCRY TPRRNIPPYFVALVPQEEELDDQKIQVTPPGFQLVFLPFADDKRKMPFTEKIMATPEQVGKMKAIVEKLRFTYRSDSFEN PVLQQHFRNLEALALDLMEPEQAVDLTLPKVEAMNKRLGSLVDEFKELVYPPDYNPEGKVTKRKHDNEGSGSKRPKVEYS EEELKTHISKGTLGKFTVPMLKEACRAYGLKSGLKKQELL ; 1 2 UNP XRCC5_HUMAN P13010 ? 2 ;MVRSGNKAAVVLCMDVGFTMSNSIPGIESPFEQAKKVITMFVQRQVFAENKDEIALVLFGTDGTDNPLSGGDQYQNITVH RHLMLPDFDLLEDIESKIQPGSQQADFLDALIVSMDVIQHETIGKKFEKRHIEIFTDLSSRFSKSQLDIIIHSLKKCDIS LQFFLPFSLGKEDGSGDRGDGPFRLGGHGPSFPLKGITEQQKEGLEIVKMVMISLEGEDGLDEIYSFSESLRKLCVFKKI ERHSIHWPCRLTIGSNLSIRIAAYKSILQERVKKTWTVVDAKTLKKEDIQKETVYCLNDDDETEVLKEDIIQGFRYGSDI VPFSKVDEEQMKYKSEGKCFSVLGFCKSSQVQRRFFMGNQVLKVFAARDDEAAAVALSSLIHALDDLDMVAIVRYAYDKR ANPQVGVAFPHIKHNYECLVYVQLPFMEDLRQYMFSSLKNSKKYAPTEAQLNAVDALIDSMSLAKKDEKTDTLEDLFPTT KIPNPRFQRLFQCLLHRALHPREPLPPIQQHIWNMLNPPAEVTTKSQIPLSKIKTLFPLIEAKKKDQVTAQEIFQDNHED GPTAKKLKTEQGGAHFSVSSLAEGSVTSVGSVNPAENFRVLVKQKKASFEEASNQLINHIEQFLDTNETPYFMKSIDCIR AFREEAIKFSEEQRFNNFLKALQEKVEIKQLNHFWEIVVQDGITLITKEEASGSSVTAEEAKKFLAPKDKPSGDTAAVFE EGGDVDDLLDMI ; 1 3 PDB 7LSY 7LSY ? 3 ? 1 4 PDB 7LSY 7LSY ? 4 ? 1 5 UNP XRCC4_HUMAN Q13426 ? 5 ;MERKISRIHLVSEPSITHFLQVSWEKTLESGFVITLTDGHSAWTGTVSESEISQEADDMAMEKGKYVGELRKALLSGAGP ADVYTFNFSKESCYFFFEKNLKDVSFRLGSFNLEKVENPAEVIRELICYCLDTIAENQAKNEHLQKENERLLRDWNDVQG RFEKCVSAKEALETDLYKRFILVLNEKKTKIRSLHNKLLNAAQEREKDIKQEGETAICSEMTADRDPVYDESTDEESENQ TDLSGLASAAVSKDDSIISSLDVTDIAPSRKRRQRMQRNLGTEPKMAPQENQLQEKENSRPDSSLPETSKKEHISAENMS LETLRNSSPEDLFDEI ; 1 6 UNP NHEJ1_HUMAN Q9H9Q4 ? 6 ;MEELEQGLLMQPWAWLQLAENSLLAKVFITKQGYALLVSDLQQVWHEQVDTSVVSQRAKELNKRLTAPPAAFLCHLDNLL RPLLKDAAHPSEATFSCDCVADALILRVRSELSGLPFYWNFHCMLASPSLVSQHLIRPLMGMSLALQCQVRELATLLHMK DLEIQDYQESGATLIRDRLKTEPFEENSFLEQFMIEKLPEACSIGDGKPFVMNLQDLYMAVTTQEVQVGQKHQGAGDPHT SNSASLQGIDSQCVNQPEQLVSSAPTLSAPEKESTGTSGPLQRPQLSKVKRKKPRGLFS ; 1 7 PDB 7LSY 7LSY ? 7 ? 1 8 PDB 7LSY 7LSY ? 8 ? 1 9 PDB 7LSY 7LSY ? 9 ? 1 10 UNP DNLI4_HUMAN P49917 ? 10 ;MAASQTSQTVASHVPFADLCSTLERIQKSKGRAEKIRHFREFLDSWRKFHDALHKNHKDVTDSFYPAMRLILPQLERERM AYGIKETMLAKLYIELLNLPRDGKDALKLLNYRTPTGTHGDAGDFAMIAYFVLKPRCLQKGSLTIQQVNDLLDSIASNNS AKRKDLIKKSLLQLITQSSALEQKWLIRMIIKDLKLGVSQQTIFSVFHNDAAELHNVTTDLEKVCRQLHDPSVGLSDISI TLFSAFKPMLAAIADIEHIEKDMKHQSFYIETKLDGERMQMHKDGDVYKYFSRNGYNYTDQFGASPTEGSLTPFIHNAFK ADIQICILDGEMMAYNPNTQTFMQKGTKFDIKRMVEDSDLQTCYCVFDVLMVNNKKLGHETLRKRYEILSSIFTPIPGRI EIVQKTQAHTKNEVIDALNEAIDKREEGIMVKQPLSIYKPDKRGEGWLKIKPEYVSGLMDELDILIVGGYWGKGSRGGMM SHFLCAVAEKPPPGEKPSVFHTLSRVGSGCTMKELYDLGLKLAKYWKPFHRKAPPSSILCGTEKPEVYIEPCNSVIVQIK AAEIVPSDMYKTGCTLRFPRIEKIRDDKEWHECMTLDDLEQLRGKASGKLASKHLYIGGDDEPQEKKRKAAPKMKKVIGI IEHLKAPNLTNVNKISNIFEDVEFCVMSGTDSQPKPDLENRIAEFGGYIVQNPGPDTYCVIAGSENIRVKNIILSNKHDV VKPAWLLECFKTKSFVPWQPRFMIHMCPSTKEHFAREYDCYGDSYFIDTDLNQLKEVFSGIKNSNEQTPEEMASLIADLE YRYSWDCSPLSMFRRHTVYLDSYAVINDLSTKNEGTRLAIKALELRFHGAKVVSCLAEGVSHVIIGEDHSRVADFKAFRR TFKRKFKILKESWVTDSIDKCELQEENQYLI ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7LSY A 1 ? 600 ? P12956 1 ? 600 ? 1 600 2 2 7LSY B 1 ? 732 ? P13010 1 ? 732 ? 1 732 3 3 7LSY D 1 ? 26 ? 7LSY 1 ? 26 ? 1 26 4 4 7LSY E 1 ? 14 ? 7LSY 1 ? 14 ? 1 14 5 5 7LSY F 1 ? 336 ? Q13426 1 ? 336 ? 1 336 6 5 7LSY G 1 ? 336 ? Q13426 1 ? 336 ? 1 336 7 6 7LSY H 1 ? 299 ? Q9H9Q4 1 ? 299 ? 1 299 8 6 7LSY I 1 ? 299 ? Q9H9Q4 1 ? 299 ? 1 299 9 1 7LSY J 1 ? 600 ? P12956 1 ? 600 ? 1 600 10 2 7LSY K 1 ? 732 ? P13010 1 ? 732 ? 1 732 11 7 7LSY M 1 ? 14 ? 7LSY 1 ? 14 ? 1 14 12 8 7LSY N 1 ? 26 ? 7LSY 1 ? 26 ? 1 26 13 5 7LSY O 1 ? 336 ? Q13426 1 ? 336 ? 1 336 14 5 7LSY P 1 ? 336 ? Q13426 1 ? 336 ? 1 336 15 9 7LSY V 1 ? 20 ? 7LSY 1 ? 20 ? 1 20 16 10 7LSY X 1 ? 911 ? P49917 1 ? 911 ? 1 911 17 10 7LSY Y 1 ? 911 ? P49917 1 ? 911 ? 1 911 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7LSY _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7LSY _struct.title 'NHEJ Short-range synaptic complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7LSY _struct_keywords.text 'NHEJ, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 5 ? G N N 6 ? H N N 6 ? I N N 1 ? J N N 2 ? K N N 7 ? L N N 8 ? M N N 5 ? N N N 5 ? O N N 9 ? P N N 10 ? Q N N 10 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 SER A 45 ? GLU A 50 ? SER A 45 GLU A 50 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 AA2 THR A 58 ? SER A 78 ? THR A 58 SER A 78 1 ? 21 HELX_P HELX_P3 AA3 GLY A 112 ? GLN A 121 ? GLY A 112 GLN A 121 1 ? 10 HELX_P HELX_P4 AA4 GLY A 124 ? MET A 135 ? GLY A 124 MET A 135 1 ? 12 HELX_P HELX_P5 AA5 SER A 142 ? VAL A 157 ? SER A 142 VAL A 157 1 ? 16 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP A 179 ? THR A 196 ? ASP A 179 THR A 196 1 ? 18 HELX_P HELX_P7 AA7 SER A 236 ? ASP A 241 ? SER A 236 ASP A 241 1 ? 6 HELX_P HELX_P8 AA8 LEU A 242 ? ARG A 244 ? LEU A 242 ARG A 244 5 ? 3 HELX_P HELX_P9 AA9 LEU A 312 ? SER A 314 ? LEU A 312 SER A 314 5 ? 3 HELX_P HELX_P10 AB1 GLU A 332 ? LEU A 337 ? GLU A 332 LEU A 337 1 ? 6 HELX_P HELX_P11 AB2 LYS A 357 ? TYR A 361 ? LYS A 357 TYR A 361 5 ? 5 HELX_P HELX_P12 AB3 GLY A 377 ? GLU A 393 ? GLY A 377 GLU A 393 1 ? 17 HELX_P HELX_P13 AB4 PHE A 439 ? LYS A 443 ? PHE A 439 LYS A 443 5 ? 5 HELX_P HELX_P14 AB5 THR A 455 ? LEU A 469 ? THR A 455 LEU A 469 1 ? 15 HELX_P HELX_P15 AB6 ASN A 480 ? ASP A 496 ? ASN A 480 ASP A 496 1 ? 17 HELX_P HELX_P16 AB7 LYS A 510 ? LEU A 518 ? LYS A 510 LEU A 518 1 ? 9 HELX_P HELX_P17 AB8 SER A 520 ? TYR A 530 ? SER A 520 TYR A 530 1 ? 11 HELX_P HELX_P18 AB9 PHE B 18 ? ASN B 22 ? PHE B 18 ASN B 22 5 ? 5 HELX_P HELX_P19 AC1 SER B 29 ? ALA B 48 ? 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M DT 1 N DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? K DT 1 O4 ? ? ? 1_555 L DA 26 N6 ? ? M DT 1 N DA 26 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? K DA 2 N1 ? ? ? 1_555 L DT 25 N3 ? ? M DA 2 N DT 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? K DA 2 N6 ? ? ? 1_555 L DT 25 O4 ? ? M DA 2 N DT 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? K DT 3 N3 ? ? ? 1_555 L DA 24 N1 ? ? M DT 3 N DA 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? K DT 3 O4 ? ? ? 1_555 L DA 24 N6 ? ? M DT 3 N DA 24 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? K DA 4 N1 ? ? ? 1_555 L DT 23 N3 ? ? M DA 4 N DT 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? K DA 4 N6 ? ? ? 1_555 L DT 23 O4 ? ? M DA 4 N DT 23 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog52 hydrog ? ? K DT 5 O4 ? ? ? 1_555 L DA 22 N6 ? ? M DT 5 N DA 22 1_555 ? ? ? ? ? ? 'DT-DA PAIR' ? ? ? hydrog53 hydrog ? ? K DA 6 N1 ? ? ? 1_555 L DT 21 N3 ? ? 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