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'Valencia-Sanchez, M.I.' 1 ? primary 'Abini-Agbomson, S.' 2 ? primary 'Wang, M.' 3 ? primary 'Lee, R.' 4 ? primary 'Vasilyev, N.' 5 ? primary 'Zhang, J.' 6 ? primary 'De Ioannes, P.' 7 ? primary 'La Scola, B.' 8 ? primary 'Talbert, P.' 9 ? primary 'Henikoff, S.' 10 ? primary 'Nudler, E.' 11 ? primary 'Erives, A.' 12 ? primary 'Armache, K.J.' 13 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7LV8 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? 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;MATQKETTRKRDKSVNFRLGLRNMLAQIHPDISVQTEALSELSNIAVFLGKKISHGAVTLLPEGTKTIKSSAVLLAAGDL YGKDLGRHAVGEMTKAVTRYGSAK ; D,H ? 4 'polypeptide(L)' no no ;ESKEGSRSSKAKLQISVARSERLLREHGGCSRVSEGAAVALAAAIEYFMGEVLELAGNAARDSKKVRISVKHITLAIQND AALFAVVGKGVFSGAGVSLISVPIPRKKARKTTEKEASSPKKKAAPKKKKAASKQKKSLSDKELAKLTKKELAKYEKEQG MSPGY ; ;ESKEGSRSSKAKLQISVARSERLLREHGGCSRVSEGAAVALAAAIEYFMGEVLELAGNAARDSKKVRISVKHITLAIQND AALFAVVGKGVFSGAGVSLISVPIPRKKARKTTEKEASSPKKKAAPKKKKAASKQKKSLSDKELAKLTKKELAKYEKEQG MSPGY ; C,G ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA) 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58 DG n 6 59 DG n 6 60 DA n 6 61 DT n 6 62 DT n 6 63 DC n 6 64 DT n 6 65 DC n 6 66 DC n 6 67 DC n 6 68 DC n 6 69 DC n 6 70 DG n 6 71 DC n 6 72 DG n 6 73 DT n 6 74 DT n 6 75 DT n 6 76 DT n 6 77 DA n 6 78 DA n 6 79 DC n 6 80 DC n 6 81 DG n 6 82 DC n 6 83 DC n 6 84 DA n 6 85 DA n 6 86 DG n 6 87 DG n 6 88 DG n 6 89 DG n 6 90 DA n 6 91 DT n 6 92 DT n 6 93 DA n 6 94 DC n 6 95 DT n 6 96 DC n 6 97 DC n 6 98 DC n 6 99 DT n 6 100 DA n 6 101 DG n 6 102 DT n 6 103 DC n 6 104 DT n 6 105 DC n 6 106 DC n 6 107 DA n 6 108 DG n 6 109 DG n 6 110 DC n 6 111 DA n 6 112 DC n 6 113 DG n 6 114 DT n 6 115 DG n 6 116 DT n 6 117 DC n 6 118 DA n 6 119 DG n 6 120 DA n 6 121 DT n # loop_ _entity_src_gen.entity_id _entity_src_gen.pdbx_src_id _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag _entity_src_gen.pdbx_seq_type _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num _entity_src_gen.gene_src_common_name _entity_src_gen.gene_src_genus _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene _entity_src_gen.gene_src_species _entity_src_gen.gene_src_strain _entity_src_gen.gene_src_tissue _entity_src_gen.gene_src_tissue_fraction _entity_src_gen.gene_src_details _entity_src_gen.pdbx_gene_src_fragment _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.pdbx_gene_src_variant _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell_line _entity_src_gen.pdbx_gene_src_atcc _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organ _entity_src_gen.pdbx_gene_src_organelle _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cell _entity_src_gen.pdbx_gene_src_cellular_location _entity_src_gen.host_org_common_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id _entity_src_gen.host_org_genus _entity_src_gen.pdbx_host_org_gene _entity_src_gen.pdbx_host_org_organ _entity_src_gen.host_org_species _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue _entity_src_gen.pdbx_host_org_tissue_fraction _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 97 GBM ? 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 5 1 sample 1 121 'synthetic construct' ? 32630 ? 6 1 sample 1 121 'synthetic construct' ? 32630 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP D2XB48_GBMV D2XB48 ? 1 ;LADHVSVGETQIPKASTQHLLRKAGSLSAAGDTEVPIRGFVHMKLHKLVQKSLLAMQLAKRKTIMKSDVKKAAELMHLPV FAIPTKDSGAKGSVFLS ; 32 2 UNP D2XB48_GBMV D2XB48 ? 2 ;CRQKGAGSAGTGSETNSQEVRSQMRSTCLIIPKERFRTMAKEISKKEGHDVHIAEAALDMLQVIVESCTVRLLEKALVIT YSGKRTRVTSKDIETAFMLEHGPL ; 129 3 UNP A0A2R3ZQX0_9VIRU A0A2R3ZQX0 ? 3 ;MATQKETTRKRDKSVNFRLGLRNMLAQIHPDISVQTEALSELSNIAVFLGKKISHGAVTLLPEGTKTIKSSAVLLAAGDL YGKDLGRHAVGEMTKAVTRYGSAK ; 1 4 UNP D2XB49_GBMV D2XB49 ? 4 ;ESKEGSRSSKAKLQISVARSERLLREHGGCSRVSEGAAVALAAAIEYFMGEVLELAGNAARDSKKVRISVKHITLAIQND AALFAVVGKGVFSGAGVSLISVPIPRKKARKTTEKEASSPKKKAAPKKKKAASKQKKSLSDKELAKLTKKELAKYEKEQG MSPGY ; 82 5 PDB 7LV8 7LV8 ? 5 ? 1 6 PDB 7LV8 7LV8 ? 6 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7LV8 B 1 ? 97 ? D2XB48 32 ? 128 ? 16 112 2 2 7LV8 A 1 ? 104 ? D2XB48 129 ? 232 ? 113 216 3 3 7LV8 D 1 ? 104 ? A0A2R3ZQX0 1 ? 104 ? 1 104 4 4 7LV8 C 1 ? 165 ? D2XB49 82 ? 246 ? 105 269 5 1 7LV8 F 1 ? 97 ? D2XB48 32 ? 128 ? 16 112 6 2 7LV8 E 1 ? 104 ? D2XB48 129 ? 232 ? 113 216 7 3 7LV8 H 1 ? 104 ? A0A2R3ZQX0 1 ? 104 ? 1 104 8 4 7LV8 G 1 ? 165 ? D2XB49 82 ? 246 ? 105 269 9 5 7LV8 I 1 ? 121 ? 7LV8 -60 ? 60 ? -60 60 10 6 7LV8 J 1 ? 121 ? 7LV8 -60 ? 60 ? -60 60 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 7LV8 LEU A 105 ? UNP D2XB48 ? ? 'expression tag' 217 1 2 7LV8 GLU A 106 ? UNP D2XB48 ? ? 'expression tag' 218 2 6 7LV8 LEU E 105 ? UNP D2XB48 ? ? 'expression tag' 217 3 6 7LV8 GLU E 106 ? UNP D2XB48 ? ? 'expression tag' 218 4 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7LV8 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7LV8 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 11353 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.622 ? 16345 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 30.605 ? 3226 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.037 ? 1893 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 1220 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7LV8 _struct.title 'Structure of the Marseillevirus nucleosome' _struct.pdbx_descriptor ;Histone doublet Delta-Gamma (Delta), Histone doublet Delta-Gamma (Gamma), Histone doublet Beta-Alpha (Beta), Histone doublet Beta-Alpha (Alpha)/DNA Complex ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7LV8 _struct_keywords.text 'Structural Protein/DNA, STRUCTURAL PROTEIN, STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex' _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 PRO A 13 ? ALA A 24 ? PRO B 28 ALA B 39 1 ? 12 HELX_P HELX_P2 AA2 THR A 33 ? ALA A 59 ? THR B 48 ALA B 74 1 ? 27 HELX_P HELX_P3 AA3 MET A 65 ? MET A 76 ? MET B 80 MET B 91 1 ? 12 HELX_P HELX_P4 AA4 THR B 15 ? MET B 24 ? THR A 127 MET A 136 1 ? 10 HELX_P HELX_P5 AA5 PRO B 32 ? LYS B 46 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog41 hydrog ? ? I DG 16 O6 ? ? ? 1_555 J DC 106 N4 ? ? I DG -45 J DC 45 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog42 hydrog ? ? I DG 17 N1 ? ? ? 1_555 J DC 105 N3 ? ? I DG -44 J DC 44 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog43 hydrog ? ? I DG 17 N2 ? ? ? 1_555 J DC 105 O2 ? ? I DG -44 J DC 44 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog44 hydrog ? ? I DG 17 O6 ? ? ? 1_555 J DC 105 N4 ? ? I DG -44 J DC 44 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? I DA 18 N1 ? ? ? 1_555 J DT 104 N3 ? ? I DA -43 J DT 43 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? I DA 18 N6 ? ? ? 1_555 J DT 104 O4 ? ? I DA -43 J DT 43 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? I DG 19 N1 ? ? ? 1_555 J DC 103 N3 ? ? I DG -42 J DC 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? I DG 19 N2 ? ? ? 1_555 J DC 103 O2 ? ? I DG -42 J DC 42 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? I DG 19 O6 ? ? ? 1_555 J DC 103 N4 ? ? 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'Marseillevirus marseillevirus' ? ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 562 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 65 _em_image_recording.average_exposure_time 2.5 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 4503 # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name ? _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 3017414 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? Leginon ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND cryoSPARC 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 2.15 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 2.15 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? cryoSPARC ? 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 3.3 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7LV8 'double helix' 7LV8 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 I DA 1 1_555 J DT 121 1_555 0.213 -0.449 -1.396 -0.004 1.478 -2.826 1 I_DA-60:DT60_J I -60 ? 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