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EMD-23592 'other EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7LYB _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-03-06 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Hu, Q.' 1 ? 'Botuyan, M.V.' 2 0000-0002-6466-7432 'Zhao, D.' 3 0000-0001-7328-791X 'Cui, D.' 4 0000-0001-5267-9033 'Mer, E.' 5 0000-0003-2339-9547 'Mer, G.' 6 0000-0002-1900-1578 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nature _citation.journal_id_ASTM NATUAS _citation.journal_id_CSD 0006 _citation.journal_id_ISSN 1476-4687 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 596 _citation.language ? _citation.page_first 438 _citation.page_last 443 _citation.title 'Mechanisms of BRCA1-BARD1 nucleosome recognition and ubiquitylation.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41586-021-03716-8 _citation.pdbx_database_id_PubMed 34321665 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Hu, Q.' 1 ? primary 'Botuyan, M.V.' 2 ? primary 'Zhao, D.' 3 ? primary 'Cui, G.' 4 ? primary 'Mer, E.' 5 ? primary 'Mer, G.' 6 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7LYB _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7LYB _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.1' 15786.534 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11743.792 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2B type 1-J' 13930.181 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'DNA (147-MER)' 45138.770 1 ? ? ? ? 5 polymer man 'DNA (146-MER)' 45610.043 1 ? ? ? ? 6 polymer man 'Isoform 7 of Breast cancer type 1 susceptibility protein' 13053.065 1 2.3.2.27 ? 'RING domain (UNP residues 1-100)' ? 7 polymer man 'Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3' 17869.113 1 2.3.2.23,2.3.2.24 ? ? ? 8 polymer man 'BRCA1-associated RING domain protein 1' 10906.617 1 2.3.2.27 ? 'RING domain (UNP residues 26-122)' ? 9 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 13034.193 2 ? ? ? ? 10 non-polymer syn 'ZINC ION' 65.409 4 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/a,Histone H3/b,Histone H3/c,Histone H3/d,Histone H3/f,Histone H3/h,Histone H3/i,Histone H3/j,Histone H3/k,Histone H3/l' 3 'Histone H2B.1,Histone H2B.r,H2B/r' 6 'RING finger protein 53,RING-type E3 ubiquitin transferase BRCA1' 7 ;(E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3,E2 ubiquitin-conjugating enzyme D3,Ubiquitin carrier protein D3,Ubiquitin-conjugating enzyme E2(17)KB 3,Ubiquitin-conjugating enzyme E2-17 kDa 3,Ubiquitin-protein ligase D3 ; 8 'BARD-1,RING-type E3 ubiquitin transferase BARD1' 9 'Histone H2A.2,Histone H2A/a,Histone H2A/m' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;GPGHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIA QDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;GPGHMARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIA QDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;GPGHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEH AKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;GPGHMSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEH AKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;GHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEA SRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTS ; ;GHMPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEA SRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTS ; D,H ? 4 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCGAT ; I ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT) ; ;ATCGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTA CGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCGAT ; J ? 6 'polypeptide(L)' no no ;GGSGGSGGSGGSGGSGGSGGSGGSMDLSALRVEEVQNVINAMQKILECPICLELIKEPVSTKCDHIFCKFCMLKLLNQKK GPSQCPLCKNDITKRSLQESTRFSQLVEELLKIICAFQLDTGLE ; ;GGSGGSGGSGGSGGSGGSGGSGGSMDLSALRVEEVQNVINAMQKILECPICLELIKEPVSTKCDHIFCKFCMLKLLNQKK GPSQCPLCKNDITKRSLQESTRFSQLVEELLKIICAFQLDTGLE ; M ? 7 'polypeptide(L)' no no ;GGSGGSGGSGGSGGSGGSSALKRINKELSDLARDPPAQCSAGPVGDDMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPF KPPKVAFTTRIYHPNINSNGSICLDILRSQWSPALTISKVLLSICSLLCDPNPDDPLVPEIARIYKTDRDKYNRISREWT QKYAM ; ;GGSGGSGGSGGSGGSGGSSALKRINKELSDLARDPPAQCSAGPVGDDMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPF KPPKVAFTTRIYHPNINSNGSICLDILRSQWSPALTISKVLLSICSLLCDPNPDDPLVPEIARIYKTDRDKYNRISREWT QKYAM ; P ? 8 'polypeptide(L)' no no ;MEPDGRGAWAHSRAALDRLEKLLRCSRCTNILREPVCLGGCEHIFCSNCVSDCIGTGCPVCYTPAWIQDLKINRQLDSMI QLCSKLRNLLHDNELSD ; ;MEPDGRGAWAHSRAALDRLEKLLRCSRCTNILREPVCLGGCEHIFCSNCVSDCIGTGCPVCYTPAWIQDLKINRQLDSMI QLCSKLRNLLHDNELSD ; N ? 9 'polypeptide(L)' no no ;SAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRND EELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;SAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRND EELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 GLY n 1 2 PRO n 1 3 GLY n 1 4 HIS n 1 5 MET n 1 6 ALA n 1 7 ARG n 1 8 THR n 1 9 LYS n 1 10 GLN n 1 11 THR n 1 12 ALA 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ALA n 1 104 TYR n 1 105 LEU n 1 106 VAL n 1 107 GLY n 1 108 LEU n 1 109 PHE n 1 110 GLU n 1 111 ASP n 1 112 THR n 1 113 ASN n 1 114 LEU n 1 115 CYS n 1 116 ALA n 1 117 ILE n 1 118 HIS n 1 119 ALA n 1 120 LYS n 1 121 ARG n 1 122 VAL n 1 123 THR n 1 124 ILE n 1 125 MET n 1 126 PRO n 1 127 LYS n 1 128 ASP n 1 129 ILE n 1 130 GLN n 1 131 LEU n 1 132 ALA n 1 133 ARG n 1 134 ARG n 1 135 ILE n 1 136 ARG n 1 137 GLY n 1 138 GLU n 1 139 ARG n 1 140 ALA n 2 1 GLY n 2 2 PRO n 2 3 GLY n 2 4 HIS n 2 5 MET n 2 6 SER n 2 7 GLY n 2 8 ARG n 2 9 GLY n 2 10 LYS n 2 11 GLY n 2 12 GLY n 2 13 LYS n 2 14 GLY n 2 15 LEU n 2 16 GLY n 2 17 LYS n 2 18 GLY n 2 19 GLY n 2 20 ALA n 2 21 LYS n 2 22 ARG n 2 23 HIS n 2 24 ARG n 2 25 LYS n 2 26 VAL n 2 27 LEU n 2 28 ARG n 2 29 ASP n 2 30 ASN n 2 31 ILE n 2 32 GLN n 2 33 GLY n 2 34 ILE n 2 35 THR n 2 36 LYS n 2 37 PRO n 2 38 ALA n 2 39 ILE n 2 40 ARG n 2 41 ARG n 2 42 LEU n 2 43 ALA n 2 44 ARG n 2 45 ARG n 2 46 GLY n 2 47 GLY n 2 48 VAL n 2 49 LYS n 2 50 ARG n 2 51 ILE n 2 52 SER n 2 53 GLY n 2 54 LEU n 2 55 ILE n 2 56 TYR n 2 57 GLU n 2 58 GLU n 2 59 THR n 2 60 ARG n 2 61 GLY n 2 62 VAL n 2 63 LEU n 2 64 LYS n 2 65 VAL n 2 66 PHE n 2 67 LEU n 2 68 GLU n 2 69 ASN n 2 70 VAL n 2 71 ILE n 2 72 ARG n 2 73 ASP n 2 74 ALA n 2 75 VAL n 2 76 THR n 2 77 TYR n 2 78 THR n 2 79 GLU n 2 80 HIS n 2 81 ALA n 2 82 LYS n 2 83 ARG n 2 84 LYS n 2 85 THR n 2 86 VAL n 2 87 THR n 2 88 ALA n 2 89 MET n 2 90 ASP n 2 91 VAL n 2 92 VAL n 2 93 TYR n 2 94 ALA n 2 95 LEU n 2 96 LYS n 2 97 ARG n 2 98 GLN n 2 99 GLY n 2 100 ARG n 2 101 THR n 2 102 LEU n 2 103 TYR n 2 104 GLY n 2 105 PHE n 2 106 GLY n 2 107 GLY n 3 1 GLY n 3 2 HIS n 3 3 MET n 3 4 PRO n 3 5 GLU n 3 6 PRO n 3 7 ALA n 3 8 LYS n 3 9 SER n 3 10 ALA n 3 11 PRO n 3 12 ALA n 3 13 PRO n 3 14 LYS n 3 15 LYS n 3 16 GLY n 3 17 SER n 3 18 LYS n 3 19 LYS n 3 20 ALA n 3 21 VAL n 3 22 THR n 3 23 LYS n 3 24 ALA n 3 25 GLN n 3 26 LYS n 3 27 LYS n 3 28 ASP n 3 29 GLY n 3 30 LYS n 3 31 LYS n 3 32 ARG n 3 33 LYS n 3 34 ARG n 3 35 SER 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 147 Human ? ? ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 'Biological sequence' 1 124 Human ? 'BRCA1, RNF53' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 165 Human ? 'UBE2D3, UBC5C, UBCH5C' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? 8 1 sample 'Biological sequence' 1 97 Human ? BARD1 ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? 9 1 sample 'Biological sequence' 1 119 Human ? 'H2AC4, H2AFM, HIST1H2AB, H2AC8, H2AFA, HIST1H2AE' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? plasmid ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H31_HUMAN P68431 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2B1J_HUMAN P06899 ? 3 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTS ; 1 4 PDB 7LYB 7LYB ? 4 ? 1 5 PDB 7LYB 7LYB ? 5 ? 1 6 UNP BRCA1_HUMAN P38398 P38398-7 6 ;MDLSALRVEEVQNVINAMQKILECPICLELIKEPVSTKCDHIFCKFCMLKLLNQKKGPSQCPLCKNDITKRSLQESTRFS QLVEELLKIICAFQLDTGLE ; 1 7 UNP UB2D3_HUMAN P61077 ? 7 ;ALKRINKELSDLARDPPAQCSAGPVGDDMFHWQATIMGPNDSPYQGGVFFLTIHFPTDYPFKPPKVAFTTRIYHPNINSN GSICLDILRSQWSPALTISKVLLSICSLLCDPNPDDPLVPEIARIYKTDRDKYNRISREWTQKYAM ; 2 8 UNP BARD1_HUMAN Q99728 ? 8 ;MEPDGRGAWAHSRAALDRLEKLLRCSRCTNILREPVCLGGCEHIFCSNCVSDCIGTGCPVCYTPAWIQDLKINRQLDSMI QLCSKLRNLLHDNELSD ; 26 9 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 9 ;AKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDE ELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 13 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7LYB A 5 ? 140 ? 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P04908 13 ? 130 ? 12 129 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 7LYB GLY A 1 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -4 1 1 7LYB PRO A 2 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -3 2 1 7LYB GLY A 3 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -2 3 1 7LYB HIS A 4 ? UNP P68431 ? ? 'expression tag' -1 4 2 7LYB GLY B 1 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -4 5 2 7LYB PRO B 2 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -3 6 2 7LYB GLY B 3 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -2 7 2 7LYB HIS B 4 ? UNP P62805 ? ? 'expression tag' -1 8 3 7LYB GLY D 1 ? UNP P06899 ? ? 'expression tag' -2 9 3 7LYB HIS D 2 ? 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'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.745 ? 22293 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 30.055 ? 4157 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.043 ? 2532 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 1814 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7LYB _struct.title 'Cryo-EM structure of the human nucleosome core particle in complex with BRCA1-BARD1-UbcH5c' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7LYB _struct_keywords.text ;Nucleosome core particle, chromatin, BRCA1, BARD1, UbcH5c, DNA repair, DNA double-strand break, Homologous recombination, 53BP1, STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'STRUCTURAL PROTEIN/DNA' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 1 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? 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'DT-DT MISPAIR' ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id TYR _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 78 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id J _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id TYR _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 60 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id P _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 79 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 J _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 61 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 P _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 7.10 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? 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J 73 ? I -72 ? J 72 ? 1 G DT 2 1_555 H DA 146 1_555 G DC 3 1_555 H DG 145 1_555 1.190 -3.885 2.326 -175.726 -8.563 82.098 -1.909 -1.300 0.775 -4.315 88.560 176.934 2 II_DT-72DC-71:DG71DA72_JJ I -72 ? J 72 ? I -71 ? J 71 ? 1 G DC 3 1_555 H DG 145 1_555 G DG 4 1_555 H DC 144 1_555 -0.359 4.427 -1.694 -146.033 98.720 -156.700 -2.102 -0.014 -2.219 -49.382 -73.048 -179.247 3 II_DC-71DG-70:DC70DG71_JJ I -71 ? J 71 ? I -70 ? J 70 ? 1 G DG 4 1_555 H DC 144 1_555 G DA 5 1_555 H DT 143 1_555 -0.726 0.525 3.190 -2.464 2.751 37.967 0.459 0.804 3.258 4.215 3.776 38.140 4 II_DG-70DA-69:DT69DC70_JJ I -70 ? J 70 ? I -69 ? J 69 ? 1 G DA 5 1_555 H DT 143 1_555 G DG 6 1_555 H DC 142 1_555 0.290 0.062 3.291 1.584 2.890 38.904 -0.258 -0.242 3.296 4.329 -2.373 39.038 5 II_DA-69DG-68:DC68DT69_JJ I -69 ? J 69 ? I -68 ? J 68 ? 1 G DG 6 1_555 H DC 142 1_555 G DA 7 1_555 H DT 141 1_555 -0.448 0.684 3.281 0.929 2.314 32.313 0.815 0.968 3.306 4.150 -1.666 32.406 6 II_DG-68DA-67:DT67DC68_JJ I -68 ? J 68 ? I -67 ? 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