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EMDB EMD-23626 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM Structure of Nucleosome containing mouse histone variant H2A.Z' _pdbx_database_related.db_id EMD-23626 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7M1X _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-03-15 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Tan, D.' 1 0000-0002-6796-6745 'Lewis, T.' 2 0000-0001-7744-9154 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? 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(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT) ; ;CTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCC CCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGT ; J ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGEVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGEVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVALFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; A,E ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MAGGKAGKDSGKAKTKAVSRSQRAGLQFPVGRIHRHLKSRTTSHGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVK RITPRHLQLAIRGDEELDSLIKATIAGGGVIPHIHKSLIGKKGQQKTV ; ;MAGGKAGKDSGKAKTKAVSRSQRAGLQFPVGRIHRHLKSRTTSHGRVGATAAVYSAAILEYLTAEVLELAGNASKDLKVK RITPRHLQLAIRGDEELDSLIKATIAGGGVIPHIHKSLIGKKGQQKTV ; C,G ? 6 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKTQKKDGKKRRKTRKESYAIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMSIMNSFVNDVFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; D,H ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 DA n 1 2 DC n 1 3 DA n 1 4 DG n 1 5 DG n 1 6 DA n 1 7 DT n 1 8 DG n 1 9 DT n 1 10 DA n 1 11 DT n 1 12 DA n 1 13 DT n 1 14 DA n 1 15 DT n 1 16 DC n 1 17 DT n 1 18 DG n 1 19 DA n 1 20 DC n 1 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UNP A0A310TTQ1 GLY 35 conflict 634 3 10 7M1X THR H 33 ? UNP P02281 SER 33 'engineered mutation' 1429 4 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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I MET 1 200 1 Y 1 G ALA 1001 ? I ALA 2 201 1 Y 1 G GLY 1002 ? I GLY 3 202 1 Y 1 G GLY 1003 ? I GLY 4 203 1 Y 1 G LYS 1004 ? I LYS 5 204 1 Y 1 G ALA 1005 ? I ALA 6 205 1 Y 1 G GLY 1006 ? I GLY 7 206 1 Y 1 G LYS 1007 ? I LYS 8 207 1 Y 1 G ASP 1008 ? I ASP 9 208 1 Y 1 G SER 1009 ? I SER 10 209 1 Y 1 G GLY 1010 ? I GLY 11 210 1 Y 1 G LYS 1011 ? I LYS 12 211 1 Y 1 G ALA 1012 ? I ALA 13 212 1 Y 1 G LYS 1013 ? I LYS 14 213 1 Y 1 G THR 1014 ? I THR 15 214 1 Y 1 G LYS 1015 ? I LYS 16 215 1 Y 1 G PRO 1111 ? I PRO 112 216 1 Y 1 G HIS 1112 ? I HIS 113 217 1 Y 1 G ILE 1113 ? I ILE 114 218 1 Y 1 G HIS 1114 ? I HIS 115 219 1 Y 1 G LYS 1115 ? I LYS 116 220 1 Y 1 G SER 1116 ? I SER 117 221 1 Y 1 G LEU 1117 ? I LEU 118 222 1 Y 1 G ILE 1118 ? I ILE 119 223 1 Y 1 G GLY 1119 ? I GLY 120 224 1 Y 1 G LYS 1120 ? I LYS 121 225 1 Y 1 G LYS 1121 ? I LYS 122 226 1 Y 1 G GLY 1122 ? I GLY 123 227 1 Y 1 G GLN 1123 ? I GLN 124 228 1 Y 1 G GLN 1124 ? I GLN 125 229 1 Y 1 G LYS 1125 ? I LYS 126 230 1 Y 1 G THR 1126 ? 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J ARG 30 262 1 Y 1 H ARG 1427 ? J ARG 31 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 2.5 mM NaCl 'sodium chloride' 1 2 10 mM ? Tris 1 3 2 mM EDTA 'Ethylenediaminetetraacetic acid' 1 4 5 mM BME 2-mercaptoethanol # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 2 2 ? ? 8355 ? ? 'Xenopus laevis' ? ? 3 3 ? ? 8355 ? ? 'Xenopus laevis' ? ? 3 4 ? ? 10090 ? ? 'Mus musculus' ? ? 4 5 ? ? 8355 ? ? 'Xenopus laevis' ? ? 5 6 ? ? 32644 ? ? unidentified ? ? 6 7 ? ? 32644 ? ? unidentified ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 3 2 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? 4 3 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? 5 4 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? 6 5 ? 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? 10 6 ? 668369 'Escherichia coli DH5[alpha]' ? ? 11 7 ? 668369 'Escherichia coli DH5[alpha]' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 33 _em_image_recording.average_exposure_time 60 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode COUNTING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 3 _em_image_recording.num_real_images 1950 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 127778 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4.1.14 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? RELION 3.1.0 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1.0 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1.0 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 3.1.0 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1.0 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.15.2 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1 _em_specimen.details 'This sample was mono-disperse.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7M1X 'double helix' 7M1X 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A DA 1 1_555 B DT 147 1_555 0.087 -0.181 0.113 -0.693 -1.110 1.810 1 I_DA-73:DT73_J I -73 ? J 73 ? 20 1 1 A DC 2 1_555 B DG 146 1_555 0.203 -0.207 -0.111 1.743 -2.749 3.405 2 I_DC-72:DG72_J I -72 ? J 72 ? 19 1 1 A DA 3 1_555 B DT 145 1_555 0.093 -0.191 -0.076 -3.803 0.353 0.838 3 I_DA-71:DT71_J I -71 ? J 71 ? 20 1 1 A DG 4 1_555 B DC 144 1_555 -0.200 -0.129 0.191 -0.220 5.019 0.814 4 I_DG-70:DC70_J I -70 ? J 70 ? 19 1 1 A DG 5 1_555 B DC 143 1_555 -0.196 -0.161 -0.246 -3.010 -4.926 1.738 5 I_DG-69:DC69_J I -69 ? J 69 ? 19 1 1 A DA 6 1_555 B DT 142 1_555 0.061 -0.180 -0.332 -3.388 -4.167 1.722 6 I_DA-68:DT68_J I -68 ? J 68 ? 20 1 1 A DT 7 1_555 B DA 141 1_555 -0.108 -0.192 0.052 -1.803 -3.392 0.209 7 I_DT-67:DA67_J I -67 ? J 67 ? 20 1 1 A DG 8 1_555 B DC 140 1_555 -0.184 -0.197 0.302 0.957 -0.943 0.469 8 I_DG-66:DC66_J I -66 ? J 66 ? 19 1 1 A DT 9 1_555 B DA 139 1_555 -0.092 -0.185 -0.028 0.345 -2.074 1.714 9 I_DT-65:DA65_J I -65 ? J 65 ? 20 1 1 A DA 10 1_555 B DT 138 1_555 0.040 -0.230 0.004 -2.640 -1.984 2.484 10 I_DA-64:DT64_J I -64 ? J 64 ? 20 1 1 A DT 11 1_555 B DA 137 1_555 -0.063 -0.252 0.009 -1.369 -0.887 5.255 11 I_DT-63:DA63_J I -63 ? J 63 ? 20 1 1 A DA 12 1_555 B DT 136 1_555 0.109 -0.161 -0.036 -1.458 -0.270 -0.529 12 I_DA-62:DT62_J I -62 ? J 62 ? 20 1 1 A DT 13 1_555 B DA 135 1_555 -0.122 -0.170 0.011 2.247 -0.950 -1.019 13 I_DT-61:DA61_J I -61 ? J 61 ? 20 1 1 A DA 14 1_555 B DT 134 1_555 0.062 -0.225 0.022 0.230 1.168 0.496 14 I_DA-60:DT60_J I -60 ? J 60 ? 20 1 1 A DT 15 1_555 B DA 133 1_555 -0.076 -0.142 0.037 2.259 -0.290 0.955 15 I_DT-59:DA59_J I -59 ? J 59 ? 20 1 1 A DC 16 1_555 B DG 132 1_555 0.191 -0.209 0.209 2.188 0.606 0.745 16 I_DC-58:DG58_J I -58 ? J 58 ? 19 1 1 A DT 17 1_555 B DA 131 1_555 -0.095 -0.236 0.422 0.970 -4.612 -2.437 17 I_DT-57:DA57_J I -57 ? J 57 ? 20 1 1 A DG 18 1_555 B DC 130 1_555 -0.180 -0.226 0.232 -1.641 0.339 0.777 18 I_DG-56:DC56_J I -56 ? J 56 ? 19 1 1 A DA 19 1_555 B DT 129 1_555 0.169 -0.147 0.413 0.449 -1.469 -5.677 19 I_DA-55:DT55_J I -55 ? 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J 73 ? I -72 ? J 72 ? 1 A DC 2 1_555 B DG 146 1_555 A DA 3 1_555 B DT 145 1_555 -1.238 -0.701 3.185 -4.435 6.995 37.065 -1.951 1.350 3.128 10.838 6.872 37.948 2 II_DC-72DA-71:DT71DG72_JJ I -72 ? J 72 ? I -71 ? J 71 ? 1 A DA 3 1_555 B DT 145 1_555 A DG 4 1_555 B DC 144 1_555 -0.049 0.018 3.291 -3.394 5.363 28.173 -1.166 -0.664 3.223 10.843 6.862 28.865 3 II_DA-71DG-70:DC70DT71_JJ I -71 ? J 71 ? I -70 ? J 70 ? 1 A DG 4 1_555 B DC 144 1_555 A DG 5 1_555 B DC 143 1_555 0.545 -0.457 3.477 3.280 17.140 32.103 -3.216 -0.396 2.914 28.516 -5.458 36.429 4 II_DG-70DG-69:DC69DC70_JJ I -70 ? J 70 ? I -69 ? J 69 ? 1 A DG 5 1_555 B DC 143 1_555 A DA 6 1_555 B DT 142 1_555 -0.479 1.504 3.471 -3.618 -4.389 41.775 2.564 0.277 3.332 -6.121 5.045 42.144 5 II_DG-69DA-68:DT68DC69_JJ I -69 ? J 69 ? I -68 ? J 68 ? 1 A DA 6 1_555 B DT 142 1_555 A DT 7 1_555 B DA 141 1_555 -0.114 -1.076 3.320 -3.250 -2.708 31.129 -1.464 -0.419 3.393 -5.016 6.022 31.408 6 II_DA-68DT-67:DA67DT68_JJ I -68 ? J 68 ? I -67 ? 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