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;QVQLVQSGAEVKKPGSSVKVSCKASGGTFSSYAISWVRQAPGQGLEWMGRIISMFGIANNAQKFQGRLTITADTSTSTAY MELSSLRSEDTAVYYCARGPYYYDSGGYYLDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPV TVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKT ; H,M ? 3 'polypeptide(L)' no no ;EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVGSGYLAWYQQRPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLE PEDFAVYYCQQYAGSPRTFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNS QESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; ;EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVGSGYLAWYQQRPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLE PEDFAVYYCQQYAGSPRTFGQGTRLEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNS QESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC ; L,N ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 PHE n 1 3 VAL n 1 4 PHE n 1 5 LEU n 1 6 VAL n 1 7 LEU n 1 8 LEU n 1 9 PRO n 1 10 LEU n 1 11 VAL n 1 12 SER n 1 13 SER n 1 14 GLN n 1 15 CYS n 1 16 VAL n 1 17 ASN n 1 18 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Expi293 HEK293 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP SPIKE_SARS2 P0DTC2 ? 1 ;MFVFLVLLPLVSSQCVNLTTRTQLPPAYTNSFTRGVYYPDKVFRSSVLHSTQDLFLPFFSNVTWFHAIHVSGTNGTKRFD NPVLPFNDGVYFASTEKSNIIRGWIFGTTLDSKTQSLLIVNNATNVVIKVCEFQFCNDPFLGVYYHKNNKSWMESEFRVY SSANNCTFEYVSQPFLMDLEGKQGNFKNLREFVFKNIDGYFKIYSKHTPINLVRDLPQGFSALEPLVDLPIGINITRFQT LLALHRSYLTPGDSSSGWTAGAAAYYVGYLQPRTFLLKYNENGTITDAVDCALDPLSETKCTLKSFTVEKGIYQTSNFRV QPTESIVRFPNITNLCPFGEVFNATRFASVYAWNRKRISNCVADYSVLYNSASFSTFKCYGVSPTKLNDLCFTNVYADSF VIRGDEVRQIAPGQTGKIADYNYKLPDDFTGCVIAWNSNNLDSKVGGNYNYLYRLFRKSNLKPFERDISTEIYQAGSTPC NGVEGFNCYFPLQSYGFQPTNGVGYQPYRVVVLSFELLHAPATVCGPKKSTNLVKNKCVNFNFNGLTGTGVLTESNKKFL PFQQFGRDIADTTDAVRDPQTLEILDITPCSFGGVSVITPGTNTSNQVAVLYQDVNCTEVPVAIHADQLTPTWRVYSTGS NVFQTRAGCLIGAEHVNNSYECDIPIGAGICASYQTQTNSPRRARSVASQSIIAYTMSLGAENSVAYSNNSIAIPTNFTI SVTTEILPVSMTKTSVDCTMYICGDSTECSNLLLQYGSFCTQLNRALTGIAVEQDKNTQEVFAQVKQIYKTPPIKDFGGF NFSQILPDPSKPSKRSFIEDLLFNKVTLADAGFIKQYGDCLGDIAARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDEMIAQYTSALLAG TITSGWTFGAGAALQIPFAMQMAYRFNGIGVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALN TLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVEAEVQIDRLITGRLQSLQTYVTQQLIRAAEIRASANLAATKMSECVLGQSKRV DFCGKGYHLMSFPQSAPHGVVFLHVTYVPAQEKNFTTAPAICHDGKAHFPREGVFVSNGTHWFVTQRNFYEPQIITTDNT FVSGNCDVVIGIVNNTVYDPLQPELDSFKEELDKYFKNHTSPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDL QELGKYEQYIKWP ; 1 2 PDB 7M6I 7M6I ? 2 ? 1 3 PDB 7M6I 7M6I ? 3 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7M6I A 1 ? 1213 ? 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'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7M6I _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7M6I _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 27964 ? f_bond_d ? ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.009 ? 4872 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7M6I _struct.title 'Structure of the SARS-CoV-2 S 2P trimer in complex with the human neutralizing antibody Fab fragment, BG1-24' _struct.pdbx_descriptor 'Spike glycoprotein, BG1-24 Fab Light Chain, BG1-24 Fab Heavy Chain' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7M6I _struct_keywords.text ;SARS-CoV-2, Coronavirus, COVID-19, antibody, neutralizing antibody, receptor binding domain, spike glycoprotein, ANTIVIRAL PROTEIN, VIRAL PROTEIN-ANTIVIRAL PROTEIN complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/ANTIVIRAL PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 4 ? K N N 6 ? 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A CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1043 SG ? ? A CYS 1032 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf11 disulf ? ? A CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1126 SG ? ? A CYS 1082 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 131 SG ? ? ? 1_555 B CYS 166 SG ? ? B CYS 131 B CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 291 SG ? ? ? 1_555 B CYS 301 SG ? ? B CYS 291 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 336 SG ? ? ? 1_555 B CYS 361 SG ? ? B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 649 SG ? ? B CYS 617 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 662 SG ? ? ? 1_555 B CYS 671 SG ? ? B CYS 662 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 738 SG ? ? ? 1_555 B CYS 760 SG ? ? B CYS 738 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 743 SG ? ? ? 1_555 B CYS 749 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1043 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1126 SG ? ? B CYS 1082 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf21 disulf ? ? C CYS 131 SG ? ? ? 1_555 C CYS 166 SG ? ? C CYS 131 C CYS 166 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf22 disulf ? ? C CYS 291 SG ? ? ? 1_555 C CYS 301 SG ? ? C CYS 291 C CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf23 disulf ? ? C CYS 379 SG ? ? ? 1_555 C CYS 432 SG ? ? C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf24 disulf ? ? C CYS 391 SG ? ? ? 1_555 C CYS 525 SG ? ? C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf25 disulf ? ? C CYS 617 SG ? ? ? 1_555 C CYS 649 SG ? ? C CYS 617 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf26 disulf ? ? C CYS 662 SG ? ? ? 1_555 C CYS 671 SG ? ? C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 738 SG ? ? ? 1_555 C CYS 760 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.018 ? ? disulf28 disulf ? ? C CYS 743 SG ? ? ? 1_555 C CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.019 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf31 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf32 disulf ? ? E CYS 23 SG ? ? ? 1_555 E CYS 89 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.050 ? ? disulf33 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 96 SG ? ? M CYS 22 M CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf34 disulf ? ? G CYS 23 SG ? ? ? 1_555 G CYS 89 SG ? ? N CYS 23 N CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.057 ? ? covale1 covale one ? A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 61 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? 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A ASN 709 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 1074 A NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? A ASN 1134 A NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.477 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? B ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? B ASN 61 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? B ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? B ASN 122 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? B ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 165 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? B ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? B ASN 282 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? B ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? B ASN 603 B NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? B ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? B ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? B ASN 657 B NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 709 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? B ASN 717 B NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? C ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? C ASN 61 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? C ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? C ASN 122 C NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.473 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? C ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? C ASN 165 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? C ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? C ASN 282 C NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? C ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? C ASN 603 C NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.462 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? C ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? C ASN 616 C NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? C ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? C ASN 657 C NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? C ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? C ASN 709 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? C ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? C ASN 1074 C NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale30 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale31 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale32 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I BMA . C1 ? ? E NAG 2 E BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale33 covale both ? I BMA . O3 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? E BMA 3 E MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale34 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale35 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.461 ? ? covale36 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? G NAG 2 G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale37 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.457 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 7 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 2 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 3 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 4 ? AB6 ? 5 ? AB7 ? 3 ? AB8 ? 5 ? AB9 ? 3 ? AC1 ? 5 ? AC2 ? 6 ? AC3 ? 5 ? 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