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P ALA 4 254 1 Y 1 P GLN 5 ? P GLN 5 255 1 Y 1 P ALA 6 ? P ALA 6 256 1 Y 1 P ILE 7 ? P ILE 7 257 1 Y 1 P ALA 8 ? P ALA 8 258 1 Y 1 P LYS 9 ? P LYS 9 259 1 Y 1 P GLN 10 ? P GLN 10 260 1 Y 1 P LEU 11 ? P LEU 11 261 1 Y 1 P GLY 12 ? P GLY 12 262 1 Y 1 P GLY 13 ? P GLY 13 263 1 Y 1 P VAL 14 ? P VAL 14 264 1 Y 1 P LYS 15 ? P LYS 15 265 1 Y 1 P PRO 16 ? P PRO 16 266 1 Y 1 P ASP 17 ? P ASP 17 267 1 Y 1 P ASP 18 ? P ASP 18 268 1 Y 1 P LYS 276 ? P LYS 276 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 25 mM C8H18N2O4S HEPES 1 2 200 mM NaCl 'Sodium Chloride' 1 3 2 % C3H8O3 Glycerol 1 4 1 mM C4H10O2S2 DTT 1 5 6 mM MgCl2 'Magnesium Chloride' 1 6 2 mM C10H15N5O10P2 ADP 1 7 6 mM AlCl3 'Aluminum Floride' 1 8 60 mM NaF 'Sodium Floride' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.4 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 34078 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Scytonema hofmannii' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 1 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 511693 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Escherichia coli BL21' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 45 _em_image_recording.average_exposure_time 3 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 2811 # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 754099 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM 3.8 ? ? 1 2 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? ? ? ? 3 'VOLUME SELECTION' ? ? ? ? ? ? 4 CLASSIFICATION ? ? ? ? ? ? 5 MASKING ? ? ? ? ? ? 6 RECONSTRUCTION ? ? ? ? ? ? 7 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? ? ? ? 8 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? ? ? ? 9 'CTF CORRECTION' ? ? ? ? ? ? 10 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 11 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 12 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 13 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? ? ? ? 14 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? ? ? ? 15 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? ? ? ? 16 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? ? ? ? 17 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? ? ? ? 18 OTHER ? ? ? ? ? ? 19 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 20 'PARTICLE SELECTION' BoxNet2Mask_20180531 Warp 1.0.9 1 ? ? 21 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 22 'CTF CORRECTION' ? Warp 1.0.9 1 ? ? 23 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 24 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 3.0 1 ? ? 25 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 26 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 27 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? 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RELION 3.1 1 ? ? 31 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 10 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7M9C 'double helix' 7M9C 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 M DA 1 1_555 N DT 34 1_555 0.276 -0.491 -0.798 -11.025 -6.982 -2.290 1 M_DA-3:DT31_N M -3 ? 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