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EMD-23778 'other EM volume' EMDB 'BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the monoclonal antibody Rh4O9.8 (as Fab fragment)' EMD-23779 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7MDT _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-04-06 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site RCSB _pdbx_database_status.process_site RCSB _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Antanasijevic, A.' 1 0000-0001-9452-8954 'Ozorowski, G.' 2 0000-0002-9695-8138 'Nogal, B.' 3 0000-0001-8977-7470 'Ward, A.B.' 4 0000-0001-7153-3769 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? 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GDIIGDIRQAHCNVSKATWNETLGKVVKQLRKHFGNNTIIRFANSSGGDLEVTTHSFNCGGEFFYCNTSGLFNSTWISNT SVQGSNSTGSNDSITLPCRIKQIINMWQRIGQAMYAPPIQGVIRCVSNITGLILTRDGGSTNSTTETFRPGGGDMRDNWR SELYKYKVVKIEPLGVAPTRCKRRVVGRRRRRR ; A,C,E ? 2 'polypeptide(L)' no no ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPECQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; ;AVGIGAVFLGFLGAAGSTMGAASMTLTVQARNLLSGIVQQQSNLLRAPECQQHLLKLTVWGIKQLQARVLAVERYLRDQQ LLGIWGCSGKLICCTNVPWNSSWSNRNLSEIWDNMTWLQWDKEISNYTQIIYGLLEESQNQQEKNEQDLLALD ; B,D,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;QAGLTQPPSASEAAGKSVTISCSGSSANIGSTSVSWYQQLPGTAPKLLIYYNDQRASGVSDRFSGSKSGTSASLAISGLQ TEDEADYYCAAWDDNLSGRIFGGGTRLTVL ; ;QAGLTQPPSASEAAGKSVTISCSGSSANIGSTSVSWYQQLPGTAPKLLIYYNDQRASGVSDRFSGSKSGTSASLAISGLQ TEDEADYYCAAWDDNLSGRIFGGGTRLTVL ; L ? 4 'polypeptide(L)' no no ;EVQLQESGGGLAQPGGSLRLTCEASGFTFGRDDMAWVRQALGKGLEWVSSISNSGNTIYYADPVKGRFSISRDNAKNSLS LQMNSLKIEDTAVYFCTRTLGDYYLDWGQGVQVTVSS ; ;EVQLQESGGGLAQPGGSLRLTCEASGFTFGRDDMAWVRQALGKGLEWVSSISNSGNTIYYADPVKGRFSISRDNAKNSLS LQMNSLKIEDTAVYFCTRTLGDYYLDWGQGVQVTVSS ; H ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 LYS n 1 3 ARG n 1 4 GLY n 1 5 LEU n 1 6 CYS n 1 7 CYS n 1 8 VAL n 1 9 LEU n 1 10 LEU n 1 11 LEU n 1 12 CYS n 1 13 GLY n 1 14 ALA n 1 15 VAL n 1 16 PHE n 1 17 VAL n 1 18 SER n 1 19 PRO n 1 20 SER n 1 21 GLN n 1 22 GLU n 1 23 ILE n 1 24 HIS n 1 25 ALA n 1 26 ARG n 1 27 PHE n 1 28 ARG n 1 29 ARG n 1 30 GLY n 1 31 ALA n 1 32 ARG n 1 33 ALA n 1 34 GLU n 1 35 ASN n 1 36 LEU n 1 37 TRP n 1 38 VAL n 1 39 THR n 1 40 VAL n 1 41 TYR n 1 42 TYR n 1 43 GLY n 1 44 VAL n 1 45 PRO n 1 46 VAL n 1 47 TRP n 1 48 LYS n 1 49 ASP n 1 50 ALA n 1 51 GLU n 1 52 THR n 1 53 THR n 1 54 LEU n 1 55 PHE n 1 56 CYS n 1 57 ALA n 1 58 SER n 1 59 ASP n 1 60 ALA n 1 61 LYS n 1 62 ALA n 1 63 TYR n 1 64 GLU n 1 65 THR n 1 66 LYS n 1 67 LYS n 1 68 HIS n 1 69 ASN n 1 70 VAL n 1 71 TRP 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A CYS 501 SG ? ? ? 1_555 B CYS 94 SG ? ? A CYS 501 B CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.112 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 87 SG ? ? ? 1_555 B CYS 93 SG ? ? B CYS 598 B CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf12 disulf ? ? C CYS 22 SG ? ? ? 1_555 C CYS 89 SG ? ? L CYS 23 L CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf13 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf14 disulf ? ? E CYS 56 SG ? ? ? 1_555 E CYS 75 SG ? ? C CYS 54 C CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.047 ? ? disulf15 disulf ? ? E CYS 121 SG ? ? ? 1_555 E CYS 207 SG ? ? C CYS 119 C CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.037 ? ? disulf16 disulf ? ? E CYS 128 SG ? ? ? 1_555 E CYS 198 SG ? ? C CYS 126 C CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf17 disulf ? ? E CYS 133 SG ? ? ? 1_555 E CYS 151 SG ? ? C CYS 131 C CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.023 ? ? disulf18 disulf ? ? E CYS 220 SG ? ? ? 1_555 E CYS 249 SG ? ? C CYS 218 C CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf19 disulf ? ? E CYS 230 SG ? ? ? 1_555 E CYS 241 SG ? ? C CYS 228 C CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf20 disulf ? ? E CYS 298 SG ? ? ? 1_555 E CYS 332 SG ? ? C CYS 296 C CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf21 disulf ? ? E CYS 379 SG ? ? ? 1_555 E CYS 445 SG ? ? C CYS 378 C CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.020 ? ? disulf22 disulf ? ? E CYS 386 SG ? ? ? 1_555 E CYS 418 SG ? ? C CYS 385 C CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf23 disulf ? ? E CYS 501 SG ? ? ? 1_555 G CYS 94 SG ? ? C CYS 501 D CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.088 ? ? disulf24 disulf ? ? F CYS 56 SG ? ? ? 1_555 F CYS 75 SG ? ? E CYS 54 E CYS 73 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.017 ? ? disulf25 disulf ? ? F CYS 121 SG ? ? ? 1_555 F CYS 207 SG ? ? E CYS 119 E CYS 205 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.053 ? ? disulf26 disulf ? ? F CYS 128 SG ? ? ? 1_555 F CYS 198 SG ? ? E CYS 126 E CYS 196 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf27 disulf ? ? F CYS 133 SG ? ? ? 1_555 F CYS 151 SG ? ? E CYS 131 E CYS 157 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? disulf28 disulf ? ? F CYS 220 SG ? ? ? 1_555 F CYS 249 SG ? ? E CYS 218 E CYS 247 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf29 disulf ? ? F CYS 230 SG ? ? ? 1_555 F CYS 241 SG ? ? E CYS 228 E CYS 239 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf30 disulf ? ? F CYS 298 SG ? ? ? 1_555 F CYS 332 SG ? ? E CYS 296 E CYS 331 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf31 disulf ? ? F CYS 379 SG ? ? ? 1_555 F CYS 445 SG ? ? E CYS 378 E CYS 445 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? disulf32 disulf ? ? F CYS 386 SG ? ? ? 1_555 F CYS 418 SG ? ? E CYS 385 E CYS 418 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf33 disulf ? ? F CYS 501 SG ? ? ? 1_555 H CYS 94 SG ? ? E CYS 501 F CYS 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf34 disulf ? ? G CYS 87 SG ? ? ? 1_555 G CYS 93 SG ? ? D CYS 598 D CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf35 disulf ? ? H CYS 87 SG ? ? ? 1_555 H CYS 93 SG ? ? F CYS 598 F CYS 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.022 ? ? covale1 covale one ? A ASN 90 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? A ASN 88 A NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 135 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 133 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 139 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 137 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.510 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 150 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 156 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.507 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 154 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 160 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.497 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 199 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 197 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 236 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? A ASN 234 A NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.527 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 264 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 262 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? A ASN 276 A NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.524 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 297 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? A ASN 295 A NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.523 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 303 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? A ASN 301 A NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.520 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? A ASN 332 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.519 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 340 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? A ASN 339 A NAG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.522 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 356 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? A ASN 355 A NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.531 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 364 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? A ASN 363 A NAG 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.516 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 387 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 386 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? A ASN 393 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? A ASN 392 A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? A ASN 448 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 448 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.519 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? A ASN 462 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? A ASN 462 A NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.524 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? E ASN 90 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? C ASN 88 C NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? E ASN 135 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? C ASN 133 C NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.522 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? E ASN 139 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? C ASN 137 C NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? E ASN 150 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? C ASN 156 R NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.497 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? E ASN 154 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 160 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.502 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? E ASN 236 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? C ASN 234 C NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.524 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? E ASN 264 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 262 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? E ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? C ASN 276 C NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.524 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? E ASN 297 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? C ASN 295 C NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.528 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? E ASN 303 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? C ASN 301 C NAG 610 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.522 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? E ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? C ASN 332 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? E ASN 340 ND2 ? ? ? 1_555 XA NAG . C1 ? ? C ASN 339 C NAG 612 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.515 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? E ASN 356 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? C ASN 355 C NAG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.532 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? E ASN 364 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? C ASN 363 C NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.515 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? E ASN 387 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? C ASN 386 T NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.509 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? E ASN 393 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? C ASN 392 C NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.518 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? E ASN 448 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? C ASN 448 C NAG 611 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? F ASN 90 ND2 ? ? ? 1_555 BB NAG . C1 ? ? E ASN 88 E NAG 604 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.515 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? F ASN 135 ND2 ? ? ? 1_555 ZA NAG . C1 ? ? E ASN 133 E NAG 602 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? F ASN 139 ND2 ? ? ? 1_555 YA NAG . C1 ? ? E ASN 137 E NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.520 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? F ASN 150 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? E ASN 156 W NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.502 ? N-Glycosylation covale41 covale one ? F ASN 154 ND2 ? ? ? 1_555 GB NAG . C1 ? ? E ASN 160 E NAG 609 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.412 ? N-Glycosylation covale42 covale one ? F ASN 199 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? E ASN 197 Y NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? N-Glycosylation covale43 covale one ? F ASN 236 ND2 ? ? ? 1_555 CB NAG . C1 ? ? E ASN 234 E NAG 605 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.523 ? N-Glycosylation covale44 covale one ? F ASN 264 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? E ASN 262 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.518 ? N-Glycosylation covale45 covale one ? F ASN 278 ND2 ? ? ? 1_555 DB NAG . C1 ? ? E ASN 276 E NAG 606 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.514 ? N-Glycosylation covale46 covale one ? F ASN 297 ND2 ? ? ? 1_555 EB NAG . C1 ? ? E ASN 295 E NAG 607 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.528 ? N-Glycosylation covale47 covale one ? F ASN 303 ND2 ? ? ? 1_555 FB NAG . C1 ? ? E ASN 301 E NAG 608 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.522 ? N-Glycosylation covale48 covale one ? F ASN 333 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? E ASN 332 X NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.516 ? N-Glycosylation covale49 covale one ? F ASN 364 ND2 ? ? ? 1_555 AB NAG . C1 ? ? E ASN 363 E NAG 603 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.519 ? N-Glycosylation covale50 covale one ? F ASN 387 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? E ASN 386 Z NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.515 ? N-Glycosylation covale51 covale one ? F ASN 448 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? E ASN 448 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.522 ? N-Glycosylation covale52 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.500 ? ? covale53 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? ? covale54 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.523 ? ? covale55 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.522 ? ? covale56 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.520 ? ? covale57 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.527 ? ? covale58 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.509 ? ? covale59 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.534 ? ? covale60 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.508 ? ? covale61 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P BMA . C1 ? ? P NAG 2 P BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.509 ? ? covale62 covale both ? P BMA . O3 ? ? ? 1_555 P MAN . C1 ? ? P BMA 3 P MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.520 ? ? covale63 covale both ? Q NAG . O4 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? Q NAG 1 Q NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? ? covale64 covale both ? R NAG . O4 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? R NAG 1 R NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.503 ? ? covale65 covale both ? S NAG . O4 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? S NAG 1 S NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? ? covale66 covale both ? T NAG . O4 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? T NAG 1 T NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.505 ? ? covale67 covale both ? U NAG . O4 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? U NAG 1 U NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.538 ? ? covale68 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? V NAG 1 V NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.512 ? ? covale69 covale both ? V NAG . O4 ? ? ? 1_555 V BMA . C1 ? ? V NAG 2 V BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.521 ? ? covale70 covale both ? V BMA . O3 ? ? ? 1_555 V MAN . C1 ? ? V BMA 3 V MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? ? covale71 covale both ? W NAG . O4 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? W NAG 1 W NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.499 ? ? covale72 covale both ? X NAG . O4 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? X NAG 1 X NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.524 ? ? covale73 covale both ? Y NAG . O4 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? Y NAG 1 Y NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.530 ? ? covale74 covale both ? Z NAG . O4 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? Z NAG 1 Z NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.517 ? ? covale75 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.504 ? ? covale76 covale both ? AA NAG . O4 ? ? ? 1_555 AA BMA . C1 ? ? a NAG 2 a BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.506 ? ? covale77 covale both ? AA BMA . O3 ? ? ? 1_555 AA MAN . C1 ? ? a BMA 3 a MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.519 ? ? covale78 covale both ? BA NAG . O4 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.513 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 3 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 7 ? AA8 ? 6 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 3 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 5 ? AB4 ? 6 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 5 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 7 ? AC4 ? 7 ? AC5 ? 8 ? AC6 ? 9 ? AC7 ? 4 ? AC8 ? 4 ? AC9 ? 4 ? AD1 ? 5 ? AD2 ? 5 ? AD3 ? 3 ? AD4 ? 5 ? AD5 ? 3 ? AD6 ? 2 ? AD7 ? 5 ? AD8 ? 3 ? AD9 ? 8 ? AE1 ? 5 ? AE2 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA6 1 2 ? parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA7 5 6 ? anti-parallel AA7 6 7 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? parallel AA8 5 6 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB3 4 5 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB4 4 5 ? anti-parallel AB4 5 6 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB7 4 5 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC1 4 5 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC3 5 6 ? anti-parallel AC3 6 7 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC4 4 5 ? anti-parallel AC4 5 6 ? anti-parallel AC4 6 7 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC5 4 5 ? anti-parallel AC5 5 6 ? anti-parallel AC5 6 7 ? anti-parallel AC5 7 8 ? anti-parallel AC6 1 2 ? parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC6 5 6 ? anti-parallel AC6 6 7 ? anti-parallel AC6 7 8 ? anti-parallel AC6 8 9 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD1 4 5 ? parallel AD2 1 2 ? parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD4 4 5 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD7 4 5 ? anti-parallel AD8 1 2 ? parallel AD8 2 3 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? anti-parallel AD9 4 5 ? anti-parallel AD9 5 6 ? anti-parallel AD9 6 7 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 4 5 ? parallel AE2 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 LEU A 494 ? 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LYS L 45 TYR L 49 AB2 3 SER C 35 ? GLN C 39 ? SER L 34 GLN L 38 AB2 4 ALA C 85 ? ASP C 93 ? ALA L 84 ASP L 92 AB2 5 GLY C 98 B PHE C 101 ? GLY L 95 PHE L 98 AB3 1 GLN C 54 ? ARG C 55 ? GLN L 53 ARG L 54 AB3 2 LYS C 46 ? TYR C 50 ? LYS L 45 TYR L 49 AB3 3 SER C 35 ? GLN C 39 ? SER L 34 GLN L 38 AB3 4 ALA C 85 ? ASP C 93 ? ALA L 84 ASP L 92 AB3 5 THR C 105 ? LEU C 107 ? THR L 102 LEU L 104 AB4 1 LEU D 11 ? ALA D 12 ? LEU H 11 ALA H 12 AB4 2 TYR D 103 ? VAL D 115 ? TYR H 99 VAL H 111 AB4 3 ALA D 92 ? LEU D 100 ? ALA H 88 LEU H 96 AB4 4 ASP D 33 ? GLN D 39 ? ASP H 33 GLN H 39 AB4 5 LEU D 45 ? ILE D 51 ? LEU H 45 ILE H 51 AB4 6 ILE D 58 ? TYR D 60 ? ILE H 57 TYR H 59 AB5 1 LEU D 18 ? CYS D 22 ? LEU H 18 CYS H 22 AB5 2 LEU D 79 ? MET D 83 ? LEU H 78 MET H 82 AB5 3 PHE D 68 ? ARG D 72 ? PHE H 67 ARG H 71 AB6 1 LEU E 494 ? THR E 499 ? LEU C 494 THR C 499 AB6 2 TRP E 37 ? TYR E 42 ? TRP C 35 TYR C 40 AB6 3 ILE G 92 ? PRO G 98 ? ILE D 603 PRO D 609 AB7 1 TRP E 47 ? ASP E 49 ? 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GB 8 NAG 1 609 667 NAG NAG E . # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details octameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 8 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list ;A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z,AA,BA,CA,DA,EA,FA,GA,HA,IA,JA,KA,LA,MA,NA,OA,PA,QA,RA,SA,TA,UA,VA,WA,XA,YA,ZA,AB,BB,CB,DB,EB,FB,GB ; # loop_ _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id _pdbx_struct_assembly_prop.type _pdbx_struct_assembly_prop.value _pdbx_struct_assembly_prop.details 1 'ABSA (A^2)' 47430 ? 1 MORE 114 ? 1 'SSA (A^2)' 89150 ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2022-01-26 2 'Structure model' 1 1 2022-02-02 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # _pdbx_audit_revision_group.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal 2 _pdbx_audit_revision_group.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_group.group 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.country' 2 2 'Structure model' '_citation.journal_abbrev' 3 2 'Structure model' '_citation.journal_id_CSD' 4 2 'Structure model' '_citation.journal_id_ISSN' 5 2 'Structure model' '_citation.journal_volume' 6 2 'Structure model' '_citation.page_first' 7 2 'Structure model' '_citation.page_last' 8 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_DOI' 9 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 10 2 'Structure model' '_citation.title' 11 2 'Structure model' '_citation.year' 12 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 13 2 'Structure model' '_citation_author.name' # _pdbx_entry_details.entry_id 7MDT _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? # _em_3d_fitting.entry_id 7MDT _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ? _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol ? _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id 1 _em_3d_fitting_list.id 1 _em_3d_fitting_list.details ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id ? _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range ? _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id 5CEZ # _em_3d_reconstruction.entry_id 7MDT _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 1 _em_3d_reconstruction.num_particles 98122 _em_3d_reconstruction.resolution 3.6 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details 'TBS, 0.2um filtered' _em_buffer.pH 7.4 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;The map was generated from polyclonal Fab sample isolated from animal Rh4O9. The polyclonal Fabs were complexed with BG505 SOSIP.v5.2 and imaged. Rh4O9.8 monoclonal antibody sequence was relaxed into the Fab-corresponding density. ; _em_entity_assembly.name 'BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the polyclonal Fab sample isolated from animal Rh4O9.' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 3,4 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7MDT _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 54 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7MDT _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure 'COMA FREE' _em_imaging.c2_aperture_diameter 70 _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.nominal_defocus_min 500 _em_imaging.nominal_magnification 29000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material GOLD _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'UltrAuFoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 283 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7MDT _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7MDT _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7MDT _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_bond.id _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_target_value _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_bond.linker_flag 1 1 CB A PHE 376 ? ? 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RosettaEM ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1.5 _em_specimen.details ;The complex was generated by incubation of Rh4O9 polyclonal antibody (as Fab) with recombinantly expressed BG505 SOSIP.v5.2 and subsequent SEC purification. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Bill & Melinda Gates Foundation' 'United States' OPP1115782 1 'Bill & Melinda Gates Foundation' 'United States' OPP1196345 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero I 5 NAG 1 G NAG 1 A NAG 634 n I 5 NAG 2 G NAG 2 A NAG 635 n J 5 NAG 1 I NAG 1 A NAG 636 n J 5 NAG 2 I NAG 2 A NAG 637 n K 6 NAG 1 J NAG 1 A NAG 638 n K 6 NAG 2 J NAG 2 A NAG 639 n K 6 BMA 3 J BMA 3 A BMA 640 n L 5 NAG 1 K NAG 1 A NAG 641 n L 5 NAG 2 K NAG 2 A NAG 642 n M 5 NAG 1 M NAG 1 A NAG 643 n M 5 NAG 2 M NAG 2 A NAG 644 n N 5 NAG 1 N NAG 1 A NAG 645 n N 5 NAG 2 N NAG 2 A NAG 646 n O 5 NAG 1 O NAG 1 A NAG 650 n O 5 NAG 2 O NAG 2 A NAG 651 n P 7 NAG 1 P NAG 1 A NAG 655 n P 7 NAG 2 P NAG 2 A NAG 656 n P 7 BMA 3 P BMA 3 A BMA 657 n P 7 MAN 4 P MAN 4 A MAN 664 n Q 5 NAG 1 Q NAG 1 A NAG 665 n Q 5 NAG 2 Q NAG 2 A NAG 666 n R 5 NAG 1 R NAG 1 C NAG 634 n R 5 NAG 2 R NAG 2 C NAG 635 n S 5 NAG 1 S NAG 1 C NAG 641 n S 5 NAG 2 S NAG 2 C NAG 642 n T 5 NAG 1 T NAG 1 C NAG 645 n T 5 NAG 2 T NAG 2 C NAG 646 n U 5 NAG 1 U NAG 1 C NAG 650 n U 5 NAG 2 U NAG 2 C NAG 651 n V 7 NAG 1 V NAG 1 C NAG 655 n V 7 NAG 2 V NAG 2 C NAG 656 n V 7 BMA 3 V BMA 3 C BMA 657 n V 7 MAN 4 V MAN 4 C MAN 664 n W 5 NAG 1 W NAG 1 E NAG 634 n W 5 NAG 2 W NAG 2 E NAG 635 n X 5 NAG 1 X NAG 1 E NAG 641 n X 5 NAG 2 X NAG 2 E NAG 642 n Y 5 NAG 1 Y NAG 1 E NAG 643 n Y 5 NAG 2 Y NAG 2 E NAG 644 n Z 5 NAG 1 Z NAG 1 E NAG 645 n Z 5 NAG 2 Z NAG 2 E NAG 646 n AA 7 NAG 1 a NAG 1 E NAG 655 n AA 7 NAG 2 a NAG 2 E NAG 656 n AA 7 BMA 3 a BMA 3 E BMA 657 n AA 7 MAN 4 a MAN 4 E MAN 664 n BA 5 NAG 1 b NAG 1 E NAG 665 n BA 5 NAG 2 b NAG 2 E NAG 666 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 6 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 6 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 6 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 7 DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 7 'WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 7 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 3 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 4 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 5 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 6 7 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 7 MAN 4 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 8 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #