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PRO C 897 ILE C 909 1 ? 13 HELX_P HELX_P58 AG4 GLN C 913 ? ASN C 919 ? GLN C 913 ASN C 919 1 ? 7 HELX_P HELX_P59 AG5 ASN C 919 ? THR C 941 ? ASN C 919 THR C 941 1 ? 23 HELX_P HELX_P60 AG6 LEU C 945 ? GLN C 965 ? LEU C 945 GLN C 965 1 ? 21 HELX_P HELX_P61 AG7 LEU C 966 ? SER C 968 ? LEU C 966 SER C 968 5 ? 3 HELX_P HELX_P62 AG8 VAL C 976 ? ARG C 983 ? VAL C 976 ARG C 983 1 ? 8 HELX_P HELX_P63 AG9 ASP C 985 ? CYS C 1032 ? ASP C 985 CYS C 1032 1 ? 48 HELX_P HELX_P64 AH1 PRO C 1140 ? ASP C 1146 ? PRO C 1140 ASP C 1146 1 ? 7 HELX_P HELX_P65 AH2 LYS D 87 ? THR D 91 ? LYS X 87 THR X 91 5 ? 5 HELX_P HELX_P66 AH3 LYS E 87 ? THR E 91 ? LYS Z 87 THR Z 91 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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A CYS 738 SG ? ? ? 1_555 A CYS 760 SG ? ? A CYS 738 A CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf11 disulf ? ? A CYS 743 SG ? ? ? 1_555 A CYS 749 SG ? ? A CYS 743 A CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf12 disulf ? ? A CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1043 SG ? ? A CYS 1032 A CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf13 disulf ? ? A CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 A CYS 1126 SG ? ? A CYS 1082 A CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf14 disulf ? ? B CYS 15 SG ? ? ? 1_555 B CYS 136 SG ? ? B CYS 15 B CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf15 disulf ? ? B CYS 291 SG ? ? ? 1_555 B CYS 301 SG ? ? B CYS 291 B CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf16 disulf ? ? B CYS 336 SG ? ? ? 1_555 B CYS 361 SG ? ? B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf17 disulf ? ? B CYS 379 SG ? ? ? 1_555 B CYS 432 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf18 disulf ? ? B CYS 391 SG ? ? ? 1_555 B CYS 525 SG ? ? B CYS 391 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 480 SG ? ? ? 1_555 B CYS 488 SG ? ? B CYS 480 B CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 538 SG ? ? ? 1_555 B CYS 590 SG ? ? B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 649 SG ? ? B CYS 617 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 662 SG ? ? ? 1_555 B CYS 671 SG ? ? B CYS 662 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 738 SG ? ? ? 1_555 B CYS 760 SG ? ? B CYS 738 B CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 743 SG ? ? ? 1_555 B CYS 749 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf25 disulf ? ? B CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1043 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf26 disulf ? ? B CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1126 SG ? ? B CYS 1082 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf27 disulf ? ? C CYS 15 SG ? ? ? 1_555 C CYS 136 SG ? ? C CYS 15 C CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf28 disulf ? ? C CYS 291 SG ? ? ? 1_555 C CYS 301 SG ? ? C CYS 291 C CYS 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf29 disulf ? ? C CYS 336 SG ? ? ? 1_555 C CYS 361 SG ? ? C CYS 336 C CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf30 disulf ? ? C CYS 379 SG ? ? ? 1_555 C CYS 432 SG ? ? C CYS 379 C CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf31 disulf ? ? C CYS 391 SG ? ? ? 1_555 C CYS 525 SG ? ? C CYS 391 C CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf32 disulf ? ? C CYS 480 SG ? ? ? 1_555 C CYS 488 SG ? ? C CYS 480 C CYS 488 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf33 disulf ? ? C CYS 538 SG ? ? ? 1_555 C CYS 590 SG ? ? C CYS 538 C CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf34 disulf ? ? C CYS 617 SG ? ? ? 1_555 C CYS 649 SG ? ? C CYS 617 C CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf35 disulf ? ? C CYS 662 SG ? ? ? 1_555 C CYS 671 SG ? ? C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf36 disulf ? ? C CYS 738 SG ? ? ? 1_555 C CYS 760 SG ? ? C CYS 738 C CYS 760 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf37 disulf ? ? C CYS 743 SG ? ? ? 1_555 C CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf38 disulf ? ? C CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf39 disulf ? ? C CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf40 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 96 SG ? ? X CYS 22 X CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf41 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 96 SG ? ? Z CYS 22 Z CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? covale1 covale one ? A ASN 17 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 17 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? A ASN 61 A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 122 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 149 ND2 ? ? ? 1_555 Z NAG . C1 ? ? A ASN 149 A NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? A ASN 165 A NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 234 Q NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 OA NAG . C1 ? ? A ASN 282 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 331 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 343 E NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? A ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? A ASN 603 A NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? A ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? A ASN 616 A NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? A ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? A ASN 657 A NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? A ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 CA NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? A ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 717 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? A ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 801 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? A ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 1074 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? A ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 1098 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? A ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 DA NAG . C1 ? ? A ASN 1134 A NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? B ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? B ASN 61 B NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? B ASN 137 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? B ASN 137 S NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.453 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? B ASN 149 ND2 ? ? ? 1_555 HA NAG . C1 ? ? B ASN 149 B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? B ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? B ASN 165 B NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? B ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? B ASN 282 B NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? B ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? B ASN 603 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? B ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale26 covale one ? B ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? B ASN 657 B NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale27 covale one ? B ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale28 covale one ? B ASN 801 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? B ASN 801 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.454 ? N-Glycosylation covale29 covale one ? B ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? B ASN 1074 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale30 covale one ? B ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? B ASN 1134 B NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale31 covale one ? NA NAG . C1 ? ? ? 1_555 C ASN 282 ND2 ? ? B NAG 1310 C ASN 282 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale32 covale one ? C ASN 17 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? C ASN 17 U NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale33 covale one ? C ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? C ASN 61 C NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale34 covale one ? C ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 V NAG . C1 ? ? C ASN 122 V NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale35 covale one ? C ASN 149 ND2 ? ? ? 1_555 SA NAG . C1 ? ? C ASN 149 C NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale36 covale one ? C ASN 165 ND2 ? ? ? 1_555 TA NAG . C1 ? ? C ASN 165 C NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale37 covale one ? C ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? C ASN 331 C NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale38 covale one ? C ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 RA NAG . C1 ? ? C ASN 343 C NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale39 covale one ? C ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 UA NAG . C1 ? ? C ASN 603 C NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? N-Glycosylation covale40 covale one ? C ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 VA NAG . C1 ? ? C ASN 616 C NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? N-Glycosylation covale41 covale one ? C ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 WA NAG . C1 ? ? 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CYS C 1126 ? CYS C 1082 ? 1_555 CYS C 1126 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 87 CYS D 22 ? CYS D 96 ? CYS X 22 ? 1_555 CYS X 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' 88 CYS E 22 ? CYS E 96 ? CYS Z 22 ? 1_555 CYS Z 96 ? 1_555 SG SG . . . None 'Disulfide bridge' # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 8 ? AA2 ? 3 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 6 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 2 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 2 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 2 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 3 ? AC3 ? 7 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 4 ? AC6 ? 6 ? AC7 ? 5 ? AC8 ? 6 ? AC9 ? 5 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 3 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 4 ? AE1 ? 8 ? AE2 ? 3 ? AE3 ? 3 ? AE4 ? 4 ? AE5 ? 6 ? AE6 ? 5 ? AE7 ? 6 ? AE8 ? 5 ? AE9 ? 3 ? AF1 ? 2 ? AF2 ? 2 ? AF3 ? 4 ? AF4 ? 3 ? AF5 ? 2 ? AF6 ? 4 ? AF7 ? 2 ? AF8 ? 4 ? AF9 ? 6 ? AG1 ? 4 ? AG2 ? 4 ? AG3 ? 6 ? AG4 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? anti-parallel AA1 6 7 ? anti-parallel AA1 7 8 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA6 4 5 ? anti-parallel AA7 1 2 ? parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA7 5 6 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB3 1 2 ? parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC3 4 5 ? anti-parallel AC3 5 6 ? anti-parallel AC3 6 7 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? parallel AC5 3 4 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC6 4 5 ? anti-parallel AC6 5 6 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC7 4 5 ? anti-parallel AC8 1 2 ? parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC8 3 4 ? anti-parallel AC8 4 5 ? anti-parallel AC8 5 6 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AC9 4 5 ? anti-parallel AD1 1 2 ? parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD4 1 2 ? parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AD9 3 4 ? parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE1 5 6 ? anti-parallel AE1 6 7 ? anti-parallel AE1 7 8 ? parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE3 1 2 ? anti-parallel AE3 2 3 ? anti-parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE4 2 3 ? parallel AE4 3 4 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE5 3 4 ? anti-parallel AE5 4 5 ? anti-parallel AE5 5 6 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE6 4 5 ? anti-parallel AE7 1 2 ? parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE7 4 5 ? anti-parallel AE7 5 6 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE8 4 5 ? anti-parallel AE9 1 2 ? parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF3 1 2 ? parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF4 2 3 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? anti-parallel AF9 1 2 ? parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AF9 3 4 ? anti-parallel AF9 4 5 ? anti-parallel AF9 5 6 ? anti-parallel AG1 1 2 ? parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG1 3 4 ? anti-parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG3 1 2 ? parallel AG3 2 3 ? anti-parallel AG3 3 4 ? anti-parallel AG3 4 5 ? anti-parallel AG3 5 6 ? anti-parallel AG4 1 2 ? parallel AG4 2 3 ? anti-parallel AG4 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ALA A 27 ? ASN A 30 ? ALA A 27 ASN A 30 AA1 2 ASN A 61 ? HIS A 69 ? ASN A 61 HIS A 69 AA1 3 ALA A 263 ? TYR A 269 ? ALA A 263 TYR A 269 AA1 4 VAL A 90 ? GLU A 96 ? VAL A 90 GLU A 96 AA1 5 ASN A 188 ? ILE A 197 ? ASN A 188 ILE A 197 AA1 6 TYR A 200 ? PRO A 209 ? TYR A 200 PRO A 209 AA1 7 ALA A 222 ? LEU A 229 ? ALA A 222 LEU A 229 AA1 8 VAL A 36 ? TYR A 37 ? VAL A 36 TYR A 37 AA2 1 ALA A 27 ? ASN A 30 ? ALA A 27 ASN A 30 AA2 2 ASN A 61 ? HIS A 69 ? ASN A 61 HIS A 69 AA2 3 LYS A 77 ? PHE A 79 ? LYS A 77 PHE A 79 AA3 1 VAL A 47 ? PHE A 55 ? VAL A 47 PHE A 55 AA3 2 GLN A 271 ? TYR A 279 ? GLN A 271 TYR A 279 AA3 3 ILE A 285 ? ASP A 290 ? ILE A 285 ASP A 290 AA4 1 LEU A 84 ? PRO A 85 ? LEU A 84 PRO A 85 AA4 2 ARG A 237 ? ARG A 246 ? ARG A 237 ARG A 246 AA4 3 PHE A 140 ? TYR A 144 ? PHE A 140 TYR A 144 AA4 4 GLU A 156 ? ARG A 158 ? GLU A 156 ARG A 158 AA5 1 LEU A 84 ? PRO A 85 ? LEU A 84 PRO A 85 AA5 2 ARG A 237 ? ARG A 246 ? ARG A 237 ARG A 246 AA5 3 ILE A 101 ? GLY A 107 ? 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O LYS C 206 AE1 6 7 N ILE C 203 ? N ILE C 203 O VAL C 227 ? O VAL C 227 AE1 7 8 O LEU C 223 ? O LEU C 223 N VAL C 36 ? N VAL C 36 AE2 1 2 N ALA C 27 ? N ALA C 27 O TRP C 64 ? O TRP C 64 AE2 2 3 N ILE C 68 ? N ILE C 68 O ARG C 78 ? O ARG C 78 AE3 1 2 N THR C 51 ? N THR C 51 O PHE C 275 ? O PHE C 275 AE3 2 3 N LYS C 278 ? N LYS C 278 O ASP C 287 ? O ASP C 287 AE4 1 2 N LEU C 84 ? N LEU C 84 O PHE C 238 ? O PHE C 238 AE4 2 3 O ARG C 246 ? O ARG C 246 N TYR C 145 ? N TYR C 145 AE4 3 4 N GLY C 142 ? N GLY C 142 O GLU C 156 ? O GLU C 156 AE5 1 2 N LEU C 84 ? N LEU C 84 O PHE C 238 ? O PHE C 238 AE5 2 3 O LEU C 241 ? O LEU C 241 N ARG C 102 ? N ARG C 102 AE5 3 4 N TRP C 104 ? N TRP C 104 O ILE C 119 ? O ILE C 119 AE5 4 5 N VAL C 120 ? N VAL C 120 O VAL C 127 ? O VAL C 127 AE5 5 6 N ILE C 128 ? N ILE C 128 O TYR C 170 ? O TYR C 170 AE6 1 2 N SER C 316 ? N SER C 316 O VAL C 595 ? O VAL C 595 AE6 2 3 N GLY C 594 ? N GLY C 594 O GLN C 613 ? O GLN C 613 AE6 3 4 N VAL C 610 ? 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O TYR Z 108 # _pdbx_entry_details.entry_id 7N0H _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest Y _pdbx_entry_details.compound_details ? _pdbx_entry_details.source_details ? _pdbx_entry_details.nonpolymer_details ? _pdbx_entry_details.sequence_details ? _pdbx_entry_details.has_protein_modification Y # loop_ _pdbx_validate_close_contact.id _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_1 _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_close_contact.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2 _pdbx_validate_close_contact.dist 1 1 NZ C LYS 558 ? ? 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The RBD domain (334-528) and Sb45 are taken from 7KGJ which was superimposed onto the S-6P model in PyMol. The NTD domain (14-289) is taken from 7B32 with full sequence and replace that of 6XKL. We have rebuilt and added more glycans (NAGs). We used the real-space refinement in PHENIX including rigid-body refinement. RBD and NTD are subjected to rigid-body refinement. Simulate annealing (SA) runs once at the initial micro-step, local grid search and ADP refinements were included, using the secondary structure restraints. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 157 _em_3d_fitting.ref_protocol 'RIGID BODY FIT' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria 'Correlation Coefficient' _em_3d_fitting.method ? # loop_ _em_3d_fitting_list.3d_fitting_id _em_3d_fitting_list.id _em_3d_fitting_list.details _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id _em_3d_fitting_list.pdb_chain_residue_range _em_3d_fitting_list.pdb_entry_id _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id _em_3d_fitting_list.chain_id _em_3d_fitting_list.chain_residue_range _em_3d_fitting_list.source_name _em_3d_fitting_list.type _em_3d_fitting_list.accession_code 1 1 ? A 529-1146 6XKL 1 ? ? PDB 'experimental model' 6XKL 1 2 ? B 529-1146 6XKL 1 ? ? PDB 'experimental model' 6XKL 1 3 ? C 529-1146 6XKL 1 ? ? PDB 'experimental model' 6XKL 1 4 ? A 334-528 7KGJ 2 ? ? PDB 'experimental model' 7KGJ 1 5 ? B 1-121 7KGJ 2 ? ? PDB 'experimental model' 7KGJ 1 6 ? A 14-289 7B32 3 ? ? PDB 'experimental model' 7B32 # _em_3d_reconstruction.entry_id 7N0H _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT)' _em_3d_reconstruction.details ;A series of Ab-initio 3D reconstruction (classification)dividing 2 or 4 subclasses to identify two forms of S-6P, i.e. one RBD up, or two RBD up. ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages 18 _em_3d_reconstruction.num_particles 61026 _em_3d_reconstruction.resolution 3.34 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8.0 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;Synthetic nanobody Sb45 was mixed with freshly purified S-6P in the mole ratio of 3:1, incubated, and subjected to Negative stain and frozen grids for cryoEM data collection. ; _em_entity_assembly.name 'Spike protein (S-6P, 2-up) in complex with Synthetic nanobody (Sb45)' _em_entity_assembly.source RECOMBINANT _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7N0H _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size 5.001 _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7N0H _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure BASIC _em_imaging.c2_aperture_diameter 100 _em_imaging.calibrated_defocus_max 2431 _em_imaging.calibrated_defocus_min 535 _em_imaging.calibrated_magnification 47529 _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 2000 _em_imaging.nominal_defocus_min 700 _em_imaging.nominal_magnification 130000 _em_imaging.recording_temperature_maximum 80 _em_imaging.recording_temperature_minimum 78 _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material COPPER _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R1.2/1.3' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 277 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity 95 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7N0H _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7N0H _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7N0H _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C1 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 A PHE 2 ? A PHE 2 3 1 Y 1 A VAL 3 ? A VAL 3 4 1 Y 1 A PHE 4 ? A PHE 4 5 1 Y 1 A LEU 5 ? A LEU 5 6 1 Y 1 A VAL 6 ? A VAL 6 7 1 Y 1 A LEU 7 ? A LEU 7 8 1 Y 1 A LEU 8 ? A LEU 8 9 1 Y 1 A PRO 9 ? A PRO 9 10 1 Y 1 A LEU 10 ? A LEU 10 11 1 Y 1 A VAL 11 ? A VAL 11 12 1 Y 1 A SER 12 ? A SER 12 13 1 Y 1 A SER 13 ? A SER 13 14 1 Y 1 A PRO 621 ? A PRO 621 15 1 Y 1 A VAL 622 ? A VAL 622 16 1 Y 1 A ALA 623 ? A ALA 623 17 1 Y 1 A ILE 624 ? A ILE 624 18 1 Y 1 A HIS 625 ? A HIS 625 19 1 Y 1 A ALA 626 ? A ALA 626 20 1 Y 1 A ASP 627 ? A ASP 627 21 1 Y 1 A GLN 628 ? A GLN 628 22 1 Y 1 A LEU 629 ? A LEU 629 23 1 Y 1 A THR 630 ? A THR 630 24 1 Y 1 A PRO 631 ? A PRO 631 25 1 Y 1 A THR 632 ? A THR 632 26 1 Y 1 A TRP 633 ? A TRP 633 27 1 Y 1 A ARG 634 ? A ARG 634 28 1 Y 1 A VAL 635 ? A VAL 635 29 1 Y 1 A TYR 636 ? A TYR 636 30 1 Y 1 A SER 637 ? A SER 637 31 1 Y 1 A THR 638 ? A THR 638 32 1 Y 1 A GLY 639 ? A GLY 639 33 1 Y 1 A SER 673 ? A SER 673 34 1 Y 1 A TYR 674 ? A TYR 674 35 1 Y 1 A GLN 675 ? A GLN 675 36 1 Y 1 A THR 676 ? A THR 676 37 1 Y 1 A GLN 677 ? A GLN 677 38 1 Y 1 A THR 678 ? A THR 678 39 1 Y 1 A ASN 679 ? A ASN 679 40 1 Y 1 A SER 680 ? A SER 680 41 1 Y 1 A PRO 681 ? A PRO 681 42 1 Y 1 A GLY 682 ? A GLY 682 43 1 Y 1 A SER 683 ? A SER 683 44 1 Y 1 A ALA 684 ? A ALA 684 45 1 Y 1 A SER 685 ? A SER 685 46 1 Y 1 A SER 686 ? A SER 686 47 1 Y 1 A ALA 829 ? A ALA 829 48 1 Y 1 A ASP 830 ? A ASP 830 49 1 Y 1 A ALA 831 ? A ALA 831 50 1 Y 1 A GLY 832 ? A GLY 832 51 1 Y 1 A PHE 833 ? A PHE 833 52 1 Y 1 A ILE 834 ? A ILE 834 53 1 Y 1 A LYS 835 ? A LYS 835 54 1 Y 1 A GLN 836 ? A GLN 836 55 1 Y 1 A TYR 837 ? A TYR 837 56 1 Y 1 A GLY 838 ? A GLY 838 57 1 Y 1 A ASP 839 ? A ASP 839 58 1 Y 1 A CYS 840 ? A CYS 840 59 1 Y 1 A LEU 841 ? A LEU 841 60 1 Y 1 A GLY 842 ? A GLY 842 61 1 Y 1 A ASP 843 ? A ASP 843 62 1 Y 1 A ILE 844 ? A ILE 844 63 1 Y 1 A ALA 845 ? A ALA 845 64 1 Y 1 A ALA 846 ? A ALA 846 65 1 Y 1 A ARG 847 ? A ARG 847 66 1 Y 1 A ASP 848 ? A ASP 848 67 1 Y 1 A LEU 849 ? A LEU 849 68 1 Y 1 A ILE 850 ? A ILE 850 69 1 Y 1 A CYS 851 ? A CYS 851 70 1 Y 1 A ALA 852 ? A ALA 852 71 1 Y 1 A SER 1147 ? A SER 1147 72 1 Y 1 A PHE 1148 ? A PHE 1148 73 1 Y 1 A LYS 1149 ? A LYS 1149 74 1 Y 1 A GLU 1150 ? A GLU 1150 75 1 Y 1 A GLU 1151 ? A GLU 1151 76 1 Y 1 A LEU 1152 ? A LEU 1152 77 1 Y 1 A ASP 1153 ? A ASP 1153 78 1 Y 1 A LYS 1154 ? A LYS 1154 79 1 Y 1 A TYR 1155 ? A TYR 1155 80 1 Y 1 A PHE 1156 ? A PHE 1156 81 1 Y 1 A LYS 1157 ? A LYS 1157 82 1 Y 1 A ASN 1158 ? A ASN 1158 83 1 Y 1 A HIS 1159 ? A HIS 1159 84 1 Y 1 A THR 1160 ? A THR 1160 85 1 Y 1 A SER 1161 ? A SER 1161 86 1 Y 1 A PRO 1162 ? A PRO 1162 87 1 Y 1 A ASP 1163 ? A ASP 1163 88 1 Y 1 A VAL 1164 ? A VAL 1164 89 1 Y 1 A ASP 1165 ? A ASP 1165 90 1 Y 1 A LEU 1166 ? A LEU 1166 91 1 Y 1 A GLY 1167 ? A GLY 1167 92 1 Y 1 A ASP 1168 ? A ASP 1168 93 1 Y 1 A ILE 1169 ? A ILE 1169 94 1 Y 1 A SER 1170 ? A SER 1170 95 1 Y 1 A GLY 1171 ? A GLY 1171 96 1 Y 1 A ILE 1172 ? 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A GLN 1201 126 1 Y 1 A GLU 1202 ? A GLU 1202 127 1 Y 1 A LEU 1203 ? A LEU 1203 128 1 Y 1 A GLY 1204 ? A GLY 1204 129 1 Y 1 A LYS 1205 ? A LYS 1205 130 1 Y 1 A TYR 1206 ? A TYR 1206 131 1 Y 1 A GLU 1207 ? A GLU 1207 132 1 Y 1 A GLN 1208 ? A GLN 1208 133 1 Y 1 A GLY 1209 ? A GLY 1209 134 1 Y 1 A SER 1210 ? A SER 1210 135 1 Y 1 A GLY 1211 ? A GLY 1211 136 1 Y 1 A TYR 1212 ? A TYR 1212 137 1 Y 1 A ILE 1213 ? A ILE 1213 138 1 Y 1 A PRO 1214 ? A PRO 1214 139 1 Y 1 A GLU 1215 ? A GLU 1215 140 1 Y 1 A ALA 1216 ? A ALA 1216 141 1 Y 1 A PRO 1217 ? A PRO 1217 142 1 Y 1 A ARG 1218 ? A ARG 1218 143 1 Y 1 A ASP 1219 ? A ASP 1219 144 1 Y 1 A GLY 1220 ? A GLY 1220 145 1 Y 1 A GLN 1221 ? A GLN 1221 146 1 Y 1 A ALA 1222 ? A ALA 1222 147 1 Y 1 A TYR 1223 ? A TYR 1223 148 1 Y 1 A VAL 1224 ? A VAL 1224 149 1 Y 1 A ARG 1225 ? A ARG 1225 150 1 Y 1 A LYS 1226 ? A LYS 1226 151 1 Y 1 A ASP 1227 ? A ASP 1227 152 1 Y 1 A GLY 1228 ? A GLY 1228 153 1 Y 1 A GLU 1229 ? A GLU 1229 154 1 Y 1 A TRP 1230 ? A TRP 1230 155 1 Y 1 A VAL 1231 ? A VAL 1231 156 1 Y 1 A LEU 1232 ? A LEU 1232 157 1 Y 1 A LEU 1233 ? A LEU 1233 158 1 Y 1 A SER 1234 ? A SER 1234 159 1 Y 1 A THR 1235 ? A THR 1235 160 1 Y 1 A PHE 1236 ? A PHE 1236 161 1 Y 1 A LEU 1237 ? A LEU 1237 162 1 Y 1 A GLY 1238 ? A GLY 1238 163 1 Y 1 A ARG 1239 ? A ARG 1239 164 1 Y 1 A SER 1240 ? A SER 1240 165 1 Y 1 A LEU 1241 ? A LEU 1241 166 1 Y 1 A GLU 1242 ? A GLU 1242 167 1 Y 1 A VAL 1243 ? A VAL 1243 168 1 Y 1 A LEU 1244 ? A LEU 1244 169 1 Y 1 A PHE 1245 ? A PHE 1245 170 1 Y 1 A GLN 1246 ? A GLN 1246 171 1 Y 1 A GLY 1247 ? A GLY 1247 172 1 Y 1 A PRO 1248 ? A PRO 1248 173 1 Y 1 A GLY 1249 ? A GLY 1249 174 1 Y 1 A HIS 1250 ? A HIS 1250 175 1 Y 1 A HIS 1251 ? A HIS 1251 176 1 Y 1 A HIS 1252 ? A HIS 1252 177 1 Y 1 A HIS 1253 ? A HIS 1253 178 1 Y 1 A HIS 1254 ? A HIS 1254 179 1 Y 1 A HIS 1255 ? A HIS 1255 180 1 Y 1 A HIS 1256 ? A HIS 1256 181 1 Y 1 A HIS 1257 ? A HIS 1257 182 1 Y 1 A SER 1258 ? A SER 1258 183 1 Y 1 A ALA 1259 ? A ALA 1259 184 1 Y 1 A TRP 1260 ? A TRP 1260 185 1 Y 1 A SER 1261 ? A SER 1261 186 1 Y 1 A HIS 1262 ? A HIS 1262 187 1 Y 1 A PRO 1263 ? A PRO 1263 188 1 Y 1 A GLN 1264 ? A GLN 1264 189 1 Y 1 A PHE 1265 ? A PHE 1265 190 1 Y 1 A GLU 1266 ? A GLU 1266 191 1 Y 1 A LYS 1267 ? A LYS 1267 192 1 Y 1 A GLY 1268 ? A GLY 1268 193 1 Y 1 A GLY 1269 ? A GLY 1269 194 1 Y 1 A GLY 1270 ? A GLY 1270 195 1 Y 1 A SER 1271 ? A SER 1271 196 1 Y 1 A GLY 1272 ? A GLY 1272 197 1 Y 1 A GLY 1273 ? A GLY 1273 198 1 Y 1 A GLY 1274 ? A GLY 1274 199 1 Y 1 A GLY 1275 ? A GLY 1275 200 1 Y 1 A SER 1276 ? A SER 1276 201 1 Y 1 A GLY 1277 ? A GLY 1277 202 1 Y 1 A GLY 1278 ? A GLY 1278 203 1 Y 1 A SER 1279 ? A SER 1279 204 1 Y 1 A ALA 1280 ? A ALA 1280 205 1 Y 1 A TRP 1281 ? A TRP 1281 206 1 Y 1 A SER 1282 ? A SER 1282 207 1 Y 1 A HIS 1283 ? A HIS 1283 208 1 Y 1 A PRO 1284 ? A PRO 1284 209 1 Y 1 A GLN 1285 ? A GLN 1285 210 1 Y 1 A PHE 1286 ? A PHE 1286 211 1 Y 1 A GLU 1287 ? A GLU 1287 212 1 Y 1 A LYS 1288 ? 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N N N 399 VAL CA C N S 400 VAL C C N N 401 VAL O O N N 402 VAL CB C N N 403 VAL CG1 C N N 404 VAL CG2 C N N 405 VAL OXT O N N 406 VAL H H N N 407 VAL H2 H N N 408 VAL HA H N N 409 VAL HB H N N 410 VAL HG11 H N N 411 VAL HG12 H N N 412 VAL HG13 H N N 413 VAL HG21 H N N 414 VAL HG22 H N N 415 VAL HG23 H N N 416 VAL HXT H N N 417 # loop_ _chem_comp_bond.comp_id _chem_comp_bond.atom_id_1 _chem_comp_bond.atom_id_2 _chem_comp_bond.value_order _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config _chem_comp_bond.pdbx_ordinal ALA N CA sing N N 1 ALA N H sing N N 2 ALA N H2 sing N N 3 ALA CA C sing N N 4 ALA CA CB sing N N 5 ALA CA HA sing N N 6 ALA C O doub N N 7 ALA C OXT sing N N 8 ALA CB HB1 sing N N 9 ALA CB HB2 sing N N 10 ALA CB HB3 sing N N 11 ALA OXT HXT sing N N 12 ARG N CA sing N N 13 ARG N H sing N N 14 ARG N H2 sing N N 15 ARG CA C sing N N 16 ARG CA CB sing N N 17 ARG CA HA sing N N 18 ARG C O doub N N 19 ARG C OXT sing N N 20 ARG CB CG sing N N 21 ARG CB HB2 sing N N 22 ARG CB HB3 sing N N 23 ARG CG CD sing N N 24 ARG CG HG2 sing N N 25 ARG CG HG3 sing N N 26 ARG CD NE sing N N 27 ARG CD HD2 sing N N 28 ARG CD HD3 sing N N 29 ARG NE CZ sing N N 30 ARG NE HE sing N N 31 ARG CZ NH1 sing N N 32 ARG CZ NH2 doub N N 33 ARG NH1 HH11 sing N N 34 ARG NH1 HH12 sing N N 35 ARG NH2 HH21 sing N N 36 ARG NH2 HH22 sing N N 37 ARG OXT HXT sing N N 38 ASN N CA sing N N 39 ASN N H sing N N 40 ASN N H2 sing N N 41 ASN CA C sing N N 42 ASN CA CB sing N N 43 ASN CA HA sing N N 44 ASN C O doub N N 45 ASN C OXT sing N N 46 ASN CB CG sing N N 47 ASN CB HB2 sing N N 48 ASN CB HB3 sing N N 49 ASN CG OD1 doub N N 50 ASN CG ND2 sing N N 51 ASN ND2 HD21 sing N N 52 ASN ND2 HD22 sing N N 53 ASN OXT HXT sing N N 54 ASP N CA sing N N 55 ASP N H sing N N 56 ASP N H2 sing N N 57 ASP CA C sing N N 58 ASP CA CB sing N N 59 ASP CA HA sing N N 60 ASP C O doub N N 61 ASP C OXT sing N N 62 ASP CB CG sing N N 63 ASP CB HB2 sing N N 64 ASP CB HB3 sing N N 65 ASP CG OD1 doub N N 66 ASP 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Following patch Motion correction, patch CTF estimation, and curation, the number of micrographs was reduced to 9,237. The blob picker with the particle diameter between 128 and 256 angstroms was used for picking up particles. We used the box size of 400 pixels and extracted 1,433,963 particles initially. ; _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1433963 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? cryoSPARC v3.2.0 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? SerialEM 3.8.0 ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? cryoSPARC v3.2.0 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 2021 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? 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