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Uniprot entry A0A415C3Q2, starts after 32 amino-acid signal peptide, sequence conflict Glu/Asp (1165 in this entry, 1197 in Uniprot sequence) is due to a random mutation that occurred during cloning ; 2 non-polymer syn 'SULFATE ION' 96.063 4 ? ? ? ? 3 non-polymer syn GLYCEROL 92.094 8 ? ? ? ? 4 non-polymer syn 'CALCIUM ION' 40.078 6 ? ? ? ? 5 water nat water 18.015 6 ? ? ? ? # _entity_name_com.entity_id 1 _entity_name_com.name 'DUF4982 domain-containing protein' # _entity_poly.entity_id 1 _entity_poly.type 'polypeptide(L)' _entity_poly.nstd_linkage no _entity_poly.nstd_monomer no _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code ;VEDATRSDSTTQMSSTPEVVYSSAVDSKQNRTSDFDANWKFMLSDSVQAQDPAFDDSAWQQVDLPHDYSITQKYSQSNEA ESAYLPGGTGWYRKSFTIDRDLAGKRIAINFDGVYMNATVWFNGVKLGTHPYGYSPFSFDLTGNAKFGGENTIVVKVENR LPSSRWYSGSGIYRDVTLTVTDGVHVGNNGVAIKTPSLATQNGGNVTMNLTTKVANDTKAAANITLKQTVFPKGGKTDAA IGTVTTASKSIAAGASADVTSTITAASPKLWSIKNPNLYTVRTEVLNGGKVLDTYDTEYGFRWTGFDATSGFSLNGEKVK 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F SER 15 F THR 1285 ? ? # loop_ _struct_ncs_ens.id _struct_ncs_ens.details 1 'Local NCS retraints between domains: 1 2' 2 'Local NCS retraints between domains: 3 4' 3 'Local NCS retraints between domains: 5 6' 4 'Local NCS retraints between domains: 7 8' 5 'Local NCS retraints between domains: 9 10' 6 'Local NCS retraints between domains: 11 12' 7 'Local NCS retraints between domains: 13 14' 8 'Local NCS retraints between domains: 15 16' 9 'Local NCS retraints between domains: 17 18' 10 'Local NCS retraints between domains: 19 20' 11 'Local NCS retraints between domains: 21 22' 12 'Local NCS retraints between domains: 23 24' 13 'Local NCS retraints between domains: 25 26' 14 'Local NCS retraints between domains: 27 28' 15 'Local NCS retraints between domains: 29 30' # _struct.entry_id 7NIT _struct.title 'X-ray structure of a multidomain BbgIII from Bifidobacterium bifidum' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7NIT _struct_keywords.text 'Bifidobacterium bifidum, lactose hydrolysis, galactooligosaccharides, transgalactosylation, HYDROLASE' _struct_keywords.pdbx_keywords HYDROLASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? 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UNP A0A415C3Q2 ASP 1197 conflict 1165 4 5 7NIT GLU E 1165 ? UNP A0A415C3Q2 ASP 1197 conflict 1165 5 6 7NIT GLU F 1165 ? UNP A0A415C3Q2 ASP 1197 conflict 1165 6 # loop_ _pdbx_struct_assembly.id _pdbx_struct_assembly.details _pdbx_struct_assembly.method_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 1 author_and_software_defined_assembly PISA monomeric 1 2 author_and_software_defined_assembly PISA monomeric 1 3 author_and_software_defined_assembly PISA monomeric 1 4 author_and_software_defined_assembly PISA monomeric 1 5 author_and_software_defined_assembly PISA monomeric 1 6 author_and_software_defined_assembly PISA monomeric 1 # loop_ _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list 1 1 A,G,H,I,J,Y 2 1 B,K,L,Z 3 1 C,M,N,O,AA 4 1 D,P,Q,R,S,BA 5 1 E,T,U,CA 6 1 F,V,W,X,DA # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation x,y,z _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role metalc1 metalc ? ? A ALA 1070 O ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A ALA 1070 A CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.310 ? ? metalc2 metalc ? ? A ASP 1073 OD1 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A ASP 1073 A CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.329 ? ? metalc3 metalc ? ? A SER 1075 O ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A SER 1075 A CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? ? metalc4 metalc ? ? A THR 1203 O ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A THR 1203 A CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? ? metalc5 metalc ? ? A GLU 1204 OE1 ? ? ? 1_555 J CA . CA ? ? A GLU 1204 A CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? ? metalc6 metalc ? ? J CA . CA ? ? ? 1_555 Y HOH . O ? ? A CA 2304 A HOH 2401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.360 ? ? metalc7 metalc ? ? B ALA 1070 O ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? B ALA 1070 B CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? ? metalc8 metalc ? ? B ASP 1073 OD1 ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? B ASP 1073 B CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.359 ? ? metalc9 metalc ? ? B SER 1075 O ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? B SER 1075 B CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.313 ? ? metalc10 metalc ? ? B THR 1203 O ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? B THR 1203 B CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? ? metalc11 metalc ? ? B GLU 1204 OE1 ? ? ? 1_555 L CA . CA ? ? B GLU 1204 B CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc12 metalc ? ? L CA . CA ? ? ? 1_555 Z HOH . O ? ? B CA 2304 B HOH 2401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? ? metalc13 metalc ? ? C ALA 1070 O ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? C ALA 1070 C CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? ? metalc14 metalc ? ? C ASP 1073 OD1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? C ASP 1073 C CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? ? metalc15 metalc ? ? C SER 1075 O ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? C SER 1075 C CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.319 ? ? metalc16 metalc ? ? C THR 1203 O ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? C THR 1203 C CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? ? metalc17 metalc ? ? C GLU 1204 OE1 ? ? ? 1_555 O CA . CA ? ? C GLU 1204 C CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.335 ? ? metalc18 metalc ? ? O CA . CA ? ? ? 1_555 AA HOH . O ? ? C CA 2304 C HOH 2401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? ? metalc19 metalc ? ? D ALA 1070 O ? ? ? 1_555 S CA . CA ? ? D ALA 1070 D CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.312 ? ? metalc20 metalc ? ? D ASP 1073 OD1 ? ? ? 1_555 S CA . CA ? ? D ASP 1073 D CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.351 ? ? metalc21 metalc ? ? D SER 1075 O ? ? ? 1_555 S CA . CA ? ? D SER 1075 D CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc22 metalc ? ? D THR 1203 O ? ? ? 1_555 S CA . CA ? ? D THR 1203 D CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? ? metalc23 metalc ? ? D GLU 1204 OE1 ? ? ? 1_555 S CA . CA ? ? D GLU 1204 D CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.358 ? ? metalc24 metalc ? ? S CA . CA ? ? ? 1_555 BA HOH . O ? ? D CA 2304 D HOH 2401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.350 ? ? metalc25 metalc ? ? E ALA 1070 O ? ? ? 1_555 U CA . CA ? ? E ALA 1070 E CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? ? metalc26 metalc ? ? E ASP 1073 OD1 ? ? ? 1_555 U CA . CA ? ? E ASP 1073 E CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.342 ? ? metalc27 metalc ? ? E SER 1075 O ? ? ? 1_555 U CA . CA ? ? E SER 1075 E CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.314 ? ? metalc28 metalc ? ? E THR 1203 O ? ? ? 1_555 U CA . CA ? ? E THR 1203 E CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? ? metalc29 metalc ? ? E GLU 1204 OE1 ? ? ? 1_555 U CA . CA ? ? E GLU 1204 E CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? ? metalc30 metalc ? ? U CA . CA ? ? ? 1_555 CA HOH . O ? ? E CA 2304 E HOH 2401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.324 ? ? metalc31 metalc ? ? F ALA 1070 O ? ? ? 1_555 X CA . CA ? ? F ALA 1070 F CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.325 ? ? metalc32 metalc ? ? F ASP 1073 OD1 ? ? ? 1_555 X CA . CA ? ? F ASP 1073 F CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.337 ? ? metalc33 metalc ? ? F SER 1075 O ? ? ? 1_555 X CA . CA ? ? F SER 1075 F CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? ? metalc34 metalc ? ? F THR 1203 O ? ? ? 1_555 X CA . CA ? ? F THR 1203 F CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.349 ? ? metalc35 metalc ? ? F GLU 1204 OE1 ? ? ? 1_555 X CA . CA ? ? F GLU 1204 F CA 2304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.345 ? ? metalc36 metalc ? ? X CA . CA ? ? ? 1_555 DA HOH . O ? ? F CA 2304 F HOH 2401 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _pdbx_struct_conn_angle.id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_atom_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry _pdbx_struct_conn_angle.value _pdbx_struct_conn_angle.value_esd 1 O ? 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parallel P 2 3 ? anti-parallel Q 1 2 ? anti-parallel R 1 2 ? anti-parallel S 1 2 ? anti-parallel S 2 3 ? anti-parallel S 3 4 ? anti-parallel S 4 5 ? anti-parallel T 1 2 ? anti-parallel T 2 3 ? anti-parallel U 1 2 ? anti-parallel U 2 3 ? anti-parallel V 1 2 ? anti-parallel V 2 3 ? anti-parallel W 1 2 ? parallel X 1 2 ? anti-parallel X 2 3 ? anti-parallel X 3 4 ? anti-parallel Y 1 2 ? anti-parallel Y 2 3 ? anti-parallel Y 3 4 ? anti-parallel Z 1 2 ? anti-parallel Z 2 3 ? anti-parallel Z 3 4 ? anti-parallel Z 4 5 ? anti-parallel Z 5 6 ? anti-parallel AA 1 2 ? anti-parallel AA 2 3 ? anti-parallel AB 1 2 ? anti-parallel AC 1 2 ? anti-parallel AD 1 2 ? anti-parallel AD 2 3 ? anti-parallel AD 3 4 ? anti-parallel AE 1 2 ? anti-parallel AF 1 2 ? parallel AF 2 3 ? parallel AF 3 4 ? parallel AF 4 5 ? parallel AF 5 6 ? parallel AG 1 2 ? anti-parallel AG 2 3 ? anti-parallel AH 1 2 ? anti-parallel AH 2 3 ? anti-parallel AH 3 4 ? anti-parallel AI 1 2 ? anti-parallel AJ 1 2 ? anti-parallel AJ 2 3 ? anti-parallel AJ 3 4 ? anti-parallel AK 1 2 ? parallel AK 2 3 ? anti-parallel AK 3 4 ? anti-parallel AK 4 5 ? anti-parallel AL 1 2 ? parallel AL 2 3 ? anti-parallel AM 1 2 ? parallel AM 2 3 ? anti-parallel AN 1 2 ? anti-parallel AO 1 2 ? anti-parallel AP 1 2 ? anti-parallel AP 2 3 ? anti-parallel AP 3 4 ? anti-parallel AP 4 5 ? anti-parallel AQ 1 2 ? anti-parallel AQ 2 3 ? anti-parallel AR 1 2 ? anti-parallel AR 2 3 ? anti-parallel AS 1 2 ? anti-parallel AS 2 3 ? anti-parallel AT 1 2 ? parallel AU 1 2 ? anti-parallel AU 2 3 ? parallel AU 3 4 ? anti-parallel AV 1 2 ? anti-parallel AV 2 3 ? anti-parallel AV 3 4 ? anti-parallel AW 1 2 ? anti-parallel AW 2 3 ? anti-parallel AW 3 4 ? anti-parallel AX 1 2 ? anti-parallel AX 2 3 ? anti-parallel AX 3 4 ? anti-parallel AX 4 5 ? anti-parallel AX 5 6 ? anti-parallel AY 1 2 ? anti-parallel AY 2 3 ? anti-parallel AZ 1 2 ? anti-parallel BA 1 2 ? anti-parallel BB 1 2 ? anti-parallel BB 2 3 ? anti-parallel BB 3 4 ? anti-parallel BC 1 2 ? anti-parallel BD 1 2 ? parallel BD 2 3 ? parallel BD 3 4 ? parallel BD 4 5 ? parallel BD 5 6 ? parallel BE 1 2 ? anti-parallel BE 2 3 ? anti-parallel BF 1 2 ? anti-parallel BF 2 3 ? anti-parallel BF 3 4 ? anti-parallel BG 1 2 ? anti-parallel BH 1 2 ? anti-parallel BH 2 3 ? anti-parallel BH 3 4 ? anti-parallel BI 1 2 ? parallel BI 2 3 ? anti-parallel BI 3 4 ? anti-parallel BI 4 5 ? anti-parallel BJ 1 2 ? parallel BJ 2 3 ? anti-parallel BK 1 2 ? anti-parallel BL 1 2 ? anti-parallel BM 1 2 ? anti-parallel BM 2 3 ? anti-parallel BM 3 4 ? anti-parallel BM 4 5 ? anti-parallel BN 1 2 ? anti-parallel BN 2 3 ? anti-parallel BO 1 2 ? anti-parallel BO 2 3 ? anti-parallel BP 1 2 ? anti-parallel BP 2 3 ? anti-parallel BQ 1 2 ? parallel BR 1 2 ? anti-parallel BR 2 3 ? parallel BR 3 4 ? anti-parallel BS 1 2 ? anti-parallel BS 2 3 ? anti-parallel BS 3 4 ? anti-parallel BT 1 2 ? anti-parallel BT 2 3 ? anti-parallel BT 3 4 ? anti-parallel BU 1 2 ? anti-parallel BU 2 3 ? anti-parallel BU 3 4 ? anti-parallel BU 4 5 ? anti-parallel BU 5 6 ? anti-parallel BV 1 2 ? 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_pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest N # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 A VAL 1 ? 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