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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP VID28_YEAST P40547 ? 1 ;MTVAYSLENLKKISNSLVGDQLAKVDYFLAPKCQIFQCLLSIEQSDGVELKNAKLDLLYTLLHLEPQQRDIVGTYYFDIV SAIYKSMSLASSFTKNNSSTNYKYIKLLNLCAGVYPNCGFPDLQYLQNGFIQLVNHKFLRSKCKIDEVVTIIELLKLFLL VDEKNCSDFNKSKFMEEEREVTETSHYQDFKMAESLEHIIVKISSKYLDQISLKYIVRLKVSRPASPSSVKNDPFDNKGV DCTRAIPKKINISNMYDSSLLSLALLLYLRYHYMIPGDRKLRNDATFKMFVLGLLKSNDVNIRCVALKFLLQPYFTEDKK WEDTRTLEKILPYLVKSFNYDPLPWWFDPFDMLDSLIVLYNEITPMNNPVLTTLAHTNVIFCILSRFAQCLSLPQHNEAT LKTTTKFIKICASFAASDEKYRLLLLNDTLLLNHLEYGLESHITLIQDFISLKDEIKETTTESHSMCLPPIYDHDFVAAW LLLLKSFSRSVSALRTTLKRNKIAQLLLQILSKTYTLTKECYFAGQDFMKPEIMIMGITLGSICNFVVEFSNLQSFMLRN GIIDIIEKMLTDPLFNSKKAWDDNEDERRIALQGIPVHEVKANSLWVLRHLMYNCQNEEKFQLLAKIPMNLILDFINDPC WAVQAQCFQLLRNLTCNSRKIVNILLEKFKDVEYKIDPQTGNKISIGSTYLFEFLAKKMRLLNPLDTQQKKAMEGILYII VNLAAVNENKKQLVIEQDEILNIMSEILVETTTDSSSNGNDSNLKLACLWVLNNLLWNSSVSHYTQYAIENGLEPGHSPS DSENPQSTVTIGYNESVAGGYSRGKYYDEPDGDDSSSNANDDEDDDNDEGDDEGDEFVRTPAAKGSTSNVQVTRATVERC RKLVEVGLYDLVRKNITDESLSVREKARTLLYHMDLLLKVK ; 1 2 UNP GID8_YEAST P40208 ? 2 ;MTISTLSNETTKSGSCSGQGKNGGKDFTYGKKCFTKEEWKEQVAKYSAMGELYANKTIHYPLKIQPNSSGGSQDEGFATI QTTPIEPTLPRLLLNYFVSMAYEDSSIRMAKELGFIRNNKDIAVFNDLYKIKERFHIKHLIKLGRINEAMEEINSIFGLE VLEETFNATGSYTGRTDRQQQQQQQQFDIDGDLHFKLLLLNLIEMIRSHHQQENITKDSNDFILNLIQYSQNKLAIKASS SVKKMQELELAMTLLLFPLSDSADSGSIKLPKSLQNLYSISLRSKIADLVNEKLLKFIHPRIQFEISNNNSKFPDLLNSD KKIITQNFTVYNNNLVNGSNGTKITHISSDQPINEKMSSNEVTAAANSVWLNQRDGNVGTGSAATTFHNLENKNYWNQTS ELLSSSNGKEKGLEFNNYYSSEFPYEPRLTQIMKLWCWCENQLHHNQIGVPRVEN ; 1 3 UNP A0A6L0ZCH7_YEASX A0A6L0ZCH7 ? 3 ;MSEYMDDVDREFINCLFPSYLLQQPVAYDLWILYLQHRKLFHKLKNTNLINADENPTGVGMGRTKLTALTRKEIWSKLMN LGVLGTISFEAVNDDYLIQVYKYFYPDVNDFTLRFGVKDSNKNSVRVMKASSDMRKNAQELLEPVLSEREMALNSNTSLE NDRNDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDDESDLESLEGEVDTDTDDNNEGDGSDNHEEGGEEGSRGADADVSSAQQRAERVADP WIYQRSRSAINIETESRNLWDTSDKNSGLQYYPPDQSPSSSFSSPRVSSGNDKNDNEATNVLSNSGSKKKNSMIPDIYKI LGYFLPSRWQAQPNNSLQLSQDGITHLQPNPDYHSYMTYERSSASSASTRNRLRTSFENSGKVDFAVTWANKSLPDNKLT IFYYEIKVLSVTSTESAENSNIVIGYKLVENELMEATTKKSVSRSSVAGSSSSLGGSNNMSSNRVPSTSFTMEGTQRRDY IYEGGVSAMSLNVDGSINKCQKYGFDLNVFGYCGFDGLITNSTEQSKEYAKPFGRDDVIGCGINFIDGSIFFTKNGIHLG NAFTDLNDLEFVPYVALRPGNSIKTNFGLNEDFVFDIIGYQDKWKSLAYEHICRGRQMDVSIEEFDSDESEEDETENGPE ENKSTNVNEDLMDIDQEDGAAGNKDTKKLNDEKDNNLKFLLGEDNRFIDGKLVRPDVNNINNLSVDDGSLPNTLNVMIND YLIHEGLVDVAKGFLKDLQKDAVNVNGQHSESKDVIRHNERQIMKEERMVKIRQELRYLINKGQISKCINYIDNEIPDLL KNNLELVFELKLANYLVMIKKSSSKDDDEIENLILKGQELSNEFIYDTKIPQSLRDRFSGQLSNVSALLAYSNPLVEAPK EISGYLSDEYLQERLFQVSNNTILTFLHKDSECALENVISNTRAMLSTLLEYNAFGSTNSSDPRYYKAINFDEDVLNL ; 1 4 UNP A0A6A5PZU1_YEASX A0A6A5PZU1 ? 4 ;MAEKSIFNEPDVDFHLKLNQQLFHIPYELLSKRIKHTQAVINKETKSLHEHTAALNQIFEHNDVEHDELALAKITEMIRK VDHIERFLNTQIKSYCQILNRIKKRLEFFHELKDIKSQNSGTSHNGNNEGTRTKLIQWYQSYTNILIGDYLTRNNPIKYN SETKDHWNSGVVFLKQSQLDDLIDYDVLLEANRISTSLLHERNLLPLISWINENKKTLTKKSSILEFQARLQEYIELLKV DNYTDAIVCFQRFLLPFVKSNFTDLKLASGLLIFIKYCNDQKPTSSTSSGFDTEEIKSQSLPMKKDRIFQHFFHKSLPRI TSKPAVNTTDYDKSSLINLQSGDFERYLNLLDDQRWSVLNDLFLSDFYSMYGISQNDPLLIYLSLGISSLKTRDCLHPSD DENGNQETETATTAEKEVEDLQLFTLHSLKRKNCPVCSETFKPITQALPFAHHIQSQLFENPILLPNGNVYDSKKLKKLA KTLKKQNLISLNPGQIMDPVDMKIFCESDSIKMYPT ; 1 5 UNP A0A6A5Q1W0_YEASX A0A6A5Q1W0 ? 5 ;MINNPKVDSVAEKPKAVTSKQSEQAASPEPTPAPPVSRNQYPITFNLTSTAPFHLHDRHRYLQEQDLYKCASRDSLSSLQ QLAHTPNGSTRKKYIVEDQSPYSSENPVIVTSSYNHTVCTNYLRPRMQFTGYQISGYKRYQVTVNLKTVDLPKKDCTSLS PHLSGFLSIRGLTNQHPEISTYFEAYAVNHKELGFLSSSWKDEPVLNEFKATDQTDLEHWINFPSFRQLFLMSQKNGLNS TDDNGTTNAAKKLPPQQLPTTPSADAGNISRIFSQEKQFDNYLNERFIFMKWKEKFLVPDALLMEGVDGASYDGFYYIVH DQVTGNIQGFYYHQDAEKFQQLELVPSLKNKVESSDCSFEFA ; 1 6 UNP A0A6A5PV82_YEASX A0A6A5PV82 ? 6 ;MPTLVNGPRRDSTEGFDTDIITLPRFIIEHQKQFKNATGDFTLVLNALQFAFKFVSHTIRRAELVNLVGLAGASNFTGDQ QKKLDVLGDEIFINAMRASGIIKVLVSEEQEDLIVFPTNTGSYAVCCDPIDGSSNLDAGVSVGTIASIFRLLPDSSGTIN DVLRCGKEMVAACYAMYGSSTHLVLTLGDGVDGFTLDTNLGEFILTHPNLRIPPQKAIYSINEGNTLYWNETIRTFIEKV KQPQADNNNKPFSARYVGSMVADVHRTFLYGGLFAYPCDKKSPNGKLRLLYEAFPMAFLMEQAGGKAVNDRGERILDLVP SHIHDKSSIWLGSSGEIDKFLDHIGKSQ ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7NS3 5 1 ? 921 ? 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'expression tag' 493 38 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7NS3 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7NS3 _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 14745 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.562 ? 20004 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 18.759 ? 1958 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.042 ? 2331 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 2500 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7NS3 _struct.title 'Substrate receptor scaffolding module of yeast Chelator-GID SR4 E3 ubiquitin ligase bound to Fbp1 substrate' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7NS3 _struct_keywords.text 'GID, CTLH, ubiquitin, E3 ligase, supramolecular assembly, metabolism, gluconeogenesis, cryoEM, LIGASE' _struct_keywords.pdbx_keywords LIGASE # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? 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