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'Takagi, J.' 5 0000-0002-1219-475X 'Biertumpfel, C.' 6 0000-0002-7528-6547 'Mizuno, N.' 7 0000-0002-5017-0177 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Sci Adv' _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 2375-2548 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 7 _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Structural insights into integrin alpha 5 beta 1 opening by fibronectin ligand.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1126/sciadv.abe9716 _citation.pdbx_database_id_PubMed 33962943 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Schumacher, S.' 1 0000-0002-4113-1723 primary 'Dedden, D.' 2 ? primary 'Nunez, R.V.' 3 ? primary 'Matoba, K.' 4 0000-0001-7434-172X primary 'Takagi, J.' 5 0000-0002-1219-475X primary 'Biertumpfel, C.' 6 0000-0002-7528-6547 primary 'Mizuno, N.' 7 0000-0002-1594-2821 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7NWL _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7NWL _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat 'Integrin alpha-5' 110111.555 1 ? ? ? ? 2 polymer nat 'Integrin beta-1' 86338.594 1 ? ? ? 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'Escherichia coli BL21(DE3)' 469008 ? ? ? ? ? ? ? gold ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _entity_src_nat.entity_id _entity_src_nat.pdbx_src_id _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num _entity_src_nat.common_name _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id _entity_src_nat.genus _entity_src_nat.species _entity_src_nat.strain _entity_src_nat.tissue _entity_src_nat.tissue_fraction _entity_src_nat.pdbx_secretion _entity_src_nat.pdbx_fragment _entity_src_nat.pdbx_variant _entity_src_nat.pdbx_cell_line _entity_src_nat.pdbx_atcc _entity_src_nat.pdbx_cellular_location _entity_src_nat.pdbx_organ _entity_src_nat.pdbx_organelle _entity_src_nat.pdbx_cell _entity_src_nat.pdbx_plasmid_name _entity_src_nat.pdbx_plasmid_details _entity_src_nat.details 1 1 sample 1 1008 Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? placenta ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 2 1 sample 1 778 Human 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? placenta ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP ITA5_HUMAN P08648 ? 1 ;FNLDAEAPAVLSGPPGSFFGFSVEFYRPGTDGVSVLVGAPKANTSQPGVLQGGAVYLCPWGASPTQCTPIEFDSKGSRLL ESSLSSSEGEEPVEYKSLQWFGATVRAHGSSILACAPLYSWRTEKEPLSDPVGTCYLSTDNFTRILEYAPCRSDFSWAAG QGYCQGGFSAEFTKTGRVVLGGPGSYFWQGQILSATQEQIAESYYPEYLINLVQGQLQTRQASSIYDDSYLGYSVAVGEF SGDDTEDFVAGVPKGNLTYGYVTILNGSDIRSLYNFSGEQMASYFGYAVAATDVNGDGLDDLLVGAPLLMDRTPDGRPQE VGRVYVYLQHPAGIEPTPTLTLTGHDEFGRFGSSLTPLGDLDQDGYNDVAIGAPFGGETQQGVVFVFPGGPGGLGSKPSQ VLQPLWAASHTPDFFGSALRGGRDLDGNGYPDLIVGSFGVDKAVVYRGRPIVSASASLTIFPAMFNPEERSCSLEGNPVA CINLSFCLNASGKHVADSIGFTVELQLDWQKQKGGVRRALFLASRQATLTQTLLIQNGAREDCREMKIYLRNESEFRDKL SPIHIALNFSLDPQAPVDSHGLRPALHYQSKSRIEDKAQILLDCGEDNICVPDLQLEVFGEQNHVYLGDKNALNLTFHAQ NVGEGGAYEAELRVTAPPEAEYSGLVRHPGNFSSLSCDYFAVNQSRLLVCDLGNPMKAGASLWGGLRFTVPHLRDTKKTI QFDFQILSKNLNNSQSDVVSFRLSVEAQAQVTLNGVSKPEAVLFPVSDWHPRDQPQKEEDLGPAVHHVYELINQGPSSIS QGVLELSCPQALEGQQLLYVTRVTGLNCTTNHPINPKGLELDPEGSLHHQQKREAPSRSSASSGPQILKCPEAECFRLRC ELGPLHQQESQSLQLHFRVWAKTFLQREHQPFSLQCEAVYKALKMPYRILPRQLPQKERQVATAVQWTKAEGSYGVPLWI IILAILFGLLLLGLLIYILYKLGFFKRSLPYGTAMEKAQLKPPATSDA ; 42 2 UNP ITB1_HUMAN P05556 ? 2 ;QTDENRCLKANAKSCGECIQAGPNCGWCTNSTFLQEGMPTSARCDDLEALKKKGCPPDDIENPRGSKDIKKNKNVTNRSK GTAEKLKPEDITQIQPQQLVLRLRSGEPQTFTLKFKRAEDYPIDLYYLMDLSYSMKDDLENVKSLGTDLMNEMRRITSDF RIGFGSFVEKTVMPYISTTPAKLRNPCTSEQNCTSPFSYKNVLSLTNKGEVFNELVGKQRISGNLDSPEGGFDAIMQVAV CGSLIGWRNVTRLLVFSTDAGFHFAGDGKLGGIVLPNDGQCHLENNMYTMSHYYDYPSIAHLVQKLSENNIQTIFAVTEE FQPVYKELKNLIPKSAVGTLSANSSNVIQLIIDAYNSLSSEVILENGKLSEGVTISYKSYCKNGVNGTGENGRKCSNISI GDEVQFEISITSNKCPKKDSDSFKIRPLGFTEEVEVILQYICECECQSEGIPESPKCHEGNGTFECGACRCNEGRVGRHC ECSTDEVNSEDMDAYCRKENSSEICSNNGECVCGQCVCRKRDNTNEIYSGKFCECDNFNCDRSNGLICGGNGVCKCRVCE CNPNYTGSACDCSLDTSTCEASNGQICNGRGICECGVCKCTDPKFQGQTCEMCQTCLGVCAEHKECVQCRAFNKGEKKDT CTQECSYFNITKVESRDKLPQPVQPDPVSHCKEKDVDDCWFYFTYSVNGNNEVMVHVVENPECPTGPDIIPIVAGVVAGI VLIGLALLLIWKLLMIIHDRREFAKFEKEKMNAKWDTGENPIYKSAVTTVVNPKYEGK ; 21 3 UNP FINC_HUMAN P02751 P02751-1 3 ;PLSPPTNLHLEANPDTGVLTVSWERSTTPDITGYRITTTPTNGQQGNSLEEVVHADQSSCTFDNLSPGLEYNVSVYTVKD DKESVPISDTIIPAVPPPTDLRFTNIGPDTMRVTWAPPPSIDLTNFLVRYSPVKNEEDVAELSISPSDNAVVLTNLLPGT EYVVSVSSVYEQHESTPLRGRQKTGLDSPTGIDFSDITANSFTVHWIAPRATITGYRIRHHPEHFSGRPREDRVPHSRNS ITLTNLTPGTEYVVSIVALNGREESPLLIGQQSTVSDVPRDLEVVAATPTSLLISWDAPAVTVRYYRITYGETGGNSPVQ EFTVPGSKSTATISGLKPGVDYTITVYAVTGRGDSPASSKPISINYRT ; 1173 4 PDB 7NWL 7NWL ? 4 ? 1 5 PDB 7NWL 7NWL ? 5 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7NWL A 1 ? 1008 ? P08648 42 ? 1049 ? 1 1008 2 2 7NWL B 1 ? 778 ? P05556 21 ? 798 ? 1 778 3 3 7NWL C 1 ? 368 ? P02751 1173 ? 1540 ? 1142 1509 4 4 7NWL D 1 ? 172 ? 7NWL 0 ? 164 ? 0 164 5 5 7NWL E 1 ? 164 ? 7NWL -3 ? 159 ? -3 159 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 2 7NWL HIS B 92 ? UNP P05556 THR 112 conflict 92 1 2 7NWL THR B 195 ? UNP P05556 SER 215 conflict 195 2 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MN non-polymer . 'MANGANESE (II) ION' ? 'Mn 2' 54.938 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7NWL _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean 113.02 _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 7NWL _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method NONE _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.013 ? 14199 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 1.449 ? 19297 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 18.509 ? 5326 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.108 ? 2241 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.020 ? 2476 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7NWL _struct.title 'Cryo-EM structure of human integrin alpha5beta1 (open form) in complex with fibronectin and TS2/16 Fv-clasp' _struct.pdbx_descriptor 'Integrin alpha-5, Integrin beta-1, Isoform 1 of Fibronectin, TS2/16 VH(S112C)-SARAH Chimera, TS2/16 VL-SARAH(S37C) Chimera' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7NWL _struct_keywords.text 'integrin, fibronectin, TS2/16, cell adhesion, plasma membrane protein, a5b1, alpha5beta1, focal adhesion, open conformation' _struct_keywords.pdbx_keywords 'CELL ADHESION' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 6 ? H N N 7 ? I N N 8 ? J N N 9 ? K N N 6 ? L N N 7 ? 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SER A 223 ASP A 227 5 ? 5 HELX_P HELX_P5 AA5 LYS A 254 ? TYR A 259 ? LYS A 254 TYR A 259 1 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 CYS B 7 ? ASN B 11 ? CYS B 7 ASN B 11 5 ? 5 HELX_P HELX_P7 AA7 SER B 14 ? GLY B 22 ? SER B 14 GLY B 22 1 ? 9 HELX_P HELX_P8 AA8 ASP B 46 ? LYS B 53 ? ASP B 46 LYS B 53 1 ? 8 HELX_P HELX_P9 AA9 LYS B 80 ? GLU B 84 ? LYS B 80 GLU B 84 5 ? 5 HELX_P HELX_P10 AB1 SER B 132 ? LYS B 136 ? SER B 132 LYS B 136 5 ? 5 HELX_P HELX_P11 AB2 ASP B 138 ? THR B 157 ? ASP B 138 THR B 157 1 ? 20 HELX_P HELX_P12 AB3 THR B 179 ? ASN B 185 ? THR B 179 ASN B 185 1 ? 7 HELX_P HELX_P13 AB4 LYS B 208 ? LYS B 218 ? LYS B 208 LYS B 218 1 ? 11 HELX_P HELX_P14 AB5 GLY B 230 ? CYS B 241 ? GLY B 230 CYS B 241 1 ? 12 HELX_P HELX_P15 AB6 CYS B 241 ? GLY B 246 ? CYS B 241 GLY B 246 1 ? 6 HELX_P HELX_P16 AB7 SER B 298 ? ASN B 310 ? SER B 298 ASN B 310 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 PHE B 321 ? ILE B 332 ? PHE B 321 ILE B 332 1 ? 12 HELX_P HELX_P18 AB9 SER B 344 ? SER B 357 ? SER B 344 SER B 357 1 ? 14 HELX_P HELX_P19 AC1 CYS B 381 ? VAL B 385 ? CYS B 381 VAL B 385 5 ? 5 HELX_P HELX_P20 AC2 ASN C 42 ? GLN C 44 ? ASN C 1183 GLN C 1185 5 ? 3 HELX_P HELX_P21 AC3 LYS D 88 ? THR D 92 ? LYS D 83 THR D 87 5 ? 5 HELX_P HELX_P22 AC4 GLY D 122 ? TRP D 131 ? GLY D 114 TRP D 123 1 ? 10 HELX_P HELX_P23 AC5 THR D 132 ? LYS D 172 ? THR D 124 LYS D 164 1 ? 41 HELX_P HELX_P24 AC6 ASP E 116 ? LYS E 121 ? ASP E 111 LYS E 116 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 AC7 THR E 124 ? LYS E 164 ? THR E 119 LYS E 159 1 ? 41 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 58 SG ? ? ? 1_555 A CYS 67 SG ? ? A CYS 58 A CYS 67 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf2 disulf ? ? A CYS 115 SG ? ? ? 1_555 A CYS 135 SG ? ? A CYS 115 A CYS 135 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf3 disulf ? ? A CYS 151 SG ? ? ? 1_555 A CYS 164 SG ? ? A CYS 151 A CYS 164 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf4 disulf ? ? A CYS 472 SG ? ? ? 1_555 A CYS 481 SG ? ? A CYS 472 A CYS 481 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.827 ? ? disulf5 disulf ? ? A CYS 487 SG ? ? ? 1_555 A CYS 543 SG ? ? A CYS 487 A CYS 543 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf6 disulf ? ? B CYS 7 SG ? ? ? 1_555 B CYS 25 SG ? ? B CYS 7 B CYS 25 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.046 ? ? disulf7 disulf ? ? B CYS 15 SG ? ? ? 1_555 B CYS 444 SG ? ? B CYS 15 B CYS 444 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf8 disulf ? ? B CYS 18 SG ? ? ? 1_555 B CYS 44 SG ? ? B CYS 18 B CYS 44 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf9 disulf ? ? B CYS 28 SG ? ? ? 1_555 B CYS 55 SG ? ? B CYS 28 B CYS 55 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.249 ? ? disulf10 disulf ? ? B CYS 187 SG ? ? ? 1_555 B CYS 193 SG ? ? B CYS 187 B CYS 193 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf11 disulf ? ? B CYS 241 SG ? ? ? 1_555 B CYS 281 SG ? ? B CYS 241 B CYS 281 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf12 disulf ? ? B CYS 381 SG ? ? ? 1_555 B CYS 395 SG ? ? B CYS 381 B CYS 395 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf13 disulf ? ? B CYS 415 SG ? ? ? 1_555 B CYS 442 SG ? ? B CYS 415 B CYS 442 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.028 ? ? disulf14 disulf ? ? D CYS 23 SG ? ? ? 1_555 D CYS 97 SG ? ? D CYS 22 D CYS 92 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf15 disulf ? ? E CYS 27 SG ? ? ? 1_555 E CYS 93 SG ? ? E CYS 23 E CYS 88 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? covale1 covale one ? A ASN 43 ND2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? A ASN 43 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 141 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 141 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 256 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 256 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 266 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 266 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 275 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? A ASN 275 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 568 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? A ASN 568 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.489 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? B ASN 249 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? B ASN 249 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? B ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? B ASN 343 M NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? B ASN 386 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? B ASN 386 N NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? B ASN 397 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? B ASN 397 O NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale11 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale12 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale13 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale14 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? G NAG 2 G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale15 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale16 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale17 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I BMA . C1 ? ? I NAG 2 I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale18 covale both ? I BMA . O3 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale19 covale both ? I BMA . O6 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale20 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale21 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale22 covale both ? J BMA . O6 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.460 ? ? covale23 covale both ? J BMA . O3 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale24 covale both ? J MAN . O2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J MAN 4 J NAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale25 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale26 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale27 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale28 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale29 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? M NAG 2 M BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale30 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale31 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? N NAG 2 N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale32 covale both ? N BMA . O6 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? N BMA 3 N MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale33 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? ? metalc1 metalc ? ? A GLU 239 OE2 ? ? ? 1_555 P MN . MN ? ? A GLU 239 A MN 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.728 ? ? metalc2 metalc ? ? A SER 241 OG ? ? ? 1_555 P MN . MN ? ? A SER 241 A MN 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.975 ? ? metalc3 metalc ? ? A ASP 243 OD1 ? ? ? 1_555 P MN . MN ? ? A ASP 243 A MN 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.709 ? ? metalc4 metalc ? ? A THR 245 O ? ? ? 1_555 P MN . MN ? ? A THR 245 A MN 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.979 ? ? metalc5 metalc ? ? A ASP 247 OD2 ? ? ? 1_555 P MN . MN ? ? A ASP 247 A MN 1101 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.843 ? ? metalc6 metalc ? ? A ASP 293 OD1 ? ? ? 1_555 Q MN . MN ? ? A ASP 293 A MN 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.652 ? ? metalc7 metalc ? ? A ASN 295 OD1 ? ? ? 1_555 Q MN . MN ? ? A ASN 295 A MN 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.111 ? ? metalc8 metalc ? ? A ASP 297 OD1 ? ? ? 1_555 Q MN . MN ? ? A ASP 297 A MN 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.198 ? ? metalc9 metalc ? ? A ASP 297 OD2 ? ? ? 1_555 Q MN . MN ? ? A ASP 297 A MN 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.541 ? ? metalc10 metalc ? ? A LEU 299 O ? ? ? 1_555 Q MN . MN ? ? A LEU 299 A MN 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.758 ? ? metalc11 metalc ? ? A ASP 301 OD1 ? ? ? 1_555 Q MN . MN ? ? A ASP 301 A MN 1102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.753 ? ? metalc12 metalc ? ? A ASP 362 OD1 ? ? ? 1_555 R MN . MN ? ? A ASP 362 A MN 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.455 ? ? metalc13 metalc ? ? A ASP 364 OD1 ? ? ? 1_555 R MN . MN ? ? A ASP 364 A MN 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.256 ? ? metalc14 metalc ? ? A TYR 366 O ? ? ? 1_555 R MN . MN ? ? A TYR 366 A MN 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.007 ? ? metalc15 metalc ? ? A ASP 368 OD1 ? ? ? 1_555 R MN . MN ? ? A ASP 368 A MN 1103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.486 ? ? metalc16 metalc ? ? A ASP 426 OD1 ? ? ? 1_555 S MN . MN ? ? A ASP 426 A MN 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.977 ? ? metalc17 metalc ? ? A ASN 428 OD1 ? ? ? 1_555 S MN . MN ? ? A ASN 428 A MN 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.930 ? ? metalc18 metalc ? ? A TYR 430 O ? ? ? 1_555 S MN . MN ? ? A TYR 430 A MN 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.812 ? ? metalc19 metalc ? ? A ASP 432 OD1 ? ? ? 1_555 S MN . MN ? ? A ASP 432 A MN 1104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.675 ? ? metalc20 metalc ? ? B SER 132 OG ? ? ? 1_555 T MN . MN ? ? B SER 132 B MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.296 ? ? metalc21 metalc ? ? B SER 134 OG ? ? ? 1_555 T MN . MN ? ? B SER 134 B MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? ? metalc22 metalc ? ? B SER 134 O ? ? ? 1_555 U MN . MN ? ? B SER 134 B MN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.376 ? ? metalc23 metalc ? ? B ASP 137 OD1 ? ? ? 1_555 U MN . MN ? ? B ASP 137 B MN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.773 ? ? metalc24 metalc ? ? B ASP 138 OD2 ? ? ? 1_555 U MN . MN ? ? B ASP 138 B MN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.707 ? ? metalc25 metalc ? ? B ASN 224 OD1 ? ? ? 1_555 V MN . MN ? ? B ASN 224 B MN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.790 ? ? metalc26 metalc ? ? B ASP 226 OD1 ? ? ? 1_555 V MN . MN ? ? B ASP 226 B MN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.955 ? ? metalc27 metalc ? ? B PRO 228 O ? ? ? 1_555 V MN . MN ? ? B PRO 228 B MN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.056 ? ? metalc28 metalc ? ? B GLU 229 OE1 ? ? ? 1_555 T MN . MN ? ? B GLU 229 B MN 801 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.006 ? ? metalc29 metalc ? ? B GLU 229 OE2 ? ? ? 1_555 V MN . MN ? ? B GLU 229 B MN 803 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.500 ? ? metalc30 metalc ? ? B ASP 259 OD2 ? ? ? 1_555 U MN . MN ? ? B ASP 259 B MN 802 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.341 ? ? metalc31 metalc ? ? T MN . MN ? ? ? 1_555 C ASP 354 OD1 ? ? B MN 801 C ASP 1495 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.499 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? metalc ? ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id ILE _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 99 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id E _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id ILE _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 94 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id E _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 100 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 E _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 95 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 E _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 14.23 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? 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AD6 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? parallel AB2 1 2 ? parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? anti-parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB4 1 2 ? parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? parallel AB6 3 4 ? parallel AB6 4 5 ? parallel AB6 5 6 ? parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB8 1 2 ? anti-parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB9 1 2 ? anti-parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? anti-parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC3 1 2 ? anti-parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel AC4 1 2 ? anti-parallel AC4 2 3 ? anti-parallel AC4 3 4 ? anti-parallel AC5 1 2 ? anti-parallel AC5 2 3 ? anti-parallel AC6 1 2 ? anti-parallel AC6 2 3 ? anti-parallel AC6 3 4 ? anti-parallel AC7 1 2 ? anti-parallel AC7 2 3 ? anti-parallel AC7 3 4 ? anti-parallel AC8 1 2 ? anti-parallel AC8 2 3 ? anti-parallel AC9 1 2 ? anti-parallel AC9 2 3 ? anti-parallel AC9 3 4 ? anti-parallel AD1 1 2 ? anti-parallel AD1 2 3 ? anti-parallel AD1 3 4 ? anti-parallel AD2 1 2 ? anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD2 3 4 ? anti-parallel AD2 4 5 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD3 4 5 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD5 4 5 ? anti-parallel AD5 5 6 ? anti-parallel AD6 1 2 ? parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ALA A 9 ? 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N ALA A 9 O VAL A 445 ? O VAL A 445 AA1 2 3 O VAL A 444 ? O VAL A 444 N VAL A 435 ? N VAL A 435 AA1 3 4 O ILE A 434 ? O ILE A 434 N ARG A 420 ? N ARG A 420 AA2 1 2 N GLU A 24 ? N GLU A 24 O LEU A 36 ? O LEU A 36 AA2 2 3 N VAL A 37 ? N VAL A 37 O TYR A 56 ? O TYR A 56 AA2 3 4 N VAL A 55 ? N VAL A 55 O ILE A 70 ? O ILE A 70 AA3 1 2 N ARG A 106 ? N ARG A 106 O LEU A 113 ? O LEU A 113 AA3 2 3 N ILE A 112 ? N ILE A 112 O SER A 138 ? O SER A 138 AA3 3 4 N LEU A 137 ? N LEU A 137 O LEU A 146 ? O LEU A 146 AA4 1 2 N TRP A 121 ? N TRP A 121 O ASP A 130 ? O ASP A 130 AA5 1 2 N GLU A 171 ? N GLU A 171 O VAL A 179 ? O VAL A 179 AA5 2 3 N LEU A 180 ? N LEU A 180 O LEU A 193 ? O LEU A 193 AA5 3 4 N SER A 194 ? N SER A 194 O LEU A 217 ? O LEU A 217 AA6 1 2 N ALA A 236 ? N ALA A 236 O VAL A 249 ? O VAL A 249 AA6 2 3 N PHE A 248 ? N PHE A 248 O LEU A 265 ? O LEU A 265 AA6 3 4 N ILE A 264 ? N ILE A 264 O LEU A 273 ? O LEU A 273 AA7 1 2 N THR A 292 ? N THR A 292 O ASP A 301 ? 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SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? RELION 3.0 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION 3.0 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? Coot ? ? 1 ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX '1.17.1 Release 3660' ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.15 _em_specimen.details ;Integrin a5b1 was assembled into MSPE3D1 nanodiscs containing lipids Folch fraction I lipids from bovine brain at a ratio of 1:29:3460, respectively. The assembly mix was incubated with SM-2 BioBeads to remove DDM detergent from solubilized lipids and then purified by size-exclusion chromatography using a Superose 6 3.2/300 column and mixed with FN7-10 and TS/2/16 at stoichiometric ratios. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Max Planck Society' Germany ? 1 'Other private' Germany 'Boehringer Ingelheim Foundation Plus 3 Program' 2 'European Research Council (ERC)' 'European Union' 'ERC-CoG 724209' 3 'European Molecular Biology Organization (EMBO)' 'European Union' 'Young Investigator Program' 4 'National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)' 'United States' ? 5 'National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)' 'United States' ? 6 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero F 6 NAG 1 F NAG 1 A NAG 711 n F 6 NAG 2 F NAG 2 A NAG 712 n F 6 BMA 3 F BMA 3 A BMA 713 n G 6 NAG 1 G NAG 1 A NAG 721 n G 6 NAG 2 G NAG 2 A NAG 722 n G 6 BMA 3 G BMA 3 A BMA 723 n H 7 NAG 1 H NAG 1 A NAG 731 n H 7 NAG 2 H NAG 2 A NAG 732 n I 8 NAG 1 I NAG 1 A NAG 741 n I 8 NAG 2 I NAG 2 A NAG 742 n I 8 BMA 3 I BMA 3 A BMA 743 n I 8 MAN 4 I MAN 4 A MAN 744 n I 8 MAN 5 I MAN 5 A MAN 745 n J 9 NAG 1 J NAG 1 A NAG 751 n J 9 NAG 2 J NAG 2 A NAG 752 n J 9 BMA 3 J BMA 3 A BMA 753 n J 9 MAN 4 J MAN 4 A MAN 755 n J 9 NAG 5 J NAG 5 A NAG 756 n J 9 MAN 6 J MAN 6 A MAN 754 n K 6 NAG 1 K NAG 1 A NAG 761 n K 6 NAG 2 K NAG 2 A NAG 762 n K 6 BMA 3 K BMA 3 A BMA 763 n L 7 NAG 1 L NAG 1 B NAG 711 n L 7 NAG 2 L NAG 2 B NAG 712 n M 6 NAG 1 M NAG 1 B NAG 721 n M 6 NAG 2 M NAG 2 B NAG 722 n M 6 BMA 3 M BMA 3 B BMA 723 n N 10 NAG 1 N NAG 1 B NAG 731 n N 10 NAG 2 N NAG 2 B NAG 732 n N 10 BMA 3 N BMA 3 B BMA 733 n N 10 MAN 4 N MAN 4 B MAN 734 n O 7 NAG 1 O NAG 1 B NAG 741 n O 7 NAG 2 O NAG 2 B NAG 742 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide 9 oligosaccharide 10 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 6 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 3 7 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 4 7 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 5 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 6 8 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 7 8 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 8 9 'DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 9 9 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 10 10 DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 10 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 6 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 4 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 5 8 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 6 8 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 7 8 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 8 9 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 9 9 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 10 9 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 11 9 5 NAG C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 12 9 6 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 13 10 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 14 10 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 15 10 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 6 BMA 3 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 8 BMA 3 n 8 MAN 4 n 8 MAN 5 n 9 NAG 1 n 9 NAG 2 n 9 BMA 3 n 9 MAN 4 n 9 NAG 5 n 9 MAN 6 n 10 NAG 1 n 10 NAG 2 n 10 BMA 3 n 10 MAN 4 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 11 _pdbx_entity_nonpoly.name 'MANGANESE (II) ION' _pdbx_entity_nonpoly.comp_id MN # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? # _space_group.crystal_system triclinic _space_group.name_H-M_alt 'P 1' _space_group.IT_number 1 _space_group.name_Hall 'P 1' _space_group.id 1 # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z #