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'Ca 2' 40.078 CSX 'L-peptide linking' n 'S-OXY CYSTEINE' ? 'C3 H7 N O3 S' 137.158 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 FES non-polymer . 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' ? 'Fe2 S2' 175.820 FMN non-polymer . 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' 'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' 'C17 H21 N4 O9 P' 456.344 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SF4 non-polymer . 'IRON/SULFUR CLUSTER' ? 'Fe4 S4' 351.640 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.8595 ? 49115 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0467 ? 5554 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.0063 ? 6255 ? f_plane_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 13.9845 ? 12663 ? f_dihedral_angle_d ? ? # _struct.entry_id 7NYU _struct.title 'Respiratory complex I from Escherichia coli - conformation 2' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7NYU _struct_keywords.text 'NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating), oxidative phosphorylation, ELECTRON TRANSPORT' _struct_keywords.pdbx_keywords 'ELECTRON TRANSPORT' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? 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ALA L 251 ? GLY M 242 ALA M 251 1 ? 10 HELX_P HELX_P174 AT3 PRO L 252 ? ILE L 262 ? PRO M 252 ILE M 262 1 ? 11 HELX_P HELX_P175 AT4 LEU L 264 ? PHE L 274 ? LEU M 264 PHE M 274 1 ? 11 HELX_P HELX_P176 AT5 PHE L 279 ? ALA L 307 ? PHE M 279 ALA M 307 1 ? 29 HELX_P HELX_P177 AT6 ILE L 311 ? TYR L 331 ? ILE M 311 TYR M 331 1 ? 21 HELX_P HELX_P178 AT7 SER L 334 ? HIS L 367 ? SER M 334 HIS M 367 1 ? 34 HELX_P HELX_P179 AT8 TRP L 383 ? LEU L 396 ? TRP M 383 LEU M 396 1 ? 14 HELX_P HELX_P180 AT9 THR L 401 ? VAL L 418 ? THR M 401 VAL M 418 1 ? 18 HELX_P HELX_P181 AU1 VAL L 418 ? THR L 426 ? VAL M 418 THR M 426 1 ? 9 HELX_P HELX_P182 AU2 PHE L 427 ? TYR L 444 ? PHE M 427 TYR M 444 1 ? 18 HELX_P HELX_P183 AU3 LYS L 447 ? GLU L 456 ? LYS M 447 GLU M 456 5 ? 10 HELX_P HELX_P184 AU4 SER L 461 ? TYR L 481 ? SER M 461 TYR M 481 1 ? 21 HELX_P HELX_P185 AU5 PRO L 482 ? SER L 503 ? PRO M 482 SER M 503 1 ? 22 HELX_P HELX_P186 AU6 THR M 4 ? LEU M 11 ? THR N 4 LEU N 11 1 ? 8 HELX_P HELX_P187 AU7 LEU M 11 ? 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SER M 348 ? MET N 321 SER N 348 1 ? 28 HELX_P HELX_P202 AW4 ARG M 369 ? GLY M 385 ? ARG N 369 GLY N 385 1 ? 17 HELX_P HELX_P203 AW5 THR M 389 ? ALA M 405 ? THR N 389 ALA N 405 1 ? 17 HELX_P HELX_P204 AW6 LEU M 407 ? LEU M 432 ? LEU N 407 LEU N 432 1 ? 26 HELX_P HELX_P205 AW7 TRP M 448 ? TRP M 470 ? TRP N 448 TRP N 470 1 ? 23 HELX_P HELX_P206 AW8 PRO M 471 ? MET M 482 ? PRO N 471 MET N 482 1 ? 12 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role covale1 covale both ? B THR 101 C ? ? ? 1_555 B CSX 102 N ? ? B THR 101 B CSX 102 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.325 ? ? covale2 covale both ? B CSX 102 C ? ? ? 1_555 B PHE 103 N ? ? B CSX 102 B PHE 103 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.332 ? ? covale3 covale both ? D THR 131 C ? ? ? 1_555 D CSX 132 N ? ? E THR 131 E CSX 132 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? ? covale4 covale both ? D CSX 132 C ? ? ? 1_555 D CYS 133 N ? ? E CSX 132 E CYS 133 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? ? covale5 covale both ? E THR 214 C ? ? ? 1_555 E CSX 215 N ? ? F THR 214 F CSX 215 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? ? covale6 covale both ? E CSX 215 C ? ? ? 1_555 E VAL 216 N ? ? F CSX 215 F VAL 216 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.330 ? ? metalc1 metalc ? ? B CYS 63 SG ? ? ? 1_555 N SF4 . FE3 ? ? B CYS 63 B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.340 ? ? metalc2 metalc ? ? B CYS 64 SG ? ? ? 1_555 N SF4 . FE2 ? ? B CYS 64 B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.360 ? ? metalc3 metalc ? ? B CYS 129 SG ? ? ? 1_555 N SF4 . FE4 ? ? B CYS 129 B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.294 ? ? metalc4 metalc ? ? B CYS 158 SG ? ? ? 1_555 N SF4 . FE1 ? ? B CYS 158 B SF4 301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.293 ? ? metalc5 metalc ? ? D CYS 92 SG ? ? ? 1_555 O FES . FE1 ? ? E CYS 92 E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.300 ? ? metalc6 metalc ? ? D CYS 97 SG ? ? ? 1_555 O FES . FE1 ? ? E CYS 97 E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? ? metalc7 metalc ? ? D CYS 133 SG ? ? ? 1_555 O FES . FE2 ? ? E CYS 133 E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.290 ? ? metalc8 metalc ? ? D CYS 137 SG ? ? ? 1_555 O FES . FE2 ? ? E CYS 137 E FES 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.290 ? ? metalc9 metalc ? ? E CYS 351 SG ? ? ? 1_555 Q SF4 . FE4 ? ? F CYS 351 F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? ? metalc10 metalc ? ? E CYS 354 SG ? ? ? 1_555 Q SF4 . FE2 ? ? F CYS 354 F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.346 ? ? metalc11 metalc ? ? E CYS 357 SG ? ? ? 1_555 Q SF4 . FE1 ? ? F CYS 357 F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.339 ? ? metalc12 metalc ? ? E CYS 398 SG ? ? ? 1_555 Q SF4 . FE3 ? ? F CYS 398 F SF4 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.292 ? ? metalc13 metalc ? ? F CYS 34 SG ? ? ? 1_555 R FES . FE2 ? ? G CYS 34 G FES 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? ? metalc14 metalc ? ? F CYS 45 SG ? ? ? 1_555 R FES . FE2 ? ? G CYS 45 G FES 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.276 ? ? metalc15 metalc ? ? F CYS 48 SG ? ? ? 1_555 R FES . FE1 ? ? G CYS 48 G FES 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.381 ? ? metalc16 metalc ? ? F CYS 67 SG ? ? ? 1_555 R FES . FE1 ? ? G CYS 67 G FES 1001 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? ? metalc17 metalc ? ? F HIS 99 NE2 ? ? ? 1_555 T SF4 . FE3 ? ? G HIS 99 G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.316 ? ? metalc18 metalc ? ? F CYS 103 SG ? ? ? 1_555 T SF4 . FE2 ? ? G CYS 103 G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.295 ? ? metalc19 metalc ? ? F CYS 106 SG ? ? ? 1_555 T SF4 . FE1 ? ? G CYS 106 G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.302 ? ? metalc20 metalc ? ? F CYS 112 SG ? ? ? 1_555 T SF4 . FE4 ? ? G CYS 112 G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.327 ? ? metalc21 metalc ? ? F CYS 151 SG ? ? ? 1_555 S SF4 . FE2 ? ? G CYS 151 G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.323 ? ? metalc22 metalc ? ? F CYS 154 SG ? ? ? 1_555 S SF4 . FE3 ? ? G CYS 154 G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.229 ? ? metalc23 metalc ? ? F CYS 157 SG ? ? ? 1_555 S SF4 . FE1 ? ? G CYS 157 G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.303 ? ? metalc24 metalc ? ? F CYS 201 SG ? ? ? 1_555 S SF4 . FE4 ? ? G CYS 201 G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.311 ? ? metalc25 metalc ? ? F CYS 228 SG ? ? ? 1_555 U SF4 . FE3 ? ? G CYS 228 G SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.361 ? ? metalc26 metalc ? ? F CYS 231 SG ? ? ? 1_555 U SF4 . FE1 ? ? G CYS 231 G SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.357 ? ? metalc27 metalc ? ? F CYS 235 SG ? ? ? 1_555 U SF4 . FE2 ? ? G CYS 235 G SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.373 ? ? metalc28 metalc ? ? F CYS 263 SG ? ? ? 1_555 U SF4 . FE4 ? ? G CYS 263 G SF4 1004 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.286 ? ? metalc29 metalc ? ? F ASP 617 OD2 ? ? ? 1_555 V CA . CA ? ? G ASP 617 G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.367 ? ? metalc30 metalc ? ? F GLN 632 OE1 ? ? ? 1_555 V CA . CA ? ? G GLN 632 G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.334 ? ? metalc31 metalc ? ? F GLU 647 OE2 ? ? ? 1_555 V CA . CA ? ? G GLU 647 G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.184 ? ? metalc32 metalc ? ? F ASP 731 OD2 ? ? ? 1_555 V CA . CA ? ? G ASP 731 G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.363 ? ? metalc33 metalc ? ? H CYS 60 SG ? ? ? 1_555 W SF4 . FE2 ? ? I CYS 60 I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.263 ? ? metalc34 metalc ? ? H CYS 63 SG ? ? ? 1_555 W SF4 . FE4 ? ? I CYS 63 I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.307 ? ? metalc35 metalc ? ? H CYS 66 SG ? ? ? 1_555 W SF4 . FE3 ? ? I CYS 66 I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.343 ? ? metalc36 metalc ? ? H CYS 70 SG ? ? ? 1_555 X SF4 . FE1 ? ? I CYS 70 I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.237 ? ? metalc37 metalc ? ? H CYS 99 SG ? ? ? 1_555 X SF4 . FE3 ? ? I CYS 99 I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? ? metalc38 metalc ? ? H CYS 102 SG ? ? ? 1_555 X SF4 . FE2 ? ? I CYS 102 I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.291 ? ? metalc39 metalc ? ? H CYS 105 SG ? ? ? 1_555 X SF4 . FE4 ? ? I CYS 105 I SF4 202 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.333 ? ? metalc40 metalc ? ? H CYS 109 SG ? ? ? 1_555 W SF4 . FE1 ? ? I CYS 109 I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.301 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 CYS 158 B . ? CYS 158 B PRO 159 B ? PRO 159 B 1 -9.18 2 THR 497 C . ? THR 497 D PRO 498 C ? PRO 498 D 1 -8.02 3 LYS 200 E . ? LYS 200 F PRO 201 E ? PRO 201 F 1 -4.13 4 PRO 201 E . ? PRO 201 F PRO 202 E ? PRO 202 F 1 3.94 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 4 ? AA2 ? 4 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 2 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 3 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 7 ? AB7 ? 5 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 4 ? AC3 ? 2 ? AC4 ? 3 ? AC5 ? 2 ? AC6 ? 2 ? AC7 ? 2 ? 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L 12 217 SER 217 217 217 SER SER M . n L 12 218 GLY 218 218 218 GLY GLY M . n L 12 219 VAL 219 219 219 VAL VAL M . n L 12 220 GLU 220 220 220 GLU GLU M . n L 12 221 TYR 221 221 221 TYR TYR M . n L 12 222 LEU 222 222 222 LEU LEU M . n L 12 223 LEU 223 223 223 LEU LEU M . n L 12 224 MET 224 224 224 MET MET M . n L 12 225 LEU 225 225 225 LEU LEU M . n L 12 226 GLY 226 226 226 GLY GLY M . n L 12 227 PHE 227 227 227 PHE PHE M . n L 12 228 PHE 228 228 228 PHE PHE M . n L 12 229 ILE 229 229 229 ILE ILE M . n L 12 230 ALA 230 230 230 ALA ALA M . n L 12 231 PHE 231 231 231 PHE PHE M . n L 12 232 ALA 232 232 232 ALA ALA M . n L 12 233 VAL 233 233 233 VAL VAL M . n L 12 234 LYS 234 234 234 LYS LYS M . n L 12 235 MET 235 235 235 MET MET M . n L 12 236 PRO 236 236 236 PRO PRO M . n L 12 237 VAL 237 237 237 VAL VAL M . n L 12 238 VAL 238 238 238 VAL VAL M . n L 12 239 PRO 239 239 239 PRO PRO M . n L 12 240 LEU 240 240 240 LEU LEU M . n L 12 241 HIS 241 241 241 HIS HIS M . n L 12 242 GLY 242 242 242 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