data_7NZ3 # _entry.id 7NZ3 # _audit_conform.dict_name mmcif_pdbx.dic _audit_conform.dict_version 5.356 _audit_conform.dict_location http://mmcif.pdb.org/dictionaries/ascii/mmcif_pdbx.dic # loop_ _database_2.database_id _database_2.database_code _database_2.pdbx_database_accession _database_2.pdbx_DOI PDB 7NZ3 pdb_00007nz3 10.2210/pdb7nz3/pdb WWPDB D_1292114812 ? ? EMDB EMD-12663 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of apposed MukBEF-MatP monomers on DNA' _pdbx_database_related.db_id EMD-12663 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7NZ3 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-03-23 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible N # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Buermann, F.' 1 0000-0002-9428-0933 'Lowe, J.' 2 0000-0002-5218-6615 # loop_ _citation.abstract _citation.abstract_id_CAS _citation.book_id_ISBN _citation.book_publisher _citation.book_publisher_city _citation.book_title _citation.coordinate_linkage _citation.country _citation.database_id_Medline _citation.details _citation.id _citation.journal_abbrev _citation.journal_id_ASTM _citation.journal_id_CSD _citation.journal_id_ISSN _citation.journal_full _citation.journal_issue _citation.journal_volume _citation.language _citation.page_first _citation.page_last _citation.title _citation.year _citation.database_id_CSD _citation.pdbx_database_id_DOI _citation.pdbx_database_id_PubMed _citation.pdbx_database_id_patent _citation.unpublished_flag ? ? ? ? ? ? ? US ? ? primary Mol.Cell MOCEFL 2168 1097-2765 ? ? 81 ? 4891 4906.e8 'Cryo-EM structure of MukBEF reveals DNA loop entrapment at chromosomal unloading sites.' 2021 ? 10.1016/j.molcel.2021.10.011 34739874 ? ? ? ? ? ? ? ? ? US ? ? 1 Biorxiv ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'DNA entrapment revealed by the structure of bacterial condensin MukBEF' 2021 ? 10.1101/2021.06.29.450292 ? ? ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Burmann, F.' 1 ? primary 'Funke, L.F.H.' 2 ? primary 'Chin, J.W.' 3 ? primary 'Lowe, J.' 4 ? 1 'Buermann, F.' 5 ? 1 'Funke, L.F.H.' 6 ? 1 'Chin, J.W.' 7 ? 1 'Lowe, J.' 8 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7NZ3 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7NZ3 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Chromosome partition protein MukB' 170240.188 4 ? E1407Q ? ? 2 polymer man 'Chromosome partition protein MukF' 50193.305 4 ? ? ? ? 3 polymer man 'Chromosome partition protein MukE' 27423.848 4 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Acyl carrier protein' 8645.460 4 ? ? ? ? 5 polymer man 'Macrodomain Ter protein' 18032.613 4 ? ? ? ? 6 polymer syn 'matS2 DNA 80 b, oligo FBA769' 24625.713 2 ? ? ? ? 7 polymer syn 'matS2 DNA 80 b, oligo FBA770' 24715.855 2 ? ? ? ? 8 non-polymer syn 'MAGNESIUM ION' 24.305 4 ? ? ? ? 9 non-polymer syn "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" 507.181 4 ? ? ? ? 10 non-polymer syn "4'-PHOSPHOPANTETHEINE" 358.348 4 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Structural maintenance of chromosome-related protein' 4 ACP # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no 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ESGALSTGEAIGTGMSILVMVVQSWEEESRRLRGKDISPCRLLFLDQAARLDAKSIATLFELCERLQMQLIIAAPENISP EKGTTYKLVRKVFKNHEHVHVVGLRGFGQDAPATQLISDVTA ; A1,A2,B1,B2 ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSEYSQTVPELVSWARKNDFSISLPVERLAFLMAIAVLNSERLDGEMSEGELIDAFREVCKGFEQTAESVAVRANNAIND MVRQKLLNRFTSELADGNAIYRLTPLGISISDYYIRQREFSTLRLSMQLSIVANELHRAAEAAEEGGDEFHWHRNVFAPL KYSVAEIFDSIDMSQRLMDEQQNFVKEDIAALLNQDWQAAIANCEQLLSETSGTLRELQDTLEAAGDKLQANLLRIQDAN MGSGGSELVDKLVFDLQSKLDRIISWGQQAIDLWIGYDRHVHKFIRTAIDMDKNRIFSQRLRQSVQHYFDNPWTLTVANA ERLLDMRDEELALRNEEVTGELPLELEYEEFSEINDQLAAMIEKALLVYQQEQRPLDLGAVLRDYLAQHPLPRHFDVARI LVDQAVRLGVAEADFSGLPAEWLAINDYGAKVQAHVIDTY ; ;MSEYSQTVPELVSWARKNDFSISLPVERLAFLMAIAVLNSERLDGEMSEGELIDAFREVCKGFEQTAESVAVRANNAIND MVRQKLLNRFTSELADGNAIYRLTPLGISISDYYIRQREFSTLRLSMQLSIVANELHRAAEAAEEGGDEFHWHRNVFAPL KYSVAEIFDSIDMSQRLMDEQQNFVKEDIAALLNQDWQAAIANCEQLLSETSGTLRELQDTLEAAGDKLQANLLRIQDAN MGSGGSELVDKLVFDLQSKLDRIISWGQQAIDLWIGYDRHVHKFIRTAIDMDKNRIFSQRLRQSVQHYFDNPWTLTVANA ERLLDMRDEELALRNEEVTGELPLELEYEEFSEINDQLAAMIEKALLVYQQEQRPLDLGAVLRDYLAQHPLPRHFDVARI LVDQAVRLGVAEADFSGLPAEWLAINDYGAKVQAHVIDTY ; C1,C2,D1,D2 ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MSSTHIEQFMPVKLAQALANSLFPELDSQLRAGRHIGIDDLDNHAFLMDFQEQLEEFYARYNVELIRAPEGFFYLRPRST TLIPRSVLSELDMMVGKILCYLYLSPERLANQGIFTSQELYEELISLADEGKLMKFVNQRSSGSDLDKQKLQEKVRTTLN RLRRLGMVYFLPNNNNKFTITEAVFRFGADVRSGDDPREIQLRMIRDGEAMPVEGSLSLDDSENDETPDNSAEGAGDEQP ; ;MSSTHIEQFMPVKLAQALANSLFPELDSQLRAGRHIGIDDLDNHAFLMDFQEQLEEFYARYNVELIRAPEGFFYLRPRST TLIPRSVLSELDMMVGKILCYLYLSPERLANQGIFTSQELYEELISLADEGKLMKFVNQRSSGSDLDKQKLQEKVRTTLN RLRRLGMVYFLPNNNNKFTITEAVFRFGADVRSGDDPREIQLRMIRDGEAMPVEGSLSLDDSENDETPDNSAEGAGDEQP ; E1,E2,F1,F2 ? 4 'polypeptide(L)' no no MSTIEERVKKIIGEQLGVKQEEVTNNASFVEDLGADSLDTVELVMALEEEFDTEIPDEEAEKITTVQAAIDYINGHQA MSTIEERVKKIIGEQLGVKQEEVTNNASFVEDLGADSLDTVELVMALEEEFDTEIPDEEAEKITTVQAAIDYINGHQA G1,G2,H1,H2 ? 5 'polypeptide(L)' no no ;MKYQQLENLECGWKWAYLIRKHQEGEPITKYIENSAAHAAVDKLIKLESEPVRVLEWIEQHMNPDLFNRMKQTIRARRKR HFNAEHQHTRKKSIDLDFPVWHRLSALSQRRGNTLSETIVQLIEDAERKEKYANQMSSLKHDLEAILGKNE ; ;MKYQQLENLECGWKWAYLIRKHQEGEPITKYIENSAAHAAVDKLIKLESEPVRVLEWIEQHMNPDLFNRMKQTIRARRKR HFNAEHQHTRKKSIDLDFPVWHRLSALSQRRGNTLSETIVQLIEDAERKEKYANQMSSLKHDLEAILGKNE ; I1,I2,J1,J2 ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DT) (DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DT) (DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA) ; CTCGCCTGTAAAGTAGGCATTAGTTGTTCGTAGTGCTCGTCTGGCTCTGGATTACCCGCCACTGTTACATTGTAACGGCA K1,M1 ? 7 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG) (DA)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DG)(DA)(DG) ; TGCCGTTACAATGTAACAGTGGCGGGTAATCCAGAGCCAGACGAGCACTACGAACAACTAATGCCTACTTTACAGGCGAG L1,N1 ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ILE n 1 3 GLU n 1 4 ARG n 1 5 GLY n 1 6 LYS n 1 7 PHE n 1 8 ARG n 1 9 SER n 1 10 LEU n 1 11 THR n 1 12 LEU n 1 13 VAL n 1 14 ASN n 1 15 TRP n 1 16 ASN n 1 17 GLY n 1 18 PHE n 1 19 PHE n 1 20 ALA n 1 21 ARG n 1 22 THR n 1 23 PHE n 1 24 ASP n 1 25 LEU n 1 26 ASP n 1 27 GLU n 1 28 LEU n 1 29 VAL n 1 30 THR n 1 31 THR n 1 32 LEU n 1 33 SER n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 ASN n 1 37 GLY n 1 38 ALA n 1 39 GLY n 1 40 LYS n 1 41 SER n 1 42 THR n 1 43 THR n 1 44 MET n 1 45 ALA n 1 46 ALA n 1 47 PHE n 1 48 VAL n 1 49 THR n 1 50 ALA n 1 51 LEU n 1 52 ILE n 1 53 PRO n 1 54 ASP n 1 55 LEU n 1 56 THR n 1 57 LEU n 1 58 LEU n 1 59 HIS n 1 60 PHE n 1 61 ARG n 1 62 ASN n 1 63 THR n 1 64 THR n 1 65 GLU n 1 66 ALA n 1 67 GLY n 1 68 ALA n 1 69 THR n 1 70 SER n 1 71 GLY n 1 72 SER n 1 73 ARG n 1 74 ASP n 1 75 LYS n 1 76 GLY n 1 77 LEU n 1 78 HIS n 1 79 GLY n 1 80 LYS n 1 81 LEU n 1 82 ARG n 1 83 ALA n 1 84 GLY n 1 85 VAL n 1 86 CYS n 1 87 TYR n 1 88 SER n 1 89 THR n 1 90 LEU n 1 91 ASP n 1 92 VAL n 1 93 ILE n 1 94 ASN n 1 95 SER n 1 96 ARG n 1 97 HIS n 1 98 GLN n 1 99 ARG n 1 100 VAL n 1 101 VAL n 1 102 VAL n 1 103 GLY n 1 104 VAL n 1 105 ARG n 1 106 LEU n 1 107 GLN n 1 108 GLN n 1 109 VAL n 1 110 ALA n 1 111 GLY n 1 112 ARG n 1 113 ASP n 1 114 ARG n 1 115 LYS n 1 116 VAL n 1 117 ASP n 1 118 ILE n 1 119 LYS n 1 120 PRO n 1 121 PHE n 1 122 MET n 1 123 ILE n 1 124 GLN n 1 125 GLY n 1 126 LEU n 1 127 PRO n 1 128 THR n 1 129 ALA n 1 130 ILE n 1 131 GLN n 1 132 PRO n 1 133 THR n 1 134 GLN n 1 135 LEU n 1 136 LEU n 1 137 THR n 1 138 GLU n 1 139 ASN n 1 140 VAL n 1 141 GLY n 1 142 GLU n 1 143 ARG n 1 144 GLN n 1 145 ALA n 1 146 ARG n 1 147 VAL n 1 148 LEU n 1 149 PRO n 1 150 LEU n 1 151 ASN n 1 152 GLU n 1 153 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'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PNS non-polymer . "4'-PHOSPHOPANTETHEINE" ? 'C11 H23 N2 O7 P S' 358.348 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 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O N N 4 ? P N N 4 ? Q N N 5 ? R N N 5 ? S N N 5 ? T N N 5 ? U N N 6 ? V N N 7 ? W N N 6 ? X N N 7 ? Y N N 8 ? Z N N 9 ? AA N N 9 ? BA N N 8 ? CA N N 9 ? DA N N 8 ? EA N N 8 ? FA N N 9 ? GA N N 10 ? HA N N 10 ? IA N N 10 ? JA N N 10 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 39 ? ILE A 52 ? GLY A1 39 ILE A1 52 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 LEU A 77 ? LEU A 81 ? 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W DC 76 O2 ? ? ? 1_555 X DG 5 N2 ? ? M1 DC 76 N1 DG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog372 hydrog ? ? W DG 77 N1 ? ? ? 1_555 X DC 4 N3 ? ? M1 DG 77 N1 DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog373 hydrog ? ? W DG 77 N2 ? ? ? 1_555 X DC 4 O2 ? ? M1 DG 77 N1 DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog374 hydrog ? ? W DG 77 O6 ? ? ? 1_555 X DC 4 N4 ? ? M1 DG 77 N1 DC 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog375 hydrog ? ? W DG 78 N1 ? ? ? 1_555 X DC 3 N3 ? ? M1 DG 78 N1 DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog376 hydrog ? ? W DG 78 N2 ? ? ? 1_555 X DC 3 O2 ? ? M1 DG 78 N1 DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog377 hydrog ? ? W DG 78 O6 ? ? ? 1_555 X DC 3 N4 ? ? M1 DG 78 N1 DC 3 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog378 hydrog ? ? W DC 79 N3 ? ? ? 1_555 X DG 2 N1 ? ? M1 DC 79 N1 DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog379 hydrog ? ? W DC 79 N4 ? ? ? 1_555 X DG 2 O6 ? ? M1 DC 79 N1 DG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference covale ? ? metalc ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLN 665 A . ? GLN 665 A1 PRO 666 A ? PRO 666 A1 1 -3.61 2 GLN 665 B . ? GLN 665 A2 PRO 666 B ? PRO 666 A2 1 -3.66 3 GLN 665 C . ? GLN 665 B1 PRO 666 C ? 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ALA B1 757 SER B1 763 AA4 6 ALA C 751 ? GLN C 754 ? ALA B1 751 GLN B1 754 AA5 1 ALA A 751 ? GLN A 754 ? ALA A1 751 GLN A1 754 AA5 2 ALA A 757 ? SER A 763 ? ALA A1 757 SER A1 763 AA5 3 GLN A 766 ? ARG A 771 ? GLN A1 766 ARG A1 771 AA5 4 ASP C 733 ? ILE C 737 ? ASP B1 733 ILE B1 737 AA5 5 ILE C 712 ? VAL C 713 ? ILE B1 712 VAL B1 713 AA5 6 VAL C 684 ? LEU C 685 ? VAL B1 684 LEU B1 685 AA6 1 VAL A 1270 ? VAL A 1279 ? VAL A1 1270 VAL A1 1279 AA6 2 LEU A 1344 ? ARG A 1352 ? LEU A1 1344 ARG A1 1352 AA6 3 TRP A 1357 ? LYS A 1359 ? TRP A1 1357 LYS A1 1359 AA7 1 PHE B 18 ? ASP B 24 ? PHE A2 18 ASP A2 24 AA7 2 LYS B 6 ? TRP B 15 ? LYS A2 6 TRP A2 15 AA7 3 VAL B 85 ? ILE B 93 ? VAL A2 85 ILE A2 93 AA7 4 ARG B 99 ? VAL B 109 ? ARG A2 99 VAL A2 109 AA7 5 LYS B 115 ? GLN B 124 ? LYS A2 115 GLN A2 124 AA7 6 GLN B 164 ? GLN B 167 ? GLN A2 164 GLN A2 167 AA8 1 LEU B 1402 ? LEU B 1405 ? LEU A2 1402 LEU A2 1405 AA8 2 GLN B 1429 ? ALA B 1434 ? GLN A2 1429 ALA A2 1434 AA8 3 VAL B 29 ? SER B 33 ? 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'Photorhabdus thracensis' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain ? 2 1 469008 'Escherichia coli BL21(DE3)' ? ? ? 4 2 32630 'synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? ? ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7NZ3 'double helix' 7NZ3 'a-form double helix' 7NZ3 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 U DC 3 1_555 V DG 78 1_555 0.199 -0.245 -0.808 -2.406 -2.448 1.683 1 K1_DC3:DG78_L1 K1 3 ? 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