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_citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Poll, G.' 1 ? primary 'Pilsl, M.' 2 ? primary 'Griesenbeck, J.' 3 0000-0002-7817-6095 primary 'Tschochner, H.' 4 ? primary 'Milkereit, P.' 5 0000-0001-8850-9140 # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer nat '25S rRNA' 1097493.875 1 ? ? ? ? 2 polymer nat '5.8S rRNA' 50682.922 1 ? ? ? ? 3 polymer nat 'Protein MAK16' 35754.605 1 ? ? ? ? 4 polymer nat 'Ribosomal RNA-processing protein 1' 33250.531 1 ? ? ? ? 5 polymer nat 'Ribosome biogenesis protein NSA1' 51982.457 1 ? ? ? ? 6 polymer nat ITS2 74308.391 1 ? ? ? ? 7 polymer nat 'Ribosome biogenesis protein BRX1' 33585.414 1 ? ? ? ? 8 polymer nat '60S ribosomal protein L3' 43850.793 1 ? ? ? ? 9 polymer nat '60S ribosomal protein L4-A' 39159.125 1 ? ? ? ? 10 polymer nat 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;MTVKTGIAIGLNKGKKVTSMTPAPKISYKKGAASNRTKFVRSLVREIAGLSPYERRLIDLIRNSGEKRARKVAKKRLGSF TRAKAKVEEMNNIIAASRRH ; i ? 32 'polypeptide(L)' no no ;MGKGTPSFGKRHNKSHTLCNRCGRRSFHVQKKTCSSCGYPAAKTRSYNWGAKAKRRHTTGTGRMRYLKHVSRRFKNGFQT GSASKASA ; ;MGKGTPSFGKRHNKSHTLCNRCGRRSFHVQKKTCSSCGYPAAKTRSYNWGAKAKRRHTTGTGRMRYLKHVSRRFKNGFQT GSASKASA ; j ? 33 'polypeptide(L)' no no ;MMAKNNKTTEAKMSKKRAASEESDVEEDEDKLLSVDGLIDAEASESDEDDDEYESAVEEKESSSDKEAQDDSDDDSDAEL NKLLAEEEGDGEEDYDSSEFSDDTTSLTDRLSGVKLQTIVDPNIYSKYADGSDRIIKPEINPVYDSDDSDAETQNTIGNI PLSAYDEMPHIGYDINGKRIMRPAKGSALDQLLDSIELPEGWTGLLDKNSGSSLNLTKEELELISKIQRNEQTDDSINPY EPLIDWFTRHEEVMPLTAVPEPKRRFVPSKNEAKRVMKIVRAIREGRIIPPKKLKEMKEKEKIENYQYDLWGDSTETNDH VMHLRAPKLPPPTNEESYNPPEEYLLSPEEKEAWENTEYSERERNFIPQKYSALRKVPGYGESIRERFERSLDLYLAPRV RKNKLNIDPNSLIPELPSPKDLRPFPIRCSTIYAGHKGKVRTLSIDPSGLWLATGSDDGTVRVWEILTGREVYRTTLIDD EENPDYHIECIEWNPDANNGILAVAVGENIHLIVPPIFGYDIENNGKTKIEDGFGYDTFGTVKKSNLEVNENGDGDEDGE NESAKNAVKKQVAQWNKPSQKQLEKDICITISCKKTVKKLSWHRKGDYFVTVQPDSGNTSVLIHQVSKHLTQSPFKKSKG IIMDAKFHPFKPQLFVCSQRYVRIYDLSQQILVKKLLPGARWLSKIDIHPRGDNLIASSFDKRVLWHDLDLASTPYKTLR YHEKAVRSVNFHKKLPLFSSAADDGTIHVFHATVYDDMMKNPMIVPLKKLTGHKVINSLGVLDAIWHPREAWLFSAGADN TARLWTT ; ;MMAKNNKTTEAKMSKKRAASEESDVEEDEDKLLSVDGLIDAEASESDEDDDEYESAVEEKESSSDKEAQDDSDDDSDAEL NKLLAEEEGDGEEDYDSSEFSDDTTSLTDRLSGVKLQTIVDPNIYSKYADGSDRIIKPEINPVYDSDDSDAETQNTIGNI PLSAYDEMPHIGYDINGKRIMRPAKGSALDQLLDSIELPEGWTGLLDKNSGSSLNLTKEELELISKIQRNEQTDDSINPY EPLIDWFTRHEEVMPLTAVPEPKRRFVPSKNEAKRVMKIVRAIREGRIIPPKKLKEMKEKEKIENYQYDLWGDSTETNDH VMHLRAPKLPPPTNEESYNPPEEYLLSPEEKEAWENTEYSERERNFIPQKYSALRKVPGYGESIRERFERSLDLYLAPRV RKNKLNIDPNSLIPELPSPKDLRPFPIRCSTIYAGHKGKVRTLSIDPSGLWLATGSDDGTVRVWEILTGREVYRTTLIDD EENPDYHIECIEWNPDANNGILAVAVGENIHLIVPPIFGYDIENNGKTKIEDGFGYDTFGTVKKSNLEVNENGDGDEDGE NESAKNAVKKQVAQWNKPSQKQLEKDICITISCKKTVKKLSWHRKGDYFVTVQPDSGNTSVLIHQVSKHLTQSPFKKSKG IIMDAKFHPFKPQLFVCSQRYVRIYDLSQQILVKKLLPGARWLSKIDIHPRGDNLIASSFDKRVLWHDLDLASTPYKTLR YHEKAVRSVNFHKKLPLFSSAADDGTIHVFHATVYDDMMKNPMIVPLKKLTGHKVINSLGVLDAIWHPREAWLFSAGADN TARLWTT ; m ? 34 'polypeptide(L)' no no ;MRIKKKNTRGNARNFITRSQAVRKLQVSLADFRRLCIFKGIYPREPRNKKKANKGSTAPTTFYYAKDIQYLMHEPVLAKF REHKTFARKLTRALGRGEVSSAKRLEENRDSYTLDHIIKERYPSFPDAIRDIDDALNMLFLFSNLPSTNQVSSKIINDAQ KICNQWLAYVAKERLVRKVFVSIKGVYYQANIKGEEVRWLVPFKFPENIPSDVDFRIMLTFLEFYSTLLHFVLYKLYTDS GLIYPPKLDLKKDKIISGLSSYILESRQEDSLLKLDPTEIEEDVKVESLDASTLKSALNADEANTDETEKEEEQEKKQEK EQEKEQNEETELDTFEDNNKNKGDILIQPSKYDSPVASLFSAFVFYVSREVPIDILEFLILSCGGNVISEAAMDQIENKK DIDMSKVTHQIVDRPVLKNKVAGRTYIQPQWIFDCINKGELVPANKYLPGEALPPHLSPWGDAIGYDPTAPVEEGEEEES ESESESEDQVEEEDQEVVAGEEDDDDDEELQAQKELELEAQGIKYSETSEADKDVNKSKNKKRKVDEEEEEKKLKMIMMS NKQKKLYKKMKYSNAKKEEQAENLKKKKKQIAKQKAKLNKLDSKK ; ;MRIKKKNTRGNARNFITRSQAVRKLQVSLADFRRLCIFKGIYPREPRNKKKANKGSTAPTTFYYAKDIQYLMHEPVLAKF REHKTFARKLTRALGRGEVSSAKRLEENRDSYTLDHIIKERYPSFPDAIRDIDDALNMLFLFSNLPSTNQVSSKIINDAQ KICNQWLAYVAKERLVRKVFVSIKGVYYQANIKGEEVRWLVPFKFPENIPSDVDFRIMLTFLEFYSTLLHFVLYKLYTDS GLIYPPKLDLKKDKIISGLSSYILESRQEDSLLKLDPTEIEEDVKVESLDASTLKSALNADEANTDETEKEEEQEKKQEK EQEKEQNEETELDTFEDNNKNKGDILIQPSKYDSPVASLFSAFVFYVSREVPIDILEFLILSCGGNVISEAAMDQIENKK DIDMSKVTHQIVDRPVLKNKVAGRTYIQPQWIFDCINKGELVPANKYLPGEALPPHLSPWGDAIGYDPTAPVEEGEEEES ESESESEDQVEEEDQEVVAGEEDDDDDEELQAQKELELEAQGIKYSETSEADKDVNKSKNKKRKVDEEEEEKKLKMIMMS NKQKKLYKKMKYSNAKKEEQAENLKKKKKQIAKQKAKLNKLDSKK ; n ? 35 'polypeptide(L)' no no ;MVKSTSKTSTKETVTKQPTEEKPIQEKEELALETSSSSSDEEDEKDEDEIEGLAASDDEQSGTHKIKRLNPKKQANEKKS KDKKTLEEYSGIIYVSRLPHGFHEKELSKYFAQFGDLKEVRLARNKKTGNSRHYGFLEFVNKEDAMIAQESMNNYLLMGH LLQVRVLPKGAKIEKLYKYKKRVLVEKGITKPVKQLKDNMKQKHEERIKKLAKSGIEFKW ; ;MVKSTSKTSTKETVTKQPTEEKPIQEKEELALETSSSSSDEEDEKDEDEIEGLAASDDEQSGTHKIKRLNPKKQANEKKS KDKKTLEEYSGIIYVSRLPHGFHEKELSKYFAQFGDLKEVRLARNKKTGNSRHYGFLEFVNKEDAMIAQESMNNYLLMGH LLQVRVLPKGAKIEKLYKYKKRVLVEKGITKPVKQLKDNMKQKHEERIKKLAKSGIEFKW ; o ? 36 'polypeptide(L)' no no ;MPQNDYIERHIKQHGKRLDHEERKRKREARESHKISERAQKLTGWKGKQFAKKRYAEKVSMRKKIKAHEQSKVKGSSKPL DTDGDALPTYLLDREQNNTAKAISSSIKQKRLEKADKFSVPLPKVRGISEEEMFKVIKTGKSRSKSWKRMITKHTFVGEG 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;MALGNEINITNKLKRQEIFADIKHEKNKERHTMRRKRAKEERENPELREQRLKENVTQTIENTRVYDETINKEVEGDEDD LMRYFNSNSNEPPKIFLTTNVNAKKSAYEFANILIEILPNVTFVKRKFGYKLKEISDICIKRNFTDIVIINEDKKKVTGL TFIHLPEGPTFYFKLSSFVEVKKIVGHGRPTSHIPELILNNFQTRLGQTVGRLFQSILPQNPDIEGRQVITLHNQRDYIF FRRHRYVFKDNERVGLQELGPQFTLKLKRLQRGIKEETEWEHKPEMDKEKKKFYL ; x ? 40 'polypeptide(L)' no no ;MATRTQFENSNEIGVFSKLTNTYCLVAVGGSENFYSAFEAELGDAIPIVHTTIAGTRIIGRMTAGNRRGLLVPTQTTDQE LQHLRNSLPDSVKIQRVEERLSALGNVICCNDYVALVHPDIDRETEELISDVLGVEVFRQTISGNILVGSYCSLSNQGGL VHPQTSVQDQEELSSLLQVPLVAGTVNRGSSVVGAGMVVNDYLAVTGLDTTAPELSVIESIFRLQDAQPESISGNLRDTL IETYS ; ;MATRTQFENSNEIGVFSKLTNTYCLVAVGGSENFYSAFEAELGDAIPIVHTTIAGTRIIGRMTAGNRRGLLVPTQTTDQE LQHLRNSLPDSVKIQRVEERLSALGNVICCNDYVALVHPDIDRETEELISDVLGVEVFRQTISGNILVGSYCSLSNQGGL VHPQTSVQDQEELSSLLQVPLVAGTVNRGSSVVGAGMVVNDYLAVTGLDTTAPELSVIESIFRLQDAQPESISGNLRDTL IETYS ; y ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 G n 1 2 U n 1 3 U n 1 4 U n 1 5 G n 1 6 A n 1 7 C n 1 8 C n 1 9 U n 1 10 C n 1 11 A n 1 12 A n 1 13 A n 1 14 U n 1 15 C n 1 16 A n 1 17 G n 1 18 G n 1 19 U n 1 20 A n 1 21 G n 1 22 G n 1 23 A n 1 24 G n 1 25 U n 1 26 A n 1 27 C n 1 28 C n 1 29 C n 1 30 G n 1 31 C n 1 32 U n 1 33 G n 1 34 A n 1 35 A n 1 36 C n 1 37 U n 1 38 U n 1 39 A n 1 40 A n 1 41 G n 1 42 C n 1 43 A n 1 44 U n 1 45 A n 1 46 U n 1 47 C n 1 48 A n 1 49 A n 1 50 U n 1 51 A n 1 52 A n 1 53 G n 1 54 C n 1 55 G n 1 56 G n 1 57 A n 1 58 G n 1 59 G n 1 60 A n 1 61 A n 1 62 A n 1 63 A n 1 64 G n 1 65 A n 1 66 A n 1 67 A n 1 68 C n 1 69 C n 1 70 A n 1 71 A n 1 72 C n 1 73 C n 1 74 G n 1 75 G n 1 76 G n 1 77 A n 1 78 U n 1 79 U n 1 80 G n 1 81 C n 1 82 C n 1 83 U n 1 84 U n 1 85 A n 1 86 G n 1 87 U n 1 88 A n 1 89 A n 1 90 C n 1 91 G n 1 92 G n 1 93 C n 1 94 G n 1 95 A n 1 96 G n 1 97 U n 1 98 G n 1 99 A n 1 100 A n 1 101 G n 1 102 C n 1 103 G n 1 104 G n 1 105 C n 1 106 A n 1 107 A n 1 108 A n 1 109 A n 1 110 G n 1 111 C n 1 112 U n 1 113 C n 1 114 A n 1 115 A n 1 116 A n 1 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A A 13 N1 ? ? ? 1_555 B U 145 N3 ? ? 1 A 13 2 U 145 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog25 hydrog ? ? A A 13 N6 ? ? ? 1_555 B U 145 O4 ? ? 1 A 13 2 U 145 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog26 hydrog ? ? A U 14 O2 ? ? ? 1_555 B G 136 N2 ? ? 1 U 14 2 G 136 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-G MISPAIR' ? ? ? hydrog27 hydrog ? ? A C 15 N3 ? ? ? 1_555 B G 144 N1 ? ? 1 C 15 2 G 144 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog28 hydrog ? ? A C 15 N4 ? ? ? 1_555 B G 144 O6 ? ? 1 C 15 2 G 144 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog29 hydrog ? ? A C 15 O2 ? ? ? 1_555 B G 144 N2 ? ? 1 C 15 2 G 144 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog30 hydrog ? ? A A 16 N1 ? ? ? 1_555 B U 143 N3 ? ? 1 A 16 2 U 143 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog31 hydrog ? ? A A 16 N6 ? ? ? 1_555 B U 143 O4 ? ? 1 A 16 2 U 143 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog32 hydrog ? ? A G 17 N1 ? ? ? 1_555 B C 142 N3 ? ? 1 G 17 2 C 142 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog33 hydrog ? ? 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LA GLU 114 5225 1 Y 1 v GLY 115 ? LA GLY 115 5226 1 Y 1 v GLY 116 ? LA GLY 116 5227 1 Y 1 v ALA 117 ? LA ALA 117 5228 1 Y 1 v ARG 118 ? LA ARG 118 5229 1 Y 1 v ILE 119 ? LA ILE 119 5230 1 Y 1 v GLN 120 ? LA GLN 120 5231 1 Y 1 v ARG 121 ? LA ARG 121 5232 1 Y 1 v ASP 122 ? LA ASP 122 5233 1 Y 1 v LYS 123 ? LA LYS 123 5234 1 Y 1 v ASN 124 ? LA ASN 124 5235 1 Y 1 v GLY 125 ? LA GLY 125 5236 1 Y 1 v ASP 126 ? LA ASP 126 5237 1 Y 1 v VAL 127 ? LA VAL 127 5238 1 Y 1 v VAL 128 ? LA VAL 128 5239 1 Y 1 v ARG 129 ? LA ARG 129 5240 1 Y 1 v VAL 130 ? LA VAL 130 5241 1 Y 1 v VAL 131 ? LA VAL 131 5242 1 Y 1 v TYR 132 ? LA TYR 132 5243 1 Y 1 v GLY 133 ? LA GLY 133 5244 1 Y 1 v LYS 134 ? LA LYS 134 5245 1 Y 1 v LYS 135 ? LA LYS 135 5246 1 Y 1 v LYS 136 ? LA LYS 136 5247 1 Y 1 v ASN 137 ? LA ASN 137 5248 1 Y 1 v PHE 138 ? LA PHE 138 5249 1 Y 1 v ASP 139 ? LA ASP 139 5250 1 Y 1 v ALA 140 ? LA ALA 140 5251 1 Y 1 v ASP 141 ? LA ASP 141 5252 1 Y 1 v GLU 142 ? LA GLU 142 5253 1 Y 1 v ASP 143 ? 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MA ASN 8 5284 1 Y 1 x ILE 9 ? MA ILE 9 5285 1 Y 1 x THR 10 ? MA THR 10 5286 1 Y 1 x ASP 67 ? MA ASP 67 5287 1 Y 1 x GLU 68 ? MA GLU 68 5288 1 Y 1 x THR 69 ? MA THR 69 5289 1 Y 1 x ILE 70 ? MA ILE 70 5290 1 Y 1 x ASN 71 ? MA ASN 71 5291 1 Y 1 x LYS 72 ? MA LYS 72 5292 1 Y 1 x GLU 73 ? MA GLU 73 5293 1 Y 1 x VAL 74 ? MA VAL 74 5294 1 Y 1 x GLU 75 ? MA GLU 75 5295 1 Y 1 x GLY 76 ? MA GLY 76 5296 1 Y 1 x ASP 77 ? MA ASP 77 5297 1 Y 1 x VAL 181 ? MA VAL 181 5298 1 Y 1 x LYS 182 ? MA LYS 182 5299 1 Y 1 x LYS 183 ? MA LYS 183 5300 1 Y 1 x ILE 184 ? MA ILE 184 5301 1 Y 1 x VAL 185 ? MA VAL 185 5302 1 Y 1 x GLY 186 ? MA GLY 186 5303 1 Y 1 x LEU 295 ? MA LEU 295 5304 1 Y 1 y PRO 119 ? NA PRO 119 5305 1 Y 1 y ASP 120 ? NA ASP 120 5306 1 Y 1 y ILE 121 ? NA ILE 121 5307 1 Y 1 y ASP 122 ? NA ASP 122 5308 1 Y 1 y ARG 123 ? NA ARG 123 5309 1 Y 1 y ARG 139 ? NA ARG 139 5310 1 Y 1 y GLN 140 ? NA GLN 140 5311 1 Y 1 y THR 141 ? NA THR 141 5312 1 Y 1 y ASP 226 ? NA ASP 226 5313 1 Y 1 y ALA 227 ? 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'Tris pH8' # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 559292 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Saccharomyces cerevisiae S288C' _em_entity_assembly_naturalsource.strain 'S288C-derivative laboratory strain' _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 86.09 _em_image_recording.average_exposure_time 5.16 _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode INTEGRATING _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? 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