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12 ;MIPLQHGLILAAILFVLGLTGLVIRRNLLFMLIGLEIMINASALAFVVAGSYWGQTDGQVMYILAISLAAAEASIGLALL LQLHRRRQNLNIDSVSEMRG ; 1 13 UNP A0A140N7W8_ECOBD A0A140N7W8 ? 13 ;MEFAFYICGLIAILATLRVITHTNPVHALLYLIISLLAISGVFFSLGAYFAGALEIIVYAGAIMVLFVFVVMMLNLGGSE IEQERQWLKPQVWIGPAILSAIMLVVIVYAILGVNDQGIDGTPISAKAVGITLFGPYVLAVELASMLLLAGLVVAFHVGR EERAGEVLSNRKDDSAKRKTEEHA ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7P7M F 1 ? 439 ? 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'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CA non-polymer . 'CALCIUM ION' ? 'Ca 2' 40.078 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 FES non-polymer . 'FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER' ? 'Fe2 S2' 175.820 FMN non-polymer . 'FLAVIN MONONUCLEOTIDE' 'RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE' 'C17 H21 N4 O9 P' 456.344 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HQH non-polymer . 'Piericidin A' ? 'C25 H37 N O4' 415.566 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LFA non-polymer . EICOSANE 'LIPID FRAGMENT' 'C20 H42' 282.547 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 SF4 non-polymer . 'IRON/SULFUR CLUSTER' ? 'Fe4 S4' 351.640 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7P7M _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.B_iso_max ? _refine.B_iso_mean 86.66 _refine.B_iso_min ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.details ? _refine.diff_density_max ? _refine.diff_density_max_esd ? _refine.diff_density_min ? _refine.diff_density_min_esd ? _refine.diff_density_rms ? _refine.diff_density_rms_esd ? _refine.entry_id 7P7M _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.ls_abs_structure_details ? _refine.ls_abs_structure_Flack ? _refine.ls_abs_structure_Flack_esd ? _refine.ls_abs_structure_Rogers ? _refine.ls_abs_structure_Rogers_esd ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_extinction_coef ? _refine.ls_extinction_coef_esd ? _refine.ls_extinction_expression ? _refine.ls_extinction_method ? _refine.ls_goodness_of_fit_all ? _refine.ls_goodness_of_fit_all_esd ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs ? _refine.ls_goodness_of_fit_obs_esd ? _refine.ls_hydrogen_treatment ? _refine.ls_matrix_type ? _refine.ls_number_constraints ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_work ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_Fsqd_factor_obs ? _refine.ls_R_I_factor_obs ? _refine.ls_redundancy_reflns_all ? _refine.ls_redundancy_reflns_obs ? _refine.ls_restrained_S_all ? _refine.ls_restrained_S_obs ? _refine.ls_shift_over_esd_max ? _refine.ls_shift_over_esd_mean ? _refine.ls_structure_factor_coef ? _refine.ls_weighting_details ? _refine.ls_weighting_scheme ? _refine.ls_wR_factor_all ? _refine.ls_wR_factor_obs ? _refine.ls_wR_factor_R_free ? _refine.ls_wR_factor_R_work ? _refine.occupancy_max ? _refine.occupancy_min ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.pdbx_R_complete ? _refine.ls_R_factor_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_gt ? _refine.ls_goodness_of_fit_ref ? _refine.ls_shift_over_su_max ? _refine.ls_shift_over_su_max_lt ? _refine.ls_shift_over_su_mean ? _refine.ls_shift_over_su_mean_lt ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_ls_sigma_Fsqd ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method NONE _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values 'GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2' _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_real_space_R ? _refine.pdbx_density_correlation ? _refine.pdbx_pd_number_of_powder_patterns ? _refine.pdbx_pd_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_meas_number_of_points ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_R_factor ? _refine.pdbx_pd_proc_ls_prof_wR_factor ? _refine.pdbx_pd_Marquardt_correlation_coeff ? _refine.pdbx_pd_Fsqrd_R_factor ? _refine.pdbx_pd_ls_matrix_band_width ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.overall_SU_R_free ? _refine.overall_FOM_free_R_set ? _refine.overall_FOM_work_R_set ? _refine.pdbx_average_fsc_overall ? _refine.pdbx_average_fsc_work ? _refine.pdbx_average_fsc_free ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.004 ? 38318 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.731 ? 51983 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 12.424 ? 5621 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.046 ? 5802 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 6515 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7P7M _struct.title 'Complex I from E. coli, DDM/LMNG-purified, inhibited by Piericidin A, Open state' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7P7M _struct_keywords.text 'Complex I, NADH, Quinone, PROTON TRANSPORT' _struct_keywords.pdbx_keywords 'PROTON TRANSPORT' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? Q N N 14 ? R N N 14 ? S N N 14 ? T N N 16 ? U N N 17 ? V N N 18 ? W N N 14 ? X N N 14 ? Y N N 14 ? Z N N 19 ? AA N N 18 ? BA N N 18 ? CA N N 20 ? DA N N 18 ? EA N N 18 ? FA N N 18 ? GA N N 18 ? HA N N 18 ? IA N N 18 ? JA N N 20 ? KA N N 20 ? LA N N 18 ? MA N N 18 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 1 LEU A 23 ? SER A 28 ? LEU F 26 SER F 31 1 ? 6 HELX_P HELX_P2 2 GLU A 33 ? GLY A 41 ? GLU F 36 GLY F 44 1 ? 9 HELX_P HELX_P3 3 PRO A 44 ? 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ARG F 416 PHE F 419 1 ? 4 HELX_P HELX_P18 18 ALA B 6 ? HIS B 17 ? ALA E 16 HIS E 27 1 ? 12 HELX_P HELX_P19 19 ALA B 25 ? ARG B 37 ? ALA E 35 ARG E 47 1 ? 13 HELX_P HELX_P20 20 GLY B 43 ? LEU B 52 ? GLY E 53 LEU E 62 1 ? 10 HELX_P HELX_P21 21 ALA B 56 ? PHE B 65 ? ALA E 66 PHE E 75 1 ? 10 HELX_P HELX_P22 22 VAL B 85 ? ILE B 89 ? VAL E 95 ILE E 99 1 ? 5 HELX_P HELX_P23 23 TYR B 92 ? LEU B 103 ? TYR E 102 LEU E 113 1 ? 12 HELX_P HELX_P24 24 ALA B 147 ? LEU B 152 ? ALA E 157 LEU E 162 1 ? 6 HELX_P HELX_P25 25 LEU C 18 ? SER C 24 ? LEU G 21 SER G 27 1 ? 7 HELX_P HELX_P26 26 GLU C 81 ? MET C 95 ? GLU G 84 MET G 98 1 ? 15 HELX_P HELX_P27 27 HIS C 112 ? MET C 119 ? HIS G 115 MET G 122 1 ? 8 HELX_P HELX_P28 28 ARG C 155 ? TYR C 163 ? ARG G 158 TYR G 166 1 ? 9 HELX_P HELX_P29 29 SER C 193 ? ILE C 199 ? SER G 196 ILE G 202 1 ? 7 HELX_P HELX_P30 30 LYS C 208 ? GLU C 212 ? LYS G 211 GLU G 215 1 ? 5 HELX_P HELX_P31 31 ASP C 263 ? PHE C 267 ? ASP G 266 PHE G 270 1 ? 5 HELX_P HELX_P32 32 GLY C 270 ? 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G CYS 156 G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? ? metalc19 metalc ? ? C CYS 156 SG ? ? ? 1_555 R SF4 . FE3 ? ? G CYS 159 G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc20 metalc ? ? C CYS 200 SG ? ? ? 1_555 R SF4 . FE4 ? ? G CYS 203 G SF4 1002 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.330 ? ? metalc21 metalc ? ? C CYS 227 SG ? ? ? 1_555 S SF4 . FE1 ? ? G CYS 230 G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.320 ? ? metalc22 metalc ? ? C CYS 230 SG ? ? ? 1_555 S SF4 . FE4 ? ? G CYS 233 G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.322 ? ? metalc23 metalc ? ? C CYS 234 SG ? ? ? 1_555 S SF4 . FE3 ? ? G CYS 237 G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.321 ? ? metalc24 metalc ? ? C CYS 262 SG ? ? ? 1_555 S SF4 . FE2 ? ? G CYS 265 G SF4 1003 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.326 ? ? metalc25 metalc ? ? C ASP 616 OD2 ? ? ? 1_555 U CA . CA ? ? G ASP 619 G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.514 ? ? metalc26 metalc ? ? C GLN 631 OE1 ? ? ? 1_555 U CA . CA ? ? G GLN 634 G CA 1005 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.452 ? ? metalc27 metalc ? ? C GLU 646 OE2 ? ? ? 1_555 U CA . 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I CYS 109 I SF4 201 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.332 ? ? # _struct_conn_type.id metalc _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 LYS 197 A . ? LYS 200 F PRO 198 A ? PRO 201 F 1 1.75 2 PRO 198 A . ? PRO 201 F PRO 199 A ? PRO 202 F 1 0.89 3 GLY 130 B . ? GLY 140 E PRO 131 B ? 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ILE J 83 ? ILE M 77 ILE M 83 AD 1 MET K 61 ? VAL K 63 ? MET N 61 VAL N 63 AD 2 MET K 67 ? VAL K 69 ? 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