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EMDB EMD-13368 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details '4x187 nucleosome 2' _pdbx_database_related.db_id EMD-13368 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7PF5 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-08-11 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Dombrowski, M.' 1 ? 'Cramer, P.' 2 ? # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country US _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Nat.Struct.Mol.Biol. _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1545-9985 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 29 _citation.language ? _citation.page_first 493 _citation.page_last 501 _citation.title 'Histone H1 binding to nucleosome arrays depends on linker DNA length and trajectory.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.1038/s41594-022-00768-w _citation.pdbx_database_id_PubMed 35581345 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Dombrowski, M.' 1 0000-0001-5682-1295 primary 'Engeholm, M.' 2 ? primary 'Dienemann, C.' 3 ? primary 'Dodonova, S.' 4 0000-0002-5002-8138 primary 'Cramer, P.' 5 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7PF5 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7PF5 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Histone H3.2' 15389.036 2 ? ? ? ? 2 polymer man 'Histone H4' 11394.426 2 ? ? ? ? 3 polymer man 'Histone H2A type 1-B/E' 16344.873 2 ? ? ? ? 4 polymer man 'Histone H2B type 1-K' 13921.213 2 ? ? ? ? 5 polymer man 'DNA (167-MER)' 51798.988 1 ? ? ? ? 6 polymer man 'DNA (167-MER)' 51309.676 1 ? ? ? ? 7 polymer man 'Histone H1.4' 21800.326 1 ? ? ? ? # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'Histone H3/m,Histone H3/o' 3 'Histone H2A.2,Histone H2A/a,Histone H2A/m' 4 'H2B K,HIRA-interacting protein 1' 7 'Histone H1b,Histone H1s-4' # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLAAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; a,e ? 2 'polypeptide(L)' no no ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; b,f ? 3 'polypeptide(L)' no no ;HHHHHHENLYFQSNAPWMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEI LELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;HHHHHHENLYFQSNAPWMSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEI LELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; c,g ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; d,h ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DT)(DG) ; ;TACTTACATGACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGG ACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGCG GCCAGTG ; J ? 6 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DT) (DG)(DT)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) ; ;CACTGGCCGCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTAC GCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTCAT GTAAGTA ; I ? 7 'polypeptide(L)' no no ;SETAPAAPAAPAPAEKTPVKKKARKSAGAAKRKASGPPVSELITKAVAASKERSGVSLAALKKALAAAGYDVEKNNSRIK LGLKSLVSKGTLVQTKGTGASGSFKLNKKAASGEAKPKAKKAGAAKAKKPAGAAKKPKKATGAATPKKSAKKTPKKAKKP AAAAGAKKAKSPKKAKAAKPKKAPKSPAKAKAVKPKAAKPKTAKPKAAKPKKAAAKKK ; ;SETAPAAPAAPAPAEKTPVKKKARKSAGAAKRKASGPPVSELITKAVAASKERSGVSLAALKKALAAAGYDVEKNNSRIK LGLKSLVSKGTLVQTKGTGASGSFKLNKKAASGEAKPKAKKAGAAKAKKPAGAAKKPKKATGAATPKKSAKKTPKKAKKP AAAAGAKKAKSPKKAKAAKPKKAPKSPAKAKAVKPKAAKPKTAKPKAAKPKKAAAKKK ; u ? # loop_ _entity_poly_seq.entity_id _entity_poly_seq.num _entity_poly_seq.mon_id _entity_poly_seq.hetero 1 1 MET n 1 2 ALA n 1 3 ARG n 1 4 THR n 1 5 LYS n 1 6 GLN n 1 7 THR n 1 8 ALA n 1 9 ARG n 1 10 LYS n 1 11 SER n 1 12 THR n 1 13 GLY n 1 14 GLY n 1 15 LYS n 1 16 ALA n 1 17 PRO n 1 18 ARG n 1 19 LYS n 1 20 GLN n 1 21 LEU n 1 22 ALA n 1 23 THR n 1 24 LYS n 1 25 ALA n 1 26 ALA n 1 27 ARG n 1 28 LYS n 1 29 SER n 1 30 ALA n 1 31 PRO n 1 32 ALA n 1 33 THR n 1 34 GLY n 1 35 GLY n 1 36 VAL n 1 37 LYS n 1 38 LYS n 1 39 PRO n 1 40 HIS n 1 41 ARG n 1 42 TYR n 1 43 ARG n 1 44 PRO n 1 45 GLY n 1 46 THR n 1 47 VAL n 1 48 ALA n 1 49 LEU n 1 50 ARG n 1 51 GLU n 1 52 ILE n 1 53 ARG n 1 54 ARG n 1 55 TYR n 1 56 GLN n 1 57 LYS n 1 58 SER n 1 59 THR n 1 60 GLU n 1 61 LEU n 1 62 LEU n 1 63 ILE n 1 64 ARG n 1 65 LYS n 1 66 LEU n 1 67 PRO n 1 68 PHE n 1 69 GLN n 1 70 ARG n 1 71 LEU n 1 72 VAL n 1 73 ARG n 1 74 GLU n 1 75 ILE n 1 76 ALA n 1 77 GLN n 1 78 ASP n 1 79 PHE n 1 80 LYS n 1 81 THR n 1 82 ASP n 1 83 LEU n 1 84 ARG n 1 85 PHE n 1 86 GLN n 1 87 SER n 1 88 SER n 1 89 ALA n 1 90 VAL n 1 91 MET n 1 92 ALA n 1 93 LEU n 1 94 GLN n 1 95 GLU n 1 96 ALA n 1 97 SER n 1 98 GLU n 1 99 ALA n 1 100 TYR n 1 101 LEU n 1 102 VAL n 1 103 GLY n 1 104 LEU n 1 105 PHE n 1 106 GLU n 1 107 ASP n 1 108 THR n 1 109 ASN n 1 110 LEU n 1 111 ALA n 1 112 ALA n 1 113 ILE n 1 114 HIS n 1 115 ALA n 1 116 LYS n 1 117 ARG n 1 118 VAL n 1 119 THR n 1 120 ILE n 1 121 MET n 1 122 PRO n 1 123 LYS n 1 124 ASP n 1 125 ILE n 1 126 GLN n 1 127 LEU n 1 128 ALA n 1 129 ARG n 1 130 ARG n 1 131 ILE n 1 132 ARG n 1 133 GLY n 1 134 GLU n 1 135 ARG n 1 136 ALA n 2 1 MET n 2 2 SER n 2 3 GLY n 2 4 ARG n 2 5 GLY n 2 6 LYS n 2 7 GLY n 2 8 GLY n 2 9 LYS n 2 10 GLY n 2 11 LEU n 2 12 GLY n 2 13 LYS n 2 14 GLY n 2 15 GLY n 2 16 ALA n 2 17 LYS n 2 18 ARG n 2 19 HIS n 2 20 ARG n 2 21 LYS n 2 22 VAL n 2 23 LEU n 2 24 ARG n 2 25 ASP n 2 26 ASN n 2 27 ILE n 2 28 GLN n 2 29 GLY n 2 30 ILE n 2 31 THR n 2 32 LYS n 2 33 PRO n 2 34 ALA n 2 35 ILE n 2 36 ARG n 2 37 ARG n 2 38 LEU n 2 39 ALA n 2 40 ARG n 2 41 ARG n 2 42 GLY n 2 43 GLY n 2 44 VAL n 2 45 LYS n 2 46 ARG n 2 47 ILE n 2 48 SER n 2 49 GLY n 2 50 LEU n 2 51 ILE n 2 52 TYR n 2 53 GLU n 2 54 GLU n 2 55 THR n 2 56 ARG n 2 57 GLY n 2 58 VAL n 2 59 LEU n 2 60 LYS n 2 61 VAL n 2 62 PHE n 2 63 LEU n 2 64 GLU n 2 65 ASN n 2 66 VAL n 2 67 ILE n 2 68 ARG n 2 69 ASP n 2 70 ALA n 2 71 VAL n 2 72 THR n 2 73 TYR n 2 74 THR n 2 75 GLU n 2 76 HIS n 2 77 ALA n 2 78 LYS n 2 79 ARG n 2 80 LYS n 2 81 THR n 2 82 VAL n 2 83 THR n 2 84 ALA n 2 85 MET n 2 86 ASP n 2 87 VAL n 2 88 VAL n 2 89 TYR n 2 90 ALA n 2 91 LEU n 2 92 LYS n 2 93 ARG n 2 94 GLN n 2 95 GLY n 2 96 ARG n 2 97 THR n 2 98 LEU n 2 99 TYR n 2 100 GLY n 2 101 PHE n 2 102 GLY n 2 103 GLY n 3 1 HIS n 3 2 HIS n 3 3 HIS n 3 4 HIS n 3 5 HIS n 3 6 HIS n 3 7 GLU n 3 8 ASN n 3 9 LEU n 3 10 TYR n 3 11 PHE n 3 12 GLN n 3 13 SER n 3 14 ASN n 3 15 ALA n 3 16 PRO n 3 17 TRP n 3 18 MET n 3 19 SER n 3 20 GLY n 3 21 ARG n 3 22 GLY n 3 23 LYS n 3 24 GLN n 3 25 GLY n 3 26 GLY n 3 27 LYS n 3 28 ALA n 3 29 ARG n 3 30 ALA n 3 31 LYS n 3 32 ALA n 3 33 LYS n 3 34 THR n 3 35 ARG n 3 36 SER n 3 37 SER n 3 38 ARG n 3 39 ALA n 3 40 GLY n 3 41 LEU n 3 42 GLN n 3 43 PHE n 3 44 PRO n 3 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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 5 1 sample 'Biological sequence' 1 167 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'synthetic construct' 32630 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 6 1 sample 'Biological sequence' 1 167 ? ? ? ? ? ? ? ? ? 'synthetic construct' 32630 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? 7 1 sample 'Biological sequence' 1 218 Human ? 'H1-4, H1F4, HIST1H1E' ? ? ? ? ? ? 'Homo sapiens' 9606 ? ? ? ? ? ? ? ? 'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP H32_HUMAN Q71DI3 ? 1 ;MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFK TDLRFQSSAVMALQEASEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA ; 1 2 UNP H4_HUMAN P62805 ? 2 ;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; 1 3 UNP H2A1B_HUMAN P04908 ? 3 ;MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRII PRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; 1 4 UNP H2B1K_HUMAN O60814 ? 4 ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK ; 1 5 PDB 7PF5 7PF5 ? 5 ? 1 6 PDB 7PF5 7PF5 ? 6 ? 1 7 UNP H14_HUMAN P10412 ? 7 ;SETAPAAPAAPAPAEKTPVKKKARKSAGAAKRKASGPPVSELITKAVAASKERSGVSLAALKKALAAAGYDVEKNNSRIK LGLKSLVSKGTLVQTKGTGASGSFKLNKKAASGEAKPKAKKAGAAKAKKPAGAAKKPKKATGAATPKKSAKKTPKKAKKP AAAAGAKKAKSPKKAKAAKPKKAPKSPAKAKAVKPKAAKPKTAKPKAAKPKKAAAKKK ; 2 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7PF5 a 1 ? 136 ? Q71DI3 1 ? 136 ? 0 135 2 2 7PF5 b 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 3 3 7PF5 c 18 ? 147 ? P04908 1 ? 130 ? 0 129 4 4 7PF5 d 1 ? 126 ? O60814 1 ? 126 ? 0 125 5 1 7PF5 e 1 ? 136 ? Q71DI3 1 ? 136 ? 0 135 6 2 7PF5 f 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 7 3 7PF5 g 18 ? 147 ? P04908 1 ? 130 ? 0 129 8 4 7PF5 h 1 ? 126 ? O60814 1 ? 126 ? 0 125 9 5 7PF5 J 1 ? 167 ? 7PF5 385 ? 551 ? 385 551 10 6 7PF5 I 1 ? 167 ? 7PF5 198 ? 364 ? 198 364 11 7 7PF5 u 1 ? 218 ? P10412 2 ? 219 ? 1 218 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 1 7PF5 ALA a 111 ? UNP Q71DI3 CYS 111 'engineered mutation' 110 1 3 7PF5 HIS c 1 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -17 2 3 7PF5 HIS c 2 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -16 3 3 7PF5 HIS c 3 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -15 4 3 7PF5 HIS c 4 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -14 5 3 7PF5 HIS c 5 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -13 6 3 7PF5 HIS c 6 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -12 7 3 7PF5 GLU c 7 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -11 8 3 7PF5 ASN c 8 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -10 9 3 7PF5 LEU c 9 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -9 10 3 7PF5 TYR c 10 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -8 11 3 7PF5 PHE c 11 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -7 12 3 7PF5 GLN c 12 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -6 13 3 7PF5 SER c 13 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -5 14 3 7PF5 ASN c 14 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -4 15 3 7PF5 ALA c 15 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -3 16 3 7PF5 PRO c 16 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -2 17 3 7PF5 TRP c 17 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -1 18 5 7PF5 ALA e 111 ? UNP Q71DI3 CYS 111 'engineered mutation' 110 19 7 7PF5 HIS g 1 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -17 20 7 7PF5 HIS g 2 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -16 21 7 7PF5 HIS g 3 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -15 22 7 7PF5 HIS g 4 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -14 23 7 7PF5 HIS g 5 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -13 24 7 7PF5 HIS g 6 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -12 25 7 7PF5 GLU g 7 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -11 26 7 7PF5 ASN g 8 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -10 27 7 7PF5 LEU g 9 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -9 28 7 7PF5 TYR g 10 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -8 29 7 7PF5 PHE g 11 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -7 30 7 7PF5 GLN g 12 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -6 31 7 7PF5 SER g 13 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -5 32 7 7PF5 ASN g 14 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -4 33 7 7PF5 ALA g 15 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -3 34 7 7PF5 PRO g 16 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -2 35 7 7PF5 TRP g 17 ? UNP P04908 ? ? 'expression tag' -1 36 # loop_ _chem_comp.id _chem_comp.type _chem_comp.mon_nstd_flag _chem_comp.name _chem_comp.pdbx_synonyms _chem_comp.formula _chem_comp.formula_weight ALA 'L-peptide linking' y ALANINE ? 'C3 H7 N O2' 89.093 ARG 'L-peptide linking' y ARGININE ? 'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7PF5 _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7PF5 _struct.title 'Nucleosome 2 of the 4x187 nucleosome array containing H1' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7PF5 _struct_keywords.text 'Chromatin, Nucleosomes, Linker Histone, DNA BINDING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'DNA BINDING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLY A 45 ? SER A 58 ? GLY a 44 SER a 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 64 ? LYS A 80 ? ARG a 63 LYS a 79 1 ? 17 HELX_P HELX_P3 AA3 GLN A 86 ? ALA A 115 ? GLN a 85 ALA a 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 121 ? GLY A 133 ? MET a 120 GLY a 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P5 AA5 ASP B 25 ? ILE B 30 ? ASP b 24 ILE b 29 5 ? 6 HELX_P HELX_P6 AA6 THR B 31 ? GLY B 43 ? THR b 30 GLY b 42 1 ? 13 HELX_P HELX_P7 AA7 LEU B 50 ? LYS B 78 ? LEU b 49 LYS b 77 1 ? 29 HELX_P HELX_P8 AA8 THR B 83 ? GLN B 94 ? THR b 82 GLN b 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P9 AA9 THR C 34 ? GLY C 40 ? THR c 16 GLY c 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P10 AB1 PRO C 44 ? GLY C 55 ? PRO c 26 GLY c 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P11 AB2 ALA C 63 ? ASN C 91 ? ALA c 45 ASN c 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P12 AB3 ILE C 97 ? ASN C 107 ? ILE c 79 ASN c 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P13 AB4 ASP C 108 ? LEU C 115 ? ASP c 90 LEU c 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P14 AB5 TYR D 38 ? HIS D 50 ? TYR d 37 HIS d 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P15 AB6 SER D 56 ? ASN D 85 ? SER d 55 ASN d 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P16 AB7 THR D 91 ? LEU D 103 ? THR d 90 LEU d 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P17 AB8 PRO D 104 ? SER D 124 ? PRO d 103 SER d 123 1 ? 21 HELX_P HELX_P18 AB9 GLY E 45 ? SER E 58 ? GLY e 44 SER e 57 1 ? 14 HELX_P HELX_P19 AC1 ARG E 64 ? ASP E 78 ? ARG e 63 ASP e 77 1 ? 15 HELX_P HELX_P20 AC2 GLN E 86 ? ALA E 115 ? GLN e 85 ALA e 114 1 ? 30 HELX_P HELX_P21 AC3 MET E 121 ? GLY E 133 ? MET e 120 GLY e 132 1 ? 13 HELX_P HELX_P22 AC4 THR F 31 ? GLY F 42 ? THR f 30 GLY f 41 1 ? 12 HELX_P HELX_P23 AC5 LEU F 50 ? ALA F 77 ? LEU f 49 ALA f 76 1 ? 28 HELX_P HELX_P24 AC6 THR F 83 ? GLN F 94 ? THR f 82 GLN f 93 1 ? 12 HELX_P HELX_P25 AC7 THR G 34 ? GLY G 40 ? THR g 16 GLY g 22 1 ? 7 HELX_P HELX_P26 AC8 PRO G 44 ? GLY G 55 ? PRO g 26 GLY g 37 1 ? 12 HELX_P HELX_P27 AC9 ALA G 63 ? ASN G 91 ? ALA g 45 ASN g 73 1 ? 29 HELX_P HELX_P28 AD1 ILE G 97 ? ASN G 107 ? ILE g 79 ASN g 89 1 ? 11 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP G 108 ? LEU G 115 ? ASP g 90 LEU g 97 1 ? 8 HELX_P HELX_P30 AD3 TYR H 38 ? HIS H 50 ? TYR h 37 HIS h 49 1 ? 13 HELX_P HELX_P31 AD4 SER H 56 ? ASN H 85 ? SER h 55 ASN h 84 1 ? 30 HELX_P HELX_P32 AD5 THR H 91 ? LEU H 103 ? THR h 90 LEU h 102 1 ? 13 HELX_P HELX_P33 AD6 GLY H 105 ? ALA H 125 ? GLY h 104 ALA h 124 1 ? 21 HELX_P HELX_P34 AD7 PRO K 38 ? LYS K 51 ? PRO u 38 LYS u 51 1 ? 14 HELX_P HELX_P35 AD8 LEU K 58 ? GLY K 69 ? LEU u 58 GLY u 69 1 ? 12 HELX_P HELX_P36 AD9 ASN K 75 ? LYS K 89 ? ASN u 75 LYS u 89 1 ? 15 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role hydrog1 hydrog ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog244 hydrog ? ? I DG 94 N1 ? ? ? 1_555 J DC 74 N3 ? ? J DG 478 I DC 271 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog245 hydrog ? ? I DG 94 N2 ? ? ? 1_555 J DC 74 O2 ? ? J DG 478 I DC 271 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog246 hydrog ? ? I DG 94 O6 ? ? ? 1_555 J DC 74 N4 ? ? J DG 478 I DC 271 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog247 hydrog ? ? I DC 95 N3 ? ? ? 1_555 J DG 73 N1 ? ? J DC 479 I DG 270 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog248 hydrog ? ? I DC 95 N4 ? ? ? 1_555 J DG 73 O6 ? ? J DC 479 I DG 270 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog249 hydrog ? ? I DC 95 O2 ? ? ? 1_555 J DG 73 N2 ? ? J DC 479 I DG 270 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog250 hydrog ? ? I DG 96 N1 ? ? ? 1_555 J DC 72 N3 ? ? J DG 480 I DC 269 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog251 hydrog ? ? I DG 96 N2 ? ? ? 1_555 J DC 72 O2 ? ? J DG 480 I DC 269 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog252 hydrog ? ? I DG 96 O6 ? ? ? 1_555 J DC 72 N4 ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog270 hydrog ? ? I DG 104 N2 ? ? ? 1_555 J DC 64 O2 ? ? J DG 488 I DC 261 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog271 hydrog ? ? I DG 104 O6 ? ? ? 1_555 J DC 64 N4 ? ? J DG 488 I DC 261 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog272 hydrog ? ? I DG 105 N1 ? ? ? 1_555 J DC 63 N3 ? ? J DG 489 I DC 260 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog273 hydrog ? ? I DG 105 N2 ? ? ? 1_555 J DC 63 O2 ? ? J DG 489 I DC 260 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog274 hydrog ? ? I DG 105 O6 ? ? ? 1_555 J DC 63 N4 ? ? J DG 489 I DC 260 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog275 hydrog ? ? I DT 106 N3 ? ? ? 1_555 J DA 62 N1 ? ? J DT 490 I DA 259 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog276 hydrog ? ? I DT 106 O4 ? ? ? 1_555 J DA 62 N6 ? ? J DT 490 I DA 259 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog277 hydrog ? ? I DG 107 N1 ? ? ? 1_555 J DC 61 N3 ? ? J DG 491 I DC 258 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog278 hydrog ? ? I DG 107 N2 ? ? ? 1_555 J DC 61 O2 ? ? 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