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EMDB EMD-13437 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Structure of the human CCAN CENP-A alpha-satellite complex' _pdbx_database_related.db_id EMD-13437 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7PII _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-08-19 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Yatskevich, S.' 1 ? 'Muir, K.W.' 2 ? 'Bellini, D.' 3 ? 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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Yatskevich, S.' 1 ? primary 'Muir, K.W.' 2 ? primary 'Bellini, D.' 3 ? primary 'Zhang, Z.' 4 ? primary 'Yang, J.' 5 ? primary 'Tischer, T.' 6 ? primary 'Predin, M.' 7 ? primary 'Dendooven, T.' 8 ? primary 'McLaughlin, S.H.' 9 ? primary 'Barford, D.' 10 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7PII _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? 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;MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRK TVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG ; B,F ? 3 'polypeptide(L)' no no ;MGSSHHHHHHSPGLEVLFQGPRGMSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLE YLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; ;MGSSHHHHHHSPGLEVLFQGPRGMSGRGKQGGKARAKAKSRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYAERVGAGAPVYLAAVLE YLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK ; C,G ? 4 'polypeptide(L)' no no ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; ;MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSVYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASR LAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSSK ; D,H ? 5 polydeoxyribonucleotide no no ;(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA) 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(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC) (DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT) (DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DA)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC) (DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG) ; ;AATCTGCAAGTGGATATTTGGACCGCTTTGAGGCCTTCGTTGGAAACGGGAATATCTTCACATAAAAACTAAACAGAAGC ATTCTCAGAAACTTCTTTGTGATGATTGCATTCAACTCACAGAGTTGAACATTCCTTTTGATAGAGCAGTTTTGAAACAC TCTTTTTGTAG ; J ? 7 'polypeptide(L)' no no ;MAASGLDHLKNGYRRRFCRPSRARDINTEQGQNVLEILQDCFEEKSLANDFSTNSTKSVPNSTRKIKDTCIQSPSKECQK SHPKSVPVSSKKKEASLQFVVEPSEATNRSVQAHEVHQKILATDVSSKNTPDSKKISSRNINDHHSEADEEFYLSVGSPS VLLDAKTSVSQNVIPSSAQKRETYTFENSVNMLPSSTEVSVKTKKRLNFDDKVMLKKIEIDNKVSDEEDKTSEGQERKPS GSSQNRIRDSEYEIQRQAKKSFSTLFLETVKRKSESSPIVRHAATAPPHSCPPDDTKLIEDEFIIDESDQSFASRSWITI 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LEU n 2 51 ILE n 2 52 TYR n 2 53 GLU n 2 54 GLU n 2 55 THR n 2 56 ARG n 2 57 GLY n 2 58 VAL n 2 59 LEU n 2 60 LYS n 2 61 VAL n 2 62 PHE n 2 63 LEU n 2 64 GLU n 2 65 ASN n 2 66 VAL n 2 67 ILE n 2 68 ARG n 2 69 ASP n 2 70 ALA n 2 71 VAL n 2 72 THR n 2 73 TYR n 2 74 THR n 2 75 GLU n 2 76 HIS n 2 77 ALA n 2 78 LYS n 2 79 ARG n 2 80 LYS n 2 81 THR n 2 82 VAL n 2 83 THR n 2 84 ALA n 2 85 MET n 2 86 ASP n 2 87 VAL n 2 88 VAL n 2 89 TYR n 2 90 ALA n 2 91 LEU n 2 92 LYS n 2 93 ARG n 2 94 GLN n 2 95 GLY n 2 96 ARG n 2 97 THR n 2 98 LEU n 2 99 TYR n 2 100 GLY n 2 101 PHE n 2 102 GLY n 2 103 GLY n 3 1 MET n 3 2 GLY n 3 3 SER n 3 4 SER n 3 5 HIS n 3 6 HIS n 3 7 HIS n 3 8 HIS n 3 9 HIS n 3 10 HIS n 3 11 SER n 3 12 PRO n 3 13 GLY n 3 14 LEU n 3 15 GLU n 3 16 VAL n 3 17 LEU n 3 18 PHE n 3 19 GLN n 3 20 GLY n 3 21 PRO n 3 22 ARG n 3 23 GLY n 3 24 MET n 3 25 SER n 3 26 GLY n 3 27 ARG n 3 28 GLY n 3 29 LYS n 3 30 GLN n 3 31 GLY n 3 32 GLY n 3 33 LYS n 3 34 ALA n 3 35 ARG n 3 36 ALA n 3 37 LYS n 3 38 ALA 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_entity_src_gen.pdbx_host_org_variant _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line _entity_src_gen.pdbx_host_org_atcc _entity_src_gen.pdbx_host_org_culture_collection _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell _entity_src_gen.pdbx_host_org_organelle _entity_src_gen.pdbx_host_org_cellular_location _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector_type _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector _entity_src_gen.host_org_details _entity_src_gen.expression_system_id _entity_src_gen.plasmid_name _entity_src_gen.plasmid_details _entity_src_gen.pdbx_description 1 1 sample 'Biological sequence' 1 140 Human ? 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P49450 1 ? 140 ? 1 140 2 2 7PII B 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 3 3 7PII C 24 ? 153 ? Q93077 1 ? 130 ? 0 129 4 4 7PII D 1 ? 126 ? P62807 1 ? 126 ? 0 125 5 1 7PII E 1 ? 140 ? P49450 1 ? 140 ? 1 140 6 2 7PII F 1 ? 103 ? P62805 1 ? 103 ? 0 102 7 3 7PII G 24 ? 153 ? Q93077 1 ? 130 ? 0 129 8 4 7PII H 1 ? 126 ? P62807 1 ? 126 ? 0 125 9 5 7PII I 1 ? 171 ? 7PII -51 ? 119 ? -51 119 10 6 7PII J 1 ? 171 ? 7PII -119 ? 51 ? -119 51 11 7 7PII K 1 ? 545 ? Q03188 1 ? 545 ? 1 545 12 7 7PII L 1 ? 545 ? Q03188 1 ? 545 ? 1 545 # loop_ _struct_ref_seq_dif.align_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_id_code _struct_ref_seq_dif.mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id _struct_ref_seq_dif.seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_ins_code _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_name _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code _struct_ref_seq_dif.db_mon_id _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_seq_num _struct_ref_seq_dif.details _struct_ref_seq_dif.pdbx_auth_seq_num _struct_ref_seq_dif.pdbx_ordinal 3 7PII MET C 1 ? 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'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DC 'DNA linking' y "2'-DEOXYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7PII _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7PII _struct.title 'Structure of the human CCAN CENP-A alpha-satellite complex' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7PII _struct_keywords.text 'Kinetochore, chromosome segregation, centromere, CELL CYCLE' _struct_keywords.pdbx_keywords 'CELL CYCLE' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 1 ? F N N 2 ? G N N 3 ? H N N 4 ? I N N 5 ? J N N 6 ? K N N 7 ? 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N ASN A 85 O VAL B 82 ? O VAL B 81 AA2 1 2 N LEU A 121 ? N LEU A 121 O ARG B 46 ? O ARG B 45 AA3 1 2 N THR B 97 ? N THR B 96 O THR G 125 ? O THR G 101 AA4 1 2 N ILE C 102 ? N ILE C 78 O GLY D 54 ? O GLY D 53 AA5 1 2 N THR C 125 ? N THR C 101 O THR F 97 ? O THR F 96 AA6 1 2 N ASN E 85 ? N ASN E 85 O VAL F 82 ? O VAL F 81 AA7 1 2 N LEU E 121 ? N LEU E 121 O ARG F 46 ? O ARG F 45 AA8 1 2 N ARG G 66 ? N ARG G 42 O ILE H 90 ? O ILE H 89 AA9 1 2 N ILE G 102 ? N ILE G 78 O GLY H 54 ? O GLY H 53 AB1 1 2 N THR L 516 ? N THR L 516 O SER L 524 ? 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