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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Prouteau, M.' 1 ? primary 'Bourgoint, C.' 2 ? primary 'Felix, J.' 3 ? primary 'Bonadei, L.' 4 ? primary 'Sadian, Y.' 5 ? primary 'Gabus, C.' 6 ? primary 'Savvides, S.N.' 7 ? primary 'Gutsche, I.' 8 ? primary 'Desfosses, A.' 9 ? primary 'Loewith, R.' 10 ? # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7PQH _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? 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Organized in Inhibited Domains) in the sample are composed of Kog1 (P38873), Lst8 (P41318) and Tor2 (P32600) ; 3 polymer man 'Serine/threonine-protein kinase TOR2' 281915.438 4 2.7.1.67,2.7.11.1 ? ? ;S. cerevisiae TOROIDs (TORC1 Organized in Inhibited Domains) in the sample are composed of Kog1 (P38873), Lst8 (P41318) and Tor2 (P32600) ; # loop_ _entity_name_com.entity_id _entity_name_com.name 1 'TORC1 subunit KOG1,Kontroller of growth protein 1,Local anesthetic-sensitive protein 24' 2 'TORC subunit LST8,Lethal with SEC13 protein 8' 3 ;Dominant rapamycin resistance protein 2,Phosphatidylinositol 4-kinase TOR2,PI4-kinase TOR2,PI4K TOR2,PtdIns-4-kinase TOR2,Target of rapamycin kinase 2,Temperature-sensitive CSG2 suppressor protein 14 ; # loop_ _entity_poly.entity_id _entity_poly.type _entity_poly.nstd_linkage _entity_poly.nstd_monomer _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can _entity_poly.pdbx_strand_id _entity_poly.pdbx_target_identifier 1 'polypeptide(L)' no no ;MPEIYGPQPLKPLNTVMRHGFEEQYQSDQLLQSLANDFIFYFDDKRHKTNGNPIPEEDKQRDVNRYYQPITDWKIMKDRQ KTVSAALLLCLNLGVDPPDVMKTHPCARVEAWVDPLNFQDSKKAIEQIGKNLQAQYETLSLRTRYKQSLDPCVEDVKRFC NSLRRTSKEDRILFHYNGHGVPKPTKSGEIWVFNRGYTQYIPVSLYDLQTWLGAPCIFVYDCNSAENILINFQKFVQKRI KDDEEGNHDVAAPSPTSAYQDCFQLASCTSDELLLMSPELPADLFSCCLTCPIEISIRIFLMQSPLKDSKYKIFFENSTS NQPFGDSKNSFKSKIPNVNIPGMLSDRRTPLGELNWIFTAITDTIAWTSLPRPLFKKLFRHDLMIAALFRNFLLAKRIMP WYNCHPVSDPELPDSITTHPMWKSWDLAMDEVLTKIVIDLKNAPPATALESQMILQQQETLQNGGSSKSNAQDTKAGSIQ TQSRFAVANLSTMSLVNNPALQSRKSISLQSSQQQLQQQQQQQQQFTGFFEQNLTAFELWLKYASNVRHPPEQLPIVLQV LLSQVHRIRALVLLSRFLDLGPWAVYLSLSIGIFPYVLKLLQSPAPELKPILVFIWARIMSIDYKNTQSELIKEKGYMYF VTVLVPDWGVNGMSATNGSAMINSGNPLTMTASQNINGPSSRYYERQQGNRTSNLGHNNLPFYHSNDTTDEQKAMAVFVL ASFVRNFPLGQKNCFSLELVNKLCFYIDNSEIPLLRQWCVILLGLLFADNPLNRFVCMNTGAVEILLKSLKDPVPEVRTA SIFALKHFISGFQDAEVILRLQQEFEEQYQQLHSQLQHLQNQSHLQQQQSQQQQQHLEQQQMKIEKQIRHCQVMQNQLEV IDLRKLKRQEIGNLISILPLINDGSSLVRKELVVYFSHIVSRYSNFFIVVVFNDLLEEIKLLEKSDINTRNTSDKYSVSQ 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3 'polypeptide(L)' no no ;MNKYINKYTTPPNLLSLRQRAEGKHRTRKKLTHKSHSHDDEMSTTSNTDSNHNGPNDSGRVITGSAGHIGKISFVDSELD TTFSTLNLIFDKLKSDVPQERASGANELSTTLTSLAREVSAEQFQRFSNSLNNKIFELIHGFTSSEKIGGILAVDTLISF YLSTEELPNQTSRLANYLRVLIPSSDIEVMRLAANTLGRLTVPGGTLTSDFVEFEVRTCIDWLTLTADNNSSSSKLEYRR HAALLIIKALADNSPYLLYPYVNSILDNIWVPLRDAKLIIRLDAAVALGKCLTIIQDRDPALGKQWFQRLFQGCTHGLSL NTNDSVHATLLVFRELLSLKAPYLRDKYDDIYKSTMKYKEYKFDVIRREVYAILPLLAAFDPAIFTKKYLDRIMVHYLRY LKNIDMNAANNSDKPFILVSIGDIAFEVGSSISPYMTLILDNIREGLRTKFKVRKQFEKDLFYCIGKLACALGPAFAKHL NKDLLNLMLNCPMSDHMQETLMILNEKIPSLESTVNSRILNLLSISLSGEKFIQSNQYDFNNQFSIEKARKSRNQSFMKK TGESNDDITDAQILIQCFKMLQLIHHQYSLTEFVRLITISYIEHEDSSVRKLAALTSCDLFIKDDICKQTSVHALHSVSE VLSKLLMIAITDPVAEIRLEILQHLGSNFDPQLAQPDNLRLLFMALNDEIFGIQLEAIKIIGRLSSVNPAYVVPSLRKTL LELLTQLKFSNMPKKKEESATLLCTLINSSDEVAKPYIDPILDVILPKCQDASSAVASTALKVLGELSVVGGKEMTRYLK ELMPLIINTFQDQSNSFKRDAALTTLGQLAASSGYVVGPLLDYPELLGILINILKTENNPHIRRGTVRLIGILGALDPYK HREIEVTSNSKSSVEQNAPSIDIALLMQGVSPSNDEYYPTVVIHNLMKILNDPSLSIHHTAAIQAIMHIFQNLGLRCVSF 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'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP KOG1_YEAST P38873 ? 1 ;MPEIYGPQPLKPLNTVMRHGFEEQYQSDQLLQSLANDFIFYFDDKRHKTNGNPIPEEDKQRDVNRYYQPITDWKIMKDRQ KTVSAALLLCLNLGVDPPDVMKTHPCARVEAWVDPLNFQDSKKAIEQIGKNLQAQYETLSLRTRYKQSLDPCVEDVKRFC NSLRRTSKEDRILFHYNGHGVPKPTKSGEIWVFNRGYTQYIPVSLYDLQTWLGAPCIFVYDCNSAENILINFQKFVQKRI KDDEEGNHDVAAPSPTSAYQDCFQLASCTSDELLLMSPELPADLFSCCLTCPIEISIRIFLMQSPLKDSKYKIFFENSTS NQPFGDSKNSFKSKIPNVNIPGMLSDRRTPLGELNWIFTAITDTIAWTSLPRPLFKKLFRHDLMIAALFRNFLLAKRIMP WYNCHPVSDPELPDSITTHPMWKSWDLAMDEVLTKIVIDLKNAPPATALESQMILQQQETLQNGGSSKSNAQDTKAGSIQ TQSRFAVANLSTMSLVNNPALQSRKSISLQSSQQQLQQQQQQQQQFTGFFEQNLTAFELWLKYASNVRHPPEQLPIVLQV LLSQVHRIRALVLLSRFLDLGPWAVYLSLSIGIFPYVLKLLQSPAPELKPILVFIWARIMSIDYKNTQSELIKEKGYMYF VTVLVPDWGVNGMSATNGSAMINSGNPLTMTASQNINGPSSRYYERQQGNRTSNLGHNNLPFYHSNDTTDEQKAMAVFVL ASFVRNFPLGQKNCFSLELVNKLCFYIDNSEIPLLRQWCVILLGLLFADNPLNRFVCMNTGAVEILLKSLKDPVPEVRTA SIFALKHFISGFQDAEVILRLQQEFEEQYQQLHSQLQHLQNQSHLQQQQSQQQQQHLEQQQMKIEKQIRHCQVMQNQLEV IDLRKLKRQEIGNLISILPLINDGSSLVRKELVVYFSHIVSRYSNFFIVVVFNDLLEEIKLLEKSDINTRNTSDKYSVSQ GSIFYTVWKSLLILAEDPFLENKELSKQVIDYILLELSAHKELGGPFAVMEKFLLKRSSKAHQTGKFGFNSSQVQFVKSS LRSFSPNERVDNNAFKKEQQQHDPKISHPMRTSLAKLFQSLGFSESNSDSDTQSSNTSMKSHTSKKGPSGLYLLNGNNNI YPTAETPRFRKHTEPLQLPLNSSFLDYSREYFQEPQMKKQEADEPGSVEYNARLWRRNRNETIIQETQGEKKLSIYGNWS KKLISLNNKSQPKLMKFAQFEDQLITADDRSTITVFDWEKGKTLSKFSNGTPFGTKVTDLKLINEDDSALLLTGSSDGVI KIYRDYQDVDTFKIVSAWRGLTDMLLTPRSTGLLTEWLQIRGSLLTTGDVKVIRVWDAHTETVEVDIPAKTSSLITSLTA DQLAGNIFVAGFADGSLRVYDRRLDPRDSMIRRWRAGNDKQGVWINNVHLQRGGYRELVSGATNGVVELWDIRSEDPVES FVDQNVTSQYGSQQKPTTMTCMQVHEHAPIIATGTKQIKIWTTSGDLLNSFKNSHNNGVTSTLAATGIPKSLSYSSTSDA FLSSMAFHPHRMMIAATNSHDSIVNIYKCEDERIDYF ; 1 2 PDB 7PQH 7PQH ? 1 ? 1558 3 UNP LST8_YEAST P41318 ? 2 ;MSVILVSAGYDHTIRFWEALTGVCSRTIQHSDSQVNRLEITNDKKLLATAGHQNVRLYDIRTTNPNPVASFEGHRGNVTS VSFQQDNRWMVTSSEDGTIKVWDVRSPSIPRNYKHNAPVNEVVIHPNQGELISCDRDGNIRIWDLGENQCTHQLTPEDDT SLQSLSMASDGSMLAAANTKGNCYVWEMPNHTDASHLKPVTKFRAHSTYITRILLSSDVKHLATCSADHTARVWSIDDDF KLETTLDGHQRWVWDCAFSADSAYLVTASSDHYVRLWDLSTREIVRQYGGHHKGAVCVALNDV ; 1 4 UNP TOR2_YEAST P32600 ? 3 ;MNKYINKYTTPPNLLSLRQRAEGKHRTRKKLTHKSHSHDDEMSTTSNTDSNHNGPNDSGRVITGSAGHIGKISFVDSELD TTFSTLNLIFDKLKSDVPQERASGANELSTTLTSLAREVSAEQFQRFSNSLNNKIFELIHGFTSSEKIGGILAVDTLISF YLSTEELPNQTSRLANYLRVLIPSSDIEVMRLAANTLGRLTVPGGTLTSDFVEFEVRTCIDWLTLTADNNSSSSKLEYRR HAALLIIKALADNSPYLLYPYVNSILDNIWVPLRDAKLIIRLDAAVALGKCLTIIQDRDPALGKQWFQRLFQGCTHGLSL NTNDSVHATLLVFRELLSLKAPYLRDKYDDIYKSTMKYKEYKFDVIRREVYAILPLLAAFDPAIFTKKYLDRIMVHYLRY LKNIDMNAANNSDKPFILVSIGDIAFEVGSSISPYMTLILDNIREGLRTKFKVRKQFEKDLFYCIGKLACALGPAFAKHL NKDLLNLMLNCPMSDHMQETLMILNEKIPSLESTVNSRILNLLSISLSGEKFIQSNQYDFNNQFSIEKARKSRNQSFMKK TGESNDDITDAQILIQCFKMLQLIHHQYSLTEFVRLITISYIEHEDSSVRKLAALTSCDLFIKDDICKQTSVHALHSVSE VLSKLLMIAITDPVAEIRLEILQHLGSNFDPQLAQPDNLRLLFMALNDEIFGIQLEAIKIIGRLSSVNPAYVVPSLRKTL LELLTQLKFSNMPKKKEESATLLCTLINSSDEVAKPYIDPILDVILPKCQDASSAVASTALKVLGELSVVGGKEMTRYLK ELMPLIINTFQDQSNSFKRDAALTTLGQLAASSGYVVGPLLDYPELLGILINILKTENNPHIRRGTVRLIGILGALDPYK HREIEVTSNSKSSVEQNAPSIDIALLMQGVSPSNDEYYPTVVIHNLMKILNDPSLSIHHTAAIQAIMHIFQNLGLRCVSF LDQIIPGIILVMRSCPPSQLDFYFQQLGSLISIVKQHIRPHVEKIYGVIREFFPIIKLQITIISVIESISKALEGEFKRF VPETLTFFLDILENDQSNKRIVPIRILKSLVTFGPNLEDYSHLIMPIVVRMTEYSAGSLKKISIITLGRLAKNINLSEMS SRIVQALVRILNNGDRELTKATMNTLSLLLLQLGTDFVVFVPVINKALLRNRIQHSVYDQLVNKLLNNECLPTNIIFDKE NEVPERKNYEDEMQVTKLPVNQNILKNAWYCSQQKTKEDWQEWIRRLSIQLLKESPSACLRSCSSLVSVYYPLARELFNA SFSSCWVELQTSYQEDLIQALCKALSSSENPPEIYQMLLNLVEFMEHDDKPLPIPIHTLGKYAQKCHAFAKALHYKEVEF LEEPKNSTIEALISINNQLHQTDSAIGILKHAQQHNELQLKETWYEKLQRWEDALAAYNEKEAAGEDSVEVMMGKLRSLY ALGEWEELSKLASEKWGTAKPEVKKAMAPLAAGAAWGLEQWDEIAQYTSVMKSQSPDKEFYDAILCLHRNNFKKAEVHIF NARDLLVTELSALVNESYNRAYNVVVRAQIIAELEEIIKYKKLPQNSDKRLTMRETWNTRLLGCQKNIDVWQRILRVRSL VIKPKEDAQVRIKFANLCRKSGRMALAKKVLNTLLEETDDPDHPNTAKASPPVVYAQLKYLWATGLQDEALKQLINFTSR MAHDLGLDPNNMIAQSVPQQSKRVPRHVEDYTKLLARCFLKQGEWRVCLQPKWRLSNPDSILGSYLLATHFDNTWYKAWH NWALANFEVISMLTSVSKKKQEGSDASSVTDINEFDNGMIGVNTFDAKEVHYSSNLIHRHVIPAIKGFFHSISLSESSSL QDALRLLTLWFTFGGIPEATQAMHEGFNLIQIGTWLEVLPQLISRIHQPNQIVSRSLLSLLSDLGKAHPQALVYPLMVAI KSESLSRQKAALSIIEKMRIHSPVLVDQAELVSHELIRMAVLWHEQWYEGLDDASRQFFGEHNTEKMFAALEPLYEMLKR GPETLREISFQNSFGRDLNDAYEWLMNYKKSKDVSNLNQAWDIYYNVFRKIGKQLPQLQTLELQHVSPKLLSAHDLELAV PGTRASGGKPIVKISKFEPVFSVISSKQRPRKFCIKGSDGKDYKYVLKGHEDIRQDSLVMQLFGLVNTLLQNDAECFRRH LDIQQYPAIPLSPKSGLLGWVPNSDTFHVLIREHREAKKIPLNIEHWVMLQMAPDYDNLTLLQKVEVFTYALNNTEGQDL YKVLWLKSRSSETWLERRTTYTRSLAVMSMTGYILGLGDRHPSNLMLDRITGKVIHIDFGDCFEAAILREKFPEKVPFRL TRMLTYAMEVSGIEGSFRITCENVMKVLRDNKGSLMAILEAFAFDPLINWGFDLPTKKIEEETGIQLPVMNANELLSNGA ITEEEVQRVENEHKNAIRNARAMLVLKRITDKLTGNDIRRFNDLDVPEQVDKLIQQATSVENLCQHYIGWCPFW ; 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7PQH A 1 ? 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'C6 H15 N4 O2 1' 175.209 ASN 'L-peptide linking' y ASPARAGINE ? 'C4 H8 N2 O3' 132.118 ASP 'L-peptide linking' y 'ASPARTIC ACID' ? 'C4 H7 N O4' 133.103 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.861 ? 142305 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 5.408 ? 13747 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.051 ? 16205 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.006 ? 18069 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7PQH _struct.title 'Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae TOROID (TORC1 Organized in Inhibited Domains).' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7PQH _struct_keywords.text 'TARGET OF RAPAMYCIN, TORC1, KOG1, LST8, TOR2, FRB DOMAIN, SIGNALING PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'SIGNALING PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 1 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 3 ? G N N 1 ? H N N 3 ? I N N 2 ? J N N 1 ? K N N 3 ? 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ASP K 2033 LYS K 2053 1 ? 21 HELX_P HELX_P567 CK9 GLU K 2062 ? SER K 2067 ? GLU K 2062 SER K 2067 1 ? 6 HELX_P HELX_P568 CL1 SER K 2067 ? ALA K 2073 ? SER K 2067 ALA K 2073 1 ? 7 HELX_P HELX_P569 CL2 ILE K 2133 ? ASP K 2153 ? ILE K 2133 ASP K 2153 1 ? 21 HELX_P HELX_P570 CL3 ASP K 2153 ? HIS K 2160 ? ASP K 2153 HIS K 2160 1 ? 8 HELX_P HELX_P571 CL4 PHE K 2187 ? LYS K 2199 ? PHE K 2187 LYS K 2199 1 ? 13 HELX_P HELX_P572 CL5 ASN K 2203 ? MET K 2212 ? ASN K 2203 MET K 2212 1 ? 10 HELX_P HELX_P573 CL6 LEU K 2222 ? THR K 2235 ? LEU K 2222 THR K 2235 1 ? 14 HELX_P HELX_P574 CL7 GLN K 2238 ? SER K 2248 ? GLN K 2238 SER K 2248 1 ? 11 HELX_P HELX_P575 CL8 SER K 2250 ? GLY K 2276 ? SER K 2250 GLY K 2276 1 ? 27 HELX_P HELX_P576 CL9 GLU K 2304 ? ARG K 2309 ? GLU K 2304 ARG K 2309 1 ? 6 HELX_P HELX_P577 CM1 THR K 2321 ? MET K 2328 ? THR K 2321 MET K 2328 1 ? 8 HELX_P HELX_P578 CM2 GLY K 2335 ? ASN K 2351 ? GLY K 2335 ASN K 2351 1 ? 17 HELX_P HELX_P579 CM3 ASN K 2351 ? GLU K 2360 ? ASN K 2351 GLU K 2360 1 ? 10 HELX_P HELX_P580 CM4 ASN K 2415 ? GLY K 2435 ? ASN K 2415 GLY K 2435 1 ? 21 HELX_P HELX_P581 CM5 ASP K 2445 ? SER K 2459 ? ASP K 2445 SER K 2459 1 ? 15 HELX_P HELX_P582 CM6 VAL K 2460 ? GLN K 2465 ? VAL K 2460 GLN K 2465 1 ? 6 HELX_P HELX_P583 CM7 TYR K 2467 ? CYS K 2471 ? TYR K 2467 CYS K 2471 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? 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anti-parallel AD2 2 3 ? anti-parallel AD3 1 2 ? anti-parallel AD3 2 3 ? anti-parallel AD3 3 4 ? anti-parallel AD4 1 2 ? anti-parallel AD4 2 3 ? anti-parallel AD4 3 4 ? anti-parallel AD5 1 2 ? anti-parallel AD5 2 3 ? anti-parallel AD5 3 4 ? anti-parallel AD6 1 2 ? anti-parallel AD6 2 3 ? anti-parallel AD6 3 4 ? anti-parallel AD7 1 2 ? anti-parallel AD7 2 3 ? anti-parallel AD7 3 4 ? anti-parallel AD7 4 5 ? anti-parallel AD8 1 2 ? anti-parallel AD9 1 2 ? anti-parallel AD9 2 3 ? anti-parallel AE1 1 2 ? anti-parallel AE1 2 3 ? anti-parallel AE1 3 4 ? anti-parallel AE1 4 5 ? anti-parallel AE2 1 2 ? anti-parallel AE2 2 3 ? anti-parallel AE3 1 2 ? parallel AE3 2 3 ? parallel AE3 3 4 ? parallel AE3 4 5 ? parallel AE4 1 2 ? anti-parallel AE5 1 2 ? anti-parallel AE5 2 3 ? anti-parallel AE5 3 4 ? anti-parallel AE6 1 2 ? anti-parallel AE6 2 3 ? anti-parallel AE6 3 4 ? anti-parallel AE7 1 2 ? anti-parallel AE7 2 3 ? anti-parallel AE7 3 4 ? anti-parallel AE8 1 2 ? anti-parallel AE8 2 3 ? anti-parallel AE8 3 4 ? anti-parallel AE9 1 2 ? anti-parallel AE9 2 3 ? anti-parallel AF1 1 2 ? anti-parallel AF1 2 3 ? anti-parallel AF1 3 4 ? anti-parallel AF2 1 2 ? anti-parallel AF2 2 3 ? anti-parallel AF2 3 4 ? anti-parallel AF3 1 2 ? anti-parallel AF3 2 3 ? anti-parallel AF3 3 4 ? anti-parallel AF4 1 2 ? anti-parallel AF5 1 2 ? anti-parallel AF5 2 3 ? anti-parallel AF5 3 4 ? anti-parallel AF6 1 2 ? anti-parallel AF6 2 3 ? anti-parallel AF6 3 4 ? anti-parallel AF7 1 2 ? anti-parallel AF8 1 2 ? anti-parallel AF8 2 3 ? anti-parallel AF8 3 4 ? anti-parallel AF9 1 2 ? anti-parallel AF9 2 3 ? anti-parallel AF9 3 4 ? anti-parallel AG1 1 2 ? anti-parallel AG1 2 3 ? anti-parallel AG2 1 2 ? anti-parallel AG2 2 3 ? anti-parallel AG2 3 4 ? anti-parallel AG3 1 2 ? parallel AG3 2 3 ? parallel AG3 3 4 ? parallel AG3 4 5 ? parallel AG4 1 2 ? anti-parallel AG5 1 2 ? anti-parallel AG5 2 3 ? anti-parallel AG5 3 4 ? anti-parallel AG6 1 2 ? anti-parallel AG6 2 3 ? anti-parallel AG6 3 4 ? anti-parallel AG7 1 2 ? anti-parallel AG7 2 3 ? 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VAL 303 303 ? ? ? L . n # _pdbx_contact_author.id 7 _pdbx_contact_author.email Robbie.Loewith@unige.ch _pdbx_contact_author.name_first Robbie _pdbx_contact_author.name_last Loewith _pdbx_contact_author.name_mi ? _pdbx_contact_author.role 'principal investigator/group leader' _pdbx_contact_author.identifier_ORCID 0000-0002-2482-603X # _pdbx_struct_assembly.id 1 _pdbx_struct_assembly.details author_defined_assembly _pdbx_struct_assembly.method_details ? _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details dodecameric _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count 12 # _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression 1 _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L # _pdbx_struct_oper_list.id 1 _pdbx_struct_oper_list.type 'identity operation' _pdbx_struct_oper_list.name 1_555 _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation ? _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] 0.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] 1.0000000000 _pdbx_struct_oper_list.vector[3] 0.0000000000 # loop_ _pdbx_audit_revision_history.ordinal _pdbx_audit_revision_history.data_content_type _pdbx_audit_revision_history.major_revision _pdbx_audit_revision_history.minor_revision _pdbx_audit_revision_history.revision_date 1 'Structure model' 1 0 2023-01-18 2 'Structure model' 1 1 2023-02-08 3 'Structure model' 1 2 2023-03-29 # _pdbx_audit_revision_details.ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.revision_ordinal 1 _pdbx_audit_revision_details.data_content_type 'Structure model' _pdbx_audit_revision_details.provider repository _pdbx_audit_revision_details.type 'Initial release' _pdbx_audit_revision_details.description ? _pdbx_audit_revision_details.details ? # loop_ _pdbx_audit_revision_group.ordinal _pdbx_audit_revision_group.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_group.data_content_type _pdbx_audit_revision_group.group 1 2 'Structure model' 'Database references' 2 3 'Structure model' 'Database references' # loop_ _pdbx_audit_revision_category.ordinal _pdbx_audit_revision_category.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_category.data_content_type _pdbx_audit_revision_category.category 1 2 'Structure model' citation 2 2 'Structure model' citation_author 3 3 'Structure model' citation # loop_ _pdbx_audit_revision_item.ordinal _pdbx_audit_revision_item.revision_ordinal _pdbx_audit_revision_item.data_content_type _pdbx_audit_revision_item.item 1 2 'Structure model' '_citation.pdbx_database_id_PubMed' 2 2 'Structure model' '_citation.title' 3 2 'Structure model' '_citation_author.identifier_ORCID' 4 3 'Structure model' '_citation.journal_volume' 5 3 'Structure model' '_citation.page_first' 6 3 'Structure model' '_citation.page_last' # _space_group_symop.id 1 _space_group_symop.operation_xyz x,y,z # _software.citation_id ? _software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.19_4092: _software.pdbx_ordinal 1 # _em_3d_fitting.entry_id 7PQH _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Initial homology models of Tor2 and Lst8 were generated using Phyre2, while a model of Kog1 was generated using ITasser. Homology models of Tor2, Lst8 and Kog1 were first manually placed in the final 3D map followed by rigid-body fitting in Chimera. The rigid-body fitted models were subsequently subjected to a round of flexible fitting using Imodfit followed by automatic molecular dynamics flexible fitting using NAMDINATOR. The flexibly fitted structure was then refined using the Phenix software package. ; _em_3d_fitting.overall_b_value ? _em_3d_fitting.ref_protocol OTHER _em_3d_fitting.ref_space ? _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 7PQH _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm ? _em_3d_reconstruction.details ;Based on an initial helical reconstruction in RELION2.0, we performed signal subtraction to generate a set of 219,455 subtracted particles containing one isolated Torc1 assembly per segment. Next, we employed the localrec module in Scipion to crop and re-center the signal subtracted particles in a smaller box of 300 pixels, as well as assigning to each particle a refined defocus based on the helical geometry. Single-particle analysis of the subtracted particles using 3D refinement in RELION2.0, while imposing D1 symmetry, resulted in a map with a resolution of 4.5 Angstrom (FSC = 0.143). We then imported the particles from the RELION2.0 refinement in cryoSPARC 3.01. After 2D classification and class selection, a set of 213808 selected particles was used for Non-Uniform refinement in cryoSPARC 3.01, employing a dynamic mask, imposing D1 symmetry, using the option to keep particles from the same helix in the same half-set, and allowing high-order aberration estimation and correction, which resulted in a final map with a resolution of 3.87 Angstrom (FSC = 0.143). ; _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 218872 _em_3d_reconstruction.resolution 3.87 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 7.5 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ? _em_entity_assembly.name 'TORC1 Organized in Inhibited Domains (TOROID)' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type COMPLEX _em_entity_assembly.entity_id_list 1,2,3 _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7PQH _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 16 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image 2-16 _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7PQH _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen ? _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode OTHER _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 2500 _em_imaging.nominal_defocus_min 800 _em_imaging.nominal_magnification 37000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model ? _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details ? _em_sample_support.grid_material ? _em_sample_support.grid_mesh_size ? _em_sample_support.grid_type 'PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature ? _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ? _em_vitrification.humidity ? _em_vitrification.instrument 'HOMEMADE PLUNGER' _em_vitrification.entry_id 7PQH _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7PQH _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state FILAMENT _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7PQH _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry D2 # loop_ _pdbx_validate_rmsd_angle.id _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_model_num _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_1 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_2 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_atom_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_asym_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_comp_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.auth_seq_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.PDB_ins_code_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.label_alt_id_3 _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_target_value _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_standard_deviation _pdbx_validate_rmsd_angle.linker_flag 1 1 CA A CYS 262 ? ? 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