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EMDB EMD-13664 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'GA1 bacteriophage portal protein' _pdbx_database_related.db_id EMD-13664 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7PV2 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-10-01 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Javed, A.' 1 0000-0002-5829-6057 'Villanueva, H.' 2 0000-0001-8850-856X 'Orlova, E.V.' 3 0000-0003-3371-415X 'Savva, R.' 4 0000-0001-7375-2340 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country CH _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev Viruses _citation.journal_id_ASTM ? _citation.journal_id_CSD ? _citation.journal_id_ISSN 1999-4915 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 13 _citation.language ? _citation.page_first ? _citation.page_last ? _citation.title 'Cryo-EM Structures of Two Bacteriophage Portal Proteins Provide Insights for Antimicrobial Phage Engineering.' _citation.year 2021 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.3390/v13122532 _citation.pdbx_database_id_PubMed 34960800 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Javed, A.' 1 0000-0002-5829-6057 primary 'Villanueva, H.' 2 ? primary 'Shataer, S.' 3 ? primary 'Vasciaveo, S.' 4 ? primary 'Savva, R.' 5 0000-0001-7375-2340 primary 'Orlova, E.V.' 6 0000-0003-3371-415X # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7PV2 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7PV2 _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _entity.id 1 _entity.type polymer _entity.src_method man _entity.pdbx_description 'Head-tail connector (Portal protein)' _entity.formula_weight 35307.801 _entity.pdbx_number_of_molecules 12 _entity.pdbx_ec ? _entity.pdbx_mutation ? _entity.pdbx_fragment ? _entity.details ;In each subunit of the dodecamer, the DNA Tunnel loop residues (232 - 250) has not been modelled due to lack of EM density. Also missing in the pdb structure are 22 residues at the C-terminus and 7 residues at the N-terminus in each chain. ; # _entity_poly.entity_id 1 _entity_poly.type 'polypeptide(L)' _entity_poly.nstd_linkage no _entity_poly.nstd_monomer no _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code ;MLEDGFSYKTIGEIQRRRGNLWFRTYQRYLFSLAYQMFEWQGLPKTVDPIFLEKQLHQRGFVAFYKDEMYGYLGVQGTLS GQINLYNQPNFYTASAPTYQKSFPLYWYDMGEDLNEKGQGIVIYNNLERMPTLDILNLYAMNLAELKETIYVNQNAQKTP VIIKAGDNDLFSMKQVYNKYEGNEPVIFAGKKFNTDDIEVLKTDAPYVADKLTMLFKDQWNEAMTFLGLSNANTDKKERL IQSEVESNNDQIQGSANIYLAPRQEACRLINEYYGLNVSVKLRKELVGNGELHNAIEGNSGMGNTV ; _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ;MLEDGFSYKTIGEIQRRRGNLWFRTYQRYLFSLAYQMFEWQGLPKTVDPIFLEKQLHQRGFVAFYKDEMYGYLGVQGTLS GQINLYNQPNFYTASAPTYQKSFPLYWYDMGEDLNEKGQGIVIYNNLERMPTLDILNLYAMNLAELKETIYVNQNAQKTP VIIKAGDNDLFSMKQVYNKYEGNEPVIFAGKKFNTDDIEVLKTDAPYVADKLTMLFKDQWNEAMTFLGLSNANTDKKERL IQSEVESNNDQIQGSANIYLAPRQEACRLINEYYGLNVSVKLRKELVGNGELHNAIEGNSGMGNTV ; _entity_poly.pdbx_strand_id A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L _entity_poly.pdbx_target_identifier ? 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