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EMDB EMD-13803 ? ? # loop_ _pdbx_database_related.db_name _pdbx_database_related.details _pdbx_database_related.db_id _pdbx_database_related.content_type PDB '7Q3Y contains the full-length, soluble, monomeric somatic angiotensin I-converting enzyme model' 7Q3Y unspecified PDB ;7Q49 contains the N-domain model from local refinement of the full-length, soluble, monomeric somatic angiotensin I-converting enzyme ; 7Q49 unspecified PDB ;7Q4C contains the C-domain model from local refinement of the full-length, soluble, monomeric somatic angiotensin I-converting enzyme ; 7Q4C unspecified EMDB 'EMD-13797 contains the full-length, soluble, monomeric somatic angiotensin I-converting enzyme map from non-uniform refinement' EMD-13797 'other EM volume' EMDB ;EMD-13799 contains the N-domain map from local refinement of the consensus soluble, monomeric somatic angiotensin I-converting enzyme map (EMD-13797) ; EMD-13799 'other EM volume' EMDB ;EMD-13801 contains the C-domain map from local refinement of the consensus soluble, monomeric somatic angiotensin I-converting enzyme map (EMD-13797) ; EMD-13801 'other EM volume' EMDB ;EMD-13802 contains the full-length soluble, dimeric somatic angiotensin I-converting enzyme map from non-uniform refinement used as input for local refinement in this entry ; EMD-13802 'other EM volume' EMDB ;Local refinement structure of the two interacting N-domains of full-length, dimeric, soluble somatic angiotensin I-converting enzyme ; EMD-13803 'associated EM volume' PDB '7Q4E contains the N-domain of the full-length, soluble, dimeric angiotensin I-converting enzyme' 7Q4E unspecified EMDB ;EMD-13804 contains the N-domain of full-length, soluble, dimeric somatic angiotensin I-converting enzyme used as input for local refinement in this entry ; EMD-13804 'other EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7Q4D _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-10-30 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Lubbe, L.' 1 0000-0001-9905-1438 'Sewell, B.T.' 2 0000-0002-6701-2394 'Sturrock, E.D.' 3 0000-0003-2032-7636 # _citation.abstract ? _citation.abstract_id_CAS ? _citation.book_id_ISBN ? _citation.book_publisher ? _citation.book_publisher_city ? _citation.book_title ? _citation.coordinate_linkage ? _citation.country UK _citation.database_id_Medline ? _citation.details ? _citation.id primary _citation.journal_abbrev 'Embo J.' _citation.journal_id_ASTM EMJODG _citation.journal_id_CSD 0897 _citation.journal_id_ISSN 1460-2075 _citation.journal_full ? _citation.journal_issue ? _citation.journal_volume 41 _citation.language ? _citation.page_first e110550 _citation.page_last e110550 _citation.title 'Cryo-EM reveals mechanisms of angiotensin I-converting enzyme allostery and dimerization.' _citation.year 2022 _citation.database_id_CSD ? _citation.pdbx_database_id_DOI 10.15252/embj.2021110550 _citation.pdbx_database_id_PubMed 35818993 _citation.pdbx_database_id_patent ? _citation.unpublished_flag ? # loop_ _citation_author.citation_id _citation_author.name _citation_author.ordinal _citation_author.identifier_ORCID primary 'Lubbe, L.' 1 0000-0001-9905-1438 primary 'Sewell, B.T.' 2 0000-0002-6701-2394 primary 'Woodward, J.D.' 3 0000-0002-7350-8302 primary 'Sturrock, E.D.' 4 0000-0003-2032-7636 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7Q4D _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7Q4D _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # loop_ _entity.id _entity.type _entity.src_method _entity.pdbx_description _entity.formula_weight _entity.pdbx_number_of_molecules _entity.pdbx_ec _entity.pdbx_mutation _entity.pdbx_fragment _entity.details 1 polymer man 'Angiotensin-converting enzyme' 139614.000 2 3.2.1.-,3.4.15.1 P576L ? 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'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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ILE B 264 VAL B 269 1 ? 6 HELX_P HELX_P48 AF3 VAL B 279 ? GLN B 286 ? VAL B 279 GLN B 286 1 ? 8 HELX_P HELX_P49 AF4 ASN B 289 ? LEU B 304 ? ASN B 289 LEU B 304 1 ? 16 HELX_P HELX_P50 AF5 PRO B 310 ? SER B 317 ? PRO B 310 SER B 317 1 ? 8 HELX_P HELX_P51 AF6 THR B 352 ? LYS B 373 ? THR B 352 LYS B 373 1 ? 22 HELX_P HELX_P52 AF7 PRO B 376 ? ARG B 380 ? PRO B 376 ARG B 380 5 ? 5 HELX_P HELX_P53 AF8 GLY B 386 ? THR B 401 ? GLY B 386 THR B 401 1 ? 16 HELX_P HELX_P54 AF9 THR B 401 ? ILE B 408 ? THR B 401 ILE B 408 1 ? 8 HELX_P HELX_P55 AG1 ASP B 417 ? ILE B 433 ? ASP B 417 ILE B 433 1 ? 17 HELX_P HELX_P56 AG2 ALA B 434 ? SER B 451 ? ALA B 434 SER B 451 1 ? 18 HELX_P HELX_P57 AG3 PRO B 455 ? SER B 457 ? PRO B 455 SER B 457 5 ? 3 HELX_P HELX_P58 AG4 ARG B 458 ? GLN B 471 ? ARG B 458 GLN B 471 1 ? 14 HELX_P HELX_P59 AG5 PHE B 484 ? LYS B 489 ? PHE B 484 LYS B 489 5 ? 6 HELX_P HELX_P60 AG6 TYR B 498 ? ALA B 519 ? TYR B 498 ALA B 519 1 ? 22 HELX_P HELX_P61 AG7 PRO B 524 ? CYS B 528 ? 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N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 82 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? A ASN 82 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 117 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? A ASN 117 D NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 289 ND2 ? ? ? 1_555 C NAG . C1 ? ? A ASN 289 C NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 416 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 416 A NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 480 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 480 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? B ASN 9 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? B ASN 9 P NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? B ASN 25 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? B ASN 25 L NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.423 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? B ASN 45 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? B ASN 45 K NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.451 ? 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O6 ? ? ? 1_555 C MAN . C1 ? ? C BMA 3 C MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale21 covale both ? C BMA . O3 ? ? ? 1_555 C MAN . C1 ? ? C BMA 3 C MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? ? covale22 covale both ? C MAN . O2 ? ? ? 1_555 C NAG . C1 ? ? C MAN 4 C NAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.452 ? ? covale23 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? D NAG 1 D NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale24 covale both ? D NAG . O4 ? ? ? 1_555 D BMA . C1 ? ? D NAG 2 D BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale25 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E NAG . C1 ? ? E NAG 1 E NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale26 covale both ? E NAG . O4 ? ? ? 1_555 E BMA . C1 ? ? E NAG 2 E BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.456 ? ? covale27 covale both ? E BMA . O3 ? ? ? 1_555 E MAN . C1 ? ? E BMA 3 E MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale28 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.425 ? ? covale29 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale30 covale both ? F BMA . O6 ? ? ? 1_555 F MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale31 covale both ? F MAN . O2 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F MAN 4 F NAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale32 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale33 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? G NAG 2 G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale34 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? ? covale35 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H BMA . C1 ? ? H NAG 2 H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale36 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale37 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale38 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale39 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? K NAG 1 K NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.449 ? ? covale40 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K BMA . C1 ? ? K NAG 2 K BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.459 ? ? covale41 covale both ? K BMA . O3 ? ? ? 1_555 K MAN . C1 ? ? K BMA 3 K MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? covale42 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L NAG 1 L NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? ? covale43 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? L NAG 2 L BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale44 covale both ? L BMA . O6 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? L BMA 3 L MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale45 covale both ? L MAN . O2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? L MAN 4 L NAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale46 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M NAG 1 M NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? ? covale47 covale both ? M NAG . O6 ? ? ? 1_555 M FUC . C1 ? ? M NAG 1 M FUC 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale48 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M BMA . C1 ? ? M NAG 2 M BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale49 covale both ? M BMA . O6 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M BMA 3 M MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale50 covale both ? M BMA . O3 ? ? ? 1_555 M MAN . C1 ? ? M BMA 3 M MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.450 ? ? covale51 covale both ? M MAN . O2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? M MAN 4 M NAG 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.424 ? ? covale52 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? N NAG 1 N NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale53 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? N NAG 2 N BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale54 covale both ? O NAG . O4 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? O NAG 1 O NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale55 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? P NAG 1 P NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale56 covale both ? P NAG . O4 ? ? ? 1_555 P BMA . C1 ? ? P NAG 2 P BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? ? metalc1 metalc ? ? A HIS 365 NE2 ? ? ? 1_555 Q ZN . ZN ? ? A HIS 365 A ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.344 ? ? metalc2 metalc ? ? A GLU 389 OE1 ? ? ? 1_555 Q ZN . ZN ? ? A GLU 389 A ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.859 ? ? metalc3 metalc ? ? A GLU 389 OE2 ? ? ? 1_555 Q ZN . ZN ? ? A GLU 389 A ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.148 ? ? metalc4 metalc ? ? B HIS 365 NE2 ? ? ? 1_555 S ZN . ZN ? ? B HIS 365 B ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.336 ? ? metalc5 metalc ? ? B GLU 389 OE1 ? ? ? 1_555 S ZN . ZN ? ? B GLU 389 B ZN 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.875 ? ? metalc6 metalc ? ? B GLU 389 OE2 ? ? ? 1_555 S ZN . ZN ? ? 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B SER 1211 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 125 mM NaCl 'sodium chloride' 1 2 0.01 mM ZnCl2 'zinc chloride' 1 3 50 mM C8H18N2O4S HEPES # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details 'cryoSPARC patch-based CTF estimation' # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units MEGADALTONS _em_entity_assembly_molwt.value 0.279 # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell ? _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 10029 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Cricetulus griseus' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid pcDNA3.1+ _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 43 _em_image_recording.average_exposure_time 3 _em_image_recording.details 'Images were recorded in super-resolution mode with 40 frames per image' _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged 1 _em_image_recording.num_real_images 11628 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details 'Topaz-denoising was performed on all curated micrographs, a Topaz model trained on this dataset, and used for picking' _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 1727045 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? Topaz 0.2.5 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' 'patch-based CTF estimation' cryoSPARC 3.2 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ISOLDE 1.2.0 ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.19.2 ? 1 ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 3.2 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? cryoSPARC 3.2 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? cryoSPARC 3.2 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? cryoSPARC 3.2 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1.5 _em_specimen.details 'The protein was stored at 3.0mg/ml in 50mM HEPES (pH 7.5) and diluted immediately prior to grid preparation' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # _pdbx_audit_support.funding_organization 'UK Research and Innovation (UKRI)' _pdbx_audit_support.country 'United Kingdom' _pdbx_audit_support.grant_number ST/R002754/1 _pdbx_audit_support.ordinal 1 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero C 2 NAG 1 C NAG 1 C NAG 4 n C 2 NAG 2 C NAG 2 C NAG 5 n C 2 BMA 3 C BMA 3 C BMA 21 n C 2 MAN 4 C MAN 4 C MAN 22 n C 2 NAG 5 C NAG 5 C NAG 29 n C 2 MAN 6 C MAN 6 C MAN 23 n C 2 FUC 7 C FUC 7 C FUC 20 n D 3 NAG 1 D NAG 1 C NAG 6 n D 3 NAG 2 D NAG 2 C NAG 18 n D 3 BMA 3 D BMA 3 C BMA 19 n E 4 NAG 1 E NAG 1 C NAG 10 n E 4 NAG 2 E NAG 2 C NAG 11 n E 4 BMA 3 E BMA 3 C BMA 12 n E 4 MAN 4 E MAN 4 C MAN 30 n F 5 NAG 1 F NAG 1 C NAG 1 n F 5 NAG 2 F NAG 2 C NAG 3 n F 5 BMA 3 F BMA 3 C BMA 13 n F 5 MAN 4 F MAN 4 C MAN 31 n F 5 NAG 5 F NAG 5 C NAG 32 n G 3 NAG 1 G NAG 1 C NAG 9 n G 3 NAG 2 G NAG 2 C NAG 24 n G 3 BMA 3 G BMA 3 C BMA 25 n H 3 NAG 1 H NAG 1 C NAG 0 n H 3 NAG 2 H NAG 2 C NAG 28 n H 3 BMA 3 H BMA 3 C BMA 26 n I 6 NAG 1 I NAG 1 C NAG 27 n I 6 NAG 2 I NAG 2 C NAG 16 n J 3 NAG 1 J NAG 1 D NAG 9 n J 3 NAG 2 J NAG 2 D NAG 24 n J 3 BMA 3 J BMA 3 D BMA 25 n K 4 NAG 1 K NAG 1 D NAG 10 n K 4 NAG 2 K NAG 2 D NAG 11 n K 4 BMA 3 K BMA 3 D BMA 12 n K 4 MAN 4 K MAN 4 D MAN 29 n L 5 NAG 1 L NAG 1 D NAG 1 n L 5 NAG 2 L NAG 2 D NAG 3 n L 5 BMA 3 L BMA 3 D BMA 13 n L 5 MAN 4 L MAN 4 D MAN 30 n L 5 NAG 5 L NAG 5 D NAG 31 n M 2 NAG 1 M NAG 1 D NAG 4 n M 2 NAG 2 M NAG 2 D NAG 5 n M 2 BMA 3 M BMA 3 D BMA 21 n M 2 MAN 4 M MAN 4 D MAN 22 n M 2 NAG 5 M NAG 5 D NAG 28 n M 2 MAN 6 M MAN 6 D MAN 23 n M 2 FUC 7 M FUC 7 D FUC 20 n N 3 NAG 1 N NAG 1 D NAG 6 n N 3 NAG 2 N NAG 2 D NAG 18 n N 3 BMA 3 N BMA 3 D BMA 19 n O 6 NAG 1 O NAG 1 D NAG 27 n O 6 NAG 2 O NAG 2 D NAG 16 n P 3 NAG 1 P NAG 1 D NAG 0 n P 3 NAG 2 P NAG 2 D NAG 15 n P 3 BMA 3 P BMA 3 D BMA 26 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man FUC 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 LFucpa FUC 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-L-fucopyranose FUC 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-L-Fucp FUC 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Fuc MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 2 oligosaccharide 3 oligosaccharide 4 oligosaccharide 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 2 'DGlcpNAcb1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 2 ;WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3-3-1-4/a4-b1_a6-g1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e2-f1 ; WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 2 ;[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}} ; LINUCS PDB-CARE ? 4 3 DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 3 'WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 3 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 4 DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 4 'WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 4 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 10 5 DGlcpNAcb1-2DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 5 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-1/a4-b1_b4-c1_c6-d1_d2-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 12 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 13 6 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 14 6 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 15 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 2 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 2 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 2 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 4 2 5 NAG C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 5 2 6 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 6 2 7 FUC C1 O1 1 NAG O6 HO6 sing ? 7 3 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 8 3 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 9 4 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 10 4 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 11 4 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 12 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 13 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 14 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 15 5 5 NAG C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 16 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 2 NAG 1 n 2 NAG 2 n 2 BMA 3 n 2 MAN 4 n 2 NAG 5 n 2 MAN 6 n 2 FUC 7 n 3 NAG 1 n 3 NAG 2 n 3 BMA 3 n 4 NAG 1 n 4 NAG 2 n 4 BMA 3 n 4 MAN 4 n 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n 5 NAG 5 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n # loop_ _pdbx_entity_instance_feature.ordinal _pdbx_entity_instance_feature.comp_id _pdbx_entity_instance_feature.asym_id _pdbx_entity_instance_feature.seq_num _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num _pdbx_entity_instance_feature.feature_type _pdbx_entity_instance_feature.details 1 BMA ? ? BMA ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 2 FUC ? ? FUC ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 3 MAN ? ? MAN ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 4 NAG ? ? NAG ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? 5 ZN ? ? ZN ? ? 'SUBJECT OF INVESTIGATION' ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 7 'ZINC ION' ZN 8 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #