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'Escherichia coli' 562 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 1 1 sample 1 56 'Saccharomyces cerevisiae S288C' ? 559292 ? 2 1 sample 1 31 'Saccharomyces cerevisiae S288C' ? 559292 ? 3 1 sample 1 34 'Saccharomyces cerevisiae S288C' ? 559292 ? 4 1 sample 1 9 'Saccharomyces cerevisiae S288C' ? 559292 ? 9 1 sample 1 19 'Saccharomyces cerevisiae S288C' ? 559292 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 7Q5B 7Q5B ? 1 ? 1 2 PDB 7Q5B 7Q5B ? 2 ? 1 3 PDB 7Q5B 7Q5B ? 3 ? 1 4 PDB 7Q5B 7Q5B ? 4 ? 1 5 UNP YG31B_YEAST Q99315 ? 5 ;MSFMDQIPGGGNYPKLPVECLPNFPIQPSLTFRGRNDSHKLKNFISEIMLNMSMISWPNDASRIVYCRRHLLNPAAQWAN DFVQEQGILEITFDTFIQGLYQHFYKPPDINKIFNAITQLSEAKLGIERLNQRFRKIWDRMPPDFMTEKAAIMTYTRLLT KETYNIVRMHKPETLKDAMEEAYQTTALTERFFPGFELDADGDTIIGATTHLQEEYDSDYDSEDNLTQNGYVHTVRTRRS YNKPMSNHRNRRNNNPSREECIKNRLCFYCKKEGHRLNECRARKAVLTDLELESKDQQTPFIKTLPIVHYIAIPEMDNTA EKTIKIQNTKVKTLFDSGSPTSFIRRDIVELLKYEIYETPPLRFRGFVATKSAVTSEAVTIDLKINDLHITLAAYILDNM DYQLLIGNPILRRYPKILHTVLNTRESPDSLKPKTYRSETVNNVRTYSAGNRGNPRNIKLSFAPTILEATDPKSAGNRGD SRTKTLSLATTTPAAIDPLTTLDNPGSTQSTFAQFPIPEEASILEEDGKYSNVVSTIQSVEPNATDHSNKDTFCTLPVWL QQKYREIIRNDLPPRPADINNIPVKHDIEIKPGARLPRLQPYHVTEKNEQEINKIVQKLLDNKFIVPSKSPCSSPVVLVP KKDGTFRLCVDYRTLNKATISDPFPLPRIDNLLSRIGNAQIFTTLDLHSGYHQIPMEPKDRYKTAFVTPSGKYEYTVMPF GLVNAPSTFARYMADTFRDLRFVNVYLDDILIFSESPEEHWKHLDTVLERLKNENLIVKKKKCKFASEETEFLGYSIGIQ KIAPLQHKCAAIRDFPTPKTVKQAQRFLGMINYYRRFIPNCSKIAQPIQLFICDKSQWTEKQDKAIDKLKDALCNSPVLV PFNNKANYRLTTDASKDGIGAVLEEVDNKNKLVGVVGYFSKSLESAQKNYPAGELELLGIIKALHHFRYMLHGKHFTLRT DHISLLSLQNKNEPARRVQRWLDDLATYDFTLEYLAGPKNVVADAISRAVYTITPETSRPIDTESWKSYYKSDPLCSAVL IHMKELTQHNVTPEDMSAFRSYQKKLELSETFRKNYSLEDEMIYYQDRLVVPIKQQNAVMRLYHDHTLFGGHFGVTVTLA KISPIYYWPKLQHSIIQYIRTCVQCQLIKSHRPRLHGLLQPLPIAEGRWLDISMDFVTGLPPTSNNLNMILVVVDRFSKR AHFIATRKTLDATQLIDLLFRYIFSYHGFPRTITSDRDVRMTADKYQELTKRLGIKSTMSSANHPQTDGQSERTIQTLNR LLRAYASTNIQNWHVYLPQIEFVYNSTPTRTLGKSPFEIDLGYLPNTPAIKSDDEVNARSFTAVELAKHLKALTIQTKEQ LEHAQIEMETNNNQRRKPLLLNIGDHVLVHRDAYFKKGAYMKVQQIYVGPFRVVKKINDNAYELDLNSHKKKHRVINVQF LKKFVYRPDAYPKNKPISSTERIKRAHEVTALIGIDTTHKTYLCHMQDVDPTLSVEYSEAEFCQIPERTRRSILANFRQL YETQDNPEREEDVVSQNEICQYDNTSP ; 1 6 UNP TFC5_YEAST P46678 ? 6 ;MSSIVNKSGTRFAPKVRQRRAATGGTPTPKPRTPQLFIPESKEIEEDNSDNDKGVDENETAIVEKPSLVGERSLEGFTLT GTNGHDNEIGDEGPIDASTQNPKADVIEDNVTLKPAPLQTHRDQKVPRSSRLASLSKDNESRPSFKPSFLDSSSNSNGTA RRLSTISNKLPKKIRLGSITENDMNLKTFKRHRVLGKPSSAKKPAGAHRISIVSKISPPTAMTDSLDRNEFSSETSTSRE ADENENYVISKVKDIPKKVRDGESAKYFIDEENFTMAELCKPNFPIGQISENFEKSKMAKKAKLEKRRHLRELRMRARQE FKPLHSLTKEEQEEEEEKRKEERDKLLNADIPESDRKAHTAIQLKLNPDGTMAIDEETMVVDRHKNASIENEYKEKVDEN PFANLYNYGSYGRGSYTDPWTVEEMIKFYKALSMWGTDFNLISQLYPYRSRKQVKAKFVNEEKKRPILIELALRSKLPPN FDEYCCEIKKNIGTVADFNEKLIELQNEHKHHMKEIEEAKNTAKEEDQTAQRLNDANLNKKGSGGIMTNDLKVYRKTEVV LGTIDDLKRKKLKERNNDDNEDNEGSEEEPEIDQ ; 1 7 UNP TBP_YEAST P13393 ? 7 ;MADEERLKEFKEANKIVFDPNTRQVWENQNRDGTKPATTFQSEEDIKRAAPESEKDTSATSGIVPTLQNIVATVTLGCRL DLKTVALHARNAEYNPKRFAAVIMRIREPKTTALIFASGKMVVTGAKSEDDSKLASRKYARIIQKIGFAAKFTDFKIQNI VGSCDVKFPIRLEGLAFSHGTFSSYEPELFPGLIYRMVKPKIVLLIFVSGKIVLTGAKQREEIYQAFEAIYPVLSEFRKM ; 1 8 UNP TF3B_YEAST P29056 ? 8 ;MPVCKNCHGTEFERDLSNANNDLVCKACGVVSEDNPIVSEVTFGETSAGAAVVQGSFIGAGQSHAAFGGSSALESREATL NNARRKLRAVSYALHIPEYITDAAFQWYKLALANNFVQGRRSQNVIASCLYVACRKEKTHHMLIDFSSRLQVSVYSIGAT FLKMVKKLHITELPLADPSLFIQHFAEKLDLADKKIKVVKDAVKLAQRMSKDWMFEGRRPAGIAGACILLACRMNNLRRT HTEIVAVSHVAEETLQQRLNEFKNTKAAKLSVQKFRENDVEDGEARPPSFVKNRKKERKIKDSLDKEEMFQTSEEALNKN PILTQVLGEQELSSKEVLFYLKQFSERRARVVERIKATNGIDGENIYHEGSENETRKRKLSEVSIQNEHVEGEDKETEGT EEKVKKVKTKTSEEKKENESGHFQDAIDGYSLETDPYCPRNLHLLPTTDTYLSKVSDDPDNLEDVDDEELNAHLLNEEAS KLKERIWIGLNADFLLEQESKRLKQEADIATGNTSVKKKRTRRRNNTRSDEPTKTVDAAAAIGLMSDLQDKSGLHAALKA AEESGDFTTADSVKNMLQKASFSKKINYDAIDGLFR ; 1 9 PDB 7Q5B 7Q5B ? 9 ? 1 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7Q5B R 1 ? 56 ? 7Q5B -27 ? 28 ? -27 28 2 2 7Q5B S 1 ? 31 ? 7Q5B 19 ? 49 ? 19 49 3 3 7Q5B r 1 ? 34 ? 7Q5B -8 ? 25 ? -8 25 4 4 7Q5B s 1 ? 9 ? 7Q5B 7 ? 15 ? 7 15 5 5 7Q5B A 1 ? 1547 ? 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'C9 H14 N3 O7 P' 307.197 DG 'DNA linking' y "2'-DEOXYGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O7 P' 347.221 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog45 hydrog ? ? A DA 19 N6 ? ? ? 1_555 B DT 21 O4 ? ? R DA -9 S DT 39 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog46 hydrog ? ? A DT 20 N3 ? ? ? 1_555 B DA 20 N1 ? ? R DT -8 S DA 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog47 hydrog ? ? A DT 20 O4 ? ? ? 1_555 B DA 20 N6 ? ? R DT -8 S DA 38 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog48 hydrog ? ? A DT 21 N3 ? ? ? 1_555 B DA 19 N1 ? ? R DT -7 S DA 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog49 hydrog ? ? A DT 21 O4 ? ? ? 1_555 B DA 19 N6 ? ? R DT -7 S DA 37 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog50 hydrog ? ? A DT 22 N3 ? ? ? 1_555 B DA 18 N1 ? ? R DT -6 S DA 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog51 hydrog ? ? A DT 22 O4 ? ? ? 1_555 B DA 18 N6 ? ? R DT -6 S DA 36 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog52 hydrog ? ? A DT 23 N3 ? ? ? 1_555 C DA 34 N1 ? ? R DT -5 r DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog53 hydrog ? ? A DT 23 O4 ? ? ? 1_555 C DA 34 N6 ? ? R DT -5 r DA 25 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? hydrog153 hydrog ? ? B DA 12 N6 ? ? ? 1_555 L DT 8 O4 ? ? S DA 30 t DT 8 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog154 hydrog ? ? B DC 13 N3 ? ? ? 1_555 L DG 7 N1 ? ? S DC 31 t DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog155 hydrog ? ? B DC 13 N4 ? ? ? 1_555 L DG 7 O6 ? ? S DC 31 t DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog156 hydrog ? ? B DC 13 O2 ? ? ? 1_555 L DG 7 N2 ? ? S DC 31 t DG 7 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog157 hydrog ? ? B DA 14 N1 ? ? ? 1_555 L DT 6 N3 ? ? S DA 32 t DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog158 hydrog ? ? B DA 14 N6 ? ? ? 1_555 L DT 6 O4 ? ? S DA 32 t DT 6 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog159 hydrog ? ? B DA 15 N1 ? ? ? 1_555 L DT 5 N3 ? ? S DA 33 t DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog160 hydrog ? ? B DA 15 N6 ? ? ? 1_555 L DT 5 O4 ? ? S DA 33 t DT 5 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog161 hydrog ? ? B DC 16 N3 ? ? ? 1_555 L DG 4 N1 ? ? S DC 34 t DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog162 hydrog ? ? B DC 16 N4 ? ? ? 1_555 L DG 4 O6 ? ? S DC 34 t DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog163 hydrog ? ? B DC 16 O2 ? ? ? 1_555 L DG 4 N2 ? ? S DC 34 t DG 4 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog164 hydrog ? ? B DC 23 N3 ? ? ? 1_555 D DG 9 N1 ? ? S DC 41 s DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog165 hydrog ? ? B DC 23 N4 ? ? ? 1_555 D DG 9 O6 ? ? S DC 41 s DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog166 hydrog ? ? B DC 23 O2 ? ? ? 1_555 D DG 9 N2 ? ? S DC 41 s DG 15 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog167 hydrog ? ? B DA 24 N1 ? ? ? 1_555 D DT 8 N3 ? ? S DA 42 s DT 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog168 hydrog ? ? B DA 24 N6 ? ? ? 1_555 D DT 8 O4 ? ? S DA 42 s DT 14 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog169 hydrog ? ? B DA 25 N1 ? ? ? 1_555 D DT 7 N3 ? ? S DA 43 s DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog170 hydrog ? ? B DA 25 N6 ? ? ? 1_555 D DT 7 O4 ? ? S DA 43 s DT 13 1_555 ? ? ? ? ? ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? hydrog ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 GLU 108 J . ? GLU 108 Y PRO 109 J ? PRO 109 Y 1 -2.14 2 LYS 199 J . ? LYS 199 Y PRO 200 J ? 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K ILE 542 5310 1 Y 1 Z GLY 543 ? K GLY 543 5311 1 Y 1 Z LEU 544 ? K LEU 544 5312 1 Y 1 Z MET 545 ? K MET 545 5313 1 Y 1 Z SER 546 ? K SER 546 5314 1 Y 1 Z ASP 547 ? K ASP 547 5315 1 Y 1 Z LEU 548 ? K LEU 548 5316 1 Y 1 Z GLN 549 ? K GLN 549 5317 1 Y 1 Z ASP 550 ? K ASP 550 5318 1 Y 1 Z LYS 551 ? K LYS 551 5319 1 Y 1 Z SER 552 ? K SER 552 5320 1 Y 1 Z GLY 553 ? K GLY 553 5321 1 Y 1 Z LEU 554 ? K LEU 554 5322 1 Y 1 Z HIS 555 ? K HIS 555 5323 1 Y 1 Z ALA 556 ? K ALA 556 5324 1 Y 1 Z ALA 557 ? K ALA 557 5325 1 Y 1 Z LEU 558 ? K LEU 558 5326 1 Y 1 Z LYS 559 ? K LYS 559 5327 1 Y 1 Z ALA 560 ? K ALA 560 5328 1 Y 1 Z ALA 561 ? K ALA 561 5329 1 Y 1 Z GLU 562 ? K GLU 562 5330 1 Y 1 Z GLU 563 ? K GLU 563 5331 1 Y 1 Z SER 564 ? K SER 564 5332 1 Y 1 Z GLY 565 ? K GLY 565 5333 1 Y 1 Z ASP 566 ? K ASP 566 5334 1 Y 1 Z PHE 567 ? K PHE 567 5335 1 Y 1 Z THR 568 ? K THR 568 5336 1 Y 1 Z THR 569 ? K THR 569 5337 1 Y 1 Z ALA 570 ? K ALA 570 5338 1 Y 1 Z ASP 571 ? K ASP 571 5339 1 Y 1 Z SER 572 ? K SER 572 5340 1 Y 1 Z VAL 573 ? K VAL 573 5341 1 Y 1 Z LYS 574 ? K LYS 574 5342 1 Y 1 Z ASN 575 ? K ASN 575 5343 1 Y 1 Z MET 576 ? K MET 576 5344 1 Y 1 Z LEU 577 ? K LEU 577 5345 1 Y 1 Z GLN 578 ? K GLN 578 5346 1 Y 1 Z LYS 579 ? K LYS 579 5347 1 Y 1 Z ALA 580 ? K ALA 580 5348 1 Y 1 Z SER 581 ? K SER 581 5349 1 Y 1 Z PHE 582 ? K PHE 582 5350 1 Y 1 Z SER 583 ? K SER 583 5351 1 Y 1 Z LYS 584 ? K LYS 584 5352 1 Y 1 Z LYS 585 ? K LYS 585 5353 1 Y 1 Z ILE 586 ? K ILE 586 5354 1 Y 1 Z ASN 587 ? K ASN 587 5355 1 Y 1 Z TYR 588 ? K TYR 588 5356 1 Y 1 Z ASP 589 ? K ASP 589 5357 1 Y 1 Z ALA 590 ? K ALA 590 5358 1 Y 1 Z ILE 591 ? K ILE 591 5359 1 Y 1 Z ASP 592 ? K ASP 592 5360 1 Y 1 Z GLY 593 ? K GLY 593 5361 1 Y 1 Z LEU 594 ? K LEU 594 5362 1 Y 1 Z PHE 595 ? K PHE 595 5363 1 Y 1 Z ARG 596 ? K ARG 596 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 40 mM ? Tris-HCl 1 2 80 mM ? NaCl 1 3 7 mM ? MgCl2 1 4 1 mM ? DTT # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type NONE _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_molwt.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_molwt.id 1 _em_entity_assembly_molwt.experimental_flag NO _em_entity_assembly_molwt.units ? _em_entity_assembly_molwt.value ? # loop_ _em_entity_assembly_naturalsource.id _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id _em_entity_assembly_naturalsource.cell _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_naturalsource.organ _em_entity_assembly_naturalsource.organelle _em_entity_assembly_naturalsource.organism _em_entity_assembly_naturalsource.strain _em_entity_assembly_naturalsource.tissue 1 2 ? ? 559292 ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288C' ? ? 2 3 ? ? 559292 ? ? 'Saccharomyces cerevisiae S288C' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 1 2 ? 562 'Escherichia coli' ? ? 2 3 ? 32630 'synthetic construct' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 2 _em_image_processing.details ? # loop_ _em_image_recording.id _em_image_recording.imaging_id _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image _em_image_recording.average_exposure_time _em_image_recording.details _em_image_recording.detector_mode _em_image_recording.film_or_detector_model _em_image_recording.num_diffraction_images _em_image_recording.num_grids_imaged _em_image_recording.num_real_images _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram 1 1 50 7 ? ? 'GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)' ? 1 4974 ? 2 2 70 5.3 ? ? 'GATAN K3 (6k x 4k)' ? 1 2437 ? # _em_particle_selection.id 1 _em_particle_selection.image_processing_id 1 _em_particle_selection.details ? _em_particle_selection.method ? _em_particle_selection.num_particles_selected 628998 _em_particle_selection.reference_model ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? ? ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 2 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0.4 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.0.4 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? RELION 3.0.4 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1 1 ? ? 14 'MODEL REFINEMENT' ? ? ? ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.1 _em_specimen.details 'This sample was monodisperse' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7Q5B 'double helix' 7Q5B 'a-form double helix' 7Q5B 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A DG 1 1_555 M DC 19 1_555 -0.169 -0.132 -0.199 -4.748 -0.378 -1.202 1 R_DG-27:DC19_u R -27 ? u 19 ? 19 1 1 A DA 2 1_555 M DT 18 1_555 0.112 -0.160 -0.385 -3.909 1.598 0.761 2 R_DA-26:DT18_u R -26 ? u 18 ? 20 1 1 A DG 3 1_555 M DC 17 1_555 -0.151 -0.180 -0.428 -3.635 5.830 -0.921 3 R_DG-25:DC17_u R -25 ? u 17 ? 19 1 1 A DC 4 1_555 M DG 16 1_555 0.209 -0.130 -0.098 -0.325 5.830 -0.274 4 R_DC-24:DG16_u R -24 ? u 16 ? 19 1 1 A DC 5 1_555 M DG 15 1_555 0.191 -0.136 0.079 2.644 6.048 -1.037 5 R_DC-23:DG15_u R -23 ? u 15 ? 19 1 1 A DC 6 1_555 M DG 14 1_555 0.191 -0.129 0.169 3.856 4.264 -0.912 6 R_DC-22:DG14_u R -22 ? u 14 ? 19 1 1 A DG 7 1_555 M DC 13 1_555 -0.185 -0.223 0.481 3.360 -1.811 -0.368 7 R_DG-21:DC13_u R -21 ? u 13 ? 19 1 1 A DT 8 1_555 M DA 12 1_555 -0.089 -0.094 0.195 4.943 -2.070 -1.603 8 R_DT-20:DA12_u R -20 ? u 12 ? 20 1 1 A DA 9 1_555 M DT 11 1_555 0.020 -0.219 0.275 3.350 -4.871 4.127 9 R_DA-19:DT11_u R -19 ? u 11 ? 20 1 1 A DA 10 1_555 M DT 10 1_555 0.069 -0.021 0.153 -0.817 -7.163 -3.375 10 R_DA-18:DT10_u R -18 ? u 10 ? 20 1 1 A DT 11 1_555 M DA 9 1_555 -0.094 -0.160 0.028 -3.430 -5.486 -3.838 11 R_DT-17:DA9_u R -17 ? u 9 ? 20 1 1 A DA 12 1_555 M DT 8 1_555 0.094 -0.029 -0.262 -3.691 -2.693 -6.448 12 R_DA-16:DT8_u R -16 ? u 8 ? 20 1 1 A DC 13 1_555 M DG 7 1_555 0.168 -0.213 0.201 -2.697 -3.378 -1.130 13 R_DC-15:DG7_u R -15 ? u 7 ? 19 1 1 A DA 14 1_555 M DT 6 1_555 0.080 -0.080 0.228 -3.365 0.981 -4.668 14 R_DA-14:DT6_u R -14 ? u 6 ? 20 1 1 A DA 15 1_555 M DT 5 1_555 -0.089 -0.183 -0.024 -2.162 7.450 2.280 15 R_DA-13:DT5_u R -13 ? u 5 ? 20 1 1 A DC 16 1_555 M DG 4 1_555 0.217 -0.203 0.383 5.840 6.287 3.486 16 R_DC-12:DG4_u R -12 ? u 4 ? 19 1 1 C DT 18 1_555 A DA 39 1_555 -0.073 -0.142 0.083 1.582 1.971 2.152 17 r_DT9:DA11_R r 9 ? R 11 ? 20 1 1 C DT 19 1_555 A DA 38 1_555 -0.063 -0.173 -0.165 0.404 -2.395 3.048 18 r_DT10:DA10_R r 10 ? R 10 ? 20 1 1 C DT 20 1_555 A DA 37 1_555 -0.088 -0.159 -0.150 -1.757 -1.648 0.683 19 r_DT11:DA9_R r 11 ? R 9 ? 20 1 1 C DA 21 1_555 A DT 36 1_555 0.127 -0.011 -0.101 -3.682 -2.555 -5.994 20 r_DA12:DT8_R r 12 ? R 8 ? 20 1 1 C DA 22 1_555 A DT 35 1_555 0.082 -0.192 -0.118 -0.892 -2.221 1.532 21 r_DA13:DT7_R r 13 ? R 7 ? 20 1 1 C DA 23 1_555 A DT 34 1_555 0.131 -0.119 -0.103 -1.593 -5.963 -0.186 22 r_DA14:DT6_R r 14 ? R 6 ? 20 1 1 C DA 24 1_555 A DT 33 1_555 0.108 -0.108 -0.346 -3.257 -4.161 -1.135 23 r_DA15:DT5_R r 15 ? R 5 ? 20 1 1 C DC 25 1_555 A DG 32 1_555 0.173 -0.128 0.052 -2.075 -2.539 0.304 24 r_DC16:DG4_R r 16 ? R 4 ? 19 1 1 C DT 26 1_555 A DA 31 1_555 -0.115 -0.127 0.130 -1.123 -3.013 -3.984 25 r_DT17:DA3_R r 17 ? R 3 ? 20 1 1 C DA 27 1_555 A DT 30 1_555 0.097 -0.144 0.010 -3.505 1.499 -1.019 26 r_DA18:DT2_R r 18 ? 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