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N ALA A 267 O THR V 332 ? O THR A 332 AI7 14 15 N LEU V 299 ? N LEU A 299 O ALA V 310 ? O ALA A 310 AI7 15 16 N HIS V 318 ? N HIS A 318 O LYS V 337 ? O LYS A 337 AI7 15 17 N ILE V 311 ? N ILE A 311 O GLY V 352 ? O GLY A 352 AI8 1 2 N THR V 43 ? N THR A 43 O PHE V 61 ? O PHE A 61 AI9 1 2 N TYR V 79 ? N TYR A 79 O ILE V 88 ? O ILE A 88 AJ1 1 2 N THR V 238 ? N THR A 238 O PHE V 255 ? O PHE A 255 AJ2 1 2 N LYS V 382 ? N LYS A 382 O SER V 399 ? O SER A 399 AJ3 1 2 N LEU V 390 ? N LEU A 390 O THR V 459 ? O THR A 459 AJ3 2 3 O ILE V 458 ? O ILE A 458 N VAL V 440 ? N VAL A 440 AJ4 1 2 N LEU V 396 ? N LEU A 396 O LEU V 430 ? O LEU A 430 AJ5 1 2 N VAL W 13 ? N VAL B 13 O GLN W 26 ? O GLN B 26 AJ5 1 7 N PHE W 12 ? N PHE B 12 O TYR W 137 ? O TYR B 137 AJ5 3 4 N GLY W 37 ? N GLY B 37 O GLU W 69 ? O GLU B 69 AJ5 4 9 N PHE W 72 ? N PHE B 72 O TRP W 169 ? O TRP B 169 AJ5 5 6 N HIS W 113 ? N HIS B 113 O MET W 120 ? O MET B 120 AJ5 6 17 N PHE W 119 ? N PHE B 119 O PHE W 353 ? O PHE B 353 AJ5 7 8 N ILE W 138 ? N ILE B 138 O SER W 145 ? O SER B 145 AJ5 8 9 N GLU W 156 ? N GLU B 156 O THR W 168 ? O THR B 168 AJ5 8 10 N TYR W 146 ? N TYR B 146 O ILE W 177 ? O ILE B 177 AJ5 8 12 N VAL W 159 ? N VAL B 159 O GLY W 229 ? O GLY B 229 AJ5 11 14 N LYS W 214 ? N LYS B 214 O GLU W 294 ? O GLU B 294 AJ5 12 13 N THR W 230 ? N THR B 230 O SER W 264 ? O SER B 264 AJ5 13 16 N ALA W 267 ? N ALA B 267 O THR W 332 ? O THR B 332 AJ5 14 15 N LEU W 299 ? N LEU B 299 O ALA W 310 ? O ALA B 310 AJ5 15 16 N HIS W 318 ? N HIS B 318 O LYS W 337 ? O LYS B 337 AJ5 15 17 N ILE W 311 ? N ILE B 311 O GLY W 352 ? O GLY B 352 AJ6 1 2 N THR W 43 ? N THR B 43 O PHE W 61 ? O PHE B 61 AJ7 1 2 N TYR W 79 ? N TYR B 79 O ILE W 88 ? O ILE B 88 AJ8 1 2 N THR W 238 ? N THR B 238 O PHE W 255 ? O PHE B 255 AJ9 1 2 N LYS W 382 ? N LYS B 382 O SER W 399 ? O SER B 399 AK1 1 2 N LEU W 390 ? N LEU B 390 O THR W 459 ? O THR B 459 AK1 2 3 O ILE W 458 ? O ILE B 458 N VAL W 440 ? N VAL B 440 AK2 1 2 N LEU W 396 ? N LEU B 396 O LEU W 430 ? O LEU B 430 AK3 1 2 N VAL X 12 ? N VAL P 12 O TYR X 133 ? O TYR P 133 AK3 2 3 O VAL X 132 ? O VAL P 132 N GLY X 107 ? N GLY P 107 AK3 3 4 O TYR X 108 ? O TYR P 108 N LYS X 51 ? N LYS P 51 AK3 4 5 N ILE X 50 ? N ILE P 50 O ALA X 62 ? O ALA P 62 AK3 5 6 N ASP X 70 ? N ASP P 70 O VAL X 75 ? O VAL P 75 AK3 6 7 O ALA X 76 ? O ALA P 76 N MET X 22 ? N MET P 22 AK4 1 2 N ASP X 26 ? N ASP P 26 O LYS X 37 ? O LYS P 37 AK5 1 2 N LEU Y 10 ? N LEU T 10 O TYR Y 133 ? O TYR T 133 AK5 2 3 O VAL Y 132 ? O VAL T 132 N GLY Y 107 ? N GLY T 107 AK5 3 4 O TYR Y 108 ? O TYR T 108 N LYS Y 51 ? N LYS T 51 AK5 4 5 N ILE Y 50 ? N ILE T 50 O ALA Y 62 ? O ALA T 62 AK5 5 6 N ASP Y 70 ? N ASP T 70 O VAL Y 75 ? O VAL T 75 AK5 6 7 O ALA Y 76 ? O ALA T 76 N MET Y 22 ? N MET T 22 AK6 1 2 N ASP Y 26 ? N ASP T 26 O LYS Y 37 ? O LYS T 37 AK7 1 2 N ILE Z 29 ? N ILE V 29 O VAL Z 41 ? O VAL V 41 AK8 1 2 N LEU Z 111 ? N LEU V 111 O TRP Z 148 ? O TRP V 148 AK8 2 3 O SER Z 151 ? O SER V 151 N THR Z 139 ? N THR V 139 AK8 3 4 O TYR Z 136 ? O TYR V 136 N PHE Z 127 ? N PHE V 127 AK8 4 5 N LYS Z 128 ? N LYS V 128 O VAL Z 167 ? O VAL V 167 AK9 1 2 N ILE AA 29 ? N ILE Z 29 O VAL AA 41 ? O VAL Z 41 AL1 1 2 N LEU AA 111 ? N LEU Z 111 O TRP AA 148 ? O TRP Z 148 AL1 2 3 O SER AA 151 ? O SER Z 151 N THR AA 139 ? N THR Z 139 AL1 3 4 O TYR AA 136 ? O TYR Z 136 N PHE AA 127 ? N PHE Z 127 AL1 4 5 N LYS AA 128 ? N LYS Z 128 O VAL AA 167 ? O VAL Z 167 # loop_ _pdbx_validate_torsion.id _pdbx_validate_torsion.PDB_model_num _pdbx_validate_torsion.auth_comp_id _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id _pdbx_validate_torsion.PDB_ins_code _pdbx_validate_torsion.label_alt_id _pdbx_validate_torsion.phi _pdbx_validate_torsion.psi 1 1 ALA R 72 ? ? 68.16 -2.77 2 1 ALA R 121 ? ? -126.78 -169.11 3 1 ASN I 175 ? ? 54.45 -98.97 4 1 ALA I 181 ? ? 60.20 61.51 5 1 ILE a 43 ? ? -125.61 -54.39 6 1 ASP a 77 ? ? -79.61 -165.07 7 1 ASN a 179 ? ? 47.65 22.65 8 1 SER Q 34 ? ? 60.98 60.38 9 1 LYS Q 91 ? ? -94.42 53.63 10 1 ARG Q 115 ? ? -94.78 52.33 11 1 THR S 3 ? ? 54.59 -130.70 12 1 SER S 53 ? ? 65.02 162.46 13 1 ASP F 91 ? ? -95.20 56.23 14 1 ASP F 141 ? ? 57.55 -95.64 15 1 ASP F 327 ? ? -126.71 -168.98 16 1 ALA N 72 ? ? 68.09 -2.91 17 1 ALA N 121 ? ? -126.74 -168.97 18 1 ASN H 175 ? ? 54.44 -98.98 19 1 ALA H 181 ? ? 60.24 61.44 20 1 ILE X 43 ? ? -125.22 -54.72 21 1 ASP X 77 ? ? -79.14 -169.44 22 1 TYR Y 12 ? ? -113.15 79.99 23 1 ILE Y 43 ? ? -125.56 -54.23 24 1 ASP Y 77 ? ? -79.67 -165.15 25 1 ASN Y 179 ? ? 47.53 22.67 26 1 SER M 34 ? ? 60.86 60.43 27 1 LYS M 91 ? ? -94.60 53.65 28 1 ARG M 115 ? ? -94.66 52.28 29 1 THR O 3 ? ? 54.67 -130.59 30 1 SER O 53 ? ? 65.47 162.43 31 1 ASP E 91 ? ? -95.26 56.25 32 1 ASP E 141 ? ? 57.46 -95.59 33 1 ASN E 219 ? ? 60.01 60.08 34 1 ASP E 327 ? ? -126.89 -169.00 35 1 ASP C 91 ? ? -101.13 64.36 36 1 ASP C 141 ? ? 55.27 -98.32 37 1 GLU C 162 ? ? 69.29 -6.01 38 1 ALA J 72 ? ? 68.31 -2.86 39 1 ALA J 121 ? ? -126.75 -169.09 40 1 TYR L 99 ? ? 73.55 -9.48 41 1 ASN L 100 ? ? -169.32 81.94 42 1 PHE L 125 ? ? -161.45 117.16 43 1 ASN G 175 ? ? 54.49 -98.97 44 1 ALA G 181 ? ? 60.05 61.70 45 1 ILE W 43 ? ? -125.61 -54.29 46 1 ASP W 77 ? ? -79.64 -165.01 47 1 ASN W 179 ? ? 47.56 22.67 48 1 SER U 34 ? ? 60.95 60.37 49 1 LYS U 91 ? ? -94.60 53.76 50 1 ARG U 115 ? ? -94.78 52.34 51 1 THR K 3 ? ? 54.77 -130.75 52 1 SER K 53 ? ? 65.14 162.48 53 1 ASP D 91 ? ? -95.27 56.28 54 1 ASP D 141 ? ? 57.54 -95.40 55 1 ASP D 327 ? ? -126.92 -168.97 56 1 ASP A 91 ? ? -101.12 64.30 57 1 ASP A 141 ? ? 55.12 -98.22 58 1 GLU A 162 ? ? 69.30 -6.15 59 1 ASP B 91 ? ? -101.13 64.21 60 1 ASP B 141 ? ? 55.15 -98.24 61 1 GLU B 162 ? ? 69.43 -6.21 62 1 TYR P 99 ? ? 73.55 -9.46 63 1 ASN P 100 ? ? -169.32 82.08 64 1 PHE P 125 ? ? -161.34 117.24 65 1 TYR T 99 ? ? 73.64 -9.46 66 1 ASN T 100 ? ? -169.41 81.96 67 1 PHE T 125 ? ? -161.37 117.24 68 1 ILE V 43 ? ? -125.16 -54.64 69 1 ASP V 77 ? ? -78.98 -169.41 70 1 ILE Z 43 ? ? -125.20 -54.66 71 1 ASP Z 77 ? ? -79.09 -169.39 # _em_3d_fitting.entry_id 7QG9 _em_3d_fitting.id 1 _em_3d_fitting.details ;Atomic protein models were built into the different cryo-EM maps using the Coot software by tracing the protein sequence into the densities and were then iteratively refined alternating Coot manual refinement and PHENIX real space refine tool until convergence. p140, p132, BHPpb3 and TMPpb2 C-ter models were built ab initio. For TTPpb6 and DTPpb9 models, already existing X-ray models (PDB codes 5NGJ / 4JMQ) were used as a starting point and were refined into the EM maps. Molprobity was used for model quality assessment. ; _em_3d_fitting.overall_b_value 112 _em_3d_fitting.ref_protocol 'BACKBONE TRACE' _em_3d_fitting.ref_space REAL _em_3d_fitting.target_criteria ? _em_3d_fitting.method ? # _em_3d_reconstruction.entry_id 7QG9 _em_3d_reconstruction.id 1 _em_3d_reconstruction.algorithm 'BACK PROJECTION' _em_3d_reconstruction.details ? _em_3d_reconstruction.refinement_type ? _em_3d_reconstruction.image_processing_id 1 _em_3d_reconstruction.num_class_averages ? _em_3d_reconstruction.num_particles 29639 _em_3d_reconstruction.resolution 3.45 _em_3d_reconstruction.resolution_method 'FSC 0.143 CUT-OFF' _em_3d_reconstruction.symmetry_type POINT _em_3d_reconstruction.method ? _em_3d_reconstruction.nominal_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.actual_pixel_size ? _em_3d_reconstruction.magnification_calibration ? # _em_buffer.id 1 _em_buffer.details ? _em_buffer.pH 8 _em_buffer.specimen_id 1 _em_buffer.name ? # _em_entity_assembly.id 1 _em_entity_assembly.parent_id 0 _em_entity_assembly.details ;Pure T5 tails obtained by infecting E. coli F strain with the amber mutant phage T5D20am30d, incubated or not with the bacterial receptor FhuA ; _em_entity_assembly.name 'Escherichia virus T5' _em_entity_assembly.source NATURAL _em_entity_assembly.type VIRUS _em_entity_assembly.entity_id_list '1, 2, 3, 4' _em_entity_assembly.synonym ? _em_entity_assembly.oligomeric_details ? # _em_image_scans.entry_id 7QG9 _em_image_scans.id 1 _em_image_scans.dimension_height ? _em_image_scans.dimension_width ? _em_image_scans.frames_per_image 40 _em_image_scans.image_recording_id 1 _em_image_scans.sampling_size ? _em_image_scans.scanner_model ? _em_image_scans.used_frames_per_image ? _em_image_scans.citation_id ? _em_image_scans.number_digital_images ? _em_image_scans.od_range ? _em_image_scans.quant_bit_size ? _em_image_scans.details ? # _em_imaging.id 1 _em_imaging.entry_id 7QG9 _em_imaging.accelerating_voltage 300 _em_imaging.alignment_procedure ? _em_imaging.c2_aperture_diameter ? _em_imaging.calibrated_defocus_max ? _em_imaging.calibrated_defocus_min ? _em_imaging.calibrated_magnification ? _em_imaging.cryogen NITROGEN _em_imaging.details ? _em_imaging.electron_source 'FIELD EMISSION GUN' _em_imaging.illumination_mode 'FLOOD BEAM' _em_imaging.microscope_model 'FEI TITAN KRIOS' _em_imaging.mode 'BRIGHT FIELD' _em_imaging.nominal_cs 2.7 _em_imaging.nominal_defocus_max 3000 _em_imaging.nominal_defocus_min 1000 _em_imaging.nominal_magnification 105000 _em_imaging.recording_temperature_maximum ? _em_imaging.recording_temperature_minimum ? _em_imaging.residual_tilt ? _em_imaging.specimen_holder_model 'FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER' _em_imaging.specimen_id 1 _em_imaging.citation_id ? _em_imaging.date ? _em_imaging.temperature ? _em_imaging.tilt_angle_min ? _em_imaging.tilt_angle_max ? _em_imaging.astigmatism ? _em_imaging.detector_distance ? _em_imaging.electron_beam_tilt_params ? _em_imaging.specimen_holder_type ? # _em_sample_support.id 1 _em_sample_support.specimen_id 1 _em_sample_support.details 'intensity 25 mA' _em_sample_support.grid_material COPPER/RHODIUM _em_sample_support.grid_mesh_size 300 _em_sample_support.grid_type 'Quantifoil R2/1' _em_sample_support.method ? _em_sample_support.film_material ? # _em_virus_entity.entity_assembly_id 1 _em_virus_entity.empty NO _em_virus_entity.enveloped NO _em_virus_entity.virus_isolate STRAIN _em_virus_entity.virus_type 'VIRUS-LIKE PARTICLE' _em_virus_entity.id 1 _em_virus_entity.virus_host_category ? _em_virus_entity.details ? # _em_vitrification.id 1 _em_vitrification.specimen_id 1 _em_vitrification.chamber_temperature 293.15 _em_vitrification.cryogen_name ETHANE _em_vitrification.details ;3 uL of T5 tails sample (with or without FhuA-ND) were deposited on a freshly glow discharged EM grid and plunge-frozen in nitrogen-cooled liquid ethane using a ThermoFisher Mark IV Vitrobot device (100 percent humidity, 20 Celsius degrees, 5 s blotting time, blot force 0) ; _em_vitrification.humidity 100 _em_vitrification.instrument 'FEI VITROBOT MARK IV' _em_vitrification.entry_id 7QG9 _em_vitrification.citation_id ? _em_vitrification.method ? _em_vitrification.temp ? _em_vitrification.time_resolved_state ? # _em_experiment.entry_id 7QG9 _em_experiment.id 1 _em_experiment.aggregation_state PARTICLE _em_experiment.reconstruction_method 'SINGLE PARTICLE' _em_experiment.entity_assembly_id 1 # _em_single_particle_entity.entry_id 7QG9 _em_single_particle_entity.id 1 _em_single_particle_entity.image_processing_id 1 _em_single_particle_entity.point_symmetry C3 # loop_ _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_model_num _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.polymer_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.occupancy_flag _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.PDB_ins_code _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id 1 1 Y 1 R MET 1 ? A MET 1 2 1 Y 1 S MET 1 ? E MET 1 3 1 Y 1 N MET 1 ? G MET 1 4 1 Y 1 O MET 1 ? L MET 1 5 1 Y 1 J MET 1 ? O MET 1 6 1 Y 1 K MET 1 ? T MET 1 # loop_ _chem_comp_atom.comp_id _chem_comp_atom.atom_id _chem_comp_atom.type_symbol _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config _chem_comp_atom.pdbx_ordinal ALA N N N N 1 ALA CA C N S 2 ALA C C N N 3 ALA O O N N 4 ALA CB C N N 5 ALA OXT O N N 6 ALA H H N N 7 ALA H2 H N N 8 ALA HA H N N 9 ALA HB1 H N N 10 ALA HB2 H N N 11 ALA HB3 H N N 12 ALA HXT H N N 13 ARG N N N N 14 ARG CA C N S 15 ARG C C N N 16 ARG O O N N 17 ARG CB C N N 18 ARG CG C N N 19 ARG CD C N N 20 ARG NE N N N 21 ARG CZ C N N 22 ARG NH1 N N N 23 ARG NH2 N N N 24 ARG OXT O N N 25 ARG H H N N 26 ARG H2 H N N 27 ARG HA H N N 28 ARG HB2 H N N 29 ARG HB3 H N N 30 ARG HG2 H N N 31 ARG HG3 H N N 32 ARG HD2 H N N 33 ARG HD3 H N N 34 ARG HE H N N 35 ARG HH11 H N N 36 ARG HH12 H N N 37 ARG HH21 H N N 38 ARG HH22 H N N 39 ARG HXT H N N 40 ASN N N N N 41 ASN CA C N S 42 ASN C C N N 43 ASN O O N N 44 ASN CB C N N 45 ASN CG C N N 46 ASN OD1 O N N 47 ASN ND2 N N N 48 ASN OXT O N N 49 ASN H H N N 50 ASN 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