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'Saccharomyces cerevisiae' 4932 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _pdbx_entity_src_syn.entity_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific _pdbx_entity_src_syn.organism_common_name _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id _pdbx_entity_src_syn.details 13 1 sample 1 26 'DNA molecule' ? 2853804 ? 14 1 sample 1 26 'DNA molecule' ? 2853804 ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 UNP A0A6A5Q1S9_YEASX A0A6A5Q1S9 ? 1 ;MSDNRRRRREEDDSDSENELPPSSPQQHFRGGMNPVSSPIGSPDMINPEGDDNEVDDVPDIDEVEEQMNEVDLMDDNMYE DYAADHNRDRYDPDQVDDREQQELSLSERRRIDAQLNERDRLLRNVAYIDDEDEEQEGAAQLDEMGLPVQRRRRRRQYED LENSDDDLLSDMDIDPLREELTLESLSNVKANSYSEWITQPNVSRTIARELKSFLLEYTDETGRSVYGARIRTLGEMNSE SLEVNYRHLAESKAILALFLAKCPEEMLKIFDLVAMEATELHYPDYARIHSEIHVRISDFPTIYSLRELRESNLSSLVRV TGVVTRRTGVFPQLKYVKFNCLKCGSILGPFFQDSNEEIRISFCTNCKSKGPFRVNGEKTVYRNYQRVTLQEAPGTVPPG RLPRHREVILLADLVDVSKPGEEVEVTGIYKNNYDGNLNAKNGFPVFATIIEANSIKRREGNTANEGEEGLDVFSWTEEE EREFRKISRDRGIIDKIISSMAPSIYGHRDIKTAVACSLFGGVPKNVNGKHSIRGDINVLLLGDPGTAKSQILKYVEKTA HRAVFATGQGASAVGLTASVRKDPITKEWTLEGGALVLADKGVCLIDEFDKMNDQDRTSIHEAMEQQSISISKAGIVTTL QARCSIIAAANPNGGRYNSTLPLAQNVSLTEPILSRFDILCVVRDLVDEEADERLATFVVDSHVRSHPENDEDREGEELK NNGESAIEQGEDEINEQLNARQRRLQRQRKKEEEISPIPQELLMKYIHYARTKIYPKLHQMDMDKVSRVYADLRRESIST GSFPITVRHLESILRIAESFAKMRLSEFVSSYDLDRAIKVVVDSFVDAQKVSVRRQLRRSFAIYTLGH ; 1 2 UNP MCM3_YEAST P24279 ? 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'C4 H7 N O4' 133.103 ATP non-polymer . "ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE" ? 'C10 H16 N5 O13 P3' 507.181 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 DA 'DNA linking' y "2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H14 N5 O6 P' 331.222 DT 'DNA linking' y "THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE" ? 'C10 H15 N2 O8 P' 322.208 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 MG non-polymer . 'MAGNESIUM ION' ? 'Mg 2' 24.305 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 ZN non-polymer . 'ZINC ION' ? 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'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.562 ? 74288 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 10.689 ? 7689 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 8498 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 9329 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7QHS _struct.title 'S. cerevisiae CMGE nucleating origin DNA melting' _struct.pdbx_structure_determination_methodology ? _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7QHS _struct_keywords.text 'DNA replication, helicase, initiation, DNA origin, REPLICATION' _struct_keywords.pdbx_keywords REPLICATION # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? E N N 5 ? F N N 6 ? G N N 7 ? H N N 8 ? I N N 9 ? J N N 10 ? K N N 11 ? L N N 12 ? M N N 13 ? N N N 14 ? O N N 15 ? P N N 16 ? 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WATSON-CRICK ? ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference metalc ? ? hydrog ? ? # _struct_mon_prot_cis.pdbx_id 1 _struct_mon_prot_cis.label_comp_id ARG _struct_mon_prot_cis.label_seq_id 127 _struct_mon_prot_cis.label_asym_id J _struct_mon_prot_cis.label_alt_id . _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code ? _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id ARG _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id 127 _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id E _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 128 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 J _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 ? _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 PRO _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 128 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 E _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num 1 _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 2.09 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 7 ? AA3 ? 2 ? AA4 ? 2 ? AA5 ? 2 ? 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O ASN 112 3336 1 Y 1 5 ASN 113 ? O ASN 113 3337 1 Y 1 5 ASP 114 ? O ASP 114 3338 1 Y 1 5 LYS 115 ? O LYS 115 3339 1 Y 1 5 ASP 116 ? O ASP 116 3340 1 Y 1 5 PRO 117 ? O PRO 117 3341 1 Y 1 5 GLU 118 ? O GLU 118 3342 1 Y 1 5 ASN 119 ? O ASN 119 3343 1 Y 1 5 THR 120 ? O THR 120 3344 1 Y 1 5 SER 121 ? O SER 121 3345 1 Y 1 5 MET 122 ? O MET 122 3346 1 Y 1 5 ASP 123 ? O ASP 123 3347 1 Y 1 5 THR 124 ? O THR 124 3348 1 Y 1 5 ASP 125 ? O ASP 125 3349 1 Y 1 5 SER 126 ? O SER 126 3350 1 Y 1 5 LEU 127 ? O LEU 127 3351 1 Y 1 5 LEU 128 ? O LEU 128 3352 1 Y 1 5 LEU 129 ? O LEU 129 3353 1 Y 1 5 SER 199 ? O SER 199 3354 1 Y 1 5 ILE 200 ? O ILE 200 3355 1 Y 1 5 THR 201 ? O THR 201 3356 1 Y 1 5 GLY 202 ? O GLY 202 3357 1 Y 1 5 ASN 203 ? O ASN 203 3358 1 Y 1 5 THR 204 ? O THR 204 3359 1 Y 1 5 THR 214 ? O THR 214 3360 1 Y 1 5 ILE 215 ? O ILE 215 3361 1 Y 1 5 GLU 216 ? O GLU 216 3362 1 Y 1 5 SER 217 ? O SER 217 3363 1 Y 1 5 GLU 218 ? O GLU 218 3364 1 Y 1 5 SER 219 ? O SER 219 3365 1 Y 1 5 SER 220 ? O SER 220 3366 1 Y 1 5 MET 221 ? O MET 221 3367 1 Y 1 5 ALA 222 ? O ALA 222 3368 1 Y 1 5 ASN 223 ? O ASN 223 3369 1 Y 1 5 GLU 224 ? O GLU 224 3370 1 Y 1 5 SER 225 ? O SER 225 3371 1 Y 1 5 ASN 226 ? O ASN 226 3372 1 Y 1 5 ILE 227 ? O ILE 227 3373 1 Y 1 5 GLY 228 ? O GLY 228 3374 1 Y 1 5 ASP 229 ? O ASP 229 3375 1 Y 1 5 GLU 230 ? O GLU 230 3376 1 Y 1 5 SER 231 ? O SER 231 3377 1 Y 1 5 THR 232 ? O THR 232 3378 1 Y 1 5 LYS 233 ? O LYS 233 3379 1 Y 1 5 LYS 234 ? O LYS 234 3380 1 Y 1 5 ASN 305 ? O ASN 305 3381 1 Y 1 5 GLY 306 ? O GLY 306 3382 1 Y 1 5 ALA 307 ? O ALA 307 3383 1 Y 1 5 GLY 308 ? O GLY 308 3384 1 Y 1 5 SER 309 ? O SER 309 3385 1 Y 1 5 GLY 310 ? O GLY 310 3386 1 Y 1 5 ARG 311 ? O ARG 311 3387 1 Y 1 5 SER 312 ? O SER 312 3388 1 Y 1 5 GLY 313 ? O GLY 313 3389 1 Y 1 5 GLY 314 ? O GLY 314 3390 1 Y 1 5 GLY 315 ? O GLY 315 3391 1 Y 1 5 ASN 316 ? O ASN 316 3392 1 Y 1 5 GLY 317 ? 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Topaz ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? RELION 3.1 1 ? ? 5 'CTF CORRECTION' ? Gctf 1.18 1 ? ? 6 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot 0.9.2 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 11 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 12 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 13 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1 1 ? ? 14 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 15 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 16 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 17 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 18 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 19 'CRYSTALLOGRAPHY MERGING' ? ? ? 1 1 1 20 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.19.2 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ;four microlitres of sample was applied on a grid and incubated for 2 min at room temperature before blotting with filter paper for 5.5 s and plunge-freezing in liquid ethane. ; _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7QHS 'double helix' 7QHS 'b-form double helix' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 M DA 1 1_555 N DT 26 1_555 1.371 0.077 -0.694 8.537 -24.371 -8.283 1 A_DA1:DT26_B A 1 ? 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