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EMDB EMD-14067 ? ? # _pdbx_database_related.db_name EMDB _pdbx_database_related.details 'Cryo-EM structure of human full-length extrasynaptic alpha4beta3delta GABA(A)R in complex with nanobody Nb25' _pdbx_database_related.db_id EMD-14067 _pdbx_database_related.content_type 'associated EM volume' # _pdbx_database_status.status_code REL _pdbx_database_status.status_code_sf ? _pdbx_database_status.status_code_mr ? _pdbx_database_status.entry_id 7QN5 _pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date 2021-12-20 _pdbx_database_status.SG_entry N _pdbx_database_status.deposit_site PDBE _pdbx_database_status.process_site PDBE _pdbx_database_status.status_code_cs ? _pdbx_database_status.status_code_nmr_data ? _pdbx_database_status.methods_development_category ? _pdbx_database_status.pdb_format_compatible Y # loop_ _audit_author.name _audit_author.pdbx_ordinal _audit_author.identifier_ORCID 'Sente, A.' 1 0000-0001-5407-9138 'Desai, R.' 2 ? 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_citation_author.identifier_ORCID primary 'Sente, A.' 1 ? primary 'Desai, R.' 2 ? primary 'Naydenova, K.' 3 ? primary 'Malinauskas, T.' 4 0000-0002-4847-5529 primary 'Jounaidi, Y.' 5 ? primary 'Miehling, J.' 6 ? primary 'Zhou, X.' 7 ? primary 'Masiulis, S.' 8 ? primary 'Hardwick, S.W.' 9 0000-0001-9246-1864 primary 'Chirgadze, D.Y.' 10 0000-0001-9942-0993 primary 'Miller, K.W.' 11 0000-0002-4105-6639 primary 'Aricescu, A.R.' 12 0000-0003-3783-1388 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7QN5 _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? 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'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 HOH non-polymer . WATER ? 'H2 O' 18.015 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 OCT non-polymer . N-OCTANE ? 'C8 H18' 114.229 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 PX6 non-polymer . 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE ? 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TYR G 495 THR G 497 5 ? 3 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 172 SG ? ? ? 1_555 A CYS 186 SG ? ? A CYS 172 A CYS 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 161 SG ? ? ? 1_555 B CYS 175 SG ? ? B CYS 136 B CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 161 SG ? ? ? 1_555 C CYS 175 SG ? ? C CYS 136 C CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf4 disulf ? ? D CYS 161 SG ? ? ? 1_555 D CYS 175 SG ? ? D CYS 136 D CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf5 disulf ? ? E CYS 164 SG ? ? ? 1_555 E CYS 178 SG ? ? E CYS 164 E CYS 178 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf6 disulf ? ? F CYS 20 SG ? ? ? 1_555 F CYS 94 SG ? ? F CYS 409 F CYS 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf7 disulf ? ? G CYS 20 SG ? ? ? 1_555 G CYS 94 SG ? ? G CYS 409 G CYS 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? covale1 covale one ? A ASN 144 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 144 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 157 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 157 A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? B ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 80 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? B ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 149 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? C ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? C ASN 80 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.431 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? C ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? C ASN 149 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? D ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? D ASN 80 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? D ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? D ASN 149 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? E ASN 65 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? E ASN 65 E NAG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? E ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? E ASN 103 E NAG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale11 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale12 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H BMA . C1 ? ? a NAG 2 a BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale13 covale both ? H BMA . O3 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? a BMA 3 a MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale14 covale both ? H BMA . O6 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? a BMA 3 a MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale15 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale16 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale17 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? H NAG 2 H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale18 covale both ? J BMA . O3 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? H BMA 3 H MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale19 covale both ? J BMA . O6 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? H BMA 3 H MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale20 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? c NAG 1 c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale21 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale22 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? I NAG 2 I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale23 covale both ? L BMA . O3 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale24 covale both ? L BMA . O6 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale25 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? d NAG 1 d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale26 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale27 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale28 covale both ? N BMA . O3 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale29 covale both ? N BMA . O6 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 PHE 179 A . ? PHE 179 A PRO 180 A ? 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PHENIX 1.19.2 ? 1 ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MR/L009609/1 1 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/15 2 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United Kingdom' 1R01-GM135550 3 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 206171/Z/17/Z 4 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 202905/Z/16/Z 5 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero H 5 NAG 1 a NAG 1 a NAG 1 n H 5 NAG 2 a NAG 2 a NAG 2 n H 5 BMA 3 a BMA 3 a BMA 3 n H 5 MAN 4 a MAN 4 a MAN 4 n H 5 MAN 5 a MAN 5 a MAN 5 n I 6 NAG 1 b NAG 1 b NAG 1 n I 6 NAG 2 b NAG 2 b NAG 2 n J 5 NAG 1 H NAG 1 b NAG 3 n J 5 NAG 2 H NAG 2 b NAG 4 n J 5 BMA 3 H BMA 3 b BMA 5 n J 5 MAN 4 H MAN 4 b MAN 6 n J 5 MAN 5 H MAN 5 b MAN 7 n K 6 NAG 1 c NAG 1 c NAG 1 n K 6 NAG 2 c NAG 2 c NAG 2 n L 5 NAG 1 I NAG 1 c NAG 3 n L 5 NAG 2 I NAG 2 c NAG 4 n L 5 BMA 3 I BMA 3 c BMA 5 n L 5 MAN 4 I MAN 4 c MAN 6 n L 5 MAN 5 I MAN 5 c MAN 7 n M 6 NAG 1 d NAG 1 d NAG 1 n M 6 NAG 2 d NAG 2 d NAG 2 n N 5 NAG 1 J NAG 1 d NAG 3 n N 5 NAG 2 J NAG 2 d NAG 4 n N 5 BMA 3 J BMA 3 d BMA 5 n N 5 MAN 4 J MAN 4 d MAN 6 n N 5 MAN 5 J MAN 5 d MAN 7 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 4 6 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 6 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 4 5 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 5 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n 5 MAN 5 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 7 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG 8 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE PX6 9 DECANE D10 10 N-OCTANE OCT 11 '4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID' EPE 12 'CHLORIDE ION' CL 13 water HOH # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #