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'C4 H7 N O4' 133.103 BMA 'D-saccharide, beta linking' . beta-D-mannopyranose 'beta-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 CYS 'L-peptide linking' y CYSTEINE ? 'C3 H7 N O2 S' 121.158 GLN 'L-peptide linking' y GLUTAMINE ? 'C5 H10 N2 O3' 146.144 GLU 'L-peptide linking' y 'GLUTAMIC ACID' ? 'C5 H9 N O4' 147.129 GLY 'peptide linking' y GLYCINE ? 'C2 H5 N O2' 75.067 HIS 'L-peptide linking' y HISTIDINE ? 'C6 H10 N3 O2 1' 156.162 ILE 'L-peptide linking' y ISOLEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LEU 'L-peptide linking' y LEUCINE ? 'C6 H13 N O2' 131.173 LYS 'L-peptide linking' y LYSINE ? 'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 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'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7QNB _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7QNB _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 15183 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.386 ? 20662 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 9.297 ? 5509 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.038 ? 2391 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.003 ? 2520 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7QNB _struct.title 'Cryo-EM structure of human full-length beta3gamma2 GABA(A)R in complex with GABA and nanobody Nb25' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7QNB _struct_keywords.text 'pentameric ligand-gated ion channel, neurotransmitter receptor, GABA receptor, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 1 ? D N N 2 ? E N N 2 ? F N N 3 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 4 ? J N N 5 ? K N N 4 ? L N N 5 ? M N N 6 ? N N N 7 ? O N N 6 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 VAL A 58 ? GLU A 67 ? VAL A 27 GLU A 36 1 ? 10 HELX_P HELX_P2 AA2 ARG A 116 ? LYS A 119 ? ARG A 85 LYS A 88 5 ? 4 HELX_P HELX_P3 AA3 ASN A 130 ? ILE A 137 ? ASN A 99 ILE A 106 5 ? 8 HELX_P HELX_P4 AA4 MET A 264 ? THR A 271 ? MET A 233 THR A 240 1 ? 8 HELX_P HELX_P5 AA5 THR A 271 ? ILE A 288 ? THR A 240 ILE A 257 1 ? 18 HELX_P HELX_P6 AA6 ALA A 292 ? 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ARG C 85 LYS C 88 5 ? 4 HELX_P HELX_P21 AC3 ASN C 130 ? ILE C 137 ? ASN C 99 ILE C 106 5 ? 8 HELX_P HELX_P22 AC4 MET C 264 ? THR C 271 ? MET C 233 THR C 240 1 ? 8 HELX_P HELX_P23 AC5 THR C 271 ? ILE C 288 ? THR C 240 ILE C 257 1 ? 18 HELX_P HELX_P24 AC6 ALA C 292 ? ARG C 315 ? ALA C 261 ARG C 284 1 ? 24 HELX_P HELX_P25 AC7 THR C 325 ? ASN C 354 ? THR C 294 ASN C 323 1 ? 30 HELX_P HELX_P26 AC8 LYS C 440 ? TYR C 466 ? LYS C 409 TYR C 435 1 ? 27 HELX_P HELX_P27 AC9 ASN D 33 ? LYS D 46 ? ASN D 8 LYS D 21 1 ? 14 HELX_P HELX_P28 AD1 LYS D 95 ? ALA D 98 ? LYS D 70 ALA D 73 5 ? 4 HELX_P HELX_P29 AD2 ASP D 109 ? LEU D 116 ? ASP D 84 LEU D 91 5 ? 8 HELX_P HELX_P30 AD3 GLY D 195 ? LYS D 198 ? GLY D 170 LYS D 173 5 ? 4 HELX_P HELX_P31 AD4 ILE D 243 ? THR D 250 ? ILE D 218 THR D 225 1 ? 8 HELX_P HELX_P32 AD5 THR D 250 ? ILE D 267 ? THR D 225 ILE D 242 1 ? 18 HELX_P HELX_P33 AD6 ALA D 271 ? ARG D 294 ? ALA D 246 ARG D 269 1 ? 24 HELX_P HELX_P34 AD7 GLU D 295 ? LEU D 297 ? 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LYS N 474 THR N 478 5 ? 5 HELX_P HELX_P49 AF4 TYR F 106 ? TYR F 110 ? TYR N 495 TYR N 499 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 182 SG ? ? ? 1_555 A CYS 196 SG ? ? A CYS 151 A CYS 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 161 SG ? ? ? 1_555 B CYS 175 SG ? ? B CYS 136 B CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 182 SG ? ? ? 1_555 C CYS 196 SG ? ? C CYS 151 C CYS 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf4 disulf ? ? D CYS 161 SG ? ? ? 1_555 D CYS 175 SG ? ? D CYS 136 D CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf5 disulf ? ? E CYS 161 SG ? ? ? 1_555 E CYS 175 SG ? ? E CYS 136 E CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf6 disulf ? ? F CYS 20 SG ? ? ? 1_555 F CYS 94 SG ? ? N CYS 409 N CYS 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? covale1 covale one ? A ASN 239 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? A ASN 208 A NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? B ASN 80 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? B ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 149 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 239 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? C ASN 208 C NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? D ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? D ASN 80 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? D ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? D ASN 149 G NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? E ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? E ASN 80 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.427 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? E ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? E ASN 149 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? N-Glycosylation covale9 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale10 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale11 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale12 covale both ? H BMA . O3 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale13 covale both ? H BMA . O6 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale14 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? d NAG 1 d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale15 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale16 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? G NAG 2 G BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale17 covale both ? J BMA . O3 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? G BMA 3 G MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale18 covale both ? J BMA . O6 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? G BMA 3 G MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale19 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? e NAG 1 e NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale20 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale21 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? H NAG 2 H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? ? covale22 covale both ? L BMA . O3 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? H BMA 3 H MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale23 covale both ? L BMA . O6 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? H BMA 3 H MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 ILE 155 A . ? ILE 124 A THR 156 A ? THR 125 A 1 -1.57 2 PHE 189 A . ? PHE 158 A PRO 190 A ? PRO 159 A 1 2.94 3 VAL 134 B . ? VAL 109 B THR 135 B ? 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sing N N 277 MAN O6 HO6 sing N N 278 MET N CA sing N N 279 MET N H sing N N 280 MET N H2 sing N N 281 MET CA C sing N N 282 MET CA CB sing N N 283 MET CA HA sing N N 284 MET C O doub N N 285 MET C OXT sing N N 286 MET CB CG sing N N 287 MET CB HB2 sing N N 288 MET CB HB3 sing N N 289 MET CG SD sing N N 290 MET CG HG2 sing N N 291 MET CG HG3 sing N N 292 MET SD CE sing N N 293 MET CE HE1 sing N N 294 MET CE HE2 sing N N 295 MET CE HE3 sing N N 296 MET OXT HXT sing N N 297 NAG C1 C2 sing N N 298 NAG C1 O1 sing N N 299 NAG C1 O5 sing N N 300 NAG C1 H1 sing N N 301 NAG C2 C3 sing N N 302 NAG C2 N2 sing N N 303 NAG C2 H2 sing N N 304 NAG C3 C4 sing N N 305 NAG C3 O3 sing N N 306 NAG C3 H3 sing N N 307 NAG C4 C5 sing N N 308 NAG C4 O4 sing N N 309 NAG C4 H4 sing N N 310 NAG C5 C6 sing N N 311 NAG C5 O5 sing N N 312 NAG C5 H5 sing N N 313 NAG C6 O6 sing N N 314 NAG C6 H61 sing N N 315 NAG C6 H62 sing N N 316 NAG C7 C8 sing N N 317 NAG C7 N2 sing N N 318 NAG C7 O7 doub N N 319 NAG C8 H81 sing N N 320 NAG C8 H82 sing N N 321 NAG C8 H83 sing N N 322 NAG N2 HN2 sing N N 323 NAG O1 HO1 sing N N 324 NAG O3 HO3 sing N N 325 NAG O4 HO4 sing N N 326 NAG O6 HO6 sing N N 327 PHE N CA sing N N 328 PHE N H sing N N 329 PHE N H2 sing N N 330 PHE CA C sing N N 331 PHE CA CB sing N N 332 PHE CA HA sing N N 333 PHE C O doub N N 334 PHE C OXT sing N N 335 PHE CB CG sing N N 336 PHE CB HB2 sing N N 337 PHE CB HB3 sing N N 338 PHE CG CD1 doub Y N 339 PHE CG CD2 sing Y N 340 PHE CD1 CE1 sing Y N 341 PHE CD1 HD1 sing N N 342 PHE CD2 CE2 doub Y N 343 PHE CD2 HD2 sing N N 344 PHE CE1 CZ doub Y N 345 PHE CE1 HE1 sing N N 346 PHE CE2 CZ sing Y N 347 PHE CE2 HE2 sing N N 348 PHE CZ HZ sing N N 349 PHE OXT HXT sing N N 350 PRO N CA sing N N 351 PRO N CD sing N N 352 PRO N H sing N N 353 PRO CA C sing N N 354 PRO CA CB sing N N 355 PRO CA HA sing N N 356 PRO C O doub N N 357 PRO C OXT sing N N 358 PRO CB CG sing N N 359 PRO CB HB2 sing N N 360 PRO CB HB3 sing N N 361 PRO CG CD sing N N 362 PRO CG HG2 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