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AA 7 NAG 1 503 2 NAG NAG E . # _software.citation_id ? _software.classification refinement _software.compiler_name ? _software.compiler_version ? _software.contact_author ? _software.contact_author_email ? _software.date ? _software.description ? _software.dependencies ? _software.hardware ? _software.language ? _software.location ? _software.mods ? _software.name PHENIX _software.os ? _software.os_version ? _software.type ? _software.version 1.19.2_4158: _software.pdbx_ordinal 1 # _cell.angle_alpha 90.00 _cell.angle_alpha_esd ? _cell.angle_beta 90.00 _cell.angle_beta_esd ? _cell.angle_gamma 90.00 _cell.angle_gamma_esd ? _cell.entry_id 7QNC _cell.details ? _cell.formula_units_Z ? _cell.length_a 1.00 _cell.length_a_esd ? _cell.length_b 1.00 _cell.length_b_esd ? _cell.length_c 1.00 _cell.length_c_esd ? _cell.volume ? _cell.volume_esd ? _cell.Z_PDB ? _cell.reciprocal_angle_alpha ? _cell.reciprocal_angle_beta ? _cell.reciprocal_angle_gamma ? _cell.reciprocal_angle_alpha_esd ? _cell.reciprocal_angle_beta_esd ? _cell.reciprocal_angle_gamma_esd ? _cell.reciprocal_length_a ? _cell.reciprocal_length_b ? _cell.reciprocal_length_c ? _cell.reciprocal_length_a_esd ? _cell.reciprocal_length_b_esd ? _cell.reciprocal_length_c_esd ? _cell.pdbx_unique_axis ? # _symmetry.entry_id 7QNC _symmetry.cell_setting ? _symmetry.Int_Tables_number 1 _symmetry.space_group_name_Hall ? _symmetry.space_group_name_H-M 'P 1' _symmetry.pdbx_full_space_group_name_H-M ? # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7QNC _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _refine.pdbx_refine_id 'ELECTRON MICROSCOPY' _refine.entry_id 7QNC _refine.pdbx_diffrn_id ? _refine.pdbx_TLS_residual_ADP_flag ? _refine.ls_number_reflns_obs ? _refine.ls_number_reflns_all ? _refine.pdbx_ls_sigma_I ? _refine.pdbx_ls_sigma_F ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_low_absF ? _refine.pdbx_data_cutoff_high_rms_absF ? _refine.ls_d_res_low ? _refine.ls_d_res_high . _refine.ls_percent_reflns_obs ? _refine.ls_R_factor_obs ? _refine.ls_R_factor_all ? _refine.ls_R_factor_R_work ? _refine.ls_R_factor_R_free ? _refine.ls_R_factor_R_free_error ? _refine.ls_R_factor_R_free_error_details ? _refine.ls_percent_reflns_R_free ? _refine.ls_number_reflns_R_free ? _refine.ls_number_parameters ? _refine.ls_number_restraints ? _refine.occupancy_min ? _refine.occupancy_max ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc ? _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free ? _refine.B_iso_mean ? _refine.aniso_B[1][1] ? _refine.aniso_B[2][2] ? _refine.aniso_B[3][3] ? _refine.aniso_B[1][2] ? _refine.aniso_B[1][3] ? _refine.aniso_B[2][3] ? _refine.solvent_model_details ? _refine.solvent_model_param_ksol ? _refine.solvent_model_param_bsol ? _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii ? _refine.pdbx_solvent_shrinkage_radii ? _refine.pdbx_ls_cross_valid_method ? _refine.details ? _refine.pdbx_starting_model ? _refine.pdbx_method_to_determine_struct ? _refine.pdbx_isotropic_thermal_model ? _refine.pdbx_stereochemistry_target_values ? _refine.pdbx_stereochem_target_val_spec_case ? _refine.pdbx_R_Free_selection_details ? _refine.pdbx_overall_ESU_R ? _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free ? _refine.overall_SU_ML ? _refine.pdbx_overall_phase_error ? _refine.overall_SU_B ? _refine.overall_SU_R_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Cruickshank_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_Blow_DPI ? _refine.pdbx_overall_SU_R_free_Blow_DPI ? # loop_ _refine_ls_restr.pdbx_refine_id _refine_ls_restr.criterion _refine_ls_restr.dev_ideal _refine_ls_restr.dev_ideal_target _refine_ls_restr.number _refine_ls_restr.rejects _refine_ls_restr.type _refine_ls_restr.weight _refine_ls_restr.pdbx_restraint_function 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.002 ? 16291 ? f_bond_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.486 ? 22160 ? f_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 10.922 ? 5981 ? f_dihedral_angle_d ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.041 ? 2548 ? f_chiral_restr ? ? 'ELECTRON MICROSCOPY' ? 0.005 ? 2731 ? f_plane_restr ? ? # _struct.entry_id 7QNC _struct.title ;Cryo-EM structure of human full-length extrasynaptic alpha4beta3delta GABA(A)R in complex with THIP (gaboxadol), histamine and nanobody Nb25 ; _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7QNC _struct_keywords.text 'pentameric ligand-gated ion channel, neurotransmitter receptor, GABA receptor, MEMBRANE PROTEIN' _struct_keywords.pdbx_keywords 'MEMBRANE PROTEIN' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 2 ? D N N 2 ? E N N 3 ? F N N 4 ? G N N 4 ? H N N 5 ? I N N 6 ? 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ASN E 43 ALA E 49 1 ? 7 HELX_P HELX_P44 AE8 SER E 98 ? SER E 101 ? SER E 98 SER E 101 5 ? 4 HELX_P HELX_P45 AE9 ASP E 112 ? LEU E 119 ? ASP E 112 LEU E 119 5 ? 8 HELX_P HELX_P46 AF1 GLU E 198 ? HIS E 202 ? GLU E 198 HIS E 202 5 ? 5 HELX_P HELX_P47 AF2 GLY E 248 ? ILE E 271 ? GLY E 248 ILE E 271 1 ? 24 HELX_P HELX_P48 AF3 ALA E 275 ? SER E 300 ? ALA E 275 SER E 300 1 ? 26 HELX_P HELX_P49 AF4 LYS E 308 ? ALA E 335 ? LYS E 308 ALA E 335 1 ? 28 HELX_P HELX_P50 AF5 ASP E 425 ? TYR E 450 ? ASP E 425 TYR E 450 1 ? 26 HELX_P HELX_P51 AF6 ASP F 60 ? LYS F 63 ? ASP F 449 LYS F 452 5 ? 4 HELX_P HELX_P52 AF7 TYR F 106 ? TYR F 110 ? TYR F 495 TYR F 499 5 ? 5 HELX_P HELX_P53 AF8 ASP G 60 ? LYS G 63 ? ASP G 449 LYS G 452 5 ? 4 HELX_P HELX_P54 AF9 TYR G 106 ? TYR G 110 ? TYR G 495 TYR G 499 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 172 SG ? ? ? 1_555 A CYS 186 SG ? ? A CYS 172 A CYS 186 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 161 SG ? ? ? 1_555 B CYS 175 SG ? ? B CYS 136 B CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 161 SG ? ? ? 1_555 C CYS 175 SG ? ? C CYS 136 C CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf4 disulf ? ? D CYS 161 SG ? ? ? 1_555 D CYS 175 SG ? ? D CYS 136 D CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf5 disulf ? ? E CYS 164 SG ? ? ? 1_555 E CYS 178 SG ? ? E CYS 164 E CYS 178 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf6 disulf ? ? F CYS 20 SG ? ? ? 1_555 F CYS 94 SG ? ? F CYS 409 F CYS 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf7 disulf ? ? G CYS 20 SG ? ? ? 1_555 G CYS 94 SG ? ? G CYS 409 G CYS 483 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? covale1 covale one ? A ASN 144 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? A ASN 144 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 157 ND2 ? ? ? 1_555 O NAG . C1 ? ? A ASN 157 A NAG 601 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? B ASN 33 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? B ASN 8 B NAG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.376 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? B ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 80 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.466 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? B ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? B ASN 149 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.496 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? C ASN 33 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? C ASN 8 C NAG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.510 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? C ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? C ASN 80 c NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? C ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? C ASN 149 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.399 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? D ASN 33 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? D ASN 8 D NAG 502 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? D ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? D ASN 80 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.413 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? D ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? D ASN 149 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.422 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? E ASN 65 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? E ASN 65 E NAG 501 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? E ASN 103 ND2 ? ? ? 1_555 AA NAG . C1 ? ? E ASN 103 E NAG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale14 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale15 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H BMA . C1 ? ? a NAG 2 a BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale16 covale both ? H BMA . O3 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? a BMA 3 a MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale17 covale both ? H BMA . O6 ? ? ? 1_555 H MAN . C1 ? ? a BMA 3 a MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale18 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale19 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale20 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? H NAG 2 H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale21 covale both ? J BMA . O3 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? H BMA 3 H MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale22 covale both ? J BMA . O6 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? H BMA 3 H MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale23 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? c NAG 1 c NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale24 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale25 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? I NAG 2 I BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale26 covale both ? L BMA . O3 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale27 covale both ? L BMA . O6 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? I BMA 3 I MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale28 covale both ? M NAG . O4 ? ? ? 1_555 M NAG . C1 ? ? d NAG 1 d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale29 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale30 covale both ? N NAG . O4 ? ? ? 1_555 N BMA . C1 ? ? J NAG 2 J BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale31 covale both ? N BMA . O3 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale32 covale both ? N BMA . O6 ? ? ? 1_555 N MAN . C1 ? ? J BMA 3 J MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _pdbx_modification_feature.ordinal _pdbx_modification_feature.label_comp_id _pdbx_modification_feature.label_asym_id _pdbx_modification_feature.label_seq_id _pdbx_modification_feature.label_alt_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_label_alt_id _pdbx_modification_feature.auth_comp_id _pdbx_modification_feature.auth_asym_id _pdbx_modification_feature.auth_seq_id _pdbx_modification_feature.PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.symmetry _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_comp_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_asym_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_auth_seq_id _pdbx_modification_feature.modified_residue_PDB_ins_code _pdbx_modification_feature.modified_residue_symmetry _pdbx_modification_feature.comp_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id_linking_atom _pdbx_modification_feature.modified_residue_id _pdbx_modification_feature.ref_pcm_id _pdbx_modification_feature.ref_comp_id _pdbx_modification_feature.type _pdbx_modification_feature.category 1 NAG AA . ? 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THR 110 C 1 -2.73 5 TYR 168 C . ? TYR 143 C PRO 169 C ? PRO 144 C 1 1.07 6 VAL 134 D . ? VAL 109 D THR 135 D ? THR 110 D 1 -2.75 7 TYR 168 D . ? TYR 143 D PRO 169 D ? PRO 144 D 1 1.08 8 VAL 137 E . ? VAL 137 E THR 138 E ? THR 138 E 1 0.53 9 TYR 171 E . ? TYR 171 E PRO 172 E ? PRO 172 E 1 0.10 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 6 ? AA2 ? 5 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 6 ? AA5 ? 5 ? AA6 ? 4 ? AA7 ? 6 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 6 ? AB2 ? 5 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 4 ? AB5 ? 6 ? AB6 ? 4 ? AB7 ? 4 ? AB8 ? 6 ? AB9 ? 4 ? AC1 ? 4 ? AC2 ? 6 ? AC3 ? 4 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA1 2 3 ? anti-parallel AA1 3 4 ? anti-parallel AA1 4 5 ? anti-parallel AA1 5 6 ? parallel AA2 1 2 ? anti-parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? parallel AA3 1 2 ? anti-parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA4 3 4 ? anti-parallel AA4 4 5 ? anti-parallel AA4 5 6 ? parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA6 3 4 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA7 4 5 ? anti-parallel AA7 5 6 ? parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA8 4 5 ? parallel AA9 1 2 ? anti-parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AA9 3 4 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel AB1 2 3 ? anti-parallel AB1 3 4 ? anti-parallel AB1 4 5 ? anti-parallel AB1 5 6 ? parallel AB2 1 2 ? anti-parallel AB2 2 3 ? anti-parallel AB2 3 4 ? anti-parallel AB2 4 5 ? parallel AB3 1 2 ? anti-parallel AB3 2 3 ? anti-parallel AB3 3 4 ? anti-parallel AB4 1 2 ? anti-parallel AB4 2 3 ? anti-parallel AB4 3 4 ? anti-parallel AB5 1 2 ? anti-parallel AB5 2 3 ? anti-parallel AB5 3 4 ? anti-parallel AB5 4 5 ? anti-parallel AB5 5 6 ? parallel AB6 1 2 ? anti-parallel AB6 2 3 ? anti-parallel AB6 3 4 ? anti-parallel AB7 1 2 ? anti-parallel AB7 2 3 ? anti-parallel AB7 3 4 ? anti-parallel AB8 1 2 ? parallel AB8 2 3 ? anti-parallel AB8 3 4 ? anti-parallel AB8 4 5 ? anti-parallel AB8 5 6 ? anti-parallel AB9 1 2 ? parallel AB9 2 3 ? anti-parallel AB9 3 4 ? anti-parallel AC1 1 2 ? anti-parallel AC1 2 3 ? anti-parallel AC1 3 4 ? anti-parallel AC2 1 2 ? parallel AC2 2 3 ? anti-parallel AC2 3 4 ? anti-parallel AC2 4 5 ? anti-parallel AC2 5 6 ? anti-parallel AC3 1 2 ? parallel AC3 2 3 ? anti-parallel AC3 3 4 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 ILE A 116 ? 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