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'polypeptide(L)' no no ;MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPV SDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRL TVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVM TTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVC YAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVKDPLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEV KPETKPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ ; ;MRKSPGLSDCLWAWILLLSTLTGRSYGQPSLQDELKDNTTVFTRILDRLLDGYDNRLRPGLGERVTEVKTDIFVTSFGPV SDHDMEYTIDVFFRQSWKDERLKFKGPMTVLRLNNLMASKIWTPDTFFHNGKKSVAHNMTMPNKLLRITEDGTLLYTMRL TVRAECPMHLEDFPMDAHACPLKFGSYAYTRAEVVYEWTREPARSVVVAEDGSRLNQYDLLGQTVDSGIVQSSTGEYVVM TTHFHLKRKIGYFVIQTYLPCIMTVILSQVSFWLNRESVPARTVFGVTTVLTMTTLSISARNSLPKVAYATAMDWFIAVC YAFVFSALIEFATVNYFTKRGYAWDGKSVVPEKPKKVKDPLIKKNNTYAPTATSYTPNLARGDPGLATIAKSATIEPKEV KPETKPPEPKKTFNSVSKIDRLSRIAFPLLFGIFNLVYWATYLNREPQLKAPTPHQ ; A,D ? 2 'polypeptide(L)' no no 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'C6 H15 N2 O2 1' 147.195 MAN 'D-saccharide, alpha linking' . alpha-D-mannopyranose 'alpha-D-mannose; D-mannose; mannose' 'C6 H12 O6' 180.156 MET 'L-peptide linking' y METHIONINE ? 'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 OCT non-polymer . N-OCTANE ? 'C8 H18' 114.229 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PIO non-polymer . ;[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate ; 'dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate' 'C25 H49 O19 P3' 746.566 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 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THR G 106 TYR G 110 5 ? 5 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 166 SG ? ? ? 1_555 A CYS 180 SG ? ? A CYS 139 A CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 161 SG ? ? ? 1_555 B CYS 175 SG ? ? B CYS 136 B CYS 150 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 190 SG ? ? ? 1_555 C CYS 204 SG ? ? C CYS 151 C CYS 165 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.033 ? ? disulf4 disulf ? ? D CYS 166 SG ? ? ? 1_555 D CYS 180 SG ? ? D CYS 139 D CYS 153 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.032 ? ? disulf5 disulf ? ? F CYS 22 SG ? ? ? 1_555 F CYS 95 SG ? ? G CYS 22 G CYS 95 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? covale1 covale one ? A ASN 138 ND2 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? A ASN 111 a NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? B ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? B ASN 80 b NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? B ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? B ASN 149 F NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? C ASN 247 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? C ASN 208 C NAG 503 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? D ASN 138 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? D ASN 111 d NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? E ASN 105 ND2 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? E ASN 80 e NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? E ASN 174 ND2 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? E ASN 149 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? N-Glycosylation covale8 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? a NAG 1 a NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale9 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G BMA . C1 ? ? a NAG 2 a BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale10 covale both ? G BMA . O3 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? a BMA 3 a MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.444 ? ? covale11 covale both ? G BMA . O6 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? a BMA 3 a MAN 7 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? ? covale12 covale both ? G MAN . O2 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? a MAN 4 a MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale13 covale both ? G MAN . O2 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? a MAN 5 a MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale14 covale both ? G MAN . O3 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? a MAN 7 a MAN 8 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale15 covale both ? G MAN . O6 ? ? ? 1_555 G MAN . C1 ? ? a MAN 7 a MAN 9 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale16 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? b NAG 1 b NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale17 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale18 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I BMA . C1 ? ? F NAG 2 F BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale19 covale both ? I BMA . O6 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? ? covale20 covale both ? I BMA . O3 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? F BMA 3 F MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale21 covale both ? I MAN . O3 ? ? ? 1_555 I MAN . C1 ? ? F MAN 4 F MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale22 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? d NAG 1 d NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.437 ? ? covale23 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J BMA . C1 ? ? d NAG 2 d BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale24 covale both ? J BMA . O3 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? d BMA 3 d MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.436 ? ? covale25 covale both ? J BMA . O6 ? ? ? 1_555 J MAN . C1 ? ? d BMA 3 d MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale26 covale both ? K NAG . O4 ? ? ? 1_555 K NAG . C1 ? ? e NAG 1 e NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale27 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? covale28 covale both ? L NAG . O4 ? ? ? 1_555 L BMA . C1 ? ? H NAG 2 H BMA 3 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? ? covale29 covale both ? L BMA . O6 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? H BMA 3 H MAN 4 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.441 ? ? covale30 covale both ? L BMA . O3 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? H BMA 3 H MAN 6 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale31 covale both ? L MAN . O3 ? ? ? 1_555 L MAN . C1 ? ? H MAN 4 H MAN 5 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 MET 139 A . ? MET 112 A THR 140 A ? THR 113 A 1 -0.51 2 PHE 173 A . ? PHE 146 A PRO 174 A ? PRO 147 A 1 2.86 3 VAL 134 B . ? VAL 109 B THR 135 B ? 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E ASN 379 604 1 Y 1 E GLU 355 ? E GLU 380 605 1 Y 1 E VAL 356 ? E VAL 381 606 1 Y 1 E SER 357 ? E SER 382 607 1 Y 1 E GLY 358 ? E GLY 383 608 1 Y 1 E GLY 359 ? E GLY 384 609 1 Y 1 E ILE 360 ? E ILE 385 610 1 Y 1 E GLY 361 ? E GLY 386 611 1 Y 1 E ASP 362 ? E ASP 387 612 1 Y 1 E THR 363 ? E THR 388 613 1 Y 1 E ARG 364 ? E ARG 389 614 1 Y 1 E ASN 365 ? E ASN 390 615 1 Y 1 E SER 366 ? E SER 391 616 1 Y 1 E ALA 367 ? E ALA 392 617 1 Y 1 E ILE 368 ? E ILE 393 618 1 Y 1 E SER 369 ? E SER 394 619 1 Y 1 E PHE 370 ? E PHE 395 620 1 Y 1 E ASP 371 ? E ASP 396 621 1 Y 1 E ASN 372 ? E ASN 397 622 1 Y 1 E SER 373 ? E SER 398 623 1 Y 1 E GLY 374 ? E GLY 399 624 1 Y 1 E ILE 375 ? E ILE 400 625 1 Y 1 E GLN 376 ? E GLN 401 626 1 Y 1 E TYR 377 ? E TYR 402 627 1 Y 1 E ARG 378 ? E ARG 403 628 1 Y 1 E LYS 379 ? E LYS 404 629 1 Y 1 E GLN 380 ? E GLN 405 630 1 Y 1 E SER 381 ? E SER 406 631 1 Y 1 E MET 382 ? E MET 407 632 1 Y 1 E PRO 383 ? E PRO 408 633 1 Y 1 E ARG 384 ? E ARG 409 634 1 Y 1 E GLU 385 ? 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E ASP 441 666 1 Y 1 E LEU 417 ? E LEU 442 667 1 Y 1 E THR 418 ? E THR 443 668 1 Y 1 E ASN 448 ? E ASN 473 # loop_ _em_buffer_component.buffer_id _em_buffer_component.id _em_buffer_component.concentration _em_buffer_component.concentration_units _em_buffer_component.formula _em_buffer_component.name 1 1 300 mM NaCl 'Sodium chloride' 1 2 50 mM ? HEPES # _em_ctf_correction.id 1 _em_ctf_correction.em_image_processing_id 1 _em_ctf_correction.type 'PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION' _em_ctf_correction.details ? # _em_entity_assembly_naturalsource.id 2 _em_entity_assembly_naturalsource.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_naturalsource.cell ? _em_entity_assembly_naturalsource.cellular_location ? _em_entity_assembly_naturalsource.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_naturalsource.organ ? _em_entity_assembly_naturalsource.organelle ? _em_entity_assembly_naturalsource.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_naturalsource.strain ? _em_entity_assembly_naturalsource.tissue ? # _em_entity_assembly_recombinant.id 2 _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id 1 _em_entity_assembly_recombinant.cell 'HEK293S TetR' _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id 9606 _em_entity_assembly_recombinant.organism 'Homo sapiens' _em_entity_assembly_recombinant.plasmid ? _em_entity_assembly_recombinant.strain ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 40 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'GATAN K3 (6k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # _em_imaging_optics.id 1 _em_imaging_optics.imaging_id 1 _em_imaging_optics.chr_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.energyfilter_lower ? _em_imaging_optics.energyfilter_name 'GIF Bioquantum' _em_imaging_optics.energyfilter_upper ? _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width 20 _em_imaging_optics.phase_plate ? _em_imaging_optics.sph_aberration_corrector ? _em_imaging_optics.details ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? EPU ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? CTFFIND 4.1.13 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'MODEL REFINEMENT' ? REFMAC 5 ? 1 ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.19.2 ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION 3.1 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? RELION 3.1 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? RELION 3.1 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration ? _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MR/L009609/1 1 'Medical Research Council (MRC, United Kingdom)' 'United Kingdom' MC_UP_1201/15 2 'National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)' 'United Kingdom' 1R01-GM135550 3 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 206171/Z/17/Z 4 'Wellcome Trust' 'United Kingdom' 202905/Z/16/Z 5 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero G 5 NAG 1 a NAG 1 a NAG 3000 n G 5 NAG 2 a NAG 2 a NAG 3001 n G 5 BMA 3 a BMA 3 a BMA 3002 n G 5 MAN 4 a MAN 4 a MAN 3006 n G 5 MAN 5 a MAN 5 a MAN 3007 n G 5 MAN 6 a MAN 6 a MAN 3008 n G 5 MAN 7 a MAN 7 a MAN 3003 n G 5 MAN 8 a MAN 8 a MAN 3005 n G 5 MAN 9 a MAN 9 a MAN 3004 n H 6 NAG 1 b NAG 1 b NAG 2000 n H 6 NAG 2 b NAG 2 b NAG 2001 n I 7 NAG 1 F NAG 1 b NAG 3000 n I 7 NAG 2 F NAG 2 b NAG 3001 n I 7 BMA 3 F BMA 3 b BMA 3002 n I 7 MAN 4 F MAN 4 b MAN 3004 n I 7 MAN 5 F MAN 5 b MAN 3005 n I 7 MAN 6 F MAN 6 b MAN 3003 n J 8 NAG 1 d NAG 1 d NAG 3000 n J 8 NAG 2 d NAG 2 d NAG 3001 n J 8 BMA 3 d BMA 3 d BMA 3002 n J 8 MAN 4 d MAN 4 d MAN 3004 n J 8 MAN 5 d MAN 5 d MAN 3003 n K 6 NAG 1 e NAG 1 e NAG 2000 n K 6 NAG 2 e NAG 2 e NAG 2001 n L 7 NAG 1 H NAG 1 e NAG 3000 n L 7 NAG 2 H NAG 2 e NAG 3001 n L 7 BMA 3 H BMA 3 e BMA 3002 n L 7 MAN 4 H MAN 4 e MAN 3004 n L 7 MAN 5 H MAN 5 e MAN 3005 n L 7 MAN 6 H MAN 6 e MAN 3003 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier BMA 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpb BMA 'COMMON NAME' GMML 1.0 b-D-mannopyranose BMA 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-Manp BMA 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man MAN 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DManpa MAN 'COMMON NAME' GMML 1.0 a-D-mannopyranose MAN 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 a-D-Manp MAN 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 Man NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # loop_ _pdbx_entity_branch.entity_id _pdbx_entity_branch.type 5 oligosaccharide 6 oligosaccharide 7 oligosaccharide 8 oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 5 'DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 5 ;WURCS=2.0/3,9,8/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1 ; WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 5 ;[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}} ; LINUCS PDB-CARE ? 4 6 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1- 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 5 6 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 6 6 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}' LINUCS PDB-CARE ? 7 7 'DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 8 7 'WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 9 7 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? 10 8 'DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-' 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 11 8 'WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 12 8 '[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}' LINUCS PDB-CARE ? # loop_ _pdbx_entity_branch_link.link_id _pdbx_entity_branch_link.entity_id _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 _pdbx_entity_branch_link.value_order _pdbx_entity_branch_link.details 1 5 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 2 5 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 3 5 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 4 5 5 MAN C1 O1 4 MAN O2 HO2 sing ? 5 5 6 MAN C1 O1 5 MAN O2 HO2 sing ? 6 5 7 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 7 5 8 MAN C1 O1 7 MAN O3 HO3 sing ? 8 5 9 MAN C1 O1 7 MAN O6 HO6 sing ? 9 6 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 10 7 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 11 7 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 12 7 4 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? 13 7 5 MAN C1 O1 4 MAN O3 HO3 sing ? 14 7 6 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 15 8 2 NAG C1 O1 1 NAG O4 HO4 sing ? 16 8 3 BMA C1 O1 2 NAG O4 HO4 sing ? 17 8 4 MAN C1 O1 3 BMA O3 HO3 sing ? 18 8 5 MAN C1 O1 3 BMA O6 HO6 sing ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 5 NAG 1 n 5 NAG 2 n 5 BMA 3 n 5 MAN 4 n 5 MAN 5 n 5 MAN 6 n 5 MAN 7 n 5 MAN 8 n 5 MAN 9 n 6 NAG 1 n 6 NAG 2 n 7 NAG 1 n 7 NAG 2 n 7 BMA 3 n 7 MAN 4 n 7 MAN 5 n 7 MAN 6 n 8 NAG 1 n 8 NAG 2 n 8 BMA 3 n 8 MAN 4 n 8 MAN 5 n # _pdbx_entity_instance_feature.ordinal 1 _pdbx_entity_instance_feature.comp_id EIE _pdbx_entity_instance_feature.asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id EIE _pdbx_entity_instance_feature.auth_asym_id ? _pdbx_entity_instance_feature.auth_seq_num ? _pdbx_entity_instance_feature.feature_type 'SUBJECT OF INVESTIGATION' _pdbx_entity_instance_feature.details ? # loop_ _pdbx_entity_nonpoly.entity_id _pdbx_entity_nonpoly.name _pdbx_entity_nonpoly.comp_id 9 ;[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate ; PIO 10 N-OCTANE OCT 11 DECANE D10 12 'CHLORIDE ION' CL 13 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose NAG 14 'ethyl 8-[(azanylidene-$l^{4}-azanylidene)amino]-5-methyl-6-oxidanylidene-4~{H}-imidazo[1,5-a][1,4]benzodiazepine-3-carboxylate' EIE # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'electron microscopy' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #