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B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? disulf19 disulf ? ? B CYS 391 SG ? ? ? 1_555 B CYS 525 SG ? ? B CYS 391 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf20 disulf ? ? B CYS 538 SG ? ? ? 1_555 B CYS 590 SG ? ? B CYS 538 B CYS 590 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.040 ? ? disulf21 disulf ? ? B CYS 617 SG ? ? ? 1_555 B CYS 649 SG ? ? B CYS 617 B CYS 649 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf22 disulf ? ? B CYS 662 SG ? ? ? 1_555 B CYS 671 SG ? ? B CYS 662 B CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.036 ? ? disulf23 disulf ? ? B CYS 743 SG ? ? ? 1_555 B CYS 749 SG ? ? B CYS 743 B CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf24 disulf ? ? B CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1043 SG ? ? B CYS 1032 B CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.024 ? ? disulf25 disulf ? ? B CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 B CYS 1126 SG ? ? B CYS 1082 B CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf26 disulf ? ? C CYS 15 SG ? ? ? 1_555 C CYS 136 SG ? ? C CYS 15 C CYS 136 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.038 ? ? disulf27 disulf ? ? 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C CYS 662 C CYS 671 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf36 disulf ? ? C CYS 743 SG ? ? ? 1_555 C CYS 749 SG ? ? C CYS 743 C CYS 749 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.030 ? ? disulf37 disulf ? ? C CYS 1032 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1043 SG ? ? C CYS 1032 C CYS 1043 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf38 disulf ? ? C CYS 1082 SG ? ? ? 1_555 C CYS 1126 SG ? ? C CYS 1082 C CYS 1126 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.035 ? ? disulf39 disulf ? ? D CYS 22 SG ? ? ? 1_555 D CYS 97 SG ? ? D CYS 22 D CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf40 disulf ? ? D CYS 34 SG ? ? ? 1_555 D CYS 104 SG ? ? D CYS 34 D CYS 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf41 disulf ? ? E CYS 22 SG ? ? ? 1_555 E CYS 97 SG ? ? E CYS 22 E CYS 97 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.029 ? ? disulf42 disulf ? ? E CYS 34 SG ? ? ? 1_555 E CYS 104 SG ? ? E CYS 34 E CYS 104 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.027 ? ? covale1 covale one ? A ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 Q NAG . C1 ? ? A ASN 61 A NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale2 covale one ? A ASN 331 ND2 ? ? ? 1_555 N NAG . C1 ? ? A ASN 331 A NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.443 ? N-Glycosylation covale3 covale one ? A ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 P NAG . C1 ? ? A ASN 603 A NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? N-Glycosylation covale4 covale one ? A ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 R NAG . C1 ? ? A ASN 616 A NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale5 covale one ? A ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 S NAG . C1 ? ? A ASN 657 A NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale6 covale one ? A ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 T NAG . C1 ? ? A ASN 709 A NAG 1310 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale7 covale one ? A ASN 717 ND2 ? ? ? 1_555 U NAG . C1 ? ? A ASN 717 A NAG 1311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.420 ? N-Glycosylation covale8 covale one ? A ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 W NAG . C1 ? ? A ASN 1098 A NAG 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.434 ? N-Glycosylation covale9 covale one ? A ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 X NAG . C1 ? ? A ASN 1134 A NAG 1314 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale10 covale one ? B ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 EA NAG . C1 ? ? B ASN 61 B NAG 1307 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.445 ? N-Glycosylation covale11 covale one ? B ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 Y NAG . C1 ? ? B ASN 122 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale12 covale one ? B ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 BA NAG . C1 ? ? B ASN 282 B NAG 1304 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale13 covale one ? B ASN 616 ND2 ? ? ? 1_555 FA NAG . C1 ? ? B ASN 616 B NAG 1308 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale14 covale one ? B ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 GA NAG . C1 ? ? B ASN 709 B NAG 1309 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.430 ? N-Glycosylation covale15 covale one ? B ASN 1074 ND2 ? ? ? 1_555 IA NAG . C1 ? ? B ASN 1074 B NAG 1311 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.432 ? N-Glycosylation covale16 covale one ? B ASN 1098 ND2 ? ? ? 1_555 JA NAG . C1 ? ? B ASN 1098 B NAG 1312 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale17 covale one ? B ASN 1134 ND2 ? ? ? 1_555 KA NAG . C1 ? ? B ASN 1134 B NAG 1313 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? N-Glycosylation covale18 covale one ? C ASN 17 ND2 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? C ASN 17 I NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale19 covale one ? C ASN 61 ND2 ? ? ? 1_555 NA NAG . C1 ? ? C ASN 61 C NAG 1303 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.447 ? N-Glycosylation covale20 covale one ? C ASN 122 ND2 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? C ASN 122 H NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.438 ? N-Glycosylation covale21 covale one ? C ASN 234 ND2 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? C ASN 234 J NAG 1 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.429 ? N-Glycosylation covale22 covale one ? C ASN 282 ND2 ? ? ? 1_555 LA NAG . C1 ? ? C ASN 282 C NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.448 ? N-Glycosylation covale23 covale one ? C ASN 603 ND2 ? ? ? 1_555 MA NAG . C1 ? ? C ASN 603 C NAG 1302 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? N-Glycosylation covale24 covale one ? C ASN 657 ND2 ? ? ? 1_555 PA NAG . C1 ? ? C ASN 657 C NAG 1305 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.442 ? N-Glycosylation covale25 covale one ? C ASN 709 ND2 ? ? ? 1_555 QA NAG . C1 ? ? C ASN 709 C NAG 1306 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.433 ? N-Glycosylation covale26 covale both ? F NAG . O4 ? ? ? 1_555 F NAG . C1 ? ? F NAG 1 F NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.446 ? ? covale27 covale both ? G NAG . O4 ? ? ? 1_555 G NAG . C1 ? ? G NAG 1 G NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale28 covale both ? H NAG . O4 ? ? ? 1_555 H NAG . C1 ? ? H NAG 1 H NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.440 ? ? covale29 covale both ? I NAG . O4 ? ? ? 1_555 I NAG . C1 ? ? I NAG 1 I NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.435 ? ? covale30 covale both ? J NAG . O4 ? ? ? 1_555 J NAG . C1 ? ? J NAG 1 J NAG 2 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.439 ? ? # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_mon_prot_cis.pdbx_id _struct_mon_prot_cis.label_comp_id _struct_mon_prot_cis.label_seq_id _struct_mon_prot_cis.label_asym_id _struct_mon_prot_cis.label_alt_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code _struct_mon_prot_cis.auth_comp_id _struct_mon_prot_cis.auth_seq_id _struct_mon_prot_cis.auth_asym_id _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_label_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_ins_code_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_comp_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_seq_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_auth_asym_id_2 _struct_mon_prot_cis.pdbx_PDB_model_num _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle 1 TRP 30 D . ? TRP 30 D ALA 31 D ? ALA 31 D 1 -7.33 2 TRP 30 E . ? TRP 30 E ALA 31 E ? ALA 31 E 1 -9.94 # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 7 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 4 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 5 ? AA7 ? 5 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 2 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 4 ? AB4 ? 2 ? AB5 ? 3 ? AB6 ? 3 ? AB7 ? 2 ? AB8 ? 3 ? AB9 ? 2 ? AC1 ? 2 ? AC2 ? 2 ? AC3 ? 6 ? AC4 ? 6 ? AC5 ? 3 ? AC6 ? 5 ? AC7 ? 3 ? AC8 ? 5 ? AC9 ? 2 ? AD1 ? 2 ? AD2 ? 2 ? AD3 ? 2 ? AD4 ? 4 ? AD5 ? 2 ? AD6 ? 4 ? AD7 ? 3 ? AD8 ? 2 ? AD9 ? 4 ? AE1 ? 7 ? AE2 ? 3 ? AE3 ? 2 ? AE4 ? 6 ? AE5 ? 2 ? AE6 ? 5 ? AE7 ? 5 ? AE8 ? 5 ? AE9 ? 2 ? AF1 ? 2 ? AF2 ? 4 ? AF3 ? 4 ? AF4 ? 3 ? AF5 ? 2 ? AF6 ? 4 ? AF7 ? 4 ? AF8 ? 2 ? AF9 ? 3 ? AG1 ? 2 ? AG2 ? 2 ? AG3 ? 4 ? AG4 ? 6 ? 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'Camelus dromedarius' ? ? # loop_ _em_entity_assembly_recombinant.id _em_entity_assembly_recombinant.entity_assembly_id _em_entity_assembly_recombinant.cell _em_entity_assembly_recombinant.ncbi_tax_id _em_entity_assembly_recombinant.organism _em_entity_assembly_recombinant.plasmid _em_entity_assembly_recombinant.strain 2 1 HEK293F 2021188 'Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1' ? ? 3 2 HEK293F 2021188 'Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1' ? ? 4 3 HEK293F 2021188 'Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1' ? ? # _em_image_processing.id 1 _em_image_processing.image_recording_id 1 _em_image_processing.details ? # _em_image_recording.id 1 _em_image_recording.imaging_id 1 _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image 30 _em_image_recording.average_exposure_time ? _em_image_recording.details ? _em_image_recording.detector_mode ? _em_image_recording.film_or_detector_model 'FEI FALCON III (4k x 4k)' _em_image_recording.num_diffraction_images ? _em_image_recording.num_grids_imaged ? _em_image_recording.num_real_images ? _em_image_recording.avg_electron_dose_per_subtomogram ? # loop_ _em_software.id _em_software.category _em_software.details _em_software.name _em_software.version _em_software.image_processing_id _em_software.fitting_id _em_software.imaging_id 1 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 ? ? 2 'IMAGE ACQUISITION' ? ? ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? ? ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? 'UCSF Chimera' 1.15 ? 1 ? 8 'MODEL FITTING' ? Coot 0.8.9.1 ? 1 ? 9 OTHER ? ? ? ? ? ? 10 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX 1.17.1_3660 ? 1 ? 11 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 12 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? ? ? 1 ? ? 13 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 14 RECONSTRUCTION ? ? ? 1 ? ? # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 1.0 _em_specimen.details 'The spike with the bound nanobody was purified by size exclusion chromatography.' _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _pdbx_audit_support.funding_organization _pdbx_audit_support.country _pdbx_audit_support.grant_number _pdbx_audit_support.ordinal 'Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)' Spain 202020E079 1 'European Union (EU)' 'European Union' ESFRI-2019-01-CSIC-16 2 # loop_ _pdbx_branch_scheme.asym_id _pdbx_branch_scheme.entity_id _pdbx_branch_scheme.mon_id _pdbx_branch_scheme.num _pdbx_branch_scheme.pdb_asym_id _pdbx_branch_scheme.pdb_mon_id _pdbx_branch_scheme.pdb_seq_num _pdbx_branch_scheme.auth_asym_id _pdbx_branch_scheme.auth_mon_id _pdbx_branch_scheme.auth_seq_num _pdbx_branch_scheme.hetero F 3 NAG 1 F NAG 1 A NAG 1701 n F 3 NAG 2 F NAG 2 A NAG 1702 n G 3 NAG 1 G NAG 1 B NAG 1701 n G 3 NAG 2 G NAG 2 B NAG 1702 n H 3 NAG 1 H NAG 1 C NAG 1221 n H 3 NAG 2 H NAG 2 C NAG 1222 n I 3 NAG 1 I NAG 1 C NAG 1701 n I 3 NAG 2 I NAG 2 C NAG 1702 n J 3 NAG 1 J NAG 1 C NAG 2341 n J 3 NAG 2 J NAG 2 C NAG 2342 n # loop_ _pdbx_chem_comp_identifier.comp_id _pdbx_chem_comp_identifier.type _pdbx_chem_comp_identifier.program _pdbx_chem_comp_identifier.program_version _pdbx_chem_comp_identifier.identifier NAG 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 DGlcpNAcb NAG 'COMMON NAME' GMML 1.0 N-acetyl-b-D-glucopyranosamine NAG 'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL' PDB-CARE 1.0 b-D-GlcpNAc NAG 'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' GMML 1.0 GlcNAc # _pdbx_entity_branch.entity_id 3 _pdbx_entity_branch.type oligosaccharide # loop_ _pdbx_entity_branch_descriptor.ordinal _pdbx_entity_branch_descriptor.entity_id _pdbx_entity_branch_descriptor.descriptor _pdbx_entity_branch_descriptor.type _pdbx_entity_branch_descriptor.program _pdbx_entity_branch_descriptor.program_version 1 3 DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH 'Glycam Condensed Sequence' GMML 1.0 2 3 'WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1' WURCS PDB2Glycan 1.1.0 3 3 '[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}' LINUCS PDB-CARE ? # _pdbx_entity_branch_link.link_id 1 _pdbx_entity_branch_link.entity_id 3 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_1 2 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_1 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_1 C1 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_1 O1 _pdbx_entity_branch_link.entity_branch_list_num_2 1 _pdbx_entity_branch_link.comp_id_2 NAG _pdbx_entity_branch_link.atom_id_2 O4 _pdbx_entity_branch_link.leaving_atom_id_2 HO4 _pdbx_entity_branch_link.value_order sing _pdbx_entity_branch_link.details ? # loop_ _pdbx_entity_branch_list.entity_id _pdbx_entity_branch_list.comp_id _pdbx_entity_branch_list.num _pdbx_entity_branch_list.hetero 3 NAG 1 n 3 NAG 2 n # _pdbx_entity_nonpoly.entity_id 4 _pdbx_entity_nonpoly.name 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose _pdbx_entity_nonpoly.comp_id NAG # _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.assembly_id 1 _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support 'gel filtration' _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details ? #