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BY4741 ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? # loop_ _struct_ref.id _struct_ref.db_name _struct_ref.db_code _struct_ref.pdbx_db_accession _struct_ref.pdbx_db_isoform _struct_ref.entity_id _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code _struct_ref.pdbx_align_begin 1 PDB 7R6K 7R6K ? 1 ? 1 2 UNP LOC1_YEAST P43586 ? 2 ;MAPKKPSKRQNLRREVAPEVFQDSQARNQLANVPHLTEKSAQRKPSKTKVKKEQSLARLYGAKKDKKGKYSEKDLNIPTL NRAIVPGVKIRRGKKGKKFIADNDTLTLNRLITTIGDKYDDIAESKLEKARRLEEIRELKRKEIERKEALKQDKLEEKKD EIKKKSSVARTIRRKNKRDMLKSEAKASESKTEGRKVKKVSFAQ ; 1 3 UNP NOC2_YEAST P39744 ? 3 ;MGKVSKSTKKFQSKHLKHTLDQRRKEKIQKKRIQGRRGNKTDQEKADAAGTREQQQLKKSAKEEVFKDMSVETFFEKGIE IPKENKKLKKKTTKEQSDEDSSSSEEEEDMGQSMAKLAEKDPEFYKYLEENDKDLLDFAGTNPLDGIDSQDEGEDAERNS NIEEKSEQMELEKEKIELSLKLVRKWKKQLHDSPSLKLLRNIISAFKVAVNLNKEENIEDYKYAITDEKAFHELMFMVLK DVPQAIQKMAPYKIVKGARTLPNGGNVSRVSSIVKSHAGSLLILLNDITNTETAALVLHSVNELMPYLLSYRRILKELIK SIVGVWSTTRELETQIASFAFLINTTKEFKKSMLETTLKTTYSTFIKSCRKTNMRSMPLINFQKNSAAELFGIDEVLGYQ VGFEYIRQLAIHLRNTMNATTKKSSKINSAEAYKIVYNWQFCHSLDFWSRVLSFACQPEKENGSESPLRQLIYPLVQVTL GVIRLIPTPQFFPLRFYLIKSLIRLSQNSGVFIPIYPLLSEILTSTAFTKAPKKSPNLAAFDFEHNIKCTQAYLNTKIYQ EGLSEQFVDLLGDYFALYCKNIAFPELVTPVIISLRRYIKTSTNVKLNKRLSTVVEKLNQNSTFIQEKRSDVEFGPTNKS EVSRFLNDVAWNKTPLGSYVAVQREVKEEKARLMRESMEEQDKERETEEAKLLNSLESDDDNEDVEMSDA ; 1 4 UNP BRX1_YEAST Q08235 ? 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16 YLTKNERR 215 # loop_ _struct_ref_seq.align_id _struct_ref_seq.ref_id _struct_ref_seq.pdbx_PDB_id_code _struct_ref_seq.pdbx_strand_id _struct_ref_seq.seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.seq_align_end _struct_ref_seq.pdbx_seq_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_db_accession _struct_ref_seq.db_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_db_align_beg_ins_code _struct_ref_seq.db_align_end _struct_ref_seq.pdbx_db_align_end_ins_code _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end 1 1 7R6K 1 1 ? 152 ? 7R6K 30 ? 2974 ? 30 2974 2 2 7R6K 7 1 ? 204 ? 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A C 111 O2 ? ? ? 1_555 A G 126 N2 ? ? 1 C 2420 1 G 2610 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog90 hydrog ? ? A U 112 N3 ? ? ? 1_555 A A 125 N1 ? ? 1 U 2421 1 A 2609 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog91 hydrog ? ? A U 112 O4 ? ? ? 1_555 A A 125 N6 ? ? 1 U 2421 1 A 2609 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog92 hydrog ? ? A C 113 N3 ? ? ? 1_555 A G 124 N1 ? ? 1 C 2422 1 G 2608 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog93 hydrog ? ? A C 113 N4 ? ? ? 1_555 A G 124 O6 ? ? 1 C 2422 1 G 2608 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog94 hydrog ? ? A C 113 O2 ? ? ? 1_555 A G 124 N2 ? ? 1 C 2422 1 G 2608 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog95 hydrog ? ? A U 114 N3 ? ? ? 1_555 A G 123 O6 ? ? 1 U 2423 1 G 2607 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog96 hydrog ? ? A U 114 O2 ? ? ? 1_555 A G 123 N1 ? ? 1 U 2423 1 G 2607 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog97 hydrog ? ? A A 115 N6 ? ? ? 1_555 A G 121 N3 ? ? 1 A 2424 1 G 2605 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog98 hydrog ? ? A A 115 N7 ? ? ? 1_555 A G 121 N2 ? ? 1 A 2424 1 G 2605 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_11_PAIR ? ? ? hydrog99 hydrog ? ? A G 116 N1 ? ? ? 1_555 A U 120 O2 ? ? 1 G 2425 1 U 2604 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog100 hydrog ? ? A G 116 O6 ? ? ? 1_555 A U 120 N3 ? ? 1 G 2425 1 U 2604 1_555 ? ? ? ? ? ? TYPE_28_PAIR ? ? ? hydrog101 hydrog ? ? A U 133 O4 ? ? ? 1_555 A C 135 N4 ? ? 1 U 2807 1 C 2809 1_555 ? ? ? ? ? ? 'U-C MISPAIR' ? ? ? hydrog102 hydrog ? ? A U 140 N3 ? ? ? 1_555 A A 147 N1 ? ? 1 U 2962 1 A 2969 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog103 hydrog ? ? A U 140 O4 ? ? ? 1_555 A A 147 N6 ? ? 1 U 2962 1 A 2969 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog104 hydrog ? ? A C 141 N3 ? ? ? 1_555 A G 146 N1 ? ? 1 C 2963 1 G 2968 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog105 hydrog ? ? A C 141 N4 ? ? ? 1_555 A G 146 O6 ? ? 1 C 2963 1 G 2968 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? hydrog106 hydrog ? ? A C 141 O2 ? ? ? 1_555 A G 146 N2 ? ? 1 C 2963 1 G 2968 1_555 ? ? ? ? ? ? WATSON-CRICK ? ? ? # _struct_conn_type.id hydrog _struct_conn_type.criteria ? _struct_conn_type.reference ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 2 ? AA3 ? 3 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 3 ? AA6 ? 2 ? AA7 ? 3 ? AA8 ? 5 ? AA9 ? 4 ? AB1 ? 5 ? AB2 ? 2 ? AB3 ? 2 ? AB4 ? 4 ? 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GLU B 15 ? LEU 7 12 GLU 7 15 AA1 2 ARG H 71 ? PRO H 74 ? ARG N 71 PRO N 74 AA2 1 VAL B 20 ? PHE B 21 ? VAL 7 20 PHE 7 21 AA2 2 ILE O 713 ? THR O 714 ? ILE w 713 THR w 714 AA3 1 LYS B 89 ? ILE B 90 ? LYS 7 89 ILE 7 90 AA3 2 TYR D 191 ? THR D 197 ? TYR A 191 THR A 197 AA3 3 HIS D 175 ? VAL D 176 ? HIS A 175 VAL A 176 AA4 1 LYS B 89 ? ILE B 90 ? LYS 7 89 ILE 7 90 AA4 2 TYR D 191 ? THR D 197 ? TYR A 191 THR A 197 AA4 3 ILE D 210 ? GLU D 214 ? ILE A 210 GLU A 214 AA5 1 SER D 59 ? LYS D 61 ? SER A 59 LYS A 61 AA5 2 THR D 33 ? ILE D 36 ? THR A 33 ILE A 36 AA5 3 ASN D 85 ? PHE D 88 ? ASN A 85 PHE A 88 AA6 1 LYS E 70 ? VAL E 71 ? LYS G 70 VAL G 71 AA6 2 GLY E 234 ? GLY E 235 ? GLY G 234 GLY G 235 AA7 1 VAL H 64 ? ARG H 67 ? VAL N 64 ARG N 67 AA7 2 TYR H 127 ? GLU H 131 ? TYR N 127 GLU N 131 AA7 3 TYR H 119 ? GLN H 123 ? TYR N 119 GLN N 123 AA8 1 ARG K 2 ? GLN K 3 ? ARG l 2 GLN l 3 AA8 2 HIS K 35 ? GLN K 40 ? HIS l 35 GLN l 40 AA8 3 ARG K 43 ? PRO K 48 ? ARG l 43 PRO l 48 AA8 4 ILE K 68 ? 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VAL q 472 TYR q 475 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N ARG B 13 ? N ARG 7 13 O ARG H 73 ? O ARG N 73 AA2 1 2 N PHE B 21 ? N PHE 7 21 O ILE O 713 ? O ILE w 713 AA3 1 2 N LYS B 89 ? N LYS 7 89 O HIS D 195 ? O HIS A 195 AA3 2 3 O TYR D 191 ? O TYR A 191 N VAL D 176 ? N VAL A 176 AA4 1 2 N LYS B 89 ? N LYS 7 89 O HIS D 195 ? O HIS A 195 AA4 2 3 N GLU D 192 ? N GLU A 192 O VAL D 213 ? O VAL A 213 AA5 1 2 O ARG D 60 ? O ARG A 60 N THR D 33 ? N THR A 33 AA5 2 3 N LEU D 34 ? N LEU A 34 O LEU D 87 ? O LEU A 87 AA6 1 2 N VAL E 71 ? N VAL G 71 O GLY E 234 ? O GLY G 234 AA7 1 2 N VAL H 64 ? N VAL N 64 O PHE H 130 ? O PHE N 130 AA7 2 3 O TYR H 129 ? O TYR N 129 N VAL H 121 ? N VAL N 121 AA8 1 2 N ARG K 2 ? N ARG l 2 O LEU K 39 ? O LEU l 39 AA8 2 3 N VAL K 36 ? N VAL l 36 O VAL K 47 ? O VAL l 47 AA8 3 4 N TYR K 46 ? N TYR l 46 O ILE K 68 ? O ILE l 68 AA8 4 5 N LYS K 72 ? N LYS l 72 O ARG K 80 ? O ARG l 80 AA9 1 2 N SER K 65 ? N SER l 65 O VAL M 400 ? O VAL q 400 AA9 2 3 O CYS M 401 ? O CYS q 401 N ALA M 375 ? N ALA q 375 AA9 3 4 O PHE M 374 ? O PHE q 374 N ILE M 349 ? N ILE q 349 AB1 1 2 N ILE K 97 ? N ILE l 97 O PHE K 134 ? O PHE l 134 AB1 2 3 N VAL K 131 ? N VAL l 131 O GLY K 144 ? O GLY l 144 AB1 3 4 N VAL K 145 ? N VAL l 145 O PHE K 164 ? O PHE l 164 AB1 4 5 O VAL K 162 ? O VAL l 162 N VAL K 113 ? N VAL l 113 AB2 1 2 N ILE L 171 ? N ILE m 171 O ILE L 180 ? O ILE m 180 AB3 1 2 N LEU L 205 ? N LEU m 205 O LEU L 214 ? O LEU m 214 AB4 1 2 N ASN M 295 ? N ASN q 295 O PHE M 310 ? O PHE q 310 AB4 2 3 O LEU M 307 ? O LEU q 307 N ILE M 273 ? N ILE q 273 AB4 3 4 N ARG M 274 ? N ARG q 274 O ILE M 328 ? O ILE q 328 AB5 1 2 N ILE M 418 ? N ILE q 418 O VAL M 474 ? O VAL q 474 # _atom_sites.entry_id 7R6K _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[1][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[2][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][1] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][2] ? _atom_sites.Cartn_transf_matrix[3][3] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[1] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[2] ? _atom_sites.Cartn_transf_vector[3] ? _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[2][3] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][2] 0.000000 _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] 1.000000 _atom_sites.fract_transf_vector[1] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[2] 0.00000 _atom_sites.fract_transf_vector[3] 0.00000 _atom_sites.solution_primary ? _atom_sites.solution_secondary ? _atom_sites.solution_hydrogens ? _atom_sites.special_details ? # loop_ _atom_type.symbol C N O P S # loop_ _database_PDB_caveat.id _database_PDB_caveat.text 1 ;Residues A 1 45 and A 1 51 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 18.85. ; 2 ;Residues G 1 56 and A 1 268 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 29.31. ; 3 ;Residues U 1 280 and G 1 287 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 12.72. ; 4 ;Residues G 1 297 and C 1 818 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 80.85. ; 5 ;Residues A 1 820 and C 1 870 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 23.74. ; 6 ;Residues U 1 873 and G 1 887 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 18.47. ; 7 ;Residues A 1 896 and G 1 907 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 25.78. ; 8 ;Residues C 1 918 and A 1 925 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 21.16. ; 9 ;Residues A 1 926 and G 1 1538 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 29.62. ; 10 ;Residues A 1 1558 and U 1 2408 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 104.38. ; 11 ;Residues U 1 2427 and G 1 2603 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 15.62. ; 12 ;Residues U 1 2611 and A 1 2802 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 21.05. ; 13 ;Residues A 1 2813 and U 1 2962 that are next to each other in the sample sequence are not properly linked: distance between O3' and P is 12.11. ; # loop_ _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_ins_code _pdbx_poly_seq_scheme.hetero A 1 1 G 1 30 30 G G 1 . n A 1 2 C 2 31 31 C C 1 . n A 1 3 U 3 32 32 U U 1 . n A 1 4 G 4 33 33 G G 1 . n A 1 5 A 5 34 34 A A 1 . n A 1 6 A 6 35 35 A A 1 . n A 1 7 C 7 36 36 C C 1 . n A 1 8 U 8 37 37 U U 1 . n A 1 9 U 9 38 38 U U 1 . n A 1 10 A 10 39 39 A A 1 . n A 1 11 A 11 40 40 A A 1 . n A 1 12 G 12 41 41 G G 1 . n A 1 13 C 13 42 42 C C 1 . n A 1 14 A 14 43 43 A A 1 . 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SerialEM ? ? ? 1 3 MASKING ? ? ? ? ? ? 4 'CTF CORRECTION' ? Gctf ? 1 ? ? 5 'LAYERLINE INDEXING' ? ? ? ? ? ? 6 'DIFFRACTION INDEXING' ? ? ? ? ? ? 7 'MODEL FITTING' ? Coot ? ? 1 ? 8 OTHER ? ? ? ? ? ? 9 'INITIAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 10 'FINAL EULER ASSIGNMENT' ? RELION ? 1 ? ? 11 CLASSIFICATION ? ? ? 1 ? ? 12 RECONSTRUCTION ? RELION ? 1 ? ? 13 'MODEL REFINEMENT' ? PHENIX ? ? 1 ? 14 'PARTICLE SELECTION' ? ? ? 1 1 1 15 'VOLUME SELECTION' ? ? ? 1 1 1 16 'SERIES ALIGNMENT' ? ? ? 1 1 1 17 'MOLECULAR REPLACEMENT' ? ? ? 1 1 1 18 'LATTICE DISTORTION CORRECTION' ? ? ? 1 1 1 19 'SYMMETRY DETERMINATION' ? ? ? 1 1 1 # _em_specimen.id 1 _em_specimen.experiment_id 1 _em_specimen.concentration 0.45 _em_specimen.details ? _em_specimen.embedding_applied NO _em_specimen.shadowing_applied NO _em_specimen.staining_applied NO _em_specimen.vitrification_applied YES # loop_ _ndb_struct_conf_na.entry_id _ndb_struct_conf_na.feature 7R6K 'double helix' 7R6K 'a-form double helix' 7R6K 'hairpin loop' 7R6K tetraloop 7R6K 'bulge loop' 7R6K 'mismatched base pair' # loop_ _ndb_struct_na_base_pair.model_number _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_symmetry _ndb_struct_na_base_pair.shear _ndb_struct_na_base_pair.stretch _ndb_struct_na_base_pair.stagger _ndb_struct_na_base_pair.buckle _ndb_struct_na_base_pair.propeller _ndb_struct_na_base_pair.opening _ndb_struct_na_base_pair.pair_number _ndb_struct_na_base_pair.pair_name _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.i_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id _ndb_struct_na_base_pair.j_PDB_ins_code _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_28 _ndb_struct_na_base_pair.hbond_type_12 1 A G 1 1_555 A C 20 1_555 -0.569 -0.680 -0.385 0.528 -3.771 -3.174 1 1_G30:C54_1 1 30 ? 1 54 ? 19 1 1 A C 2 1_555 A G 19 1_555 0.496 -0.683 -0.553 5.883 -12.652 3.283 2 1_C31:G53_1 1 31 ? 1 53 ? 19 1 1 A U 3 1_555 A A 18 1_555 4.247 -0.850 -0.976 -16.500 -8.255 -0.612 3 1_U32:A52_1 1 32 ? 1 52 ? ? ? 1 A U 9 1_555 A A 16 1_555 -0.490 -0.235 0.308 -9.971 -26.287 4.853 4 1_U38:A45_1 1 38 ? 1 45 ? 20 1 1 A A 23 1_555 A A 45 1_555 -6.360 4.942 0.318 -35.157 -9.012 -169.966 5 1_A268:A296_1 1 268 ? 1 296 ? 2 8 1 A U 25 1_555 A A 44 1_555 4.821 -2.927 -0.727 12.115 -23.825 -88.702 6 1_U270:A295_1 1 270 ? 1 295 ? 24 4 1 A C 26 1_555 A U 43 1_555 -6.585 -3.776 -0.271 0.283 -9.471 -17.574 7 1_C271:U294_1 1 271 ? 1 294 ? ? ? 1 A G 27 1_555 A C 42 1_555 -0.750 0.147 -0.378 2.450 -10.156 4.656 8 1_G272:C293_1 1 272 ? 1 293 ? 19 1 1 A A 28 1_555 A U 41 1_555 0.038 0.221 0.174 0.795 -16.517 3.580 9 1_A273:U292_1 1 273 ? 1 292 ? 20 1 1 A G 29 1_555 A C 40 1_555 -0.708 -0.039 -0.006 -5.275 -19.494 0.635 10 1_G274:C291_1 1 274 ? 1 291 ? 19 1 1 A U 30 1_555 A G 39 1_555 2.640 -0.133 0.411 -10.022 -13.223 10.085 11 1_U275:G290_1 1 275 ? 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