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'C5 H11 N O2 S' 149.211 NAG 'D-saccharide, beta linking' . 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;N-acetyl-beta-D-glucosamine; 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose; 2-acetamido-2-deoxy-glucose; N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE ; 'C8 H15 N O6' 221.208 PHE 'L-peptide linking' y PHENYLALANINE ? 'C9 H11 N O2' 165.189 PRO 'L-peptide linking' y PROLINE ? 'C5 H9 N O2' 115.130 SER 'L-peptide linking' y SERINE ? 'C3 H7 N O3' 105.093 THR 'L-peptide linking' y THREONINE ? 'C4 H9 N O3' 119.119 TRP 'L-peptide linking' y TRYPTOPHAN ? 'C11 H12 N2 O2' 204.225 TYR 'L-peptide linking' y TYROSINE ? 'C9 H11 N O3' 181.189 VAL 'L-peptide linking' y VALINE ? 'C5 H11 N O2' 117.146 # _exptl.absorpt_coefficient_mu ? _exptl.absorpt_correction_T_max ? _exptl.absorpt_correction_T_min ? _exptl.absorpt_correction_type ? _exptl.absorpt_process_details ? _exptl.entry_id 7RAL _exptl.crystals_number ? _exptl.details ? _exptl.method 'ELECTRON MICROSCOPY' _exptl.method_details ? # _struct.entry_id 7RAL _struct.title 'SARS-CoV-2 S bound to S2X259 Fab (local refinement of the RBD/S2X259 variable domains)' _struct.pdbx_model_details ? _struct.pdbx_formula_weight ? _struct.pdbx_formula_weight_method ? _struct.pdbx_model_type_details ? _struct.pdbx_CASP_flag N # _struct_keywords.entry_id 7RAL _struct_keywords.text ;SARS-CoV-2, Spike glycoprotein, Fab S2X259, VIRAL PROTEIN, Structural Genomics, Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease, SSGCID, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ; _struct_keywords.pdbx_keywords 'VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM' # loop_ _struct_asym.id _struct_asym.pdbx_blank_PDB_chainid_flag _struct_asym.pdbx_modified _struct_asym.entity_id _struct_asym.details A N N 1 ? B N N 2 ? C N N 3 ? D N N 4 ? # loop_ _struct_conf.conf_type_id _struct_conf.id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_id _struct_conf.beg_label_comp_id _struct_conf.beg_label_asym_id _struct_conf.beg_label_seq_id _struct_conf.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_conf.end_label_comp_id _struct_conf.end_label_asym_id _struct_conf.end_label_seq_id _struct_conf.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_conf.beg_auth_comp_id _struct_conf.beg_auth_asym_id _struct_conf.beg_auth_seq_id _struct_conf.end_auth_comp_id _struct_conf.end_auth_asym_id _struct_conf.end_auth_seq_id _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class _struct_conf.details _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length HELX_P HELX_P1 AA1 GLN A 62 ? GLN A 65 ? GLN H 62 GLN H 65 5 ? 4 HELX_P HELX_P2 AA2 LYS A 74 ? SER A 77 ? LYS H 74 SER H 77 5 ? 4 HELX_P HELX_P3 AA3 PHE C 338 ? ASN C 343 ? PHE B 338 ASN B 343 1 ? 6 HELX_P HELX_P4 AA4 TYR C 365 ? ASN C 370 ? TYR B 365 ASN B 370 1 ? 6 HELX_P HELX_P5 AA5 SER C 383 ? ASP C 389 ? SER B 383 ASP B 389 5 ? 7 HELX_P HELX_P6 AA6 ASP C 405 ? ILE C 410 ? ASP B 405 ILE B 410 5 ? 6 HELX_P HELX_P7 AA7 GLY C 416 ? ASN C 422 ? GLY B 416 ASN B 422 1 ? 7 HELX_P HELX_P8 AA8 SER C 438 ? SER C 443 ? SER B 438 SER B 443 1 ? 6 # _struct_conf_type.id HELX_P _struct_conf_type.criteria ? _struct_conf_type.reference ? # loop_ _struct_conn.id _struct_conn.conn_type_id _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag _struct_conn.pdbx_PDB_id _struct_conn.ptnr1_label_asym_id _struct_conn.ptnr1_label_comp_id _struct_conn.ptnr1_label_seq_id _struct_conn.ptnr1_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code _struct_conn.pdbx_ptnr1_standard_comp_id _struct_conn.ptnr1_symmetry _struct_conn.ptnr2_label_asym_id _struct_conn.ptnr2_label_comp_id _struct_conn.ptnr2_label_seq_id _struct_conn.ptnr2_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id _struct_conn.ptnr2_symmetry _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_atom_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_seq_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_comp_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_asym_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_label_alt_id _struct_conn.pdbx_ptnr3_PDB_ins_code _struct_conn.details _struct_conn.pdbx_dist_value _struct_conn.pdbx_value_order _struct_conn.pdbx_role disulf1 disulf ? ? A CYS 22 SG ? ? ? 1_555 A CYS 96 SG ? ? H CYS 22 H CYS 96 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.026 ? ? disulf2 disulf ? ? B CYS 22 SG ? ? ? 1_555 B CYS 90 SG ? ? L CYS 22 L CYS 90 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.071 ? ? disulf3 disulf ? ? C CYS 336 SG ? ? ? 1_555 C CYS 361 SG ? ? B CYS 336 B CYS 361 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.031 ? ? disulf4 disulf ? ? C CYS 379 SG ? ? ? 1_555 C CYS 432 SG ? ? B CYS 379 B CYS 432 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.034 ? ? disulf5 disulf ? ? C CYS 391 SG ? ? ? 1_555 C CYS 525 SG ? ? B CYS 391 B CYS 525 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 2.025 ? ? covale1 covale one ? C ASN 343 ND2 ? ? ? 1_555 D NAG . C1 ? ? B ASN 343 B NAG 1301 1_555 ? ? ? ? ? ? ? 1.499 ? N-Glycosylation # loop_ _struct_conn_type.id _struct_conn_type.criteria _struct_conn_type.reference disulf ? ? covale ? ? # loop_ _struct_sheet.id _struct_sheet.type _struct_sheet.number_strands _struct_sheet.details AA1 ? 2 ? AA2 ? 6 ? AA3 ? 4 ? AA4 ? 3 ? AA5 ? 6 ? AA6 ? 3 ? AA7 ? 4 ? AA8 ? 4 ? AA9 ? 3 ? AB1 ? 2 ? # loop_ _struct_sheet_order.sheet_id _struct_sheet_order.range_id_1 _struct_sheet_order.range_id_2 _struct_sheet_order.offset _struct_sheet_order.sense AA1 1 2 ? anti-parallel AA2 1 2 ? parallel AA2 2 3 ? anti-parallel AA2 3 4 ? anti-parallel AA2 4 5 ? anti-parallel AA2 5 6 ? anti-parallel AA3 1 2 ? parallel AA3 2 3 ? anti-parallel AA3 3 4 ? anti-parallel AA4 1 2 ? anti-parallel AA4 2 3 ? anti-parallel AA5 1 2 ? anti-parallel AA5 2 3 ? anti-parallel AA5 3 4 ? anti-parallel AA5 4 5 ? anti-parallel AA5 5 6 ? anti-parallel AA6 1 2 ? anti-parallel AA6 2 3 ? anti-parallel AA7 1 2 ? anti-parallel AA7 2 3 ? anti-parallel AA7 3 4 ? anti-parallel AA8 1 2 ? anti-parallel AA8 2 3 ? anti-parallel AA8 3 4 ? anti-parallel AA9 1 2 ? parallel AA9 2 3 ? anti-parallel AB1 1 2 ? anti-parallel # loop_ _struct_sheet_range.sheet_id _struct_sheet_range.id _struct_sheet_range.beg_label_comp_id _struct_sheet_range.beg_label_asym_id _struct_sheet_range.beg_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_beg_PDB_ins_code _struct_sheet_range.end_label_comp_id _struct_sheet_range.end_label_asym_id _struct_sheet_range.end_label_seq_id _struct_sheet_range.pdbx_end_PDB_ins_code _struct_sheet_range.beg_auth_comp_id _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id _struct_sheet_range.end_auth_comp_id _struct_sheet_range.end_auth_asym_id _struct_sheet_range.end_auth_seq_id AA1 1 VAL A 5 ? GLN A 6 ? VAL H 5 GLN H 6 AA1 2 CYS A 22 ? LYS A 23 ? CYS H 22 LYS H 23 AA2 1 GLU A 10 ? VAL A 11 ? GLU H 10 VAL H 11 AA2 2 THR A 120 ? THR A 123 ? THR H 120 THR H 123 AA2 3 VAL A 93 ? PHE A 100 ? VAL H 93 PHE H 100 AA2 4 THR A 33 ? GLN A 39 ? THR H 33 GLN H 39 AA2 5 GLU A 46 ? ILE A 52 ? GLU H 46 ILE H 52 AA2 6 ALA A 58 ? TYR A 60 ? ALA H 58 TYR H 60 AA3 1 GLU A 10 ? VAL A 11 ? GLU H 10 VAL H 11 AA3 2 THR A 120 ? THR A 123 ? THR H 120 THR H 123 AA3 3 VAL A 93 ? PHE A 100 ? VAL H 93 PHE H 100 AA3 4 ALA A 112 ? TRP A 116 ? ALA H 112 TRP H 116 AA4 1 GLY A 15 ? VAL A 20 ? GLY H 15 VAL H 20 AA4 2 THR A 78 ? SER A 85 ? THR H 78 SER H 85 AA4 3 VAL A 68 ? ASP A 73 ? VAL H 68 ASP H 73 AA5 1 TYR A 105 ? TRP A 107 ? TYR H 105 TRP H 107 AA5 2 THR C 376 ? TYR C 380 ? THR B 376 TYR B 380 AA5 3 GLY C 431 ? ASN C 437 ? GLY B 431 ASN B 437 AA5 4 PRO C 507 ? GLU C 516 ? PRO B 507 GLU B 516 AA5 5 ASN C 394 ? ARG C 403 ? ASN B 394 ARG B 403 AA5 6 ASN C 354 ? ILE C 358 ? ASN B 354 ILE B 358 AA6 1 THR B 19 ? THR B 23 ? THR L 19 THR L 23 AA6 2 SER B 72 ? ILE B 77 ? SER L 72 ILE L 77 AA6 3 PHE B 64 ? SER B 69 ? PHE L 64 SER L 69 AA7 1 LYS B 47 ? ILE B 50 ? LYS L 47 ILE L 50 AA7 2 HIS B 36 ? GLN B 40 ? HIS L 36 GLN L 40 AA7 3 ASP B 87 ? ASP B 94 ? ASP L 87 ASP L 94 AA7 4 ASN B 101 ? PHE B 104 ? ASN L 101 PHE L 104 AA8 1 LYS B 47 ? ILE B 50 ? LYS L 47 ILE L 50 AA8 2 HIS B 36 ? GLN B 40 ? HIS L 36 GLN L 40 AA8 3 ASP B 87 ? ASP B 94 ? ASP L 87 ASP L 94 AA8 4 THR B 108 ? LYS B 109 ? THR L 108 LYS L 109 AA9 1 CYS C 361 ? VAL C 362 ? CYS B 361 VAL B 362 AA9 2 VAL C 524 ? CYS C 525 ? VAL B 524 CYS B 525 AA9 3 CYS C 391 ? PHE C 392 ? CYS B 391 PHE B 392 AB1 1 LEU C 452 ? ARG C 454 ? LEU B 452 ARG B 454 AB1 2 LEU C 492 ? SER C 494 ? LEU B 492 SER B 494 # loop_ _pdbx_struct_sheet_hbond.sheet_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_1 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_id_2 _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_PDB_ins_code _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_atom_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id AA1 1 2 N VAL A 5 ? 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